src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable, MouseMotionListener, MouseListener\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   AlignmentPanel ap;\r
  31   float scalew = 1f;\r
  32   float scaleh = 1f;\r
  33 \r
  34   public int width, sequencesHeight;\r
  35   int graphHeight = 20;\r
  36   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  37 \r
  38   boolean resizing = false;\r
  39 \r
  40   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  41   // main visible SeqCanvas\r
  42   SequenceRenderer sr;\r
  43   FeatureRenderer fr;\r
  44 \r
  45 \r
  46   Frame nullFrame;\r
  47 \r
  48   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  49   {\r
  50     this.av = ap.av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52     setLayout(null);\r
  53     nullFrame = new Frame();\r
  54     nullFrame.addNotify();\r
  55 \r
  56 \r
  57     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  58     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();\r
  59     sr.renderGaps = false;\r
  60     sr.forOverview = true;\r
  61     fr = new FeatureRenderer(av);\r
  62     fr.overview = true;\r
  63 \r
  64 \r
  65 \r
  66     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  67     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  68         (float) av.alignment.getHeight();\r
  69 \r
  70     if(av.vconsensus==null)\r
  71           graphHeight = 0;\r
  72 \r
  73     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  74     {\r
  75       // wider\r
  76       width = 400;\r
  77       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  78       if(sequencesHeight<40)\r
  79               sequencesHeight = 40;\r
  80     }\r
  81     else\r
  82     {\r
  83       // taller\r
  84       width = (int) (400f * initialScale);\r
  85       sequencesHeight = 300;\r
  86       if (width < 120)\r
  87       {\r
  88         width = 120;\r
  89       }\r
  90     }\r
  91 \r
  92     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  93     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  94     {\r
  95 \r
  96       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  97       {\r
  98         if (getSize().width != width ||\r
  99             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
 100         {\r
 101           updateOverviewImage();\r
 102         }\r
 103       }\r
 104     });\r
 105 \r
 106     addMouseMotionListener(this);\r
 107 \r
 108     addMouseListener(this);\r
 109 \r
 110     updateOverviewImage();\r
 111 \r
 112   }\r
 113 \r
 114 \r
 115   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 116   {}\r
 117   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 118   {}\r
 119   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 120   {}\r
 121   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 122   {}\r
 123   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 124   {\r
 125     boxX = evt.getX();\r
 126     boxY = evt.getY();\r
 127     checkValid();\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 131   {\r
 132     boxX = evt.getX();\r
 133     boxY = evt.getY();\r
 134     checkValid();\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 138   {\r
 139     boxX = evt.getX();\r
 140     boxY = evt.getY();\r
 141     checkValid();\r
 142     ap.repaint();\r
 143   }\r
 144 \r
 145   void checkValid()\r
 146   {\r
 147     if (boxY < 0)\r
 148     {\r
 149         boxY = 0;\r
 150     }\r
 151 \r
 152     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 153     {\r
 154         boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 155     }\r
 156 \r
 157     if (boxX < 0)\r
 158     {\r
 159         boxX = 0;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if (boxX > (width - boxWidth))\r
 163     {\r
 164       if(av.hasHiddenColumns)\r
 165       {\r
 166         //Try smallest possible box\r
 167         boxWidth = (int) ( (av.endRes - av.startRes + 1) *\r
 168                                av.getCharWidth() * scalew);\r
 169       }\r
 170       boxX = width - boxWidth;\r
 171     }\r
 172 \r
 173     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());\r
 174     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());\r
 175 \r
 176     if (av.hasHiddenColumns)\r
 177     {\r
 178       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))\r
 179       {\r
 180         return;\r
 181       }\r
 182 \r
 183       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);\r
 184     }\r
 185 \r
 186     if( av.hasHiddenRows )\r
 187     {\r
 188       row = av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(row);\r
 189     }\r
 190 \r
 191     ap.setScrollValues( col, row );\r
 192 \r
 193   }\r
 194 \r
 195   /**\r
 196    * DOCUMENT ME!\r
 197    */\r
 198   public void updateOverviewImage()\r
 199   {\r
 200     if (resizing)\r
 201     {\r
 202         resizeAgain = true;\r
 203         return;\r
 204     }\r
 205 \r
 206     if (av.showSequenceFeatures)\r
 207    {\r
 208      fr.featureGroups = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureGroups;\r
 209      fr.featureColours = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 210    }\r
 211 \r
 212     resizing = true;\r
 213 \r
 214     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 215     {\r
 216       width = getSize().width;\r
 217       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 218     }\r
 219     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 220 \r
 221     Thread thread = new Thread(this);\r
 222     thread.start();\r
 223     repaint();\r
 224   }\r
 225 \r
 226   // This is set true if the user resizes whilst\r
 227   // the overview is being calculated\r
 228     boolean resizeAgain = false;\r
 229 \r
 230   public void run()\r
 231   {\r
 232     miniMe = null;\r
 233     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 234     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 235 \r
 236     if (av.showSequenceFeatures)\r
 237     {\r
 238       fr.transferSettings( ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer() );\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 242     {\r
 243       width = getSize().width;\r
 244       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 245     }\r
 246 \r
 247     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 248 \r
 249     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 250     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 251 \r
