src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 \r
   7 \r
   8 public class SeqCanvas extends Panel\r
   9 {\r
  10     FeatureRenderer fr;\r
  11     SequenceRenderer sr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     boolean showScores = false;\r
  20     boolean displaySearch = false;\r
  21     int [] searchResults = null;\r
  22 \r
  23     int chunkHeight;\r
  24     int chunkWidth;\r
  25 \r
  26     boolean fastPaint = false;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        sr = new SequenceRenderer(av);\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  40 \r
  41     g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43     // NORTH SCALE\r
  44     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  45     {\r
  46       String string = String.valueOf(i);\r
  47       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  48                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  49 \r
  50       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  51                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  52                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  53 \r
  54     }\r
  55   }\r
  56 \r
  57   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  58   {\r
  59     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  60     ypos+= av.charHeight;\r
  61       // EAST SCALE\r
  62     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  63     {\r
  64       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  65       int index = startx;\r
  66       int value = -1;\r
  67       while (index < endx)\r
  68       {\r
  69         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  70         {\r
  71           index++;\r
  72           continue;\r
  73         }\r
  74 \r
  75         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  76         break;\r
  77       }\r
  78       if(value!=-1)\r
  79       {\r
  80         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(value+"");\r
  81         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  82       }\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  87 {\r
  88     ypos+= av.charHeight;\r
  89     // EAST SCALE\r
  90   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  91   {\r
  92     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  93     int index = endx;\r
  94     int value = -1;\r
  95     while (index > startx)\r
  96     {\r
  97       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  98       {\r
  99         index--;\r
 100         continue;\r
 101       }\r
 102 \r
 103       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 104       break;\r
 105     }\r
 106     if(value!=-1)\r
 107        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 108   }\r
 109 \r
 110 }\r
 111 \r
 112 \r
 113 \r
 114 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 115 {\r
 116     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 117       return;\r
 118 \r
 119     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 120                 -vertical * av.charHeight);\r
 121 \r
 122     int sr = av.startRes, er = av.endRes, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 123         transX = 0, transY = 0;\r
 124     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 125     {\r
 126       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 127       sr = er - horizontal;\r
 128     }\r
 129     else if (horizontal < 0)\r
 130       er = sr - horizontal;\r
 131 \r
 132     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 133     {\r
 134       ss = es - vertical;\r
 135       if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 136         ss = av.startSeq;\r
 137       else\r
 138         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 139     }\r
 140     else if (vertical < 0)\r
 141     {\r
 142       es = ss - vertical;\r
 143       if(es > av.endSeq)\r
 144         es = av.endSeq;\r
 145     }\r
 146 \r
 147 \r
 148     gg.translate(transX, transY);\r
 149 \r
 150     gg.setColor(Color.white);\r
 151     gg.fillRect(0,0, (er-sr+1)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 152     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 153     gg.translate( -transX, -transY);\r
 154 \r
 155     fastPaint = true;\r
 156     repaint();\r
 157 \r
 158 }\r
 159 \r
 160 /**\r
 161  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 162  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 163  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 164  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 165  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 166  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 167  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 168  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 169  */\r
 170   public void update(Graphics g)\r
 171   {\r
 172     paint(g);\r
 173   }\r
 174 \r
 175   public void paint(Graphics g)\r
 176   {\r
 177     if (fastPaint)\r
 178     {\r
 179       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 180       fastPaint = false;\r
 181       return;\r
 182     }\r
 183 \r
 184     // this draws the whole of the alignment\r
 185       imgWidth  = this.getSize().width;\r
 186       imgHeight = this.getSize().height;\r
 187       if(imgWidth<1 || imgHeight<1)\r
 188         return;\r
 189 \r
 190       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 191       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 192 \r
 193       if(img==null || imgWidth!=img.getWidth(this) || imgHeight!=img.getHeight(this))\r
 194       {\r
 195         img = createImage(imgWidth, imgHeight);\r
 196         gg = img.getGraphics();\r
 197         gg.setFont(av.getFont());\r
 198       }\r
 199 \r
 200       gg.setColor(Color.white);\r
 201       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 202 \r
 203     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getSize().width );\r
 204     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 205 \r
 206     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 207     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 208 \r
 209 \r
 210     if (av.getWrapAlignment())\r
 211       drawWrappedPanel(gg, getSize().width, getSize().height, av.startRes);\r
 212     else\r
 213       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 214 \r
 215     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 216 \r
 217   }\r
 218 \r
 219   int LABEL_WEST, LABEL_EAST;\r
 220   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 221   {\r
 222     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 223 \r
 224     LABEL_EAST = 0;\r
 225     LABEL_WEST = 0;\r
 226 \r
 227     if(av.scaleRightWrapped)\r
 228       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 229 \r
 230     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 231       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"" );\r
 232 \r
 233     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 237   {\r
 238       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 239 \r
 240       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 241 \r
 242       int LABEL_EAST = 0;\r
 243       if(av.scaleRightWrapped)\r
 244         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 245       int LABEL_WEST = 0;\r
 246       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 247         LABEL_WEST = fm.stringWidth(al.getWidth()+"0");\r
 248 \r
 249 \r
 250       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 251       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 252 \r
 253       av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 254 \r
 255       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 256       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 257 \r
 258       while (ypos <= canvasHeight && startRes<av.alignment.getWidth() )\r
 259       {\r
 260         g.setColor(Color.black);\r
 261 \r
 262         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 263           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 264 \r
