src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 public class Finder extends Panel implements ActionListener\r
  30 {\r
  31   AlignViewport av;\r
  32   AlignmentPanel ap;\r
  33   Frame frame;\r
  34   SuperGroup searchGroup;\r
  35 \r
  36   SearchResults searchResults;\r
  37 \r
  38   int seqIndex = 0;\r
  39   int resIndex = 0;\r
  40   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  41   {\r
  42     try\r
  43     {\r
  44       jbInit();\r
  45     }\r
  46     catch (Exception e)\r
  47     {\r
  48       e.printStackTrace();\r
  49     }\r
  50 \r
  51     this.av = ap.av;\r
  52     this.ap = ap;\r
  53     frame = new Frame();\r
  54     frame.add(this);\r
  55     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340, 120);\r
  56     frame.repaint();\r
  57     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  58     {\r
  59       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  60       {\r
  61         ap.highlightSearchResults(null);\r
  62       }\r
  63     });\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
  67   {\r
  68     if (evt.getSource() == textfield)\r
  69       doSearch(false);\r
  70 \r
  71     else if (evt.getSource() == findNext)\r
  72       doSearch(false);\r
  73 \r
  74     else if (evt.getSource() == findAll)\r
  75     {\r
  76       resIndex = 0;\r
  77       seqIndex = 0;\r
  78       doSearch(true);\r
  79     }\r
  80     else if(evt.getSource() == createNewGroup)\r
  81       createNewGroup_actionPerformed();\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   public void createNewGroup_actionPerformed()\r
  86   {\r
  87     Color[] newColors = new Color[24];\r
  88     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
  89     {\r
  90       newColors[i] = new Color(60, 160, 115);\r
  91     }\r
  92 \r
  93     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(\r
  94         newColors);\r
  95     String searchString = textfield.getText();\r
  96 \r
  97     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs, true, true, false);\r
  98 \r
  99     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
 100     {\r
 101       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
 102       // account for this here\r
 103 \r
 104       SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);\r
 105       int startRes = seq.findIndex(searchResults.getResultStart(i)) - 1;\r
 106             int endRes = seq.findIndex(searchResults.getResultEnd(i)) - 1;\r
 107 \r
 108       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 109                                            startRes, endRes);\r
 110       sg.addSequence(seq, false);\r
 111       av.alignment.addGroup(sg);\r
 112       searchGroup.addGroup(sg);\r
 113 \r
 114     }\r
 115 \r
 116     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
 117     ap.highlightSearchResults(null);\r
 118   }\r
 119 \r
 120   void doSearch(boolean findAll)\r
 121   {\r
 122     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 123 \r
 124     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 125 \r
 126     com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 127 \r
 128     searchResults = new SearchResults();\r
 129 \r
 130     Sequence seq;\r
 131     String item = null;\r
 132     boolean found = false;\r
 133 \r
 134     ////// is the searchString a residue number?\r
 135     try\r
 136     {\r
 137       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 138       found = true;\r
 139 \r
 140       if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize() < 1)\r
 141       {\r
 142         seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 143       }\r
 144       else\r
 145       {\r
 146         seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 147       }\r
 148 \r
 149 \r
 150       searchResults.addResult(seq, res, res);\r
 151 \r
 152     }\r
 153     catch (NumberFormatException ex)\r
 154     {}\r
 155     ///////////////////////////////////////////////\r
 156 \r
 157 \r
 158     int end = av.alignment.getHeight();\r
 159 \r
 160     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 161     if (selection != null)\r
 162     {\r
 163       if (selection.getSize() < 1 ||\r
 164           (selection.getEndRes() - selection.getStartRes() < 2))\r
 165       {\r
 166         selection = null;\r
 167       }\r
 168     }\r
 169 \r
 170     while (!found && seqIndex < end)\r
 171     {\r
 172       seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 173 \r
 174       if (selection != null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 175       {\r
 176         seqIndex++;\r
 177         resIndex = 0;\r
 178         continue;\r
 179       }\r
 180 \r
 181       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 182 \r
 183       if (selection != null && selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth())\r
 184       {\r
 185         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 186       }\r
 187 \r
 188       ///Shall we ignore gaps????\r
 189       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 190       int insertCount = 0;\r
 191       Vector spaces = new Vector();\r
 192 \r
