src/jalview/appletgui/AnnotationPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class AnnotationPanel extends Panel implements AdjustmentListener\r
  10 {\r
  11   AlignViewport av;\r
  12   AlignmentPanel ap;\r
  13   int activeRow =-1;\r
  14 \r
  15   Vector activeRes;\r
  16   static String HELIX ="Helix";\r
  17   static String SHEET ="Sheet";\r
  18   static String LABEL ="Label";\r
  19   static String REMOVE="Remove Annotation";\r
  20   static String COLOUR="Colour";\r
  21   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  22   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  23 \r
  24 \r
  25   Image image;\r
  26   Graphics gg;\r
  27   FontMetrics fm;\r
  28   int imgWidth=0;\r
  29 \r
  30   boolean fastPaint = false;\r
  31 \r
  32   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  33 \r
  34 \r
  35 \r
  36   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  37   {\r
  38     this.ap = ap;\r
  39     av = ap.av;\r
  40     this.setLayout(null);\r
  41     adjustPanelHeight();\r
  42 \r
  43 \r
  44     ap.annotationScroller.getVAdjustable().addAdjustmentListener( this );\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  48   {\r
  49     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue() );\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void adjustPanelHeight()\r
  53   {\r
  54     // setHeight of panels\r
  55     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  56     int height = 0;\r
  57     if(aa!=null)\r
  58     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  59     {\r
  60       if(!aa[i].visible)\r
  61         continue;\r
  62 \r
  63       aa[i].height = 0;\r
  64 \r
  65       if(aa[i].hasText)\r
  66         aa[i].height += av.charHeight;\r
  67       if (aa[i].hasIcons)\r
  68         aa[i].height += 16;\r
  69 \r
  70       if (aa[i].isGraph)\r
  71         aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
  72 \r
  73       if(aa[i].height==0)\r
  74         aa[i].height = 20;\r
  75       height += aa[i].height;\r
  76     }\r
  77   else height=20;\r
  78    this.setSize(new Dimension(1, height));\r
  79 \r
  80   }\r
  81 \r
  82   public void addEditableColumn(int i)\r
  83   {\r
  84     if(activeRow==-1)\r
  85     {\r
  86       AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  87       for(int j=0; j<aa.length; j++)\r
  88         if(aa[j].editable)\r
  89         {\r
  90           activeRow = j;\r
  91           break;\r
  92         }\r
  93     }\r
  94 \r
  95     if(activeRes==null)\r
  96     {\r
  97       activeRes = new Vector();\r
  98       activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
  99       return;\r
 100     }\r
 101 \r
 102     activeRes.addElement(String.valueOf(i));\r
 103 \r
 104   }\r
 105 \r
 106   public void update(Graphics g)\r
 107   {\r
 108     paint(g);\r
 109   }\r
 110 \r
 111   public void paint(Graphics g)\r
 112   {\r
 113     imgWidth = (av.endRes-av.startRes+1) *av.charWidth;\r
 114 \r
 115     if(image==null || imgWidth != image.getWidth(this))\r
 116       {\r
 117         image = createImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getSize().height);\r
 118         gg = image.getGraphics();\r
 119         gg.setFont(av.getFont());\r
 120         fm = gg.getFontMetrics();\r
 121         fastPaint = false;\r
 122     }\r
 123 \r
 124     if(fastPaint)\r
 125     {\r
 126       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 127       fastPaint = false;\r
 128       return;\r
 129     }\r
 130 \r
 131     drawComponent( gg, av.startRes, av.endRes+1);\r
 132     g.drawImage( image, 0, 0, this);\r
 133 \r
 134   }\r
 135 \r
 136   public void fastPaint(int horizontal)\r
 137 {\r
 138   if( horizontal == 0\r
 139      || av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null\r
 140      || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1\r
 141     )\r
 142   {\r
 143     repaint();\r
 144     return;\r
 145   }\r
 146 \r
