src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class AnnotationLabels\r
  28     extends Panel implements ActionListener\r
  29 {\r
  30   boolean active = false;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   boolean resizing = false;\r
  33   int oldY, mouseX;\r
  34   static String ADDNEW = "Add new row";\r
  35   static String HIDE = "Hide this row";\r
  36   static String DELETE = "Delete this row";\r
  37   static String SHOWALL = "Show all hidden rows";\r
  38   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";\r
  39   int selectedRow = 0;\r
  40   int scrollOffset = 0;\r
  41 \r
  42   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)\r
  43   {\r
  44     this.ap = ap;\r
  45     setLayout(null);\r
  46     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  47     {\r
  48       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  49       {\r
  50         doMousePressed(evt);\r
  51       }\r
  52     });\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void setScrollOffset(int y)\r
  56   {\r
  57     scrollOffset = y;\r
  58     repaint();\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  62   {\r
  63     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  64 \r
  65     if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))\r
  66     {\r
  67       aa[selectedRow].visible = false;\r
  68     }\r
  69     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))\r
  70     {\r
  71       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  72       {\r
  73         aa[i].visible = true;\r
  74       }\r
  75     }\r
  76     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))\r
  77     {\r
  78       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame.applet);\r
  79       Frame frame = new Frame();\r
  80       frame.add(cap);\r
  81       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
  82                                        ap.alignFrame.getTitle() + " - " +\r
  83                                        aa[selectedRow].label, 500, 100);\r
  84       cap.setText(aa[selectedRow].toString());\r
  85     }\r
  86 \r
  87     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  88     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
  89     ap.validate();\r
  90     ap.repaint();\r
  91   }\r
  92 \r
  93   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
  94   {\r
  95     int y = evt.getY() - scrollOffset;\r
  96     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  97     int height = 0;\r
  98     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  99     {\r
 100       if (!aa[i].visible)\r
 101       {\r
 102         continue;\r
 103       }\r
 104 \r
 105       height += aa[i].height;\r
 106       if (y < height)\r
 107       {\r
 108         selectedRow = i;\r
 109         break;\r
 110       }\r
 111     }\r
 112 \r
 113     PopupMenu pop = new PopupMenu("Annotations");\r
 114     MenuItem item = new MenuItem(HIDE);\r
 115     item.addActionListener(this);\r
 116     pop.add(item);\r
 117     item = new MenuItem(SHOWALL);\r
 118     item.addActionListener(this);\r
 119     pop.add(item);\r
 120     this.add(pop);\r
 121     item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);\r
 122     item.addActionListener(this);\r
 123     pop.add(item);\r
 124 \r
 125     if (aa[selectedRow].label.equals("Consensus"))\r
 126     {\r
 127       pop.addSeparator();\r
 128       final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(\r
 129           "Ignore Gaps In Consensus",\r
 130           ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 131 \r
 132       cbmi.addItemListener(new ItemListener()\r
 133       {\r
 134         public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 135         {\r
 136           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());\r
 137           ap.repaint();\r
 138         }\r
 139       });\r
 140       pop.add(cbmi);\r
 141     }\r
 142 \r
 143      pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 144 \r
 145   }\r
 146 \r
 147   public void paint(Graphics g)\r
 148   {\r
 149     drawComponent(g);\r
 150   }\r
 151 \r
 152   public void drawComponent(Graphics g)\r
 153   {\r
 154     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());\r
 155     g.setColor(Color.white);\r
 156     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 157 \r
 158     g.translate(0, scrollOffset);\r
 159     g.setColor(Color.black);\r
 160 \r
 161     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 162     int y = g.getFont().getSize();\r
 163     int x = 0;\r
 164 \r
 165     if (aa != null)\r
 166     {\r
 167       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 168       {\r
 169         if (!aa[i].visible)\r
 170         {\r
 171           continue;\r
 172         }\r
 173 \r
 174         x = getSize().width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;\r
 175 \r
 176         if (aa[i].isGraph)\r
 177         {\r
 178           y += (aa[i].height / 3);\r
 179         }\r
 180 \r
 181         g.drawString(aa[i].label, x, y);\r
 182 \r
 183         if (aa[i].isGraph)\r
 184         {\r
 185           y += (2 * aa[i].height / 3);\r
 186         }\r
 187         else\r
 188         {\r
 189           y += aa[i].height;\r
 190         }\r
 191       }\r
 192     }\r
 193   }\r
 194 \r
 195 }\r