src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import jalview.structure.SequenceListener;\r
  31 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  32 \r
  33 public class SeqPanel\r
  34     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener, SequenceListener\r
  35 {\r
  36 \r
  37   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  38   public AlignmentPanel ap;\r
  39 \r
  40   protected int lastres;\r
  41   protected int startseq;\r
  42 \r
  43   protected AlignViewport av;\r
  44 \r
  45   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  46   boolean seqEditOccurred = false;\r
  47 \r
  48   ScrollThread scrollThread = null;\r
  49   boolean mouseDragging = false;\r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   int oldSeq = -1;\r
  54   boolean changeEndSeq = false;\r
  55   boolean changeStartSeq = false;\r
  56   boolean changeEndRes = false;\r
  57   boolean changeStartRes = false;\r
  58   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  59 \r
  60   StringBuffer keyboardNo1;\r
  61   StringBuffer keyboardNo2;\r
  62 \r
  63   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  64   Point lastMousePress;\r
  65 \r
  66   EditCommand editCommand;\r
  67 \r
  68   StructureSelectionManager ssm;\r
  69 \r
  70 \r
  71   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  72   {\r
  73     this.av = avp;\r
  74 \r
  75     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  76     setLayout(new BorderLayout());\r
  77     add(seqCanvas);\r
  78 \r
  79     ap = p;\r
  80 \r
  81     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  82     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  83     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
  84     ssm.addStructureViewerListener(this);\r
  85 \r
  86     seqCanvas.repaint();\r
  87   }\r
  88 \r
  89   void endEditing()\r
  90   {\r
  91     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)\r
  92     {\r
  93       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
  94       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
  95                             av.getAlignment().getSequences());\r
  96     }\r
  97 \r
  98     startseq = -1;\r
  99     lastres = -1;\r
 100     editingSeqs = false;\r
 101     groupEditing = false;\r
 102     keyboardNo1 = null;\r
 103     keyboardNo2 = null;\r
 104     editCommand = null;\r
 105   }\r
 106 \r
 107   void setCursorRow()\r
 108   {\r
 109     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;\r
 110     scrollToVisible();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   void setCursorColumn()\r
 114   {\r
 115     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 116     scrollToVisible();\r
 117   }\r
 118 \r
 119   void setCursorRowAndColumn()\r
 120   {\r
 121     if (keyboardNo2 == null)\r
 122     {\r
 123       keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 124     }\r
 125     else\r
 126     {\r
 127       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 128       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;\r
 129       scrollToVisible();\r
 130     }\r
 131   }\r
 132 \r
 133   void setCursorPosition()\r
 134   {\r
 135     SequenceI sequence =\r
 136         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 137 \r
 138     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 139         getKeyboardNo1() - 1\r
 140         );\r
 141     scrollToVisible();\r
 142   }\r
 143 \r
 144   void moveCursor(int dx, int dy)\r
 145   {\r
 146     seqCanvas.cursorX += dx;\r
 147     seqCanvas.cursorY += dy;\r
 148     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 149     {\r
 150       int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 151       int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 152 \r
 153       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 154              && seqCanvas.cursorX < maxWidth\r
 155              && seqCanvas.cursorX > 0)\r
 156       {\r
 157         seqCanvas.cursorX += dx;\r
 158       }\r
 159 \r
 160       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth\r
 161           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 162       {\r
 163         seqCanvas.cursorX = original;\r
 164       }\r
 165     }\r
 166     scrollToVisible();\r
 167   }\r
 168 \r
 169   void scrollToVisible()\r
 170   {\r
 171     if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 172     {\r
 173       seqCanvas.cursorX = 0;\r
 174     }\r
 175     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 176     {\r
 177       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 178     }\r
 179 \r
 180     if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 181     {\r
 182       seqCanvas.cursorY = 0;\r
 183     }\r
 184     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 185     {\r
 186       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 187     }\r
 188 \r
 189     endEditing();\r
 190     if (av.wrapAlignment)\r
 191     {\r
 192       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 193     }\r
 194     else\r
 195     {\r
 196       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 197       {\r
 198         ap.scrollUp(true);\r
 199       }\r
 200       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 201       {\r
 202         ap.scrollUp(false);\r
 203       }\r
 204       while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 205       {\r
 206 \r
