src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
  28 \r
  29   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  30   protected AlignViewport  av;\r
  31   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  32   ScrollThread scrollThread = null;\r
  33 \r
  34   int            offy;\r
  35   int            width;\r
  36   int lastid = -1;\r
  37   boolean mouseDragging = false;\r
  38 \r
  39   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  40   {\r
  41     this.av         = av;\r
  42     alignPanel = parent;\r
  43     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  44     setLayout(new BorderLayout());\r
  45     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  46     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  47     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  51 \r
  52 \r
  53   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  54     mouseDragging = true;\r
  55 \r
  56     int y = e.getY();\r
  57     if(av.getWrapAlignment())\r
  58       y-=2*av.charHeight;\r
  59     int seq = av.getIndex(y);\r
  60 \r
  61     if(seq<0)\r
  62       return;\r
  63 \r
  64     if (seq < lastid)\r
  65       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  66     else if (seq > lastid)\r
  67       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  68 \r
  69     lastid = seq;\r
  70     alignPanel.repaint();\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  74   {\r
  75     if (e.getClickCount() == 2)\r
  76     {\r
  77        int y = e.getY();\r
  78        if(av.getWrapAlignment())\r
  79          y-=2*av.charHeight;\r
  80 \r
  81        int seq = av.getIndex(y);\r
  82        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  83 \r
  84        try{\r
  85          jalview.bin.JalviewLite.showURL(\r
  86              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
  87              "]+-vn+2");\r
  88        }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
  89     }\r
  90 \r
  91   }\r
  92   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
  93   {\r
  94     if(scrollThread!=null)\r
  95       scrollThread.running = false;\r
  96   }\r
  97 \r
  98   public void mouseExited (MouseEvent e)\r
  99   {\r
 100     if(av.getWrapAlignment())\r
 101       return;\r
 102 \r
 103     if(mouseDragging && e.getY()<0 && av.getStartSeq()>0)\r
 104     {\r
 105       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 106     }\r
 107 \r
 108     if(mouseDragging && e.getY()>=getSize().height && av.alignment.getHeight()>av.getEndSeq())\r
 109     {\r
 110       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114 \r
 115   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 116     if (e.getClickCount() == 2)\r
 117       return;\r
 118 \r
 119     int y = e.getY();\r
 120     if(av.getWrapAlignment())\r
 121       y-=2*av.charHeight;\r
 122 \r
 123     int seq = av.getIndex(y);\r
 124     if (seq == -1)\r
 125       return;\r
 126 \r
 127     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 128     {\r
 129       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, null);\r
 130       this.add(popup);\r
 131       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 132       return;\r
 133     }\r
 134 \r
 135 \r
 136     if(!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() && av.alignment.findGroup( av.alignment.getSequenceAt(seq))!=null)\r
 137     {\r
 138 \r
 139       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 140       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 141       selection.setStartRes(0);\r
 142       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 143       for (int i =0; i< sg.getSize(); i++)\r
 144         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 145 \r
 146       av.setSelectionGroup(selection);\r
 147       return;\r
 148     }\r
 149 \r
 150     if(av.getSelectionGroup()==null || ( !e.isControlDown() && av.getSelectionGroup()!=null))\r
 151       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 152 \r
 153     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 154     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 155 \r
 156     if(e.isShiftDown() && lastid!=-1)\r
 157       selectSeqs(lastid, seq);\r
 158     else\r
 159       selectSeq(seq);\r
 160 \r
 161     alignPanel.repaint();\r
 162   }\r
 163 \r
 164   void selectSeq(int seq)\r
 165   {\r
 166     lastid = seq;\r
 167     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 168     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq);\r
 169   }\r
 170 \r
 171   void selectSeqs(int start, int end) {\r
 172 \r
 173     lastid = start;\r
 174     if (end < start)\r
 175      {\r
 176        int tmp = start;\r
 177        start = end;\r
 178        end   = tmp;\r
 179        lastid = end;\r
 180      }\r
 181 \r
 182      for (int i = start; i <= end; i++)\r
 183         av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 184 \r
 185    }\r
 186 \r
 187 \r
 188   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 189   {\r
 190     if(scrollThread!=null)\r
 191       scrollThread.running = false;\r
 192 \r
 193     mouseDragging = false;\r
 194     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 195   }\r
 196 \r
 197   public void highlightSearchResults( java.util.Vector found )\r
 198   {\r
 199     idCanvas.setHighlighted( found );\r
 200 \r
 201     if(found == null)\r
 202       return;\r
 203 \r
 204     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI)found.elementAt(0));\r
 205 \r
 206     // do we need to scroll the panel?\r
 207     if(av.getStartSeq()>index || av.getEndSeq()<index)\r
 208         alignPanel.setScrollValues( av.getStartRes(), index);\r
 209   }\r
 210 \r
 211   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 212   class ScrollThread\r
 213       extends Thread\r
 214   {\r
 215     boolean running = false;\r
 216     boolean up = true;\r
 217     public ScrollThread(boolean up)\r
 218     {\r
 219       this.up = up;\r
 220       start();\r
 221     }\r
 222 \r
 223     public void stopScrolling()\r
 224     {\r
 225       running = false;\r
 226     }\r
 227 \r
 228     public void run()\r
 229     {\r
 230       running = true;\r
 231       while (running)\r
 232       {\r
 233         if(alignPanel.scrollUp(up))\r
 234         {\r
 235           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 236           int seq = av.getStartSeq();\r
 237           if(!up)\r
 238             seq = av.getEndSeq();\r
 239 \r
 240           if (seq < lastid)\r
 241             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 242           else if (seq > lastid)\r
 243             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 244 \r
 245           lastid = seq;\r
 246         }\r
 247         else\r
 248           running = false;\r
 249 \r
 250         alignPanel.repaint();\r
 251         try\r
 252         {\r
 253           Thread.sleep(100);\r
 254         }\r
 255         catch (Exception ex)\r
 256         {}\r
 257       }\r
 258     }\r
 259 }\r
 260 \r
 261 }\r