src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.structure.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 import org.jmol.api.*;
  31 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  32
  33 import org.jmol.popup.*;
  34 import jalview.schemes.*;
  35
  36
  37 public class AppletJmol extends Frame
  38     implements  StructureListener, JmolStatusListener,
  39     KeyListener, ActionListener, ItemListener
  40
  41 {
  42   Menu fileMenu = new Menu("File");
  43   Menu viewMenu = new Menu("View");
  44   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  45   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  46   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  47   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  48
  49   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  50   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  51   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  52   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  53   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  54   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  55   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  56   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  57   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  58   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  59   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  60
  61   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  62
  63   JmolViewer viewer;
  64   JmolPopup jmolpopup;
  65
  66   Panel scriptWindow;
  67   TextField inputLine;
  68   TextArea history;
  69   SequenceI[] sequence;
  70   String [] chains;
  71   StructureSelectionManager ssm;
  72   RenderPanel renderPanel;
  73   AlignmentPanel ap;
  74   String fileLoadingError;
  75   boolean loadedInline;
  76   PDBEntry pdbentry;
  77   boolean colourBySequence = true;
  78   Vector atomsPicked = new Vector();
  79
  80   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry,
  81                     SequenceI[] seq,
  82                     String[] chains,
  83                     AlignmentPanel ap,
  84                     String protocol)
  85   {
  86     this.ap = ap;
  87     this.sequence = seq;
  88     this.chains = chains;
  89     this.pdbentry = pdbentry;
  90
  91    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
  92         .getStructureSelectionManager()
  93         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
  94
  95     if (alreadyMapped != null)
  96     {
  97        StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
  98             .setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol);
  99        //PROMPT USER HERE TO ADD TO NEW OR EXISTING VIEW?
 100        //FOR NOW, LETS JUST OPEN A NEW WINDOW
 101     }
 102
 103     renderPanel = new RenderPanel();
 104
 105     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 106     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter());
 107
 108     viewer.setAppletContext("jalview",
 109                        ap.av.applet.getDocumentBase(),
 110                             ap.av.applet.getCodeBase(),
 111                             null);
 112
 113     viewer.setJmolStatusListener(this);
 114
 115     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 116
 117     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 118         {
 119           public void windowClosing(WindowEvent evt)
 120           {
 121             closeViewer();
 122           }
 123         });
 124
 125     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 126     menuBar.add(fileMenu);
 127     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 128     menuBar.add(viewMenu);
 129     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 130     viewMenu.add(chainMenu);
 131     menuBar.add(coloursMenu);
 132     menuBar.add(helpMenu);
 133
 134     charge.addActionListener(this);
 135     hydro.addActionListener(this);
 136     chain.addActionListener(this);
 137     seqColour.addItemListener(this);
 138     zappo.addActionListener(this);
 139     taylor.addActionListener(this);
 140     helix.addActionListener(this);
 141     strand.addActionListener(this);
 142     turn.addActionListener(this);
 143     buried.addActionListener(this);
 144     user.addActionListener(this);
 145
 146     jmolHelp.addActionListener(this);
 147
 148     coloursMenu.add(seqColour);
 149     coloursMenu.add(chain);
 150     coloursMenu.add(charge);
 151     coloursMenu.add(zappo);
 152     coloursMenu.add(taylor);
 153     coloursMenu.add(hydro);
 154     coloursMenu.add(helix);
 155     coloursMenu.add(strand);
 156     coloursMenu.add(turn);
 157     coloursMenu.add(buried);
 158     coloursMenu.add(user);
 159
 160     helpMenu.add(jmolHelp);
 161
 162     this.setMenuBar(menuBar);
 163
 164     if(pdbentry.getFile()!=null)
 165     {
 166       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 167         loadInline(pdbentry.getFile());
 168       else
 169           viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 170     }
 171
 172     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, "Jmol", 400,400);
 173   }
 174
 175   public void loadInline(String string)
 176   {
 177     loadedInline = true;
 178     viewer.openStringInline(string);
 179   }
 180
 181
 182   void setChainMenuItems(Vector chains)
 183   {
 184     chainMenu.removeAll();
 185
 186     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 187     menuItem.addActionListener(this);
 188
 189     chainMenu.add(menuItem);
 190
 191     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 192     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 193     {
 194       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 195       menuItemCB.addItemListener(this);
 196       chainMenu.add(menuItemCB);
 197     }
 198   }
 199
 200   boolean allChainsSelected = false;
 201   void centerViewer()
 202   {
 203     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 204     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 205     {