 193       for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 194       {\r
 195 \r
 196         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 197         {\r
 198           noGaps.append(item.charAt(j));\r
 199           spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 200         }\r
 201         else\r
 202         {\r
 203           insertCount++;\r
 204         }\r
 205       }\r
 206 \r
 207       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 208       {\r
 209 \r
 210         if (regex.searchFrom(noGaps.toString(), r))\r
 211         {\r
 212           resIndex = regex.matchedFrom();\r
 213           if (selection != null &&\r
 214               (resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString())) <\r
 215               selection.getStartRes())\r
 216           {\r
 217             continue;\r
 218           }\r
 219 \r
 220 \r
 221           int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 222                                       Integer.parseInt(spaces.\r
 223               elementAt(resIndex).toString()));\r
 224           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 225                                       Integer.parseInt(\r
 226                                       spaces.elementAt(regex.matchedTo() - 1).\r
 227                                       toString()));\r
 228 \r
 229           searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
 230 \r
 231           if (!findAll)\r
 232           {\r
 233             // thats enough, break and display the result\r
 234             found = true;\r
 235             resIndex++;\r
 236             break;\r
 237           }\r
 238 \r
 239           r = resIndex;\r
 240         }\r
 241         else\r
 242           break;\r
 243       }\r
 244       if (!found)\r
 245       {\r
 246         seqIndex++;\r
 247         resIndex = 0;\r
 248       }\r
 249     }\r
 250 \r
 251     Vector idMatch = new Vector();\r
 252     for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 253     {\r
 254       if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 255       {\r
 256         idMatch.addElement(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 257       }\r
 258     }\r
 259 \r
 260     if (searchResults.getSize() == 0 && idMatch.size() > 0)\r
 261     {\r
 262       ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 263     }\r
 264 \r
 265     if (searchResults.getSize() > 0)\r
 266     {\r
 267       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 268     }\r
 269     else\r
 270     {\r
 271       searchResults = null;\r
 272       resIndex = 0;\r
 273       seqIndex = 0;\r
 274     }\r
 275 \r
 276     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 277     ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 278 \r
 279     if (findAll)\r
 280     {\r
 281       String message = (searchResults.getSize()) + " matches found.";\r
 282       System.out.println(message);\r
 283     }\r
 284 \r
 285   }\r
 286 \r
 287   Label jLabel1 = new Label();\r
 288   protected TextField textfield = new TextField();\r
 289   protected Button findAll = new Button();\r
 290   protected Button findNext = new Button();\r
 291   Panel jPanel1 = new Panel();\r
 292   GridLayout gridLayout1 = new GridLayout();\r
 293   protected Button createNewGroup = new Button();\r
 294 \r
 295 \r
 296   private void jbInit() throws Exception {\r
 297       jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 298       jLabel1.setText("Find");\r
 299       jLabel1.setBounds(new Rectangle(3, 30, 34, 15));\r
 300       this.setLayout(null);\r
 301       textfield.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 302       textfield.setText("");\r
 303       textfield.setBounds(new Rectangle(40, 27, 133, 21));\r
 304       textfield.addKeyListener(new java.awt.event.KeyAdapter() {\r
 305               public void keyTyped(KeyEvent e) {\r
 306                   textfield_keyTyped(e);\r
 307               }\r
 308           });\r
 309       textfield.addActionListener(this);\r
 310       findAll.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 311       findAll.setLabel("Find all");\r
 312       findAll.addActionListener(this);\r
 313       findNext.setEnabled(false);\r
 314       findNext.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 315       findNext.setLabel("Find Next");\r
 316       findNext.addActionListener(this);\r
 317       jPanel1.setBounds(new Rectangle(180, 5, 141, 64));\r
 318       jPanel1.setLayout(gridLayout1);\r
 319       gridLayout1.setHgap(0);\r
 320       gridLayout1.setRows(3);\r
 321       gridLayout1.setVgap(2);\r
 322       createNewGroup.setEnabled(false);\r
 323       createNewGroup.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));\r
 324       createNewGroup.setLabel("Create new group");\r
 325       createNewGroup.addActionListener(this);\r
 326       jPanel1.add(findNext, null);\r
 327       jPanel1.add(findAll, null);\r
 328       jPanel1.add(createNewGroup, null);\r
 329       this.add(textfield, null);\r
 330       this.add(jLabel1, null);\r
 331       this.add(jPanel1, null);\r
 332   }\r
 333 \r
 334   void textfield_keyTyped(KeyEvent e) {\r
 335       findNext.setEnabled(true);\r
 336   }\r
 337 \r
 338 }\r