src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel\r
  26     extends Panel implements Runnable\r
  27 {\r
  28   Image miniMe;\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   AlignmentPanel ap;\r
  31   float scalew = 1f;\r
  32   float scaleh = 1f;\r
  33 \r
  34   public int width, sequencesHeight;\r
  35   int graphHeight = 20;\r
  36   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;\r
  37 \r
  38   boolean resizing = false;\r
  39 \r
  40   // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  41   // main visible SeqCanvas\r
  42   SeqCanvas overviewSeq;\r
  43 \r
  44 \r
  45   Frame nullFrame;\r
  46 \r
  47   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  48   {\r
  49     this.av = ap.av;\r
  50     this.ap = ap;\r
  51     setLayout(null);\r
  52     nullFrame = new Frame();\r
  53     nullFrame.addNotify();\r
  54 \r
  55     overviewSeq = new SeqCanvas(av);\r
  56     overviewSeq.isOverview = true;\r
  57     overviewSeq.sr.renderGaps = false;\r
  58 \r
  59 \r
  60     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  61     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  62         (float) av.alignment.getHeight();\r
  63 \r
  64     if(av.vconsensus==null)\r
  65           graphHeight = 0;\r
  66 \r
  67     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  68     {\r
  69       // wider\r
  70       width = 400;\r
  71       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  72       if(sequencesHeight<40)\r
  73               sequencesHeight = 40;\r
  74     }\r
  75     else\r
  76     {\r
  77       // taller\r
  78       width = (int) (400f * initialScale);\r
  79       sequencesHeight = 300;\r
  80       if (width < 120)\r
  81       {\r
  82         width = 120;\r
  83       }\r
  84     }\r
  85 \r
  86     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
  87     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  88     {\r
  89 \r
  90       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  91       {\r
  92         if (getSize().width != width ||\r
  93             getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)\r
  94         {\r
  95           updateOverviewImage();\r
  96         }\r
  97       }\r
  98     });\r
  99 \r
 100     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
 101     {\r
 102       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 103       {\r
 104         doMouseDragged(evt);\r
 105       }\r
 106     });\r
 107 \r
 108     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 109     {\r
 110       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 111       {\r
 112         doMousePressed(evt);\r
 113       }\r
 114 \r
 115       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 116       {\r
 117         doMouseReleased(evt);\r
 118       }\r
 119     });\r
 120 \r
 121     updateOverviewImage();\r
 122 \r
 123   }\r
 124 \r
 125   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 126   {\r
 127     boxX = evt.getX();\r
 128     boxY = evt.getY();\r
 129 \r
 130     checkValid();\r
 131     repaint();\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 135   {\r
 136     boxX = evt.getX();\r
 137     boxY = evt.getY();\r
 138     checkValid();\r
 139     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 140                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 144   {\r
 145     boxX = evt.getX();\r
 146     boxY = evt.getY();\r
 147     checkValid();\r
 148     ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 149                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 150 \r
 151     repaint();\r
 152     ap.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   void checkValid()\r
 156   {\r
 157     if (boxY < 0)\r
 158     {\r
 159       boxY = 0;\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 163     {\r
 164       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 165     }\r
 166 \r
 167     if (boxX < 0)\r
 168     {\r
 169       boxX = 0;\r
 170     }\r
 171 \r
 172     if (boxX > width - boxWidth)\r
 173     {\r
 174       boxX = width - boxWidth;\r
 175     }\r
 176   }\r
 177 \r
 178   /**\r
 179    * DOCUMENT ME!\r
 180    */\r
 181   public void updateOverviewImage()\r
 182   {\r
 183     if (resizing)\r
 184     {\r
 185         resizeAgain = true;\r
 186         return;\r
 187     }\r
 188 \r
 189     resizing = true;\r
 190 \r
 191     if ( (getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))\r
 192     {\r
 193       width = getSize().width;\r
 194       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 195     }\r
 196     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 197     setBoxPosition();\r
 198 \r
 199     Thread thread = new Thread(this);\r
 200     thread.start();\r
 201         repaint();\r
 202   }\r
 203 \r
 204   // This is set true if the user resizes whilst\r
 205   // the overview is being calculated\r
 206     boolean resizeAgain = false;\r
 207 \r
 208   public void run()\r
 209   {\r
 210     miniMe = null;\r
 211     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 212     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 213 \r
 214     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)\r
 215     {\r
 216       width = getSize().width;\r
 217       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 218     }\r
 219 \r
 220     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 221 \r
 222     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 223     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 224 \r
 225     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 226     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 227 \r
 228     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 229 \r
 230     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 231     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 232     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 233 \r
 234     for (int col = 0; col < width; col++)\r
 235     {\r
 236       for (int row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 237       {\r
 238         overviewSeq.drawPanel(mg,\r
 239                                         (int) (col * sampleCol),\r
 240                                         (int) (col * sampleCol),\r
 241                                         (int) (row * sampleRow),\r
 242                                         (int) (row * sampleRow) + 1,\r
 243                                         (int) (col * sampleCol),\r
 244                                         (int) (row * sampleRow), 0);\r
 245         mg.translate(0, 1);\r
 246 \r
 247         if (av.conservation != null)\r
 248           ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 249                                        (int) (sampleCol) + 1,\r
 250                                        graphHeight,\r
 251                                        (int) (col * sampleCol),\r
 252                                        (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 253 \r
 254       }\r
 255       mg.translate(0, -sequencesHeight);\r
 256       mg.translate(1, 0);\r
 257 \r
 258         }\r
 259     System.gc();\r
 260 \r
 261     resizing = false;\r
 262 \r
 263     setBoxPosition();\r
 264 \r
 265     if(resizeAgain)\r
 266     {\r
 267       resizeAgain = false;\r
 268       updateOverviewImage();\r
 269     }\r
 270   }\r
 271 \r
 272   public void setBoxPosition()\r
 273   {\r
 274     int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 275     int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 276 \r
 277     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 278     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 279 \r
 280     boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 281     boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 282     boxWidth = (int) ( (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) *\r
 283                       av.getCharWidth() * scalew);\r
 284     boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 285     repaint();\r
 286   }\r
 287 \r
 288   public void update(Graphics g)\r
 289   {\r
 290     paint(g);\r
 291   }\r
 292 \r
 293   public void paint(Graphics g)\r
 294   {\r
 295     if (miniMe != null)\r
 296     {\r
 297       g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 298     }\r
 299     else\r
 300     {\r
 301       g.setColor(Color.white);\r
 302       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 303       g.setColor(Color.black);\r
 304       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 305       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 306       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 307     }\r
 308 \r
 309     g.setColor(Color.red);\r
 310     g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 311     g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 312   }\r
 313 \r
 314 }\r