 206       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 207       {
 208         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 209         if (item.getState())
 210           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 211       }
 212     }
 213
 214     if (cmd.length() > 0)
 215       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 216
 217     viewer.evalString("select *;restrict "
 218                       + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 219   }
 220
 221
 222   void closeViewer()
 223   {
 224     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 225     viewer.evalStringQuiet("zap");
 226     viewer.setJmolStatusListener(null);
 227     viewer = null;
 228
 229     //We'll need to find out what other
 230     // listeners need to be shut down in Jmol
 231     StructureSelectionManager
 232         .getStructureSelectionManager()
 233         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 234
 235     this.setVisible(false);
 236   }
 237
 238   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 239   {
 240     if(evt.getSource()==mappingMenuItem)
 241     {
 242       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
 243           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
 244       Frame frame = new Frame();
 245       frame.add(cap);
 246
 247       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 550,
 248                                        600);
 249       cap.setText(
 250           StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(
 251               pdbentry.getFile())
 252           );
 253     }
 254     else if (evt.getSource() == charge)
 255     {
 256       colourBySequence = false;
 257       seqColour.setState(false);
 258       viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 259                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 260     }
 261
 262     else if (evt.getSource() == chain)
 263     {
 264       colourBySequence = false;
 265       seqColour.setState(false);
 266       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 267     }
 268     else if (evt.getSource() == zappo)
 269     {
 270       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 271     }
 272     else if (evt.getSource() == taylor)
 273     {
 274      setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 275     }
 276     else if (evt.getSource() == hydro)
 277     {
 278       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 279     }
 280     else if (evt.getSource() == helix)
 281     {
 282       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 283     }
 284     else if (evt.getSource() == strand)
 285     {
 286       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 287     }
 288     else if (evt.getSource() == turn)
 289     {
 290       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 291     }
 292     else if (evt.getSource() == buried)
 293     {
 294       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 295     }
 296     else if (evt.getSource() == user)
 297     {
 298       new UserDefinedColours(this);
 299     }
 300     else if(evt.getSource() == jmolHelp)
 301     {
 302       try{
 303         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 304             new java.net.URL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 305             "jmolHelp");
 306       }catch(java.net.MalformedURLException ex){}
 307     }
 308     else
 309     {
 310       allChainsSelected = true;
 311       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 312       {
 313         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 314           ( (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 315       }
 316       centerViewer();
 317       allChainsSelected = false;
 318     }
 319   }
 320
 321   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 322   {
 323     colourBySequence = false;
 324     seqColour.setState(false);
 325
 326     if(cs==null)
 327       return;
 328
 329     String res;
 330     int index;
 331     Color col;
 332
 333     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 334     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 335     while(en.hasMoreElements())
 336     {
 337       res = en.nextElement().toString();
 338       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 339       if(index>20)
 340         continue;
 341
 342       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 343
 344       command.append("select "+res+";color["
 345                         + col.getRed() + ","
 346                         + col.getGreen() + ","
 347                         + col.getBlue() + "];");
 348     }
 349
 350     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 351   }
 352
 353   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 354   {
 355     if (evt.getSource() == seqColour)
 356     {
 357       colourBySequence = seqColour.getState();
 358       colourBySequence(ap);
 359     }
 360     else if (!allChainsSelected)
 361       centerViewer();
 362   }
 363
 364   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 365   {
 366     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER
 367         && scriptWindow.isVisible())
 368     {
 369       viewer.evalString(inputLine.getText());
 370       history.append("\n$ "+inputLine.getText());
 371       inputLine.setText("");
 372     }
 373
 374   }
 375
 376   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 377   {  }
 378
 379   public void keyReleased(KeyEvent evt){}
 380
 381   //////////////////////////////////
 382   ///StructureListener
 383   public String getPdbFile()
 384   {
 385     return "???";
 386   }
 387
 388
 389
 390   String lastMessage;
 391   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 392   {
 393       int pdbResNum;
 394
 395       int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 396
 397       if(chainSeparator==-1)
 398         chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 399
 400       pdbResNum = Integer.parseInt(
 401           strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator));
 402
 403       String chainId;
