src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  27 import jalview.io.FileParse;
  28 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  29 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  30 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  31 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  32 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  33 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  34 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  35 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  42 import java.awt.Color;
  43 import java.awt.Dimension;
  44 import java.awt.Font;
  45 import java.awt.Frame;
  46 import java.awt.Graphics;
  47 import java.awt.Menu;
  48 import java.awt.MenuBar;
  49 import java.awt.MenuItem;
  50 import java.awt.Panel;
  51 import java.awt.TextArea;
  52 import java.awt.TextField;
  53 import java.awt.event.ActionEvent;
  54 import java.awt.event.ActionListener;
  55 import java.awt.event.ItemEvent;
  56 import java.awt.event.ItemListener;
  57 import java.awt.event.KeyEvent;
  58 import java.awt.event.KeyListener;
  59 import java.awt.event.WindowAdapter;
  60 import java.awt.event.WindowEvent;
  61 import java.util.ArrayList;
  62 import java.util.Hashtable;
  63 import java.util.Vector;
  64
  65 public class AppletJmol extends EmbmenuFrame implements
  66 // StructureListener,
  67         KeyListener, ActionListener, ItemListener
  68
  69 {
  70   Menu fileMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.file"));
  71
  72   Menu viewMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.view"));
  73
  74   Menu coloursMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.colour"));
  75
  76   Menu chainMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.show_chain"));
  77
  78   Menu helpMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.help"));
  79
  80   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem(
  81           MessageManager.getString("label.view_mapping"));
  82
  83   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem(
  84           MessageManager.getString("action.by_sequence"), true);
  85
  86   CheckboxMenuItem jmolColour = new CheckboxMenuItem(
  87           MessageManager.getString("action.using_jmol"), false);
  88
  89   MenuItem chain = new MenuItem(MessageManager.getString("action.by_chain"));
  90
  91   MenuItem charge = new MenuItem(
  92           MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
  93
  94   MenuItem zappo = new MenuItem(MessageManager.getString("label.zappo"));
  95
  96   MenuItem taylor = new MenuItem(MessageManager.getString("label.taylor"));
  97
  98   MenuItem hydro = new MenuItem(
  99           MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 100
 101   MenuItem helix = new MenuItem(
 102           MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 103
 104   MenuItem strand = new MenuItem(
 105           MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 106
 107   MenuItem turn = new MenuItem(
 108           MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 109
 110   MenuItem buried = new MenuItem(
 111           MessageManager.getString("label.buried_index"));
 112
 113   MenuItem purinepyrimidine = new MenuItem(
 114           MessageManager.getString("label.purine_pyrimidine"));
 115
 116   MenuItem user = new MenuItem(
 117           MessageManager.getString("label.user_defined_colours"));
 118
 119   MenuItem jmolHelp = new MenuItem(
 120           MessageManager.getString("label.jmol_help"));
 121
 122   Panel scriptWindow;
 123
 124   TextField inputLine;
 125
 126   TextArea history;
 127
 128   RenderPanel renderPanel;
 129
 130   AlignmentPanel ap;
 131
 132   ArrayList _aps = new ArrayList();
 133
 134   String fileLoadingError;
 135
 136   boolean loadedInline;
 137
 138   // boolean colourBySequence = true;
 139
 140   FeatureRenderer fr = null;
 141
 142   AppletJmolBinding jmb;
 143
 144   /**
 145    * datasource protocol for access to PDBEntry
 146    */
 147   String protocol = null;
 148
 149   /**
 150    * Load a bunch of pdb entries associated with sequences in the alignment and
 151    * display them - aligning them if necessary.