 252     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 253     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 254 \r
 255     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 256 \r
 257     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 258     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 259     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 260 \r
 261     int lastcol=-1, lastrow=-1;\r
 262     Color color = Color.yellow;\r
 263     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;\r
 264     jalview.datamodel.SequenceI seq;\r
 265     boolean hiddenRow = false;\r
 266     for (row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 267     {\r
 268       if((int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 269       {\r
 270         sameRow ++;\r
 271         continue;\r
 272       }\r
 273 \r
 274       lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 275 \r
 276       hiddenRow = false;\r
 277       if (av.hasHiddenRows)\r
 278       {\r
 279         seq = av.alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);\r
 280         if (seq == null)\r
 281         {\r
 282           int index =\r
 283              av.alignment.getHiddenSequences().findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);\r
 284 \r
 285          seq = av.alignment.getSequenceAt(index);\r
 286         }\r
 287         else\r
 288         {\r
 289           hiddenRow = true;\r
 290         }\r
 291       }\r
 292       else\r
 293         seq = av.alignment.getSequenceAt(lastrow);\r
 294 \r
 295       if(seq==null)\r
 296       {\r
 297         System.out.println(lastrow+" null");\r
 298         continue;\r
 299       }\r
 300 \r
 301         for (col = 0; col < width; col++)\r
 302         {\r
 303           if ( (int) (col * sampleCol) == lastcol && (int) (row * sampleRow) == lastrow)\r
 304           {\r
 305             sameCol ++;\r
 306             continue;\r
 307           }\r
 308 \r
 309           lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 310 \r
 311           if (seq.getLength() > lastcol)\r
 312           {\r
 313             color = sr.getResidueBoxColour(\r
 314                 seq, lastcol);\r
 315 \r
 316             if (av.showSequenceFeatures)\r
 317               color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);\r
 318           }\r
 319           else\r
 320           {\r
 321             color = Color.white; //White\r
 322           }\r
 323 \r
 324           if (hiddenRow ||\r
 325               (av.hasHiddenColumns && !av.getColumnSelection().isVisible(lastcol)))\r
 326           {\r
 327             color = color.darker().darker();\r
 328           }\r
 329 \r
 330           mg.setColor(color);\r
 331           if (sameCol == 1 && sameRow == 1)\r
 332             mg.drawLine(col, row, col, row);\r
 333           else\r
 334             mg.fillRect(col, row, col+sameCol, col+sameRow);\r
 335 \r
 336           sameCol = 1;\r
 337       }\r
 338       sameRow = 1;\r
 339     }\r
 340 \r
 341     if (av.conservation != null)\r
 342     {\r
 343       for (col = 0; col < width; col++)\r
 344       {\r
 345         lastcol = (int) (col * sampleCol);\r
 346         {\r
 347           mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 348           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 349                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 350                                        graphHeight,\r
 351                                        (int) (col * sampleCol),\r
 352                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 353           mg.translate( -col, -sequencesHeight);\r
 354         }\r
 355       }\r
 356     }\r
 357     System.gc();\r
 358 \r
 359     resizing = false;\r
 360 \r
 361     setBoxPosition();\r
 362 \r
 363     if(resizeAgain)\r
 364     {\r
 365       resizeAgain = false;\r
 366       updateOverviewImage();\r
 367     }\r
 368 }\r
 369 \r
 370   public void setBoxPosition()\r
 371   {\r
 372     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 373     int fullsizeHeight = (av.alignment.getHeight()\r
 374                           + av.alignment.getHiddenSequences().getSize()) *\r
 375         av.getCharHeight();\r
 376 \r
 377     int startRes = av.getStartRes();\r
 378     int endRes = av.getEndRes();\r
 379 \r
 380     if (av.hasHiddenColumns)\r
 381     {\r
 382       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);\r
 383       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);\r
 384     }\r
 385 \r
 386     int startSeq = av.startSeq;\r
 387     int endSeq = av.endSeq;\r
 388 \r
 389     if (av.hasHiddenRows)\r
 390     {\r
 391       startSeq =\r
 392           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(startSeq);\r
 393 \r
 394       endSeq =\r
 395           av.alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(endSeq);\r
 396 \r
 397     }\r
 398 \r
 399     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 400     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 401 \r
 402     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);\r
 403     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 404 \r
 405     if (av.hasHiddenColumns)\r
 406       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 407     else\r
 408       boxWidth = (int) ( (endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 409 \r
 410     boxHeight = (int) ( (endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 411 \r
 412     repaint();\r
 413   }\r
 414 \r
 415   public void update(Graphics g)\r
 416   {\r
 417     paint(g);\r
 418   }\r
 419 \r
 420   public void paint(Graphics g)\r
 421   {\r
 422     if (miniMe != null)\r
 423     {\r
 424       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 425     }\r
 426     else\r
 427     {\r
 428       g.setColor(Color.white);\r
 429       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 430       g.setColor(Color.black);\r
 431       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 432       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 433       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 434     }\r
 435 \r
 436     g.setColor(Color.red);\r
 437     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 438     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 439   }\r
 440 \r
 441 }\r