src/jalview/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 \r
  30 public class RedundancyPanel\r
  31     extends SliderPanel implements Runnable, WindowListener\r
  32 {\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34 \r
  35   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  36   float[] redundancy;\r
  37   SequenceI[] originalSequences;\r
  38   Frame frame;\r
  39   Vector redundantSeqs;\r
  40 \r
  41   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     super(ap, 0, false, null);\r
  44 \r
  45     redundantSeqs = new Vector();\r
  46     this.ap = ap;\r
  47     undoButton.setVisible(true);\r
  48     applyButton.setVisible(true);\r
  49     allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  50 \r
  51     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
  52     valueField.setText("100");\r
  53 \r
  54     slider.setVisibleAmount(1);\r
  55     slider.setMinimum(0);\r
  56     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());\r
  57     slider.setValue(100);\r
  58 \r
  59     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()\r
  60     {\r
  61       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  62       {\r
  63         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  64         sliderValueChanged();\r
  65       }\r
  66     });\r
  67 \r
  68     frame = new Frame();\r
  69     frame.add(this);\r
  70     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Redundancy threshold selection",\r
  71                                      400, 100);\r
  72 \r
  73     frame.addWindowListener(this);\r
  74 \r
  75     Thread worker = new Thread(this);\r
  76     worker.start();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment\r
  81    * except we dont want to remove redundancy, just calculate once\r
  82    * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences\r
  83    *\r
  84    * @param threshold DOCUMENT ME!\r
  85    * @param sel DOCUMENT ME!\r
  86    *\r
  87    * @return DOCUMENT ME!\r
  88    */\r
  89   public void run()\r
  90   {\r
  91     label.setText("Calculating....");\r
  92 \r
  93     slider.setVisible(false);\r
  94     applyButton.setEnabled(false);\r
  95     valueField.setVisible(false);\r
  96 \r
  97     validate();\r
  98 \r
  99     String[] omitHidden = null;\r
 100 \r
 101     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 102     int height;\r
 103 \r
 104     int start, end;\r
 105 \r
 106     if ( (sg != null) && (sg.getSize() >= 1))\r
 107     {\r
 108       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);\r
 109       start = sg.getStartRes();\r
 110       end = sg.getEndRes();\r
 111     }\r
 112     else\r
 113     {\r
 114       originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();\r
 115       start = 0;\r
 116       end = ap.av.alignment.getWidth();\r
 117     }\r
 118 \r
 119     height = originalSequences.length;\r
 120 \r
 121     redundancy = new float[height];\r
 122     for (int i = 0; i < height; i++)\r
 123     {\r
 124       redundancy[i] = 0f;\r
 125     }\r
 126 \r
 127     //  if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 128     {\r
 129       //   omitHidden = ap.av.getSelectionAsString();\r
 130     }\r
 131 \r
 132     // long start = System.currentTimeMillis();\r
 133 \r
 134     float pid;\r
 135     String seqi, seqj;\r
 136     for (int i = 0; i < height; i++)\r
 137     {\r
 138       for (int j = 0; j < i; j++)\r
 139       {\r
 140         if (i == j)\r
 141         {\r
 142           continue;\r
 143         }\r
 144 \r
 145         if (omitHidden == null)\r
 146         {\r
 147           seqi = originalSequences[i].getSequenceAsString(start, end);\r
 148           seqj = originalSequences[j].getSequenceAsString(start, end);\r
 149         }\r
 150         else\r
 151         {\r
 152           seqi = omitHidden[i];\r
 153           seqj = omitHidden[j];\r
 154         }\r
 155 \r
 156         pid = jalview.util.Comparison.PID(seqi, seqj);\r
 157 \r
 158         if (seqj.length() < seqi.length())\r
 159         {\r
 160           redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);\r
 161         }\r
 162         else\r
 163         {\r
 164           redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);\r
 165         }\r
 166 \r
 167       }\r
 168     }\r
 169 \r
 170     label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
 171     slider.setVisible(true);\r
 172     applyButton.setEnabled(true);\r
 173     valueField.setVisible(true);\r
 174 \r
 175     validate();\r
