src/jalview/appletgui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends Panel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  29 {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int offy;\r
  37   int width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40   java.util.Vector links = new java.util.Vector();\r
  41 \r
  42   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     alignPanel = parent;\r
  46     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  47     setLayout(new BorderLayout());\r
  48     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  49     idCanvas.addMouseListener(this);\r
  50     idCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  51 \r
  52     String label, url;\r
  53     if(parent.alignFrame.applet!=null)\r
  54     {\r
  55       for (int i = 1; i < 10; i++)\r
  56       {\r
  57         label = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkLabel_" + i);\r
  58         url = parent.alignFrame.applet.getParameter("linkURL_" + i);\r
  59 \r
  60         if (label != null && url != null)\r
  61           links.addElement(label + "|" + url);\r
  62 \r
  63       }\r
  64     }\r
  65     if (links.size() < 1)\r
  66     {\r
  67       links = new java.util.Vector();\r
  68       links.addElement("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");\r
  69     }\r
  70   }\r
  71 \r
  72   Tooltip tooltip;\r
  73   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  74   {\r
  75     int y = e.getY();\r
  76     if (av.getWrapAlignment())\r
  77     {\r
  78       y -= 2 * av.charHeight;\r
  79     }\r
  80 \r
  81     int seq = av.getIndex(y);\r
  82     if (seq == -1)\r
  83     {\r
  84       return;\r
  85     }\r
  86 \r
  87     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
  88 \r
  89     if(sequence.getDescription()==null)\r
  90     {\r
  91       if(tooltip!=null)\r
  92         tooltip.setVisible(false);\r
  93       tooltip = null;\r
  94       return;\r
  95     }\r
  96 \r
  97     if (tooltip == null)\r
  98       tooltip = new Tooltip(\r
  99           sequence.getDisplayId(true)\r
 100           + "\n" + sequence.getDescription(), idCanvas);\r
 101     else\r
 102       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true)\r
 103                      + "\n" + sequence.getDescription());\r
 104 \r
 105     tooltip.repaint();\r
 106 \r
 107   }\r
 108 \r
 109   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
 110   {\r
 111     mouseDragging = true;\r
 112 \r
 113     int y = e.getY();\r
 114     if (av.getWrapAlignment())\r
 115     {\r
 116       y -= 2 * av.charHeight;\r
 117     }\r
 118     int seq = av.getIndex(y);\r
 119 \r
 120     if (seq < 0)\r
 121     {\r
 122       return;\r
 123     }\r
 124 \r
 125     if (seq < lastid)\r
 126     {\r
 127       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 128     }\r
 129     else if (seq > lastid)\r
 130     {\r
 131       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 132     }\r
 133 \r
 134     lastid = seq;\r
 135     alignPanel.repaint();\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 139   {\r
 140     if (e.getClickCount() < 2)\r
 141         return;\r
 142 \r
 143     int y = e.getY();\r
 144 \r
 145     if (av.getWrapAlignment())\r
 146     {\r
 147       y -= (2 * av.charHeight);\r
 148     }\r
 149 \r
 150     //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 151     int seq = av.getIndex(y);\r
 152     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 153     if (id.indexOf("|") > -1)\r
 154         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 155 \r
 156     String target = links.elementAt(0).toString();\r
 157     target = target.substring(0, target.indexOf("|"));\r
 158     String url = links.elementAt(0).toString();\r
 159     url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 160 \r
 161     int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 162     url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 163 \r
 164     try\r
 165     {\r
 166 \r
 167       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);\r
 168     }\r
 169     catch (Exception ex)\r
 170     {\r
 171       ex.printStackTrace();\r
 172     }\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 176   {\r
 177     if (scrollThread != null)\r
 178     {\r
 179       scrollThread.running = false;\r
 180     }\r
 181   }\r
 182 \r
 183   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 184   {\r
 185     if (av.getWrapAlignment())\r
 186     {\r
 187       return;\r
 188     }\r
 189 \r
 190     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 191     {\r
 192       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 193     }\r
 194 \r
 195     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height &&\r
