src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  41 \r
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     alignPanel = parent;\r
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  47     setLayout(new BorderLayout());\r
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52     String label, url;\r
  53     if(av.applet!=null)\r
  54     {\r
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
  56       {\r
  57         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
  58         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
  59 \r
  60         if (label != null && url != null)\r
  61           links.addElement(label + "|" + url);\r
  62 \r
  63       }\r
  64     }\r
  65     if (links.size() < 1)\r
  66     {\r
  67       links = new java.util.Vector();\r
  68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72   Tooltip tooltip;\r
  73   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  74   {\r
  75     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
  76 \r
  77     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
  78 \r
  79     if(sequence.getDescription()==null)\r
  80     {\r
  81       if(tooltip!=null)\r
  82         tooltip.setVisible(false);\r
  83       tooltip = null;\r
  84       return;\r
  85     }\r
  86 \r
  87     if (tooltip == null)\r
  88       tooltip = new Tooltip(\r
  89           sequence.getDisplayId(true)\r
  90           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);\r
  91     else\r
  92       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)\r
  93                      + "\n" + sequence.getDescription());\r
  94   }\r
  95 \r
  96   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  97   {\r
  98     mouseDragging = true;\r
  99 \r
 100     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));\r
 101 \r
 102     if (seq < lastid)\r
 103     {\r
 104       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 105     }\r
 106     else if (seq > lastid)\r
 107     {\r
 108       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 109     }\r
 110 \r
 111     lastid = seq;\r
 112     alignPanel.repaint();\r
 113   }\r
 114 \r
 115   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 116   {\r
 117     if (e.getClickCount() < 2)\r
 118         return;\r
 119 \r
 120 \r
 121     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 122     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 123     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 124     if (id.indexOf("|") > -1)\r
 125         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 126 \r
 127     String target = links.elementAt(0).toString();\r
 128     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
 129     String url = links.elementAt(0).toString();\r
 130     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 131 \r
 132     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 133     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 134 \r
 135     try\r
 136     {\r
 137 \r
 138       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
 139     }\r
 140     catch (Exception ex)\r
 141     {\r
 142       ex.printStackTrace();\r
 143     }\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 147   {\r
 148     if (scrollThread != null)\r
 149     {\r
 150       scrollThread.running = false;\r
 151     }\r
 152   }\r
 153 \r
 154   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 155   {\r
 156     if (av.getWrapAlignment())\r
 157     {\r
 158       return;\r
 159     }\r
 160 \r
 161     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 162     {\r
 163       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 164     }\r
 165 \r
 166     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 167         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 168     {\r
 169       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 170     }\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 174   {\r
 175     if (e.getClickCount() >1 )\r
 176     {\r
 177       return;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     int y = e.getY();\r
 181     if (av.getWrapAlignment())\r
 182     {\r
 183       y -= 2 * av.charHeight;\r
 184     }\r
 185 \r
 186     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);\r
 187 \r
 188     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 189         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 190     {\r
 191       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
 192       this.add(popup);\r
 193       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 194       return;\r
 195     }\r
 196 \r
 197 \r
 198     if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 199             ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
 200     {\r
 201       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 202       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 203       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 204     }\r
 205 \r
 206 \r
 207     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 208     {\r
 209       selectSeqs(lastid, seq);\r
 210     }\r
 211     else\r
 212     {\r
 213       selectSeq(seq);\r
 214     }\r
 215 \r
 216     alignPanel.repaint();\r
 217   }\r
 218 \r
 219   void selectSeq(int seq)\r
 220   {\r
 221     lastid = seq;\r
 222     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 223     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 224   }\r
 225 \r
 226   void selectSeqs(int start, int end)\r
 227   {\r
 228 \r
 229     lastid = start;\r
 230 \r
 231     if (end >= av.getAlignment().getHeight())\r
 232     {\r
 233       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;\r
 234     }\r
 235 \r
 236     if (end < start)\r
 237     {\r
 238       int tmp = start;\r
 239       start = end;\r
 240       end = tmp;\r
 241       lastid = end;\r
 242     }\r
 243 \r
 244     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 245     {\r
 246       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 247     }\r
 248 \r
 249   }\r
 250 \r
 251   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 252   {\r
 253     if (scrollThread != null)\r
 254     {\r
 255       scrollThread.running = false;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 259       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 260 \r
 261     mouseDragging = false;\r
 262     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
 263   }\r
 264 \r
 265   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 266   {\r
 267     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 268 \r
 269     if (found == null)\r
 270     {\r
 271       return;\r
 272     }\r
 273 \r
 274     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 275 \r
 276     // do we need to scroll the panel?\r
 277     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 278     {\r
 279       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 280     }\r
 281   }\r
 282 \r
 283   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 284   class ScrollThread\r
 285       extends Thread\r
 286   {\r
 287     boolean running = false;\r
 288     boolean up = true;\r
 289     public ScrollThread(boolean up)\r
 290     {\r
 291       this.up = up;\r
 292       start();\r
 293     }\r
 294 \r
 295     public void stopScrolling()\r
 296     {\r
 297       running = false;\r
 298     }\r
 299 \r
 300     public void run()\r
 301     {\r
 302       running = true;\r
 303       while (running)\r
 304       {\r
 305         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 306         {\r
 307           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 308           int seq = av.getStartSeq();\r
 309           if (!up)\r
 310           {\r
 311             seq = av.getEndSeq();\r
 312           }\r
 313 \r
 314           if (seq < lastid)\r
 315           {\r
 316             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 317           }\r
 318           else if (seq > lastid && seq<av.alignment.getHeight())\r
 319           {\r
 320             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 321           }\r
 322 \r
 323 \r
 324           lastid = seq;\r
 325         }\r
 326         else\r
 327         {\r
 328           running = false;\r
 329         }\r
 330 \r
 331         alignPanel.repaint();\r
 332         try\r
 333         {\r
 334           Thread.sleep(100);\r
 335         }\r
 336         catch (Exception ex)\r
 337         {}\r
 338       }\r
 339     }\r
 340   }\r
 341 \r
 342 }\r