src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.Container;
  21 import java.util.BitSet;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  29 import org.jmol.api.JmolViewer;
  30 import org.jmol.applet.AppletConsole;
  31 import org.jmol.popup.JmolPopup;
  32
  33 class AppletJmolBinding extends jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding
  34 {
  35
  36   /**
  37    * Window that contains the bound Jmol instance
  38    */
  39   private AppletJmol appletJmolBinding;
  40
  41   public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol, PDBEntry[] pdbentry,
  42           SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  43   {
  44     super(pdbentry, seq, chains, protocol);
  45     appletJmolBinding = appletJmol;
  46   }
  47
  48   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  49   {
  50     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)alignment;
  51     if (appletJmolBinding.ap.av.showSequenceFeatures)
  52     {
  53       if (appletJmolBinding.fr == null)
  54       {
  55         appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  56                 appletJmolBinding.ap.av);
  57       }
  58
  59       appletJmolBinding.fr
  60               .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  61                       .getFeatureRenderer());
  62     }
  63
  64     return appletJmolBinding.fr;
  65   }
  66
  67   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  68   {
  69     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel)alignment).av);
  70   }
  71
  72   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  73   {
  74     if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  75       appletJmolBinding.showConsole(true);
  76
  77     appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  78   }
  79
  80   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  81   {
  82     if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  83             && !strStatus.equals("Script completed"))
  84     {
  85       appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
  86     }
  87   }
  88
  89   public void showUrl(String url, String target)
  90   {
  91     appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
  92
  93   }
  94
  95   public void refreshGUI()
  96   {
  97     appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
  98   }
  99
 100   public void updateColours(Object source)
 101   {
 102     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 103     colourBySequence(ap.av.getShowSequenceFeatures(), ap);
 104   }
 105
 106   public void showUrl(String url)
 107   {
 108     try
 109     {
 110       appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 111               new java.net.URL(url), "jmol");
 112     } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 113     {
 114     }
 115   }
 116
 117   public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 118           boolean asPopup)
 119   {
 120
 121     jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, translateLocale, menuName,
 122             asPopup);
 123   }
 124
 125   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 126   {
 127     // do nothing.
 128   }
 129
 130   public void selectionChanged(BitSet arg0)
 131   {
 132     // TODO Auto-generated method stub
 133
 134   }
 135
 136   public void refreshPdbEntries()
 137   {
 138     // TODO Auto-generated method stub
 139
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public void showConsole(boolean show)
 144   {
 145     appletJmolBinding.showConsole(show);
 146   }
 147
 148   @Override
 149   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(JmolViewer viewer2,
 150           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 151   {
 152     return new AppletConsole(viewer2, consolePanel);
 153   }
 154
 155   @Override
 156   protected void releaseUIResources()
 157   {
 158     appletJmolBinding = null;
 159     if (console != null)
 160     {
 161       try
 162       {
 163         console.setVisible(false);
 164       } catch (Error e)
 165       {
 166       } catch (Exception x)
 167       {
 168       }
 169       ;
 170       console = null;
 171     }
 172
 173   }
 174
 175   @Override
 176   public void releaseReferences(Object svl)
 177   {
 178     // TODO Auto-generated method stub
 179
 180   }
 181
 182 }