 207         if (!ap.scrollRight(false))\r
 208         {\r
 209           break;\r
 210         }\r
 211       }\r
 212       while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 213       {\r
 214         if (!ap.scrollRight(true))\r
 215         {\r
 216           break;\r
 217         }\r
 218       }\r
 219     }\r
 220     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 221                      seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 222 \r
 223     seqCanvas.repaint();\r
 224   }\r
 225 \r
 226   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 227   {\r
 228     SequenceI sequence =\r
 229         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 230 \r
 231     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 232     {\r
 233       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 234       //Find the top and bottom of this group\r
 235       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 236       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 237       {\r
 238         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));\r
 239         if (index > max)\r
 240         {\r
 241           max = index;\r
 242         }\r
 243         if (index < min)\r
 244         {\r
 245           min = index;\r
 246         }\r
 247       }\r
 248 \r
 249       max++;\r
 250 \r
 251       if (topLeft)\r
 252       {\r
 253         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 254         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)\r
 255         {\r
 256           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 257         }\r
 258 \r
 259         min = seqCanvas.cursorY;\r
 260       }\r
 261       else\r
 262       {\r
 263         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 264         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)\r
 265         {\r
 266           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 267         }\r
 268 \r
 269         max = seqCanvas.cursorY + 1;\r
 270       }\r
 271 \r
 272       if (min > max)\r
 273       {\r
 274         // Only the user can do this\r
 275         av.setSelectionGroup(null);\r
 276       }\r
 277       else\r
 278       {\r
 279         // Now add any sequences between min and max\r
 280         sg.getSequences(null).removeAllElements();\r
 281         for (int i = min; i < max; i++)\r
 282         {\r
 283           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 284         }\r
 285       }\r
 286     }\r
 287 \r
 288     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 289     {\r
 290       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 291       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 292       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 293       sg.addSequence(sequence, false);\r
 294       av.setSelectionGroup(sg);\r
 295     }\r
 296 \r
 297     ap.paintAlignment(false);\r
 298   }\r
 299 \r
 300   void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 301   {\r
 302     groupEditing = group;\r
 303     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 304     lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 305     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());\r
 306     endEditing();\r
 307   }\r
 308 \r
 309   void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 310   {\r
 311     groupEditing = group;\r
 312     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 313     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();\r
 314     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 315     endEditing();\r
 316   }\r
 317 \r
 318   void numberPressed(char value)\r
 319   {\r
 320     if (keyboardNo1 == null)\r
 321     {\r
 322       keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 323     }\r
 324 \r
 325     if (keyboardNo2 != null)\r
 326     {\r
 327       keyboardNo2.append(value);\r
 328     }\r
 329     else\r
 330     {\r
 331       keyboardNo1.append(value);\r
 332     }\r
 333   }\r
 334 \r
 335   int getKeyboardNo1()\r
 336   {\r
 337     if (keyboardNo1 == null)\r
 338       return 1;\r
 339     else\r
 340     {\r
 341       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());\r
 342       keyboardNo1 = null;\r
 343       return value;\r
 344     }\r
 345   }\r
 346 \r
 347   int getKeyboardNo2()\r
 348   {\r
 349     if (keyboardNo2 == null)\r
 350       return 1;\r
 351     else\r
 352     {\r
 353       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());\r
 354       keyboardNo2 = null;\r
 355       return value;\r
 356     }\r
 357   }\r
 358 \r
 359 \r
 360   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 361   {\r
 362     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 363                                          sequence.getName());\r
 364 \r
 365     Object obj = null;\r
 366     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 367     {\r
 368       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 369                                                  "");\r
 370       if (obj != null)\r
 371       {\r
 372         text.append(" Nucleotide: ");\r
 373       }\r
 374     }\r
 375     else\r
 376     {\r
 377       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 378       if (obj != null)\r
 379       {\r
 380         text.append("  Residue: ");\r
 381       }\r
 382     }\r
 383 \r
 384     if (obj != null)\r
 385     {\r
 386 \r
 387       if (obj != "")\r
 388       {\r