 152    *
 153    * @param pdbentries
 154    *          each pdb file (at least one needed)
 155    * @param boundseqs
 156    *          each set of sequences for each pdb file (must match number of pdb
 157    *          files)
 158    * @param boundchains
 159    *          the target pdb chain corresponding with each sequence associated
 160    *          with each pdb file (may be null at any level)
 161    * @param align
 162    *          true/false
 163    * @param ap
 164    *          associated alignment
 165    * @param protocol
 166    *          how to get pdb data
 167    */
 168   public AppletJmol(PDBEntry[] pdbentries, SequenceI[][] boundseqs,
 169           String[][] boundchains, boolean align, AlignmentPanel ap,
 170           String protocol)
 171   {
 172     throw new Error(MessageManager.getString("error.not_yet_implemented"));
 173   }
 174
 175   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 176           AlignmentPanel ap, String protocol)
 177   {
 178     this.ap = ap;
 179     jmb = new AppletJmolBinding(this, ap.getStructureSelectionManager(),
 180             new PDBEntry[]
 181             { pdbentry }, new SequenceI[][]
 182             { seq }, new String[][]
 183             { chains }, protocol);
 184     jmb.setColourBySequence(true);
 185     if (pdbentry.getId() == null || pdbentry.getId().length() < 1)
 186     {
 187       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 188       {
 189         pdbentry.setId("PASTED PDB"
 190                 + (chains == null ? "_" : chains.toString()));
 191       }
 192       else
 193       {
 194         pdbentry.setId(pdbentry.getFile());
 195       }
 196     }
 197
 198     if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 199     {
 200       System.err
 201               .println("AppletJmol: PDB ID is '" + pdbentry.getId() + "'");
 202     }
 203
 204     String alreadyMapped = StructureSelectionManager
 205             .getStructureSelectionManager(ap.av.applet)
 206             .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
 207     MCview.PDBfile reader = null;
 208     if (alreadyMapped != null)
 209     {
 210       reader = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(
 211               ap.av.applet).setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(),
 212               protocol);
 213       // PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 214       // FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 215     }
 216     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 217     menuBar.add(fileMenu);
 218     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 219     menuBar.add(viewMenu);
 220     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 221     viewMenu.add(chainMenu);
 222     menuBar.add(coloursMenu);
 223     menuBar.add(helpMenu);
 224
 225     charge.addActionListener(this);
 226     hydro.addActionListener(this);
 227     chain.addActionListener(this);
 228     seqColour.addItemListener(this);
 229     jmolColour.addItemListener(this);
 230     zappo.addActionListener(this);
 231     taylor.addActionListener(this);
 232     helix.addActionListener(this);
 233     strand.addActionListener(this);
 234     turn.addActionListener(this);
 235     buried.addActionListener(this);
 236     purinepyrimidine.addActionListener(this);
 237     user.addActionListener(this);
 238
 239     jmolHelp.addActionListener(this);
 240
 241     coloursMenu.add(seqColour);
 242     coloursMenu.add(chain);
 243     coloursMenu.add(charge);
 244     coloursMenu.add(zappo);
 245     coloursMenu.add(taylor);
 246     coloursMenu.add(hydro);
 247     coloursMenu.add(helix);
 248     coloursMenu.add(strand);
 249     coloursMenu.add(turn);
 250     coloursMenu.add(buried);
 251     coloursMenu.add(purinepyrimidine);
 252     coloursMenu.add(user);
 253     coloursMenu.add(jmolColour);
 254     helpMenu.add(jmolHelp);
 255     this.setLayout(new BorderLayout());
 256
 257     setMenuBar(menuBar);
 258
 259     renderPanel = new RenderPanel();
 260     embedMenuIfNeeded(renderPanel);
 261     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 262     scriptWindow = new Panel();
 263     scriptWindow.setVisible(false);
 264     // this.add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 265
 266     try
 267     {
 268       jmb.allocateViewer(renderPanel, true, ap.av.applet.getName()
 269               + "_jmol_", ap.av.applet.getDocumentBase(),
 270               ap.av.applet.getCodeBase(), "-applet", scriptWindow, null);
 271     } catch (Exception e)
 272     {
 273       System.err
 274               .println("Couldn't create a jmol viewer. Args to allocate viewer were:\nDocumentBase="
 275                       + ap.av.applet.getDocumentBase()
 276                       + "\nCodebase="
 277                       + ap.av.applet.getCodeBase());
 278       e.printStackTrace();
 279       dispose();
 280       return;
 281     }
 282     jmb.newJmolPopup(true, "Jmol", true);
 283
 284     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 285     {
 286       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 287       {
 288         closeViewer();
 289       }
 290     });
 291     if (pdbentry.getProperty() == null)
 292     {
 293       pdbentry.setProperty(new Hashtable());
 294       pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);
 295     }
 296     if (pdbentry.getFile() != null)
 297     {
 298       // import structure data from pdbentry.getFile based on given protocol
 299       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 300       {
 301         // TODO: JAL-623 : correctly record file contents for matching up later
 302         // pdbentry.getProperty().put("pdbfilehash",""+pdbentry.getFile().hashCode());
 303         loadInline(pdbentry.getFile());
 304       }
 305       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE)
 306               || protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))
 307       {
 308         jmb.viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 309       }
 310       else
 311       {
 312         // probably CLASSLOADER based datasource..
 313         // Try and get a reader on the datasource, and pass that to Jmol
 314         try
 315         {
 316           java.io.Reader freader = null;
 317           if (reader != null)
 318           {
 319             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 320             {
 321               System.err
 322                       .println("AppletJmol:Trying to reuse existing PDBfile IO parser.");
 323             }
 324             // re-use the one we opened earlier
 325             freader = reader.getReader();
 326           }
 327           if (freader == null)
 328           {
 329             if (jalview.bin.JalviewLite.debug)
 330             {
 331               System.err
 332                       .println("AppletJmol:Creating new PDBfile IO parser.");
 333             }
 334             FileParse fp = new FileParse(pdbentry.getFile(), protocol);
 335             fp.mark();
 336             // reader = new MCview.PDBfile(fp);
 337             // could set ID, etc.
