src/jalview/appletgui/AppletJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.util.*;
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.structure.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 import org.jmol.api.*;
  31 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  32 import org.jmol.popup.*;
  33 import jalview.schemes.*;
  34
  35
  36 public class AppletJmol extends Frame
  37     implements  StructureListener, JmolStatusListener,
  38     KeyListener, ActionListener, ItemListener
  39
  40 {
  41   Menu fileMenu = new Menu("File");
  42   Menu viewMenu = new Menu("View");
  43   Menu coloursMenu = new Menu("Colours");
  44   Menu chainMenu = new Menu("Show Chain");
  45   Menu helpMenu = new Menu("Help");
  46   MenuItem mappingMenuItem = new MenuItem("View Mapping");
  47
  48   CheckboxMenuItem seqColour = new CheckboxMenuItem("By Sequence", true);
  49   MenuItem chain = new MenuItem("By Chain");
  50   MenuItem charge = new MenuItem("Charge & Cysteine");
  51   MenuItem zappo = new MenuItem("Zappo");
  52   MenuItem taylor = new MenuItem("Taylor");
  53   MenuItem hydro = new MenuItem("Hydrophobicity");
  54   MenuItem helix = new MenuItem("Helix Propensity");
  55   MenuItem strand = new MenuItem("Strand Propensity");
  56   MenuItem turn = new MenuItem("Turn Propensity");
  57   MenuItem buried = new MenuItem("Buried Index");
  58   MenuItem user = new MenuItem("User Defined Colours");
  59
  60   MenuItem jmolHelp = new MenuItem("Jmol Help");
  61
  62   JmolViewer viewer;
  63   JmolPopup jmolpopup;
  64
  65   Panel scriptWindow;
  66   TextField inputLine;
  67   TextArea history;
  68   SequenceI[] sequence;
  69   StructureSelectionManager ssm;
  70   RenderPanel renderPanel;
  71   AlignmentPanel ap;
  72   String fileLoadingError;
  73   boolean loadedInline;
  74   PDBEntry pdbentry;
  75   boolean colourBySequence = true;
  76   Vector atomsPicked = new Vector();
  77
  78   public AppletJmol(PDBEntry pdbentry,
  79                     SequenceI[] seq,
  80                     AlignmentPanel ap,
  81                     String protocol)
  82   {
  83     this.ap = ap;
  84     this.sequence = seq;
  85     this.pdbentry = pdbentry;
  86
  87    String alreadyMapped = StructureSelectionManager
  88         .getStructureSelectionManager()
  89         .alreadyMappedToFile(pdbentry.getId());
  90
  91     if (alreadyMapped != null)
  92     {
  93        StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager()
  94             .setMapping(seq, pdbentry.getFile(), protocol);
  95         return;
  96     }
  97
  98     renderPanel = new RenderPanel();
  99
 100     this.add(renderPanel, BorderLayout.CENTER);
 101
 102     viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter());
 103
 104     viewer.setAppletContext("jalview",
 105                        ap.av.applet.getDocumentBase(),
 106                             ap.av.applet.getCodeBase(),
 107                             null);
 108
 109     viewer.setJmolStatusListener(this);
 110
 111     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer);
 112
 113     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 114         {
 115           public void windowClosing(WindowEvent evt)
 116           {
 117             closeViewer();
 118           }
 119         });
 120
 121     MenuBar menuBar = new MenuBar();
 122     menuBar.add(fileMenu);
 123     fileMenu.add(mappingMenuItem);
 124     menuBar.add(viewMenu);
 125     mappingMenuItem.addActionListener(this);
 126     viewMenu.add(chainMenu);
 127     menuBar.add(coloursMenu);
 128     menuBar.add(helpMenu);
 129
 130     charge.addActionListener(this);
 131     hydro.addActionListener(this);
 132     chain.addActionListener(this);
 133     seqColour.addItemListener(this);
 134     zappo.addActionListener(this);
 135     taylor.addActionListener(this);
 136     helix.addActionListener(this);
 137     strand.addActionListener(this);
 138     turn.addActionListener(this);
 139     buried.addActionListener(this);
 140     user.addActionListener(this);
 141
 142     jmolHelp.addActionListener(this);
 143
 144     coloursMenu.add(seqColour);
 145     coloursMenu.add(chain);
 146     coloursMenu.add(charge);
 147     coloursMenu.add(zappo);
 148     coloursMenu.add(taylor);
 149     coloursMenu.add(hydro);
 150     coloursMenu.add(helix);
 151     coloursMenu.add(strand);
 152     coloursMenu.add(turn);
 153     coloursMenu.add(buried);
 154     coloursMenu.add(user);
 155
 156     helpMenu.add(jmolHelp);
 157
 158     this.setMenuBar(menuBar);
 159
 160     if(pdbentry.getFile()!=null)
 161     {
 162       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 163         loadInline(pdbentry.getFile());
 164       else
 165           viewer.openFile(pdbentry.getFile());
 166     }
 167