 389         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 390                     ")");\r
 391       }\r
 392     }\r
 393 \r
 394     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 395 \r
 396   }\r
 397 \r
 398   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 399   {\r
 400     lastMousePress = evt.getPoint();\r
 401 \r
 402     //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 403     //As the Button2_mask always seems to be true\r
 404     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 405         InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 406     {\r
 407       mouseWheelPressed = true;\r
 408       return;\r
 409     }\r
 410 \r
 411     if (evt.isShiftDown()\r
 412         || evt.isControlDown()\r
 413         || evt.isAltDown())\r
 414     {\r
 415       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 416       {\r
 417         groupEditing = true;\r
 418       }\r
 419       editingSeqs = true;\r
 420     }\r
 421     else\r
 422     {\r
 423       doMousePressedDefineMode(evt);\r
 424       return;\r
 425     }\r
 426 \r
 427     int seq = findSeq(evt);\r
 428     int res = findRes(evt);\r
 429 \r
 430     if (seq < 0 || res < 0)\r
 431     {\r
 432       return;\r
 433     }\r
 434 \r
 435     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 436         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 437     {\r
 438       startseq = seq;\r
 439       lastres = res;\r
 440     }\r
 441     else\r
 442     {\r
 443       startseq = -1;\r
 444       lastres = -1;\r
 445     }\r
 446 \r
 447     return;\r
 448   }\r
 449 \r
 450   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 451   {\r
 452     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));\r
 453     if (evt.getClickCount() > 1)\r
 454     {\r
 455       if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
 456           && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
 457           - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
 458       {\r
 459         av.setSelectionGroup(null);\r
 460       }\r
 461 \r
 462       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 463           sequence,\r
 464           sequence.findPosition(findRes(evt))\r
 465           );\r
 466 \r
 467       if (features != null && features.length > 0)\r
 468       {\r
 469         SearchResults highlight = new SearchResults();\r
 470         highlight.addResult(sequence,\r
 471                             features[0].getBegin(),\r
 472                             features[0].getEnd());\r
 473         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
 474       }\r
 475       if (features != null && features.length > 0)\r
 476       {\r
 477         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
 478             new SequenceI[]\r
 479             {sequence}, features, false, ap);\r
 480 \r
 481         seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
 482       }\r
 483     }\r
 484   }\r
 485 \r
 486   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 487   {\r
 488     mouseDragging = false;\r
 489     mouseWheelPressed = false;\r
 490     ap.paintAlignment(true);\r
 491 \r
 492     if (!editingSeqs)\r
 493     {\r
 494       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 495       return;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     endEditing();\r
 499 \r
 500   }\r
 501 \r
 502   int startWrapBlock = -1;\r
 503   int wrappedBlock = -1;\r
 504   int findRes(MouseEvent evt)\r
 505   {\r
 506     int res = 0;\r
 507     int x = evt.getX();\r
 508 \r
 509     if (av.wrapAlignment)\r
 510     {\r
 511 \r
 512       int hgap = av.charHeight;\r
 513       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 514       {\r
 515         hgap += av.charHeight;\r
 516       }\r
 517 \r
 518       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 519           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 520 \r
 521       int y = evt.getY();\r
 522       y -= hgap;\r
 523       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 524 \r
 525       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 526       if (cwidth < 1)\r
 527       {\r
 528         return 0;\r
 529       }\r
 530 \r
 531       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 532       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 533 \r
 534       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 535 \r
 536     }\r
 537     else\r
 538     {\r
 539       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 540     }\r
 541 \r
 542     if (av.hasHiddenColumns)\r
 543     {\r
 544       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 545     }\r
 546 \r
 547     return res;\r
 548 \r
 549   }\r
 550 \r
 551   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 552   {\r
 553 \r
 554     int seq = 0;\r
 555     int y = evt.getY();\r
 556 \r
 557     if (av.wrapAlignment)\r
 558     {\r
 559       int hgap = av.charHeight;\r
 560       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 561       {\r
 562         hgap += av.charHeight;\r
 563       }\r
 564 \r
 565       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 566           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 567 \r
 568       y -= hgap;\r
 569 \r
 570       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 571                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 572       if (seq < 0)\r
 573       {\r
 574         seq = 0;\r
