src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 \r
  28 public class AnnotationLabels\r
  29     extends Panel implements ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener\r
  30 {\r
  31   Image image;\r
  32   boolean active = false;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   AlignViewport av;\r
  35   boolean resizing = false;\r
  36   int oldY, mouseX;\r
  37   static String ADDNEW = "Add new row";\r
  38   static String HIDE = "Hide this row";\r
  39   static String DELETE = "Delete this row";\r
  40   static String SHOWALL = "Show all hidden rows";\r
  41   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  42   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";\r
  43 \r
  44   int selectedRow = 0;\r
  45   int scrollOffset = 0;\r
  46 \r
  47   Tooltip tooltip;\r
  48 \r
  49   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  50   {\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     this.av = ap.av;\r
  53     setLayout(null);\r
  54     addMouseListener(this);\r
  55     addMouseMotionListener(this);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public AnnotationLabels(AlignViewport av)\r
  59 {\r
  60   this.av = av;\r
  61 }\r
  62 \r
  63 \r
  64   public void setScrollOffset(int y)\r
  65   {\r
  66     scrollOffset = y;\r
  67     repaint();\r
  68   }\r
  69 \r
  70   void getSelectedRow(int y)\r
  71   {\r
  72     selectedRow = -1;\r
  73     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  74 \r
  75     if(aa==null)\r
  76       return;\r
  77 \r
  78     int height = 0;\r
  79     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  80     {\r
  81       if (!aa[i].visible)\r
  82       {\r
  83         continue;\r
  84       }\r
  85 \r
  86       height += aa[i].height;\r
  87       if (y < height)\r
  88       {\r
  89         selectedRow = i;\r
  90         break;\r
  91       }\r
  92     }\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  96   {\r
  97     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  98 \r
  99     if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
 100     {\r
 101       aa[selectedRow].visible = false;\r
 102     }\r
 103     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
 104     {\r
 105       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 106       {\r
 107         aa[i].visible = true;\r
 108       }\r
 109     }\r
 110     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
 111     {\r
 112       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 113       Frame frame = new Frame();\r
 114       frame.add(cap);\r
 115       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 116                                        ap.alignFrame.getTitle() + " - " +\r
 117                                        aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
 118       cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
 119     }\r
 120     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))\r
 121     {\r
 122       SequenceI cons=av.getConsensusSeq();\r
 123       if (cons!=null)\r
 124         copy_annotseqtoclipboard(cons);\r
 125 \r
 126     }\r
 127     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 128     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 129     ap.validate();\r
 130     ap.repaint();\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 134   {\r
 135     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);\r
 136 \r
 137     if (selectedRow > -1)\r
 138     {\r
 139       if (tooltip == null)\r
 140         tooltip = new Tooltip(ap.av.alignment.\r
 141                                           getAlignmentAnnotation()[selectedRow].\r
 142                                           description,\r
 143                                           this);\r
 144       else\r
 145         tooltip.setTip(ap.av.alignment.\r
 146                      getAlignmentAnnotation()[selectedRow].description);\r
 147 \r
 148       tooltip.repaint();\r
 149 \r
 150     }\r
 151     else if (tooltip != null)\r
 152     {\r
 153       tooltip.setTip("");\r
 154     }\r
 155 \r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 159   {}\r
 160   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 161   {}\r
 162   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 163   {}\r
 164   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 165   {}\r
 166   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 167   {}\r
 168   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 169   {\r
 170     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 171 \r
 172     PopupMenu pop = new PopupMenu("Annotations");\r
 173     MenuItem item = new MenuItem(HIDE);\r
 174     item.addActionListener(this);\r
 175     pop.add(item);\r
 176     item = new MenuItem(SHOWALL);\r
 177     item.addActionListener(this);\r
 178     pop.add(item);\r
 179     this.add(pop);\r
 180     item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 181     item.addActionListener(this);\r
 182     pop.add(item);\r
 183 \r
 184     if (aa[selectedRow]==ap.av.consensus)\r
 185     {\r
 186       pop.addSeparator();\r
 187       final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(\r
 188           "Ignore Gaps In Consensus",\r
 189           ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 190 \r
 191       cbmi.addItemListener(new ItemListener()\r
 192       {\r
 193         public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 194         {\r
 195           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 196           ap.repaint();\r
 197         }\r
 198       });\r
 199       pop.add(cbmi);\r
 200       final MenuItem cpcons=new MenuItem(COPYCONS_SEQ);\r
 201       cpcons.addActionListener(this);\r
 202       pop.add(cpcons);\r
 203     }\r
 204 \r
 205      pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 206 \r
 207   }\r
 208 /**\r
 209      * DOCUMENT ME!\r
 210      *\r
 211      * @param e DOCUMENT ME!\r
 212      */\r
 213     protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)\r
 214     {\r
 215       if (sq==null || sq.getLength()<1)\r
 216         return;\r
 217       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();\r
 218       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t" +\r
 219           sq.getStart() + "\t" +\r
 220           sq.getEnd() + "\t" +\r
 221           sq.getSequenceAsString() + "\n");\r
 222       if (av.hasHiddenColumns)\r
 223       {\r
 224         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns=new Vector();\r
 225         for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 226         {\r
 227           int[] region = (int[])\r
 228               av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 229 \r
 230           jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns.addElement(new int[]{region[0],\r
 231                             region[1]});\r
 232         }\r
 233       }\r
 234     }\r
 235 \r
 236     public void update(Graphics g)\r
 237     {\r
 238       paint(g);\r
 239     }\r
 240 \r
 241   public void paint(Graphics g)\r
 242   {\r
 243     int w = getSize().width;\r
 244     if (image == null || w != image.getWidth(this))\r
 245     {\r
 246       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 247     }\r
 248 \r
 249     drawComponent(image.getGraphics(), w);\r
 250     g.drawImage(image,0,0,this);\r
 251   }\r
 252 \r
 253   public void drawComponent(Graphics g, int width)\r
 254   {\r
 255     g.setFont(av.getFont());\r
 256     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());\r
 257     g.setColor(Color.white);\r
 258     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 259 \r
 260     g.translate(0, scrollOffset);\r
 261     g.setColor(Color.black);\r
 262 \r
 263     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 264     int y = g.getFont().getSize();\r
 265     int x = 0;\r
 266 \r
 267     if (aa != null)\r
 268     {\r
 269       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 270       {\r
 271         if (!aa[i].visible)\r
 272         {\r
 273           continue;\r
 274         }\r
 275 \r
 276         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 277 \r
 278         if (aa[i].graph>0)\r
 279         {\r
 280           y += (aa[i].height / 3);\r
 281         }\r
 282 \r
 283         g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 284 \r
 285         if (aa[i].graph>0)\r
 286         {\r
 287           y += (2 * aa[i].height / 3);\r
 288         }\r
 289         else\r
 290         {\r
 291           y += aa[i].height;\r
 292         }\r
 293       }\r
 294     }\r
 295   }\r
 296 \r
 297 }\r