src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25 import jalview.util.UrlLink;
  26
  27 public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
  28         MouseMotionListener
  29 {
  30
  31   protected IdCanvas idCanvas;
  32
  33   protected AlignViewport av;
  34
  35   protected AlignmentPanel alignPanel;
  36
  37   ScrollThread scrollThread = null;
  38
  39   int offy;
  40
  41   int width;
  42
  43   int lastid = -1;
  44
  45   boolean mouseDragging = false;
  46
  47   java.util.Vector links = new java.util.Vector();
  48
  49   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  50   {
  51     this.av = av;
  52     alignPanel = parent;
  53     idCanvas = new IdCanvas(av);
  54     setLayout(new BorderLayout());
  55     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
  56     idCanvas.addMouseListener(this);
  57     idCanvas.addMouseMotionListener(this);
  58
  59     String label, url;
  60     if (av.applet != null)
  61     {
  62       for (int i = 1; i < 10; i++)
  63       {
  64         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);
  65         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);
  66
  67         if (label != null && url != null)
  68         {
  69           links.addElement(label + "|" + url);
  70         }
  71
  72       }
  73     }
  74     if (links.size() < 1)
  75     {
  76       links = new java.util.Vector();
  77       links
  78               .addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");
  79     }
  80   }
  81
  82   Tooltip tooltip;
  83
  84   public void mouseMoved(MouseEvent e)
  85   {
  86     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
  87
  88     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
  89
  90     if (sequence.getDescription() == null)
  91     {
  92       if (tooltip != null)
  93       {
  94         tooltip.setVisible(false);
  95       }
  96       tooltip = null;
  97       return;
  98     }
  99
 100     if (tooltip == null)
 101     {
 102       tooltip = new Tooltip(sequence.getDisplayId(true) + "\n"
 103               + sequence.getDescription(), idCanvas);
 104     }
 105     else
 106     {
 107       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true) + "\n"
 108               + sequence.getDescription());
 109     }
 110   }
 111
 112   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 113   {
 114     mouseDragging = true;
 115
 116     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
 117
 118     if (seq < lastid)
 119     {
 120       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 121     }
 122     else if (seq > lastid)
 123     {
 124       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 125     }
 126
 127     lastid = seq;
 128     alignPanel.paintAlignment(false);
 129   }
 130
 131   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 132   {
 133     if (e.getClickCount() < 2)
 134     {
 135       return;
 136     }
 137
 138     // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 139     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 140     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
 141
 142     String target = null;
 143     String url = null;
 144     int i = 0;
 145     while (url == null && i < links.size())
 146     {
 147       // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 148       // BUT IF ITS A REGEX AND DOES NOT MATCH THE NEXT ONE WILL BE TRIED
 149       url = links.elementAt(i++).toString();
 150       jalview.util.UrlLink urlLink = null;
 151       try
 152       {
 153         urlLink = new UrlLink(url);
 154         target = urlLink.getTarget();
 155       } catch (Exception foo)
 156       {
 157         System.err.println("Exception for URLLink '" + url + "'");
 158         foo.printStackTrace();
 159         url = null;
 160         continue;
 161       }
 162       ;
 163       if (!urlLink.isValid())
 164       {
 165         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 166         url = null;
 167         continue;
 168       }
 169
 170       String urls[] = urlLink.makeUrls(id, true);
 171       if (urls == null || urls[0] == null || urls[0].length() < 1)
 172       {
 173         url = null;
 174         continue;
 175       }
 176       // just take first URL made from regex
 177       url = urls[1];
 178     }
 179     try
 180     {
 181
 182       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);
 183     } catch (Exception ex)
 184     {
 185       ex.printStackTrace();
 186     }
 187   }
 188
 189   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 190   {
 191     if (scrollThread != null)
 192     {
 193       scrollThread.running = false;
 194     }
 195   }
 196
 197   public void mouseExited(MouseEvent e)
 198   {
 199     if (av.getWrapAlignment())