 338             // if (!reader.isValid())
 339             // {
 340             // throw new Exception("Invalid datasource.
 341             // "+reader.getWarningMessage());
 342             // }
 343             // fp.reset();
 344             freader = fp.getReader();
 345           }
 346           if (freader == null)
 347           {
 348             throw new Exception(MessageManager.getString("exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader"));
 349           }
 350           jmb.viewer.openReader(pdbentry.getFile(), pdbentry.getId(),
 351                   freader);
 352         } catch (Exception e)
 353         {
 354           // give up!
 355           System.err.println("Couldn't access pdbentry id="
 356                   + pdbentry.getId() + " and file=" + pdbentry.getFile()
 357                   + " using protocol=" + protocol);
 358           e.printStackTrace();
 359         }
 360       }
 361     }
 362
 363     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, jmb.getViewerTitle(), 400, 400);
 364   }
 365
 366   public void loadInline(String string)
 367   {
 368     loadedInline = true;
 369     jmb.loadInline(string);
 370   }
 371
 372   void setChainMenuItems(Vector chains)
 373   {
 374     chainMenu.removeAll();
 375
 376     MenuItem menuItem = new MenuItem(MessageManager.getString("label.all"));
 377     menuItem.addActionListener(this);
 378
 379     chainMenu.add(menuItem);
 380
 381     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 382     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 383     {
 384       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(),
 385               true);
 386       menuItemCB.addItemListener(this);
 387       chainMenu.add(menuItemCB);
 388     }
 389   }
 390
 391   boolean allChainsSelected = false;
 392
 393   void centerViewer()
 394   {
 395     Vector toshow = new Vector();
 396     String lbl;
 397     int mlength, p, mnum;
 398     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 399     {
 400       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 401       {
 402         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 403         if (item.getState())
 404         {
 405           toshow.addElement(item.getLabel());
 406         }
 407       }
 408     }
 409     jmb.centerViewer(toshow);
 410   }
 411
 412   void closeViewer()
 413   {
 414     jmb.closeViewer();
 415     jmb = null;
 416     this.setVisible(false);
 417   }
 418
 419   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 420   {
 421     if (evt.getSource() == mappingMenuItem)
 422     {
 423       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
 424               false, null);
 425       Frame frame = new Frame();
 426       frame.add(cap);
 427
 428       StringBuffer sb = new StringBuffer();
 429       try
 430       {
 431         cap.setText(jmb.printMappings());
 432       } catch (OutOfMemoryError ex)
 433       {
 434         frame.dispose();
 435         System.err
 436                 .println("Out of memory when trying to create dialog box with sequence-structure mapping.");
 437         return;
 438       }
 439       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 440               MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 550,
 441               600);
 442     }
 443     else if (evt.getSource() == charge)
 444     {
 445       setEnabled(charge);
 446       jmb.colourByCharge();
 447     }
 448
 449     else if (evt.getSource() == chain)
 450     {
 451       setEnabled(chain);
 452       jmb.colourByChain();
 453     }
 454     else if (evt.getSource() == zappo)
 455     {
 456       setEnabled(zappo);
 457       jmb.setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 458     }
 459     else if (evt.getSource() == taylor)
 460     {
 461       setEnabled(taylor);
 462       jmb.setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 463     }
 464     else if (evt.getSource() == hydro)
 465     {
 466       setEnabled(hydro);
 467       jmb.setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 468     }
 469     else if (evt.getSource() == helix)
 470     {
 471       setEnabled(helix);
 472       jmb.setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 473     }
 474     else if (evt.getSource() == strand)
 475     {
 476       setEnabled(strand);
 477       jmb.setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 478     }
 479     else if (evt.getSource() == turn)
 480     {
 481       setEnabled(turn);
 482       jmb.setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 483     }
 484     else if (evt.getSource() == buried)
 485     {
 486       setEnabled(buried);
 487       jmb.setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 488     }
 489     else if (evt.getSource() == purinepyrimidine)
 490     {
 491       jmb.setJalviewColourScheme(new PurinePyrimidineColourScheme());
 492     }
 493     else if (evt.getSource() == user)
 494     {
 495       setEnabled(user);
 496       new UserDefinedColours(this);
 497     }
 498     else if (evt.getSource() == jmolHelp)
 499     {
 500       try
 501       {
 502         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 503                 new java.net.URL(
 504                         "http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 505                 "jmolHelp");
 506       } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 507       {
 508       }
 509     }
 510     else
 511     {
 512       allChainsSelected = true;
 513       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 514       {
 515         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 516         {
 517           ((CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 518         }
 519       }
 520
 521       centerViewer();
 522       allChainsSelected = false;
 523     }
 524   }
 525
 526   /**
 527    * tick or untick the seqColour menu entry or jmoColour entry depending upon
 528    * if it was selected or not.