 575       }\r
 576     }\r
 577     else\r
 578     {\r
 579       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 580                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 581       if (seq < 0)\r
 582       {\r
 583         seq = 0;\r
 584       }\r
 585     }\r
 586 \r
 587     return seq;\r
 588   }\r
 589 \r
 590 \r
 591 \r
 592   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 593   {\r
 594 \r
 595     int seq = findSeq(evt);\r
 596     int res = findRes(evt);\r
 597 \r
 598     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 599         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 600     {\r
 601       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 602       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 603       // in the alignment\r
 604 \r
 605       startseq = seq;\r
 606       lastres = res;\r
 607     }\r
 608     else\r
 609     {\r
 610       startseq = -1;\r
 611       lastres = -1;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     return;\r
 615   }\r
 616 \r
 617 \r
 618   String lastMessage;\r
 619   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index)\r
 620   {\r
 621     String tmp = sequence.hashCode()+index+"";\r
 622     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))\r
 623       ssm.mouseOverSequence(sequence, index);\r
 624 \r
 625     lastMessage = tmp;\r
 626   }\r
 627 \r
 628 \r
 629   public void highlightSequence(jalview.datamodel.SequenceI seq, int index)\r
 630   {\r
 631     if(av.alignment.findIndex(seq)>-1)\r
 632     {\r
 633       SearchResults highlight = new SearchResults();\r
 634       highlight.addResult(seq,index,index);\r
 635       seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
 636     }\r
 637   }\r
 638 \r
 639   public void updateColours(SequenceI seq, int index)\r
 640   {\r
 641     System.out.println("update the seqPanel colours");\r
 642     //repaint();\r
 643   }\r
 644 \r
 645   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 646   {\r
 647     int res = findRes(evt);\r
 648     int seq = findSeq(evt);\r
 649 \r
 650     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)\r
 651     {\r
 652       if (tooltip != null)\r
 653       {\r
 654         tooltip.setTip("");\r
 655       }\r
 656       return;\r
 657     }\r
 658 \r
 659     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 660     if (res > sequence.getLength())\r
 661     {\r
 662       if (tooltip != null)\r
 663       {\r
 664         tooltip.setTip("");\r
 665       }\r
 666       return;\r
 667     }\r
 668 \r
 669 \r
 670     if (ssm != null)\r
 671       mouseOverSequence(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 672 \r
 673 \r
 674     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 675                                          sequence.getName());\r
 676 \r
 677     Object obj = null;\r
 678     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 679     {\r
 680       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 681                                                  "");\r
 682       if (obj != null)\r
 683       {\r
 684         text.append(" Nucleotide: ");\r
 685       }\r
 686     }\r
 687     else\r
 688     {\r
 689       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 690       if (obj != null)\r
 691       {\r
 692         text.append("  Residue: ");\r
 693       }\r
 694     }\r
 695 \r
 696     if (obj != null)\r
 697     {\r
 698       if (obj != "")\r
 699       {\r
 700         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 701       }\r
 702     }\r
 703 \r
 704     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 705 \r
 706     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();\r
 707     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 708     if (groups != null)\r
 709     {\r
 710       for (int g = 0; g < groups.length; g++)\r
 711       {\r
 712         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)\r
 713         {\r
 714           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 715               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 716           {\r
 717             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");\r
 718           }\r
 719           if (groups[g].getDescription() != null)\r
 720           {\r
 721             tooltipText.append(groups[g].getDescription());\r
 722           }\r
 723           tooltipText.append("\n");\r
 724         }\r
 725       }\r
 726     }\r
 727 \r
 728     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 729     SequenceFeature [] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,\r
 730                                                sequence.findPosition(res));\r
 731 \r
 732       int index = 0;\r
 733       while (index < allFeatures.length)\r
 734       {\r
 735         SequenceFeature sf = allFeatures[index];\r
 736 \r
 737         tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);\r
 738 \r
 739         if (sf.getDescription() != null)\r
 740         {\r
 741           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());\r
 742         }\r
 743 \r
 744         if (sf.getValue("status") != null)\r
 745         {\r
 746           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 747           if (status.length() > 0)\r
 748           {\r
 749             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 750           }\r
 751         }\r
 752         tooltipText.append("\n");\r