 404
 405       if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 406         chainId = strInfo.substring
 407             (strInfo.indexOf(":")+1, strInfo.indexOf("."));
 408       else
 409       {
 410         chainId = " ";
 411       }
 412
 413       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 414         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 415
 416       lastMessage = strInfo;
 417   }
 418
 419   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 420   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 421
 422   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 423   {
 424     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 425       return;
 426
 427     if (resetLastRes.length() > 0)
 428     {
 429       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 430     }
 431
 432     eval.setLength(0);
 433     eval.append("select " + pdbResNum);
 434
 435     resetLastRes.setLength(0);
 436     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 437
 438     if (!chain.equals(" "))
 439     {
 440       eval.append(":" + chain);
 441       resetLastRes.append(":" + chain);
 442     }
 443
 444     eval.append(";wireframe 100;"+eval.toString()+".CA;");
 445
 446     resetLastRes.append(";wireframe 0;"+resetLastRes.toString()+".CA;spacefill 0;");
 447
 448     eval.append("spacefill 200;select none");
 449
 450     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 451
 452   }
 453
 454   public void updateColours(Object source)
 455   {
 456     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);
 457   }
 458
 459 //End StructureListener
 460 ////////////////////////////
 461
 462   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 463   {
 464     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 465       return null;
 466
 467     return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 468   }
 469
 470   FeatureRenderer fr;
 471   String lastCommand;
 472   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)
 473   {
 474     if(!colourBySequence)
 475       return;
 476
 477
 478     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 479
 480     if (mapping.length < 1)
 481       return;
 482
 483     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 484
 485     boolean showFeatures = false;
 486     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 487     {
 488       showFeatures = true;
 489       if (fr == null)
 490       {
 491         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 492       }
 493
 494       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 495     }
 496
 497     StringBuffer command = new StringBuffer();
 498
 499     int lastPos = -1;
 500     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 501     {
 502       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 503       {
 504         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s]
 505             && ap.av.alignment.findIndex(sequence[s])>-1)
 506         {
 507           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)
 508           {
 509             int pos = mapping[m].getPDBResNum(
 510                 sequence[s].findPosition(r));
 511
 512             if (pos < 1 || pos==lastPos)
 513               continue;
 514
 515             lastPos = pos;
 516
 517             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 518
 519             if (showFeatures)
 520               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 521
 522             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+
 523                                             ";color["
 524                                             + col.getRed() + ","
 525                                             + col.getGreen() + ","
 526                                             + col.getBlue() + "]"))
 527             {
 528               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 529               continue;
 530             }
 531
 532             command.append(";select " + pos);
 533
 534             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 535             {
 536               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 537             }
 538
 539             command.append(";color["
 540                              + col.getRed() + ","
 541                              + col.getGreen() + ","
 542                              + col.getBlue() + "]");
 543
 544           }
 545           break;
 546         }
 547       }
 548     }
 549
 550     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command.toString()))
 551       viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 552
 553     lastCommand = command.toString();
 554   }
 555
 556   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 557   {
 558
 559     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));
 560
 561     command = command.substring(sb.length());
 562
 563     String start;
 564
 565     if (command.indexOf("-") > -1)
 566     {
 567       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));
 568     }
 569     else
 570     {
 571       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 572     }
 573
 574     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));
 575
 576     return sb;
 577   }
 578
 579   /////////////////////////////////
 580   //JmolStatusListener
 581
 582   public String eval(String strEval)
 583   {
 584    // System.out.println(strEval);
 585    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";
 586     return null;
 587   }
 588
 589   public void createImage(String file, String type, int quality)
 590   {}
 591
 592   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 593                                   String callbackFunction)
 594   {}
 595
 596   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 597                                String modelName, Object clientFile,
 598                                String errorMsg)
 599   {
 600     if(errorMsg!=null)
 601     {
 602       fileLoadingError = errorMsg;
 603       repaint();
 604       return;
 605     }
 606