 147   gg.copyArea( 0,0, imgWidth, getSize().height, -horizontal*av.charWidth, 0 );\r
 148   int sr=av.startRes, er=av.endRes+1, transX=0;\r
 149 \r
 150   if(horizontal>0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 151   {\r
 152     transX =  (er-sr-horizontal)*av.charWidth;\r
 153     sr = er - horizontal ;\r
 154   }\r
 155   else if(horizontal<0)\r
 156   {\r
 157     er = sr-horizontal;\r
 158   }\r
 159 \r
 160 \r
 161   gg.translate(transX, 0);\r
 162 \r
 163   drawComponent(gg, sr, er);\r
 164 \r
 165   gg.translate( -transX, 0 );\r
 166 \r
 167   fastPaint = true;\r
 168   repaint();\r
 169 }\r
 170 \r
 171 \r
 172   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)\r
 173   {\r
 174     g.setColor(Color.white);\r
 175     g.fillRect(0,0,(endRes-startRes) *av.charWidth, getSize().height);\r
 176     if(av.alignment.getAlignmentAnnotation()==null || av.alignment.getAlignmentAnnotation().length<1)\r
 177     {\r
 178       g.setColor(Color.white);\r
 179       g.fillRect(0,0,getSize().width, getSize().height);\r
 180       g.setColor(Color.black);\r
 181       g.drawString("Alignment has no annotations",20,15);\r
 182       return;\r
 183     }\r
 184 \r
 185     AlignmentAnnotation [] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 186 \r
 187     int j, x=0, y=0;\r
 188     char [] lastSS = new char[aa.length];\r
 189     int  [] lastSSX= new int[aa.length] ;\r
 190     int iconOffset = av.charHeight/2;\r
 191     boolean validRes = false;\r
 192     //\u03B2 \u03B1\r
 193 \r
 194     for(int i=0; i<aa.length; i++)\r
 195     {\r
 196       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 197       if(!row.visible)\r
 198         continue;\r
 199 \r
 200       if(row.isGraph)\r
 201       {\r
 202         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 203         y += row.height;\r
 204         if(row.hasText)\r
 205           y -= av.charHeight;\r
 206       }\r
 207       if(row.hasText)\r
 208         iconOffset = av.charHeight/2;\r
 209       else\r
 210         iconOffset = 0;\r
 211 \r
 212       for(j=startRes; j<endRes; j++)\r
 213       {\r
 214         validRes = row.annotations[j]==null?false:true;\r
 215 \r
 216        x = (j-startRes)*av.charWidth;\r
 217 \r
 218 \r
 219        if(activeRow==i)\r
 220        {\r
 221 \r
 222          g.setColor(Color.red);\r
 223 \r
 224          if(activeRes!=null)\r
 225            for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 226            {\r
 227              int v = Integer.parseInt(activeRes.elementAt(n).toString()) ;\r
 228              if (v == j)\r
 229                g.fillRect( (j-startRes) * av.charWidth, y, av.charWidth, row.height);\r
 230            }\r
 231        }\r
 232 \r
 233 \r
 234 \r
 235        if(validRes && row.annotations[j].displayCharacter.length()>0)\r
 236        {\r
 237          int charOffset = (av.charWidth - fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.charAt(0)))/2;\r
 238          g.setColor( row.annotations[j].colour);\r
 239           if(j==0)\r
 240           {\r
 241             if (row.annotations[0].secondaryStructure == 'H'\r
 242                 || row.annotations[0].secondaryStructure == 'E')\r
 243               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 244                            y + iconOffset + 2);\r
 245           }\r
 246          else if( (row.annotations[j].secondaryStructure=='H'\r
 247                || row.annotations[j].secondaryStructure=='E') &&\r
 248                (row.annotations[j-1]==null ||\r
 249                 row.annotations[j].secondaryStructure!=row.annotations[j-1].secondaryStructure))\r
 250 \r
 251         g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x, y + iconOffset + 2);\r
 252 \r
 253         if(!row.hasIcons)\r
 254             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x + charOffset,\r
 255                          y + iconOffset + 2);\r
 256        }\r
 257 \r
 258        if(row.hasIcons)\r
 259        if(!validRes || row.annotations[j].secondaryStructure!=lastSS[i])\r