 168     this.setBounds(400, 400, 400, 400);
 169
 170     this.setVisible(true);
 171   }
 172
 173   public void loadInline(String string)
 174   {
 175     loadedInline = true;
 176     viewer.openStringInline(string);
 177   }
 178
 179
 180   void setChainMenuItems(Vector chains)
 181   {
 182     chainMenu.removeAll();
 183
 184     MenuItem menuItem = new MenuItem("All");
 185     menuItem.addActionListener(this);
 186
 187     chainMenu.add(menuItem);
 188
 189     CheckboxMenuItem menuItemCB;
 190     for (int c = 0; c < chains.size(); c++)
 191     {
 192       menuItemCB = new CheckboxMenuItem(chains.elementAt(c).toString(), true);
 193       menuItemCB.addItemListener(this);
 194       chainMenu.add(menuItemCB);
 195     }
 196   }
 197
 198   boolean allChainsSelected = false;
 199   void centerViewer()
 200   {
 201     StringBuffer cmd = new StringBuffer();
 202     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 203     {
 204       if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 205       {
 206         CheckboxMenuItem item = (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 207         if (item.getState())
 208           cmd.append(":" + item.getLabel() + " or ");
 209       }
 210     }
 211
 212     if (cmd.length() > 0)
 213       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 214
 215     viewer.evalString("select *;restrict "
 216                       + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 217   }
 218
 219
 220   void closeViewer()
 221   {
 222     viewer.setModeMouse(org.jmol.viewer.JmolConstants.MOUSE_NONE);
 223     viewer.evalStringQuiet("zap");
 224     viewer.setJmolStatusListener(null);
 225     viewer = null;
 226
 227     //We'll need to find out what other
 228     // listeners need to be shut down in Jmol
 229     StructureSelectionManager
 230         .getStructureSelectionManager()
 231         .removeStructureViewerListener(this, pdbentry.getId());
 232
 233     this.setVisible(false);
 234   }
 235
 236   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 237   {
 238     if(evt.getSource()==mappingMenuItem)
 239     {
 240       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap
 241           = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(false, null);
 242       Frame frame = new Frame();
 243       frame.add(cap);
 244
 245       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PDB - Sequence Mapping", 550,
 246                                        600);
 247       cap.setText(
 248           StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().printMapping(
 249               pdbentry.getFile())
 250           );
 251     }
 252     else if (evt.getSource() == charge)
 253     {
 254       colourBySequence = false;
 255       seqColour.setState(false);
 256       viewer.evalStringQuiet("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 257                       +"select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 258     }
 259
 260     else if (evt.getSource() == chain)
 261     {
 262       colourBySequence = false;
 263       seqColour.setState(false);
 264       viewer.evalStringQuiet("select *;color chain");
 265     }
 266     else if (evt.getSource() == zappo)
 267     {
 268       setJalviewColourScheme(new ZappoColourScheme());
 269     }
 270     else if (evt.getSource() == taylor)
 271     {
 272      setJalviewColourScheme(new TaylorColourScheme());
 273     }
 274     else if (evt.getSource() == hydro)
 275     {
 276       setJalviewColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
 277     }
 278     else if (evt.getSource() == helix)
 279     {
 280       setJalviewColourScheme(new HelixColourScheme());
 281     }
 282     else if (evt.getSource() == strand)
 283     {
 284       setJalviewColourScheme(new StrandColourScheme());
 285     }
 286     else if (evt.getSource() == turn)
 287     {
 288       setJalviewColourScheme(new TurnColourScheme());
 289     }
 290     else if (evt.getSource() == buried)
 291     {
 292       setJalviewColourScheme(new BuriedColourScheme());
 293     }
 294     else if (evt.getSource() == user)
 295     {
 296       new UserDefinedColours(this);
 297     }
 298     else if(evt.getSource() == jmolHelp)
 299     {
 300       try{
 301         ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 302             new java.net.URL("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/"),
 303             "jmolHelp");
 304       }catch(java.net.MalformedURLException ex){}
 305     }
 306     else
 307     {
 308       allChainsSelected = true;
 309       for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 310       {
 311         if (chainMenu.getItem(i) instanceof CheckboxMenuItem)
 312           ( (CheckboxMenuItem) chainMenu.getItem(i)).setState(true);
 313       }
 314       centerViewer();
