src/jalview/appletgui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.jbappletgui.*;\r
  30 \r
  31 public class PCAPanel\r
  32     extends GPCAPanel implements Runnable\r
  33 {\r
  34   PCA pca;\r
  35   int top;\r
  36   RotatableCanvas rc;\r
  37   AlignViewport av;\r
  38   SequenceI [] seqs;\r
  39 \r
  40 \r
  41   public PCAPanel(AlignViewport av)\r
  42   {\r
  43     this.av = av;\r
  44     if (av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().getSize() > 3)\r
  45     {\r
  46       seqs = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  47       for (int i = 0; i < av.getSelectionGroup().getSize(); i++)\r
  48       {\r
  49         seqs[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  50       }\r
  51     }\r
  52     else\r
  53     {\r
  54       seqs = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  55       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  56       {\r
  57         seqs[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  58       }\r
  59     }\r
  60 \r
  61     rc = new RotatableCanvas(av);\r
  62     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
  63 \r
  64     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, "Principal component analysis",\r
  65                                        400, 400);\r
  66 \r
  67 \r
  68     Thread worker = new Thread(this);\r
  69     worker.start();\r
  70   }\r
  71 \r
  72   /**\r
  73    * DOCUMENT ME!\r
  74    */\r
  75   public void run()\r
  76   {\r
  77               pca = new PCA(seqs);\r
  78               pca.run();\r
  79 \r
  80               // Now find the component coordinates\r
  81               int ii = 0;\r
  82 \r
  83               while ((ii < seqs.length) && (seqs[ii] != null))\r
  84               {\r
  85                   ii++;\r
  86               }\r
  87 \r
  88               double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  89 \r
  90               for (int i = 0; i < ii; i++)\r
  91               {\r
  92                   if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  93                   {\r
  94                       comps[i] = pca.component(i);\r
  95                   }\r
  96               }\r
  97 \r
  98               //////////////////\r
  99               xCombobox.select(0);\r
 100               yCombobox.select(1);\r
 101               zCombobox.select(2);\r
 102 \r
 103               top = pca.getM().rows - 1;\r
 104 \r
 105               Vector points = new Vector();\r
 106               float[][] scores = pca.getComponents(top - 1, top - 2, top - 3, 100);\r
 107 \r
 108               for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 109               {\r
 110                   SequencePoint sp = new SequencePoint(seqs[i], scores[i]);\r
 111                   points.addElement(sp);\r
 112               }\r
 113 \r
 114               rc.setPoints(points, pca.getM().rows);\r
 115               rc.repaint();\r
 116               seqs = null;\r
 117               this.repaint();\r
 118   }\r
 119 \r
 120   void doDimensionChange()\r
 121   {\r
 122     if (top == 0)\r
 123     {\r
 124       return;\r
 125     }\r
 126 \r
 127     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 128     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 129     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 130 \r
 131     float[][] scores = pca.getComponents(dim1, dim2, dim3, 100);\r
 132     for (int i = 0; i < pca.getM().rows; i++)\r
 133     {\r
 134       ( (SequencePoint) rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 135     }\r
 136 \r
 137     rc.img = null;\r
 138     rc.rotmat.setIdentity();\r
 139     rc.initAxes();\r
 140     rc.paint(rc.getGraphics());\r
 141   }\r
 142 \r
 143   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 144   {\r
 145     doDimensionChange();\r
 146   }\r
 147 \r
 148   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 149   {\r
 150     doDimensionChange();\r
 151   }\r
 152 \r
 153   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 154   {\r
 155     doDimensionChange();\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public void values_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 159   {\r
 160 \r
 161     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 162     Frame frame = new Frame();\r
 163     frame.add(cap);\r
 164     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "PCA details", 500, 500);\r
 165 \r
 166       cap.setText(pca.getDetails());\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void labels_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 170   {\r
 171     rc.showLabels( labels.getState() );\r
 172   }\r
 173 \r
 174 }\r