 260        {\r
 261          switch (lastSS[i])\r
 262          {\r
 263            case 'H':\r
 264              g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 265              g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4 + iconOffset, x-lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 266              break;\r
 267            case 'E':\r
 268              g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 269              g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset, x-lastSSX[i]-4, 7);\r
 270              g.fillPolygon(new int[] {x - 4, x- 4, x }\r
 271                            , new int[]{y+ iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 8+ iconOffset}, 3);\r
 272              break;\r
 273            case 'C':\r
 274              break;\r
 275            default :\r
 276              g.setColor(Color.gray);\r
 277              g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 278              break;\r
 279          }\r
 280 \r
 281          if(validRes)\r
 282            lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 283           else\r
 284             lastSS[i] = ' ';\r
 285          lastSSX[i] = x;\r
 286        }\r
 287 \r
 288        if (validRes && row.isGraph)\r
 289        {\r
 290          g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 291          int height = (int)((row.annotations[j].value / row.graphMax)*GRAPH_HEIGHT);\r
 292 \r
 293          if(row.windowLength>1)\r
 294          {\r
 295            int total =0;\r
 296            for(int i2=j- (row.windowLength/2); i2<j+(row.windowLength/2); i2++)\r
 297            {\r
 298              if(i2<0 || i2>=av.alignment.getWidth())\r
 299                continue;\r
 300 \r
 301              total += row.annotations[i2].value;\r
 302            }\r
 303 \r
 304            total/=row.windowLength;\r
 305            height = (int)( (total / row.graphMax) *GRAPH_HEIGHT);\r
 306 \r
 307          }\r
 308          g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 309          g.fillRect(x, y-height, av.charWidth, height );\r
 310        }\r
 311 \r
 312 \r
 313       }\r
 314 \r
 315       x+=av.charWidth;\r
 316 \r
 317       if(row.hasIcons)\r
 318       switch (lastSS[i])\r
 319       {\r
 320         case 'H':\r
 321           g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 322           g.fillRoundRect(lastSSX[i], y+4+ iconOffset, x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 323           break;\r
 324         case 'E':\r
 325           g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 326           g.fillRect(lastSSX[i], y + 4+ iconOffset, x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 327           g.fillPolygon(new int[]\r
 328                         {x - 4, x - 4, x}\r
 329                         , new int[]\r
 330                         {y + iconOffset, y + 14+ iconOffset, y + 7+ iconOffset}\r
 331                         , 3);\r
 332           break;\r
 333         case 'C':\r
 334           break;\r
 335         default:\r
 336           g.setColor(Color.gray);\r
 337           g.fillRect(lastSSX[i], y+6+ iconOffset, x-lastSSX[i], 2);\r
 338           break;\r
 339 \r
 340       }\r
 341 \r
 342        if(row.isGraph && row.hasText)\r
 343          y+=av.charHeight;\r
 344        if(!row.isGraph)\r
 345           y+=aa[i].height;\r
 346     }\r
 347   }\r
 348 \r
 349   // used by overview window\r
 350   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa,int width, int y)\r
 351   {\r
 352     g.setColor(Color.white);\r
 353     g.fillRect(0,0,width, y);\r
 354     g.setColor(new Color(0,0,180));\r
 355     int x = 0;\r
 356     for(int j=0; j<aa.annotations.length; j++)\r
 357     {\r
 358       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 359       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) * GRAPH_HEIGHT );\r
 360       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 361       x+=av.charWidth;\r
 362     }\r
 363   }\r
 364 }\r