 315       allChainsSelected = false;
 316     }
 317   }
 318
 319   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
 320   {
 321     colourBySequence = false;
 322     seqColour.setState(false);
 323
 324     if(cs==null)
 325       return;
 326
 327     String res;
 328     int index;
 329     Color col;
 330
 331     Enumeration en = ResidueProperties.aa3Hash.keys();
 332     StringBuffer command = new StringBuffer("select *;color white;");
 333     while(en.hasMoreElements())
 334     {
 335       res = en.nextElement().toString();
 336       index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(res)).intValue();
 337       if(index>20)
 338         continue;
 339
 340       col = cs.findColour(ResidueProperties.aa[index].charAt(0));
 341
 342       command.append("select "+res+";color["
 343                         + col.getRed() + ","
 344                         + col.getGreen() + ","
 345                         + col.getBlue() + "];");
 346     }
 347
 348     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 349   }
 350
 351   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 352   {
 353     if (evt.getSource() == seqColour)
 354     {
 355       colourBySequence = seqColour.getState();
 356       colourBySequence(ap);
 357     }
 358     else if (!allChainsSelected)
 359       centerViewer();
 360   }
 361
 362   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 363   {
 364     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER
 365         && scriptWindow.isVisible())
 366     {
 367       viewer.evalString(inputLine.getText());
 368       history.append("\n$ "+inputLine.getText());
 369       inputLine.setText("");
 370     }
 371
 372   }
 373
 374   public void keyTyped(KeyEvent evt)
 375   {  }
 376
 377   public void keyReleased(KeyEvent evt){}
 378
 379   //////////////////////////////////
 380   ///StructureListener
 381   public String getPdbFile()
 382   {
 383     return "???";
 384   }
 385
 386
 387
 388   String lastMessage;
 389   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 390   {
 391       int pdbResNum;
 392
 393       int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 394
 395       if(chainSeparator==-1)
 396         chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 397
 398       pdbResNum = Integer.parseInt(
 399           strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator));
 400
 401       String chainId;
 402
 403       if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 404         chainId = strInfo.substring
 405             (strInfo.indexOf(":")+1, strInfo.indexOf("."));
 406       else
 407       {
 408         chainId = " ";
 409       }
 410
 411       if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 412         ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbentry.getFile());
 413
 414       lastMessage = strInfo;
 415   }
 416
 417   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 418   StringBuffer eval = new StringBuffer();
 419
 420   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain, String pdbfile)
 421   {
 422     if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
 423       return;
 424
 425     if (resetLastRes.length() > 0)
 426     {
 427       viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 428     }
 429
 430     eval.setLength(0);
 431     eval.append("select " + pdbResNum);
 432
 433     resetLastRes.setLength(0);
 434     resetLastRes.append("select " + pdbResNum);
 435
 436     if (!chain.equals(" "))
 437     {
 438       eval.append(":" + chain);
 439       resetLastRes.append(":" + chain);
 440     }
 441
 442     eval.append(";color gold;wireframe 100");
 443
 444     Color col = new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
 445
 446     resetLastRes.append(";color["
 447                         + col.getRed() + ","
 448                         + col.getGreen() + ","
 449                         + col.getBlue() + "];wireframe 0");
 450
 451     viewer.evalStringQuiet(eval.toString());
 452
 453   }
 454
 455   public void updateColours(Object source)
 456   {
 457     colourBySequence( (AlignmentPanel) source);
 458   }
 459
 460 //End StructureListener
 461 ////////////////////////////
 462
 463   FeatureRenderer fr;
 464   public void colourBySequence(AlignmentPanel ap)
 465   {
 466     if(!colourBySequence)
 467       return;
 468
 469
 470     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 471
 472     if (mapping.length < 1)
 473       return;
 474
 475     SequenceRenderer sr = ap.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer();
 476
 477     boolean showFeatures = false;
 478     if (ap.av.showSequenceFeatures)
 479     {
 480       showFeatures = true;
 481       if (fr == null)
 482       {
 483         fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(ap.av);