 265         if(av.scaleRightWrapped)\r
 266         {\r
 267           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 268           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 269           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 270         }\r
 271 \r
 272         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 273         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 274           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 275 \r
 276 \r
 277         // When printing we have an extra clipped region,\r
 278         // the Printable page which we need to account for here\r
 279         Shape clip = g.getClip();\r
 280         if(clip==null)\r
 281           g.setClip(0, 0, cWidth*av.charWidth, canvasHeight);\r
 282         else\r
 283           g.setClip(0,\r
 284                     (int)clip.getBounds().y,\r
 285                     cWidth*av.charWidth,\r
 286                     (int)clip.getBounds().height\r
 287                     );\r
 288 \r
 289         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 290         g.setClip(clip);\r
 291         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 292 \r
 293         ypos += cHeight;\r
 294         startRes += cWidth;\r
 295         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 296 \r
 297         if (endx > al.getWidth())\r
 298           endx = al.getWidth();\r
 299       }\r
 300 \r
 301   }\r
 302 \r
 303 \r
 304   synchronized public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 305 \r
 306     g.setFont(av.getFont());\r
 307     sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 308 \r
 309     SequenceI nextSeq;\r
 310 \r
 311     /// First draw the sequences\r
 312     /////////////////////////////\r
 313     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 314     {\r
 315      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 316 \r
 317      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 318                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 319                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 320                  av.charWidth,av.charHeight);\r
 321 \r
 322      if(av.showSequenceFeatures)\r
 323      {\r
 324        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 325                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 326                        offset +\r
 327                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 328                        av.charWidth, av.charHeight);\r
 329      }\r
 330     }\r
 331     //\r
 332     /////////////////////////////////////\r
 333 \r
 334     // Now outline any areas if necessary\r
 335     /////////////////////////////////////\r
 336     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 337     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 338 \r
 339     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 340     int groupIndex = -1;\r
 341     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 342     {\r
 343       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 344       groupIndex = 0;\r
 345     }\r
 346 \r
 347     if (group != null)\r
 348       do\r
 349       {\r
 350         int oldY = -1;\r
 351         int i = 0;\r
 352         boolean inGroup = false;\r
 353         int top=-1, bottom =-1;\r
 354         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 355         {\r
 356           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 357           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 358           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth -1;\r
 359 \r
 360           if (sx < getSize().width\r
 361               && ex > 0\r
 362               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 363           {\r
 364             if (bottom == -1 && (i==av.alignment.getHeight()-1 ||\r
 365                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1))))\r
 366               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 367 \r
 368             if (!inGroup)\r
 369             {\r
 370               if (top == -1 && i==0 ||\r
 371                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 372                 top = sy;\r
 373 \r
 374 \r
 375               oldY = sy;\r
 376               inGroup = true;\r
 377               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 378               {\r
 379                     g.setColor(new Color(255,0,0));\r
 380               }\r
 381               else\r
 382               {\r
 383                     g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 384               }\r
 385             }\r
 386           }\r
 387           else\r
 388           {\r
 389             if (inGroup)\r
 390             {\r
 391               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 392               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 393 \r
 394               if (top != -1)\r
 395               {\r
 396                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 397                 top =-1;\r
 398               }\r
 399               if (bottom != -1)\r
 400               {\r
 401                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 402                 bottom = -1;\r
 403               }\r
 404 \r
 405 \r
 406               inGroup = false;\r
 407             }\r
 408           }\r
 409         }\r
 410 \r
 411         if (inGroup)\r
 412         {\r
 413 \r
 414           if(top!=-1)\r
 415           {\r
 416             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 417             top =-1;\r
 418           }\r
 419           if(bottom!=-1)\r
 420            {\r
 421              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 422              bottom = -1;\r
 423 \r
 424            }\r
 425           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 426           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 427           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 428           inGroup = false;\r
 429         }\r
 430         groupIndex++;\r
 431         if (groupIndex >= groups.size())\r
 432           break;\r
 433 \r
 434         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 435 \r
 436       }\r
 437       while (groupIndex < groups.size());\r
 438 \r
 439 \r
 440     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 441     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 442     if(displaySearch)\r
 443     {\r
 444       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 445       {\r
 446         int searchSeq = searchResults[r];\r
 447 \r
 448         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 449         {\r
 450           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 451 \r
 452           int searchStart = seq.findIndex( searchResults[r+1] )-1;\r
 453           int searchEnd =  seq.findIndex(  searchResults[r+2] )-1;\r
 454 \r
 455           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 456           if(searchStart<x1)\r
 457             searchStart = x1;\r
 458           if(searchEnd > x2)\r
 459             searchEnd = x2;\r
 460 \r
 461           ssr.drawHighlightedText(seq,\r
 462                                   searchStart,\r
 463                                   searchEnd,\r
 464                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 465                                   offset +\r
 466                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 467               av.charHeight),\r
 468                                   av.charWidth,\r
 469                                   av.charHeight);\r
 470         }\r
 471       }\r
 472     }\r
 473 \r
 474   }\r
 475 \r
 476 \r
 477 \r
 478   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 479   {\r
 480     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 481     if(results==null)\r
 482       displaySearch = false;\r
 483     else\r
 484       displaySearch = true;\r
 485 \r
 486     searchResults = results;\r
 487 \r
 488     repaint();\r
 489   }\r
 490 \r
 491 \r
 492 }\r