 753 \r
 754         index++;\r
 755       }\r
 756 \r
 757     if (tooltip == null)\r
 758     {\r
 759       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);\r
 760     }\r
 761     else\r
 762     {\r
 763       tooltip.setTip(tooltipText.toString());\r
 764     }\r
 765   }\r
 766 \r
 767   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 768   {\r
 769     Vector tmp = new Vector();\r
 770     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 771     if (features != null)\r
 772     {\r
 773       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 774       {\r
 775         if (av.featuresDisplayed == null\r
 776             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 777         {\r
 778           continue;\r
 779         }\r
 780 \r
 781         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 782             (features[i].getEnd() >= res))\r
 783         {\r
 784           tmp.addElement(features[i]);\r
 785         }\r
 786       }\r
 787     }\r
 788 \r
 789     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 790     tmp.copyInto(features);\r
 791 \r
 792     return features;\r
 793   }\r
 794 \r
 795 \r
 796   Tooltip tooltip;\r
 797 \r
 798   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 799   {\r
 800     if (mouseWheelPressed)\r
 801     {\r
 802       int oldWidth = av.charWidth;\r
 803 \r
 804       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 805       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 806           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 807       {\r
 808         int fontSize = av.font.getSize();\r
 809 \r
 810         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 811         {\r
 812           fontSize--;\r
 813         }\r
 814         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 815         {\r
 816           fontSize++;\r
 817         }\r
 818 \r
 819         if (fontSize < 1)\r
 820         {\r
 821           fontSize = 1;\r
 822         }\r
 823 \r
 824         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 825         av.charWidth = oldWidth;\r
 826       }\r
 827       else\r
 828       {\r
 829         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 830         {\r
 831           av.charWidth--;\r
 832         }\r
 833         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 834         {\r
 835           av.charWidth++;\r
 836         }\r
 837 \r
 838         if (av.charWidth < 1)\r
 839         {\r
 840           av.charWidth = 1;\r
 841         }\r
 842       }\r
 843 \r
 844       ap.fontChanged();\r
 845 \r
 846       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 847       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 848 \r
 849       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 850 \r
 851       ap.paintAlignment(false);\r
 852       ap.annotationPanel.image = null;\r
 853       return;\r
 854     }\r
 855 \r
 856     if (!editingSeqs)\r
 857     {\r
 858       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 859       return;\r
 860     }\r
 861 \r
 862     int res = findRes(evt);\r
 863 \r
 864     if (res < 0)\r
 865     {\r
 866       res = 0;\r
 867     }\r
 868 \r
 869     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 870     {\r
 871       return;\r
 872     }\r
 873 \r
 874     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 875     {\r
 876       // dragLeft, delete gap\r
 877       editSequence(false, res);\r
 878     }\r
 879     else\r
 880     {\r
 881       editSequence(true, res);\r
 882     }\r
 883 \r
 884     mouseDragging = true;\r
 885     if (scrollThread != null)\r
 886     {\r
 887       scrollThread.setEvent(evt);\r
 888     }\r
 889 \r
 890   }\r
 891 \r
 892   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 893   {\r
 894     int fixedLeft = -1;\r
 895     int fixedRight = -1;\r
 896     boolean fixedColumns = false;\r
 897     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 898 \r
 899     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 900 \r
 901     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 902     {\r
 903       if (av.hiddenRepSequences != null\r
 904           && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 905       {\r
 906         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 907         groupEditing = true;\r
 908       }\r
 909     }\r
 910 \r
 911     StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 912     if (groupEditing)\r
 913     {\r
 914       message.append("Edit group:");\r
 915       if (editCommand == null)\r
 916       {\r
 917         editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 918       }\r
 919     }\r
 920     else\r
 921     {\r
 922       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 923       String label = seq.getName();\r
 924       if (label.length() > 10)\r
 925       {\r
 926         label = label.substring(0, 10);\r
 927       }\r
 928       if (editCommand == null)\r
 929       {\r
 930         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);\r
 931       }\r
 932     }\r
 933 \r
 934     if (insertGap)\r
 935     {\r
 936       message.append(" insert ");\r
 937     }\r
 938     else\r
 939     {\r
 940       message.append(" delete ");\r
 941     }\r
 942 \r
 943     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");\r
 944     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 945 \r
 946     //Are we editing within a selection group?\r