 176     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));\r
 177   }\r
 178 \r
 179   void sliderValueChanged()\r
 180   {\r
 181     if (redundancy == null)\r
 182     {\r
 183       return;\r
 184     }\r
 185 \r
 186     float value = slider.getValue();\r
 187 \r
 188     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 189     {\r
 190       if (value > redundancy[i])\r
 191       {\r
 192         redundantSeqs.removeElement(originalSequences[i]);\r
 193       }\r
 194       else if (!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))\r
 195       {\r
 196         redundantSeqs.addElement(originalSequences[i]);\r
 197       }\r
 198     }\r
 199 \r
 200     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);\r
 201     PaintRefresher.Refresh(this,\r
 202                            ap.av.getSequenceSetId(),\r
 203                            true,\r
 204                            true);\r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208   public void applyButton_actionPerformed()\r
 209   {\r
 210     Vector del = new Vector();\r
 211 \r
 212     undoButton.setEnabled(true);\r
 213 \r
 214     float value = slider.getValue();\r
 215     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 216 \r
 217     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 218     {\r
 219       if (value <= redundancy[i])\r
 220       {\r
 221         del.addElement(originalSequences[i]);\r
 222       }\r
 223     }\r
 224 \r
 225     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 226     // actually restore these sequences.\r
 227     if (del.size() > 0)\r
 228     {\r
 229       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];\r
 230 \r
 231       int width = 0;\r
 232       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 233       {\r
 234         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 235         if (deleted[i].getLength() > width)\r
 236         {\r
 237           width = deleted[i].getLength();\r
 238         }\r
 239       }\r
 240 \r
 241       EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",\r
 242                                         EditCommand.CUT, deleted, 0, width,\r
 243                                         ap.av.alignment);\r
 244 \r
 245       for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 246       {\r
 247         ap.av.alignment.deleteSequence(deleted[i]);\r
 248         PaintRefresher.Refresh(this,\r
 249                                ap.av.getSequenceSetId(),\r
 250                                true,\r
 251                                true);\r
 252         if (sg != null)\r
 253         {\r
 254           sg.deleteSequence(deleted[i], false);\r
 255         }\r
 256       }\r
 257 \r
 258       historyList.push(cut);\r
 259 \r
 260       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);\r
 261 \r
 262       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 263                                ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 264     }\r
 265 \r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void undoButton_actionPerformed()\r
 269   {\r
 270     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();\r
 271     command.undoCommand();\r
 272 \r
 273     if (ap.av.historyList.contains(command))\r
 274     {\r
 275       ap.av.historyList.removeElement(command);\r
 276       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 277     }\r
 278 \r
 279     ap.paintAlignment(true);\r
 280 \r
 281     if (historyList.size() == 0)\r
 282     {\r
 283       undoButton.setEnabled(false);\r
 284     }\r
 285   }\r
 286 \r
 287   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 288   {\r
 289     try\r
 290     {\r
 291       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 292       slider.setValue(i);\r
 293     }\r
 294     catch (Exception ex)\r
 295     {\r
 296       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 297     }\r
 298   }\r
 299 \r
 300   public void windowOpened(WindowEvent evt)\r
 301   {}\r
 302 \r
 303   public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 304   {\r
 305     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);\r
 306   }\r
 307 \r
 308   public void windowClosed(WindowEvent evt)\r
 309   {}\r
 310 \r
 311   public void windowActivated(WindowEvent evt)\r
 312   {}\r
 313 \r
 314   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)\r
 315   {}\r
 316 \r
 317   public void windowIconified(WindowEvent evt)\r
 318   {}\r
 319 \r
 320   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)\r
 321   {}\r
 322 }\r