src/jalview/appletgui/FeatureSettings.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.appletgui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 \r
  27 public class FeatureSettings extends Panel implements ItemListener,\r
  28     MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30   final FeatureRenderer fr;\r
  31   final AlignmentPanel ap;\r
  32   final AlignViewport av;\r
  33   final Frame frame;\r
  34 \r
  35   public FeatureSettings(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)\r
  36   {\r
  37     this.ap = ap;\r
  38     this.av = av;\r
  39     fr = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();\r
  40 \r
  41     setTableData();\r
  42 \r
  43     frame = new Frame();\r
  44     frame.add(this);\r
  45     int height = this.getComponentCount()*50;\r
  46     if (height>400)\r
  47       height = 400;\r
  48 \r
  49     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Feature Settings", 200,\r
  50                                      height);\r
  51   }\r
  52 \r
  53   void setTableData()\r
  54   {\r
  55     Vector allFeatures = new Vector();\r
  56     Vector features;\r
  57     Enumeration e;\r
  58     SequenceFeature sf;\r
  59 \r
  60     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  61     {\r
  62       features = av.alignment.getSequenceAt(i).getSequenceFeatures();\r
  63       if (features == null)\r
  64         continue;\r
  65 \r
  66       e = features.elements();\r
  67       while (e.hasMoreElements())\r
  68       {\r
  69         sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
  70         if (!allFeatures.contains(sf.getType()))\r
  71         {\r
  72           allFeatures.addElement(sf.getType());\r
  73         }\r
  74       }\r
  75     }\r
  76 \r
  77     int fSize = allFeatures.size();\r
  78 \r
  79     String type;\r
  80     this.setLayout(new GridLayout(fSize, 2, 10,5));\r
  81 \r
  82     for (int i = 0; i < fSize; i++)\r
  83     {\r
  84       type = allFeatures.elementAt(i).toString();\r
  85       Color col = fr.getColour(type);\r
  86       boolean displayed = true;\r
  87       if(fr.featuresDisplayed!=null)\r
  88         displayed = fr.featuresDisplayed.contains(type);\r
  89 \r
  90       Checkbox check = new Checkbox(type, displayed);\r
  91       check.addMouseListener(this);\r
  92       check.addMouseMotionListener(this);\r
  93       check.setBackground(col);\r
  94       check.addItemListener(this);\r
  95       add(check);\r
  96     }\r
  97     validate();\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 101   {\r
 102     Component [] comps = this.getComponents();\r
 103     int cSize = comps.length;\r
 104 \r
 105     Object [][] data = new Object[cSize][3];\r
 106 \r
 107     for(int i=0; i<cSize; i++)\r
 108     {\r
 109       Checkbox check = (Checkbox)comps[i];\r
 110       data[i][0] = check.getLabel();\r
 111       data[i][1] = fr.getColour(check.getLabel());\r
 112       data[i][2] = new Boolean(check.getState());\r
 113     }\r
 114 \r
 115     fr.setFeaturePriority(data);\r
 116     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 117     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 118       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 119   }\r
 120 \r
 121   Checkbox selectedCheck;\r
 122   boolean dragging = false;\r
 123 \r
 124   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 125   {\r
 126     selectedCheck = (Checkbox)evt.getSource();\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 130   {\r
 131       dragging = true;\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 135   {\r
 136     Component comp = null;\r
 137     Checkbox  target = null;\r
 138 \r
 139     int height = evt.getY()+evt.getComponent().getLocation().y;\r
 140 \r
 141     if(height > this.getSize().height)\r
 142      {\r
 143        comp = this.getComponent(this.getComponentCount()-1);\r
 144      }\r
 145      else if(height < 0)\r
 146      {\r
 147        comp = this.getComponent(0);\r
 148      }\r
 149      else\r
 150      {\r
 151        comp = this.getComponentAt(evt.getX(),\r
 152                                   evt.getY() +\r
 153                                   evt.getComponent().getLocation().y);\r
 154      }\r
 155 \r
 156     if(comp!=null && comp instanceof Checkbox)\r
 157       target = (Checkbox)comp;\r
 158 \r
 159     if (selectedCheck != null && target != null && selectedCheck != target)\r
 160     {\r
 161       int targetIndex = -1;\r
 162       for(int i=0; i<this.getComponentCount(); i++)\r
 163       {\r
 164           if(target==this.getComponent(i))\r
 165           { targetIndex = i; break; }\r
 166       }\r
 167 \r
 168 \r
 169       this.remove(selectedCheck);\r
 170       this.add(selectedCheck, targetIndex);\r
 171       validate();\r
 172       itemStateChanged(null);\r
 173     }\r
 174   }\r
 175 \r
 176 \r
 177   public void mouseEntered(MouseEvent evt){}\r
 178   public void mouseExited(MouseEvent evt){}\r
 179   public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 180   public void mouseMoved(MouseEvent evt){}\r
 181 }\r