src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.jbappletgui.*;\r
  30 \r
  31 public class PCAPanel\r
  32     extends GPCAPanel implements Runnable\r
  33 {\r
  34   PCA pca;\r
  35   int top;\r
  36   RotatableCanvas rc;\r
  37   AlignViewport av;\r
  38 \r
  39   public void run()\r
  40   {\r
  41     // do stuff\r
  42   }\r
  43 \r
  44   public PCAPanel(AlignViewport av, SequenceI[] s)\r
  45   {\r
  46 \r
  47     this.av = av;\r
  48     if (av.getSelectionGroup().getSize() > 3)\r
  49     {\r
  50       s = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  51       for (int i = 0; i < s.length; i++)\r
  52       {\r
  53         s[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  54       }\r
  55     }\r
  56 \r
  57     if (s == null)\r
  58     {\r
  59       s = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  60       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  61       {\r
  62         s[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  63       }\r
  64     }\r
  65 \r
  66 //////////////////////This part was done in PCATHread originally. Is it too slow???\r
  67     pca = new PCA(s);\r
  68     pca.run();\r
  69 \r
  70     // Now find the component coordinates\r
  71     int ii = 0;\r
  72     while (ii < s.length && s[ii] != null)\r
  73     {\r
  74       ii++;\r
  75     }\r
  76 \r
  77     double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  78 \r
  79     for (int i = 0; i < ii; i++)\r
  80     {\r
  81       if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  82       {\r
  83         comps[i] = pca.component(i);\r
  84       }\r
  85     }\r
  86 \r
  87     //////////////////\r
  88 \r
  89     xCombobox.select(0);\r
  90     yCombobox.select(1);\r
  91     zCombobox.select(2);\r
  92 \r
  93     top = pca.getM().rows - 1;\r
  94 \r
  95     Vector points = new Vector();\r
  96     float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
  97 \r
  98     for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
  99     {\r
 100       SequencePoint sp = new SequencePoint(s[i], scores[i]);\r
 101       points.addElement(sp);\r
 102     }\r
 103 \r
 104     rc = new RotatableCanvas(av, points, pca.getM().rows);\r
 105 \r
 106     //rc.printPoints();\r
 107 \r
 108     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
 109   }\r
 110 \r
 111   void doDimensionChange()\r
 112   {\r
 113     if (top == 0)\r
 114     {\r
 115       return;\r
 116     }\r
 117 \r
 118     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 119     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 120     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 121 \r
 122     float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 123     for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 124     {\r
 125       ( (SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 126     }\r
 127 \r
 128     rc.img = null;\r
 129     rc.rotmat.setIdentity();\r
 130     rc.initAxes();\r
 131     rc.paint(rc.getGraphics());\r
 132   }\r
 133 \r
 134   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 135   {\r
 136     doDimensionChange();\r
 137   }\r
 138 \r
 139   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 140   {\r
 141     doDimensionChange();\r
 142   }\r
 143 \r
 144   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 145   {\r
 146     doDimensionChange();\r
 147   }\r
 148 \r
 149 }\r