 200     {
 201       return;
 202     }
 203
 204     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
 205     {
 206       scrollThread = new ScrollThread(true);
 207     }
 208
 209     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height
 210             && av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())
 211     {
 212       scrollThread = new ScrollThread(false);
 213     }
 214   }
 215
 216   public void mousePressed(MouseEvent e)
 217   {
 218     if (e.getClickCount() > 1)
 219     {
 220       return;
 221     }
 222
 223     int y = e.getY();
 224     if (av.getWrapAlignment())
 225     {
 226       y -= 2 * av.charHeight;
 227     }
 228
 229     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 230
 231     if ((e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 232     {
 233       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av
 234               .getAlignment().getSequenceAt(seq), links);
 235       this.add(popup);
 236       popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 237       return;
 238     }
 239
 240     if ((av.getSelectionGroup() == null)
 241             || ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av
 242                     .getSelectionGroup() != null))
 243     {
 244       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 245       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 246       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);
 247     }
 248
 249     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)
 250     {
 251       selectSeqs(lastid, seq);
 252     }
 253     else
 254     {
 255       selectSeq(seq);
 256     }
 257
 258     alignPanel.paintAlignment(false);
 259   }
 260
 261   void selectSeq(int seq)
 262   {
 263     lastid = seq;
 264     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 265     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);
 266   }
 267
 268   void selectSeqs(int start, int end)
 269   {
 270
 271     lastid = start;
 272
 273     if (end >= av.getAlignment().getHeight())
 274     {
 275       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 276     }
 277
 278     if (end < start)
 279     {
 280       int tmp = start;
 281       start = end;
 282       end = tmp;
 283       lastid = end;
 284     }
 285
 286     for (int i = start; i <= end; i++)
 287     {
 288       av.getSelectionGroup().addSequence(
 289               av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 290     }
 291
 292   }
 293
 294   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 295   {
 296     if (scrollThread != null)
 297     {
 298       scrollThread.running = false;
 299     }
 300
 301     if (av.getSelectionGroup() != null)
 302     {
 303       av.getSelectionGroup().recalcConservation();
 304     }
 305
 306     mouseDragging = false;
 307     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
 308   }
 309
 310   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)
 311   {
 312     idCanvas.setHighlighted(found);
 313
 314     if (found == null)
 315     {
 316       return;
 317     }
 318
 319     int index = av.alignment.findIndex((SequenceI) found.elementAt(0));
 320
 321     // do we need to scroll the panel?
 322     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)
 323     {
 324       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);
 325     }
 326   }
 327
 328   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
 329   class ScrollThread extends Thread
 330   {
 331     boolean running = false;
 332
 333     boolean up = true;
 334
 335     public ScrollThread(boolean up)
 336     {
 337       this.up = up;
 338       start();
 339     }
 340
 341     public void stopScrolling()
 342     {
 343       running = false;
 344     }
 345
 346     public void run()
 347     {
 348       running = true;
 349       while (running)
 350       {
 351         if (alignPanel.scrollUp(up))
 352         {
 353           // scroll was ok, so add new sequence to selection
 354           int seq = av.getStartSeq();
 355           if (!up)
 356           {
 357             seq = av.getEndSeq();
 358           }
 359
 360           if (seq < lastid)
 361           {
 362             selectSeqs(lastid - 1, seq);
 363           }
 364           else if (seq > lastid && seq < av.alignment.getHeight())
 365           {
 366             selectSeqs(lastid + 1, seq);
 367           }
 368
 369           lastid = seq;
 370         }
 371         else
 372         {
 373           running = false;
 374         }
 375
 376         alignPanel.paintAlignment(true);
 377         try
 378         {
 379           Thread.sleep(100);
 380         } catch (Exception ex)
 381         {
 382         }
 383       }
 384     }
 385   }
 386
 387 }