 607     fileLoadingError = null;
 608
 609     if (fileName != null)
 610     {
 611       //FILE LOADED OK
 612       jmolpopup.updateComputedMenus();
 613             viewer.evalStringQuiet(
 614           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 615
 616       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 617
 618       MCview.PDBfile pdb;
 619       if (loadedInline)
 620       {
 621         pdb = ssm.setMapping(sequence,chains,
 622                                 pdbentry.getFile(),
 623                                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 624         pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 625       }
 626       else
 627       {
 628          pdb = ssm.setMapping(sequence,chains,
 629                               pdbentry.getFile(),
 630                               AppletFormatAdapter.URL);
 631       }
 632
 633       pdbentry.setId(pdb.id);
 634
 635       ssm.addStructureViewerListener(this);
 636
 637       Vector chains = new Vector();
 638       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 639       {
 640         chains.addElement( ( (MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 641       }
 642       setChainMenuItems(chains);
 643
 644       colourBySequence(ap);
 645
 646       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +
 647                                             pdbentry.getId());
 648
 649       if (pdbentry.getProperty() != null)
 650       {
 651         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 652         {
 653           title.append(" Method: ");
 654           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 655         }
 656         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 657         {
 658           title.append(" Chain:");
 659           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 660         }
 661       }
 662
 663       this.setTitle(title.toString());
 664
 665     }
 666     else
 667       return;
 668   }
 669
 670   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 671   {
 672     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 673   }
 674
 675   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 676   {}
 677
 678   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 679   {
 680     if (scriptWindow == null)
 681       showConsole(true);
 682
 683     history.append("\n"+strEcho);
 684   }
 685
 686   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 687   {
 688     if(history!=null && strStatus!=null
 689        && !strStatus.equals("Script completed"))
 690     {
 691       history.append("\n"+strStatus);
 692     }
 693   }
 694
 695   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 696   {  }
 697
 698   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 699   {
 700     jmolpopup.show(x, y);
 701   }
 702
 703   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 704   {
 705     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 706   }
 707
 708   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 709   {}
 710
 711   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 712   {
 713
 714     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 715
 716     if(chainSeparator==-1)
 717       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 718
 719     String picked =
 720         strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator);
 721
 722
 723     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 724       picked+=strInfo.substring(strInfo.indexOf(":")+1,
 725                                strInfo.indexOf("."));
 726
 727     picked+=".CA";
 728
 729     if (!atomsPicked.contains(picked))
 730     {
 731       viewer.evalString("select "+picked+";label %n %r:%c");
 732       atomsPicked.addElement(picked);
 733     }
 734     else
 735     {
 736       viewer.evalString("select "+picked+";label off");
 737       atomsPicked.removeElement(picked);
 738     }
 739   }
 740
 741   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 742   {
 743     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 744   }
 745
 746   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 747   {}
 748
 749   public void showUrl(String url)
 750   {
 751     try{
 752       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 753           "jmolOutput");
 754     }catch(java.net.MalformedURLException ex)
 755     {}
 756   }
 757
 758   public void showConsole(boolean showConsole)
 759   {
 760     if (scriptWindow == null)
 761     {
 762       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 763       inputLine = new TextField();
 764       history = new TextArea(5, 40);
 765       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 766       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 767       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 768       scriptWindow.setVisible(false);
 769       history.setEditable(false);
 770       inputLine.addKeyListener(this);
 771     }
 772
 773     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 774     validate();
 775   }
 776
 777   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 778   {
 779     return 0;
 780   }
 781
 782   ///End JmolStatusListener
 783   ///////////////////////////////
 784
 785
 786   class RenderPanel
 787       extends Panel
 788   {
 789     Dimension currentSize = new Dimension();
 790     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 791
 792     public void update(Graphics g) {
 793       paint(g);
 794     }
 795     public void paint(Graphics g)
 796     {
 797       currentSize = this.getSize();
 798       rectClip = g.getClipBounds();
 799
 800       if (viewer == null)
 801       {
 802         g.setColor(Color.black);
 803         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 804         g.setColor(Color.white);
 805         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 806         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 807       }
 808       else
 809       {
 810         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 811       }
 812     }
 813   }
 814
 815 }