src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
   4 import jalview.util.MessageManager;
   5
   6 import java.awt.Button;
   7 import java.awt.Checkbox;
   8 import java.awt.Choice;
   9 import java.awt.Frame;
  10 import java.awt.Panel;
  11 import java.awt.Scrollbar;
  12 import java.awt.TextField;
  13 import java.awt.event.ActionEvent;
  14 import java.util.Vector;
  15
  16 @SuppressWarnings("serial")
  17 public abstract class AnnotationRowFilter extends Panel
  18 {
  19   protected AlignViewport av;
  20
  21   protected AlignmentPanel ap;
  22
  23   protected int[] annmap;
  24
  25   protected boolean enableSeqAss = false;
  26
  27   private jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  28
  29   protected boolean adjusting = false;
  30
  31   protected Checkbox currentColours = new Checkbox();
  32
  33   protected Panel minColour = new Panel();
  34
  35   protected Panel maxColour = new Panel();
  36
  37   protected Checkbox seqAssociated = new Checkbox();
  38
  39   protected Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
  40
  41   protected Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
  42
  43   protected TextField thresholdValue = new TextField(20);
  44
  45   protected Frame frame;
  46
  47   protected Button ok = new Button();
  48
  49   protected Button cancel = new Button();
  50
  51   /**
  52    * enabled if the user is dragging the slider - try to keep updates to a
  53    * minimun
  54    */
  55   protected boolean sliderDragging = false;
  56
  57   public AnnotationRowFilter(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)
  58   {
  59     this.av = av;
  60     this.ap = ap;
  61   }
  62
  63   public AnnotationRowFilter()
  64   {
  65
  66   }
  67
  68   public Vector getAnnotationItems(boolean isSeqAssociated)
  69   {
  70     Vector list = new Vector();
  71     int index = 1;
  72     int[] anmap = new int[av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length];
  73     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  74     {
  75       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].sequenceRef == null)
  76       {
  77         if (isSeqAssociated)
  78         {
  79           continue;
  80         }
  81       }
  82       else
  83       {
  84         enableSeqAss = true;
  85       }
  86       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  87       if (!list.contains(label))
  88       {
  89         anmap[list.size()] = i;
  90         list.add(label);
  91
  92       }
  93       else
  94       {
  95         if (!isSeqAssociated)
  96         {
  97           anmap[list.size()] = i;
  98           list.add(label + "_" + (index++));
  99         }
 100       }
 101     }
 102     this.annmap = new int[list.size()];
 103     System.arraycopy(anmap, 0, this.annmap, 0, this.annmap.length);
 104     return list;
 105   }
 106
 107   protected int getSelectedThresholdItem(int indexValue)
 108   {
 109     int selectedThresholdItem = -1;
 110     if (indexValue == 1)
 111     {
 112       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 113     }
 114     else if (indexValue == 2)
 115     {
 116       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 117     }
 118     return selectedThresholdItem;
 119   }
 120
 121   public void modelChanged()
 122   {
 123     seqAssociated.setEnabled(enableSeqAss);
 124   }
 125
 126   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 127   {
 128     updateView();
 129     frame.setVisible(false);
 130   }
 131
 132   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 133   {
 134     reset();
 135     ap.paintAlignment(true);
 136     frame.setVisible(false);
 137   }
 138
 139   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)
 140   {
 141     updateView();
 142   }
 143
 144   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 145   {
 146     updateView();
 147   }
 148
 149   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)
 150   {
 151     updateView();
 152   }
 153
 154   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)
 155   {
 156     try
 157     {
 158       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
 159       slider.setValue((int) (f * 1000));
 160       updateView();
 161     } catch (NumberFormatException ex)
 162     {
 163     }
 164   }
 165
 166   protected void populateThresholdComboBox(Choice threshold)
 167   {
 168     threshold.addItem(MessageManager
 169             .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 170     threshold.addItem(MessageManager
 171             .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 172     threshold.addItem(MessageManager
 173             .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 174   }
 175
 176   public jalview.datamodel.AlignmentAnnotation getCurrentAnnotation()
 177   {
 178     return currentAnnotation;
 179   }
 180
 181   public void setCurrentAnnotation(
 182           jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation)
 183   {
 184     this.currentAnnotation = currentAnnotation;
 185   }
 186
 187   public abstract void valueChanged(boolean updateAllAnnotation);
 188
 189   public abstract void updateView();
 190
 191   public abstract void reset();
 192 }