 484       }
 485
 486       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 487     }
 488
 489     StringBuffer command = new StringBuffer();
 490
 491     int lastPos = -1;
 492     for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 493     {
 494       for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 495       {
 496         if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 497         {
 498           for (int r = 0; r < sequence[s].getLength(); r++)
 499           {
 500             int pos = mapping[m].getPDBResNum(
 501                 sequence[s].findPosition(r));
 502
 503             if (pos < 1 || pos==lastPos)
 504               continue;
 505
 506             lastPos = pos;
 507
 508             Color col = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], r);
 509
 510             if (showFeatures)
 511               col = fr.findFeatureColour(col, sequence[s], r);
 512
 513             if (command.toString().endsWith(":" + mapping[m].getChain()+
 514                                             ";color["
 515                                             + col.getRed() + ","
 516                                             + col.getGreen() + ","
 517                                             + col.getBlue() + "]"))
 518             {
 519               command = condenseCommand(command.toString(), pos);
 520               continue;
 521             }
 522
 523             command.append(";select " + pos);
 524
 525             if (!mapping[m].getChain().equals(" "))
 526             {
 527               command.append(":" + mapping[m].getChain());
 528             }
 529
 530             command.append(";color["
 531                              + col.getRed() + ","
 532                              + col.getGreen() + ","
 533                              + col.getBlue() + "]");
 534
 535           }
 536           break;
 537         }
 538       }
 539     }
 540
 541     viewer.evalStringQuiet(command.toString());
 542   }
 543
 544   StringBuffer condenseCommand(String command, int pos)
 545   {
 546
 547     StringBuffer sb = new StringBuffer(command.substring(0, command.lastIndexOf("select")+7));
 548
 549     command = command.substring(sb.length());
 550
 551     String start;
 552
 553     if (command.indexOf("-") > -1)
 554     {
 555       start = command.substring(0,command.indexOf("-"));
 556     }
 557     else
 558     {
 559       start = command.substring(0, command.indexOf(":"));
 560     }
 561
 562     sb.append(start+"-"+pos+command.substring(command.indexOf(":")));
 563
 564     return sb;
 565   }
 566
 567   /////////////////////////////////
 568   //JmolStatusListener
 569
 570   public String eval(String strEval)
 571   {
 572    // System.out.println(strEval);
 573    //"# 'eval' is implemented only for the applet.";
 574     return null;
 575   }
 576
 577   public void createImage(String file, String type, int quality)
 578   {}
 579
 580   public void setCallbackFunction(String callbackType,
 581                                   String callbackFunction)
 582   {}
 583
 584   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName,
 585                                String modelName, Object clientFile,
 586                                String errorMsg)
 587   {
 588     if(errorMsg!=null)
 589     {
 590       fileLoadingError = errorMsg;
 591       repaint();
 592       return;
 593     }
 594
 595     fileLoadingError = null;
 596
 597     if (fileName != null)
 598     {
 599       //FILE LOADED OK
 600       jmolpopup.updateComputedMenus();
 601             viewer.evalStringQuiet(
 602           "select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
 603
 604       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 605
 606       MCview.PDBfile pdb;
 607       if (loadedInline)
 608       {
 609         pdb = ssm.setMapping(sequence,
 610                                 pdbentry.getFile(),
 611                                 AppletFormatAdapter.PASTE);
 612         pdbentry.setFile("INLINE"+pdb.id);
 613       }
 614       else
 615       {
 616          pdb = ssm.setMapping(sequence,
 617                               pdbentry.getFile(),
 618                               AppletFormatAdapter.URL);
 619       }
 620
 621       pdbentry.setId(pdb.id);
 622
 623       ssm.addStructureViewerListener(this);
 624       if (fr!=null)
 625         fr.featuresAdded();
 626       Vector chains = new Vector();
 627       for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)
 628       {
 629         chains.addElement( ( (MCview.PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).id);
 630       }
 631       setChainMenuItems(chains);
 632
 633       colourBySequence(ap);
 634
 635       StringBuffer title = new StringBuffer(sequence[0].getName() + ":" +