 196         av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 197     {\r
 198       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 199     }\r
 200   }\r
 201 \r
 202   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 203   {\r
 204     if (e.getClickCount() >1 )\r
 205     {\r
 206       return;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     int y = e.getY();\r
 210     if (av.getWrapAlignment())\r
 211     {\r
 212       y -= 2 * av.charHeight;\r
 213     }\r
 214 \r
 215     int seq = av.getIndex(y);\r
 216     if (seq == -1)\r
 217     {\r
 218       return;\r
 219     }\r
 220 \r
 221     if ( (e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 222         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 223     {\r
 224       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq), links);\r
 225       this.add(popup);\r
 226       popup.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 227       return;\r
 228     }\r
 229 \r
 230 \r
 231     if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 232             ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
 233     {\r
 234       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 235       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 236       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 237     }\r
 238 \r
 239 \r
 240     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)\r
 241     {\r
 242       selectSeqs(lastid, seq);\r
 243     }\r
 244     else\r
 245     {\r
 246       selectSeq(seq);\r
 247     }\r
 248 \r
 249     alignPanel.repaint();\r
 250   }\r
 251 \r
 252   void selectSeq(int seq)\r
 253   {\r
 254     lastid = seq;\r
 255     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 256     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, false);\r
 257   }\r
 258 \r
 259   void selectSeqs(int start, int end)\r
 260   {\r
 261 \r
 262     lastid = start;\r
 263     if (end < start)\r
 264     {\r
 265       int tmp = start;\r
 266       start = end;\r
 267       end = tmp;\r
 268       lastid = end;\r
 269     }\r
 270 \r
 271     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 272     {\r
 273       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 274     }\r
 275 \r
 276   }\r
 277 \r
 278   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 279   {\r
 280     if (scrollThread != null)\r
 281     {\r
 282       scrollThread.running = false;\r
 283     }\r
 284 \r
 285     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 286       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 287 \r
 288     mouseDragging = false;\r
 289     PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 290   }\r
 291 \r
 292   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 293   {\r
 294     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 295 \r
 296     if (found == null)\r
 297     {\r
 298       return;\r
 299     }\r
 300 \r
 301     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.elementAt(0));\r
 302 \r
 303     // do we need to scroll the panel?\r
 304     if (av.getStartSeq() > index || av.getEndSeq() < index)\r
 305     {\r
 306       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 307     }\r
 308   }\r
 309 \r
 310   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 311   class ScrollThread\r
 312       extends Thread\r
 313   {\r
 314     boolean running = false;\r
 315     boolean up = true;\r
 316     public ScrollThread(boolean up)\r
 317     {\r
 318       this.up = up;\r
 319       start();\r
 320     }\r
 321 \r
 322     public void stopScrolling()\r
 323     {\r
 324       running = false;\r
 325     }\r
 326 \r
 327     public void run()\r
 328     {\r
 329       running = true;\r
 330       while (running)\r
 331       {\r
 332         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 333         {\r
 334           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 335           int seq = av.getStartSeq();\r
 336           if (!up)\r
 337           {\r
 338             seq = av.getEndSeq();\r
 339           }\r
 340 \r
 341           if (seq < lastid)\r
 342           {\r
 343             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 344           }\r
 345           else if (seq > lastid)\r
 346           {\r
 347             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 348           }\r
 349 \r
 350           lastid = seq;\r
 351         }\r
 352         else\r
 353         {\r
 354           running = false;\r
 355         }\r
 356 \r
 357         alignPanel.repaint();\r
 358         try\r
 359         {\r
 360           Thread.sleep(100);\r
 361         }\r
 362         catch (Exception ex)\r
 363         {}\r
 364       }\r
 365     }\r
 366   }\r
 367 \r
 368 }\r