src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  41 \r
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     alignPanel = parent;\r
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  47     setLayout(new BorderLayout());\r
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52     String label, url;\r
  53     for(int i=1; i<10; i++)\r
  54     {\r
  55       label = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkLabel_"+i);\r
  56       url = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkURL_"+i);\r
  57 \r
  58       if(label!=null && url!=null)\r
  59         links.addElement(label+"|"+url);\r
  60 \r
  61     }\r
  62     if (links.size() < 1)\r
  63     {\r
  64       links = new java.util.Vector();\r
  65       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2");\r
  66     }\r
  67   }\r
  68 \r
  69   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  70   {}\r
  71 \r
  72   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  73   {\r
  74     mouseDragging = true;\r
  75 \r
  76     int y = e.getY();\r
  77     if (av.getWrapAlignment())\r
  78     {\r
  79       y -= 2 * av.charHeight;\r
  80     }\r
  81     int seq = av.getIndex(y);\r
  82 \r
  83     if (seq < 0)\r
  84     {\r
  85       return;\r
  86     }\r
  87 \r
  88     if (seq < lastid)\r
  89     {\r
  90       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  91     }\r
  92     else if (seq > lastid)\r
  93     {\r
  94       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  95     }\r
  96 \r
  97     lastid = seq;\r
  98     alignPanel.repaint();\r
  99   }\r
 100 \r
 101   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 102   {\r
 103     if (e.getClickCount() < 2)\r
 104         return;\r
 105 \r
 106     int y = e.getY();\r
 107 \r
 108     if (av.getWrapAlignment())\r
 109     {\r
 110       y -= (2 * av.charHeight);\r
 111     }\r
 112 \r
 113     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 114     int seq = av.getIndex(y);\r
 115     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 116 \r
 117     String target = links.elementAt(0).toString();\r
 118     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
 119     String url = links.elementAt(0).toString();\r
 120     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 121 \r
 122     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 123     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 124 \r
 125     try\r
 126     {\r
 127       jalview.bin.JalviewLite.showURL(url, target);\r
 128     }\r
 129     catch (Exception ex)\r
 130     {\r
 131       ex.printStackTrace();\r
 132     }\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 136   {\r
 137     if (scrollThread != null)\r
 138     {\r
 139       scrollThread.running = false;\r
 140     }\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 144   {\r
 145     if (av.getWrapAlignment())\r
 146     {\r
 147       return;\r
 148     }\r
 149 \r
 150     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 151     {\r
 152       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 153     }\r
 154 \r
 155     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 156         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 157     {\r
 158       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 159     }\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 163   {\r
 164     if (e.getClickCount() >1 )\r
 165     {\r
 166       return;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     int y = e.getY();\r
 170     if (av.getWrapAlignment())\r
 171     {\r
 172       y -= 2 * av.charHeight;\r
 173     }\r
 174 \r
 175     int seq = av.getIndex(y);\r
 176     if (seq == -1)\r
 177     {\r
 178       return;\r
 179     }\r
 180 \r
 181     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 182         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 183     {\r
 184       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
 185       this.add(popup);\r
 186       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 187       return;\r
 188     }\r
 189 \r
 190     if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 191         av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null)\r
 192     {\r
 193 \r
 194       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 195       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 196       selection.setStartRes(0);\r
 197       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 198       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 199       {\r
 200         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 201       }\r
 202 \r
 203       av.setSelectionGroup(selection);\r
 204       return;\r
 205     }\r
 206 \r
 207     if (av.getSelectionGroup() == null ||\r
 208         (!e.isControlDown() && av.getSelectionGroup() != null))\r
 209     {\r
 210       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 211     }\r
 212 \r
 213     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 214     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 215 \r
 216     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 217     {\r
 218       selectSeqs(lastid, seq);\r
 219     }\r
 220     else\r
 221     {\r
 222       selectSeq(seq);\r
 223     }\r
 224 \r
 225     alignPanel.repaint();\r
 226   }\r
 227 \r
 228   void selectSeq(int seq)\r
 229   {\r
 230     lastid = seq;\r
 231     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 232     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 233   }\r
 234 \r
 235   void selectSeqs(int start, int end)\r
 236   {\r
 237 \r
 238     lastid = start;\r
 239     if (end < start)\r
 240     {\r
 241       int tmp = start;\r
 242       start = end;\r
 243       end = tmp;\r
 244       lastid = end;\r
 245     }\r
 246 \r
 247     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 248     {\r
 249       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 250     }\r
 251 \r
 252   }\r
 253 \r
 254   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 255   {\r
 256     if (scrollThread != null)\r
 257     {\r
 258       scrollThread.running = false;\r
 259     }\r
 260 \r
 261     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 262       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 263 \r
 264     mouseDragging = false;\r
 265     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 269   {\r
 270     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 271 \r
 272     if (found == null)\r
 273     {\r
 274       return;\r
 275     }\r
 276 \r
 277     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 278 \r
 279     // do we need to scroll the panel?\r
 280     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 281     {\r
 282       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 283     }\r
 284   }\r
 285 \r
 286   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 287   class ScrollThread\r
 288       extends Thread\r
 289   {\r
 290     boolean running = false;\r
 291     boolean up = true;\r
 292     public ScrollThread(boolean up)\r
 293     {\r
 294       this.up = up;\r
 295       start();\r
 296     }\r
 297 \r
 298     public void stopScrolling()\r
 299     {\r
 300       running = false;\r
 301     }\r
 302 \r
 303     public void run()\r
 304     {\r
 305       running = true;\r
 306       while (running)\r
 307       {\r
 308         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 309         {\r
 310           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 311           int seq = av.getStartSeq();\r
 312           if (!up)\r
 313           {\r
 314             seq = av.getEndSeq();\r
 315           }\r
 316 \r
 317           if (seq < lastid)\r
 318           {\r
 319             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 320           }\r
 321           else if (seq > lastid)\r
 322           {\r
 323             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 324           }\r
 325 \r
 326           lastid = seq;\r
 327         }\r
 328         else\r
 329         {\r
 330           running = false;\r
 331         }\r
 332 \r
 333         alignPanel.repaint();\r
 334         try\r
 335         {\r
 336           Thread.sleep(100);\r
 337         }\r
 338         catch (Exception ex)\r
 339         {}\r
 340       }\r
 341     }\r
 342   }\r
 343 \r
 344 }\r