 636                                             pdbentry.getId());
 637
 638       if (pdbentry.getProperty() != null)
 639       {
 640         if (pdbentry.getProperty().get("method") != null)
 641         {
 642           title.append(" Method: ");
 643           title.append(pdbentry.getProperty().get("method"));
 644         }
 645         if (pdbentry.getProperty().get("chains") != null)
 646         {
 647           title.append(" Chain:");
 648           title.append(pdbentry.getProperty().get("chains"));
 649         }
 650       }
 651
 652       this.setTitle(title.toString());
 653
 654     }
 655     else
 656       return;
 657   }
 658
 659   public void notifyFrameChanged(int frameNo)
 660   {
 661     boolean isAnimationRunning = (frameNo <= -2);
 662   }
 663
 664   public void notifyScriptStart(String statusMessage, String additionalInfo)
 665   {}
 666
 667   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 668   {
 669     if (scriptWindow == null)
 670       showConsole(true);
 671
 672     history.append("\n"+strEcho);
 673   }
 674
 675   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 676   {
 677     if(history!=null && strStatus!=null
 678        && !strStatus.equals("Script completed"))
 679     {
 680       history.append("\n"+strStatus);
 681     }
 682   }
 683
 684   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 685   {  }
 686
 687   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 688   {
 689     jmolpopup.show(x, y);
 690   }
 691
 692   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
 693   {
 694     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure);
 695   }
 696
 697   public void notifyNewDefaultModeMeasurement(int count, String strInfo)
 698   {}
 699
 700   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo)
 701   {
 702
 703     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 704
 705     if(chainSeparator==-1)
 706       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 707
 708     String picked =
 709         strInfo.substring(strInfo.indexOf("]")+ 1, chainSeparator);
 710
 711
 712     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 713       picked+=strInfo.substring(strInfo.indexOf(":")+1,
 714                                strInfo.indexOf("."));
 715
 716     picked+=".C";
 717
 718     if (!atomsPicked.contains(picked))
 719     {
 720       viewer.evalString("select "+picked+";label %n %r:%c");
 721       atomsPicked.addElement(picked);
 722     }
 723     else
 724     {
 725       viewer.evalString("select "+picked+";label off");
 726       atomsPicked.removeElement(picked);
 727     }
 728   }
 729
 730   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo)
 731   {
 732     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 733   }
 734
 735   public void sendSyncScript(String script, String appletName)
 736   {}
 737
 738   public void showUrl(String url)
 739   {
 740     try{
 741       ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(new java.net.URL(url),
 742           "jmolOutput");
 743     }catch(java.net.MalformedURLException ex)
 744     {}
 745   }
 746
 747   public void showConsole(boolean showConsole)
 748   {
 749     if (scriptWindow == null)
 750     {
 751       scriptWindow = new Panel(new BorderLayout());
 752       inputLine = new TextField();
 753       history = new TextArea(5, 40);
 754       scriptWindow.add(history, BorderLayout.CENTER);
 755       scriptWindow.add(inputLine, BorderLayout.SOUTH);
 756       add(scriptWindow, BorderLayout.SOUTH);
 757       scriptWindow.setVisible(false);
 758       history.setEditable(false);
 759       inputLine.addKeyListener(this);
 760     }
 761
 762     scriptWindow.setVisible(!scriptWindow.isVisible());
 763     validate();
 764   }
 765
 766   public float functionXY(String functionName, int x, int y)
 767   {
 768     return 0;
 769   }
 770
 771   ///End JmolStatusListener
 772   ///////////////////////////////
 773
 774
 775   class RenderPanel
 776       extends Panel
 777   {
 778     Dimension currentSize = new Dimension();
 779     Rectangle rectClip = new Rectangle();
 780
 781     public void update(Graphics g) {
 782       paint(g);
 783     }
 784     public void paint(Graphics g)
 785     {
 786       currentSize = this.getSize();
 787       rectClip = g.getClipBounds();
 788
 789       if (viewer == null)
 790       {
 791         g.setColor(Color.black);
 792         g.fillRect(0, 0, currentSize.width, currentSize.height);
 793         g.setColor(Color.white);
 794         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 795         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, currentSize.height / 2);
 796       }
 797       else
 798       {
 799         viewer.renderScreenImage(g, currentSize, rectClip);
 800       }
 801     }
 802   }
 803
 804 }