 529    *
 530    * @param itm
 531    */
 532   private void setEnabled(MenuItem itm)
 533   {
 534     jmolColour.setState(itm == jmolColour);
 535     seqColour.setState(itm == seqColour);
 536     jmb.setColourBySequence(itm == seqColour);
 537   }
 538
 539   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 540   {
 541     if (evt.getSource() == jmolColour)
 542     {
 543       setEnabled(jmolColour);
 544       jmb.setColourBySequence(false);
 545     }
 546     else if (evt.getSource() == seqColour)
 547     {
 548       setEnabled(seqColour);
 549       jmb.colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
 550     }
 551     else if (!allChainsSelected)
 552     {
 553       centerViewer();
 554     }
 555   }
 556
 557   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 558   {
 559     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER && scriptWindow.isVisible())
 560     {
 561       jmb.eval(inputLine.getText());
 562       history.append("\n$ " + inputLine.getText());
 563       inputLine.setText("");
 564     }
 565
 566   }
 567
 568   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 569   {
 570   }
 571
 572   public void keyReleased(KeyEvent evt)
 573   {
 574   }
 575
 576   public void updateColours(Object source)
 577   {
 578     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 579     jmb.colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
 580   }
 581
 582   public void updateTitleAndMenus()
 583   {
 584     if (jmb.fileLoadingError != null && jmb.fileLoadingError.length() > 0)
 585     {
 586       repaint();
 587       return;
 588     }
 589     setChainMenuItems(jmb.chainNames);
 590     jmb.colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
 591
 592     setTitle(jmb.getViewerTitle());
 593   }
 594
 595   public void showUrl(String url)
 596   {
 597     try
 598     {
 599       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 600               "jmolOutput");
 601     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 602     {
 603     }
 604   }
 605
 606   Panel splitPane = null;
 607
 608   public void showConsole(boolean showConsole)
 609   {
 610     if (showConsole)
 611     {
 612       remove(renderPanel);
 613       splitPane = new Panel();
 614
 615       splitPane.setLayout(new java.awt.GridLayout(2, 1));
 616       splitPane.add(renderPanel);
 617       splitPane.add(scriptWindow);
 618       scriptWindow.setVisible(true);
 619       this.add(splitPane, BorderLayout.CENTER);
 620       splitPane.setVisible(true);
 621       splitPane.validate();
 622     }
 623     else
 624     {
 625       scriptWindow.setVisible(false);
 626       remove(splitPane);
 627       add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 628       splitPane = null;
 629     }
 630     validate();
 631   }
 632
 633   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 634   {
 635     return null;
 636   }
 637
 638   // /End JmolStatusListener
 639   // /////////////////////////////
 640
 641   class RenderPanel extends Panel
 642   {
 643     Dimension currentSize = new Dimension();
 644
 645     public void update(Graphics g)
 646     {
 647       paint(g);
 648     }
 649
 650     public void paint(Graphics g)
 651     {
 652       currentSize = this.getSize();
 653
 654       if (jmb.viewer == null)
 655       {
 656         g.setColor(Color.black);
 657         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 658         g.setColor(Color.white);
 659         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 660         g.drawString(MessageManager.getString("label.retrieving_pdb_data"),
 661                 20, currentSize.height / 2);
 662       }
 663       else
 664       {
 665         jmb.viewer.renderScreenImage(g, currentSize.width,
 666                 currentSize.height);
 667       }
 668     }
 669   }
 670
 671   /*
 672    * @Override public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String
 673    * chain, String pdbId) { return jmb.getColour(atomIndex, pdbResNum, chain,
 674    * pdbId); }
 675    *
 676    * @Override public String[] getPdbFile() { return jmb.getPdbFile(); }
 677    *
 678    * @Override public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String
 679    * chain, String pdbId) { jmb.highlightAtom(atomIndex, pdbResNum, chain,
 680    * pdbId);
 681    *
 682    * }
 683    *
 684    * @Override public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo) {
 685    * jmb.mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 686    *
 687    * }
 688    */
 689   public void setJalviewColourScheme(UserColourScheme ucs)
 690   {
 691     jmb.setJalviewColourScheme(ucs);
 692   }
 693
 694   public AlignmentPanel getAlignmentPanelFor(AlignmentI alignment)
 695   {
 696     for (int i = 0; i < _aps.size(); i++)
 697     {
 698       if (((AlignmentPanel) _aps.get(i)).av.getAlignment() == alignment)
 699       {
 700         return ((AlignmentPanel) _aps.get(i));
 701       }
 702     }
 703     return ap;
 704   }
 705 }