src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25
  26 import java.awt.Button;
  27 import java.awt.Checkbox;
  28 import java.awt.Choice;
  29 import java.awt.Frame;
  30 import java.awt.Panel;
  31 import java.awt.Scrollbar;
  32 import java.awt.TextField;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 @SuppressWarnings("serial")
  37 public abstract class AnnotationRowFilter extends Panel
  38 {
  39   protected AlignViewport av;
  40
  41   protected AlignmentPanel ap;
  42
  43   protected int[] annmap;
  44
  45   protected boolean enableSeqAss = false;
  46
  47   private jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  48
  49   protected boolean adjusting = false;
  50
  51   protected Checkbox currentColours = new Checkbox();
  52
  53   protected Panel minColour = new Panel();
  54
  55   protected Panel maxColour = new Panel();
  56
  57   protected Checkbox seqAssociated = new Checkbox();
  58
  59   protected Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
  60
  61   protected Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
  62
  63   protected Checkbox percentThreshold = new Checkbox();
  64
  65   protected TextField thresholdValue = new TextField(20);
  66
  67   protected Frame frame;
  68
  69   protected Button ok = new Button();
  70
  71   protected Button cancel = new Button();
  72
  73   /**
  74    * enabled if the user is dragging the slider - try to keep updates to a
  75    * minimun
  76    */
  77   protected boolean sliderDragging = false;
  78
  79   public AnnotationRowFilter(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)
  80   {
  81     this.av = av;
  82     this.ap = ap;
  83   }
  84
  85   public AnnotationRowFilter()
  86   {
  87
  88   }
  89
  90   protected int getSelectedThresholdItem(int indexValue)
  91   {
  92     int selectedThresholdItem = -1;
  93     if (indexValue == 1)
  94     {
  95       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
  96     }
  97     else if (indexValue == 2)
  98     {
  99       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 100     }
 101     return selectedThresholdItem;
 102   }
 103
 104   public void modelChanged()
 105   {
 106     seqAssociated.setEnabled(enableSeqAss);
 107   }
 108
 109   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 110   {
 111     updateView();
 112     frame.setVisible(false);
 113   }
 114
 115   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 116   {
 117     reset();
 118     ap.paintAlignment(true);
 119     frame.setVisible(false);
 120   }
 121
 122   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)
 123   {
 124     updateView();
 125   }
 126
 127   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 128   {
 129     updateView();
 130   }
 131
 132   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)
 133   {
 134     updateView();
 135   }
 136
 137   protected void setThresholdValueText()
 138   {
 139     adjusting = true;
 140     if (percentThreshold.getState())
 141     {
 142       double scl = slider.getMaximum() - slider.getMinimum();
 143       scl = (slider.getValue() - slider.getMinimum()) / scl;
 144       thresholdValue.setText(100 * scl + "");
 145     }
 146     else
 147     {
 148       thresholdValue.setText((slider.getValue() / 1000f) + "");
 149     }
 150     thresholdValue.setCaretPosition(0);
 151     adjusting = false;
 152   }
 153
 154   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)
 155   {
 156     try
 157     {
 158       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
 159       if (percentThreshold.getState())
 160       {
 161         slider.setValue(slider.getMinimum()
 162                 + ((int) ((f / 100f) * (slider.getMaximum() - slider
 163                         .getMinimum()))));
 164       }
 165       else
 166       {
 167         slider.setValue((int) (f * 1000));
 168       }
 169       updateView();
 170     } catch (NumberFormatException ex)
 171     {
 172     }
 173   }
 174
 175   protected void percentageValue_actionPerformed()
 176   {
 177     setThresholdValueText();
 178   }
 179
 180   protected void populateThresholdComboBox(Choice threshold)
 181   {
 182     threshold.addItem(MessageManager
 183             .getString("label.threshold_feature_no_threshold"));
 184     threshold.addItem(MessageManager
 185             .getString("label.threshold_feature_above_threshold"));
 186     threshold.addItem(MessageManager
 187             .getString("label.threshold_feature_below_threshold"));
 188   }
 189
 190   public jalview.datamodel.AlignmentAnnotation getCurrentAnnotation()
 191   {
 192     return currentAnnotation;
 193   }
 194
 195   public void setCurrentAnnotation(
 196           jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation)
 197   {
 198     this.currentAnnotation = currentAnnotation;
 199   }
 200
 201   public abstract void valueChanged(boolean updateAllAnnotation);
 202
 203   public abstract void updateView();
 204
 205   public abstract void reset();
 206 }