 947     if (groupEditing\r
 948         || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 949     {\r
 950       fixedColumns = true;\r
 951 \r
 952       //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 953       //but the sequence represents a group\r
 954       if (sg == null)\r
 955       {\r
 956         if (av.hiddenRepSequences == null\r
 957             || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 958         {\r
 959           endEditing();\r
 960           return;\r
 961         }\r
 962 \r
 963         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 964       }\r
 965 \r
 966       fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 967       fixedRight = sg.getEndRes();\r
 968 \r
 969       if ( (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 970           || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 971           || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)\r
 972           || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 973       {\r
 974         endEditing();\r
 975         return;\r
 976       }\r
 977 \r
 978       if (fixedLeft > startres)\r
 979       {\r
 980         fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 981         fixedLeft = 0;\r
 982       }\r
 983       else if (fixedRight < startres)\r
 984       {\r
 985         fixedLeft = fixedRight;\r
 986         fixedRight = -1;\r
 987       }\r
 988     }\r
 989 \r
 990     if (av.hasHiddenColumns)\r
 991     {\r
 992       fixedColumns = true;\r
 993       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 994       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 995 \r
 996       if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 997           || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 998       {\r
 999         endEditing();\r
1000         return;\r
1001       }\r
1002 \r
1003       //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
1004       //Selection spans a hidden region\r
1005       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))\r
1006       {\r
1007         if (startres >= y2)\r
1008         {\r
1009           fixedLeft = y2;\r
1010         }\r
1011         else\r
1012         {\r
1013           fixedRight = y2 - 1;\r
1014         }\r
1015       }\r
1016     }\r
1017 \r
1018     if (groupEditing)\r
1019     {\r
1020       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
1021       int g, groupSize = vseqs.size();\r
1022       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
1023       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
1024       {\r
1025         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
1026       }\r
1027 \r
1028       // drag to right\r
1029       if (insertGap)\r
1030       {\r
1031         //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
1032         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
1033         if (sg.getStartRes() == 0\r
1034             && sg.getEndRes() == fixedRight\r
1035             && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1\r
1036             )\r
1037         {\r
1038           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
1039           fixedRight = sg.getEndRes();\r
1040         }\r
1041 \r
1042         // Is it valid with fixed columns??\r
1043         // Find the next gap before the end\r
1044         // of the visible region boundary\r
1045         boolean blank = false;\r
1046         for (fixedRight = fixedRight;\r
1047              fixedRight > lastres;\r
1048              fixedRight--)\r
1049         {\r
1050           blank = true;\r
1051 \r
1052           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1053           {\r
1054             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
1055             {\r
1056               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1057                   groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
1058               {\r
1059                 blank = false;\r
1060                 break;\r
1061               }\r
1062             }\r
1063           }\r
1064           if (blank)\r
1065           {\r
1066             break;\r
1067           }\r
1068         }\r
1069 \r
1070         if (!blank)\r
1071         {\r
1072           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
1073           {\r
1074             if ( (av.hasHiddenColumns\r
1075                   &&\r
1076                   startres < av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
1077             {\r
1078               endEditing();\r
1079               return;\r
1080             }\r
1081 \r
1082             int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
1083             if (av.hasHiddenRows)\r
1084             {\r
1085               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
1086               if (hwidth > alWidth)\r
1087               {\r
1088                 alWidth = hwidth;\r
1089               }\r
1090             }\r
1091             //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1092             //contains all the sequences\r
1093             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);\r
1094             fixedRight = alWidth + startres - lastres;\r
1095           }\r
1096           else\r
1097           {\r
1098             endEditing();\r
1099             return;\r
1100           }\r
1101         }\r
1102       }\r
1103 \r
1104       // drag to left\r
1105       else if (!insertGap)\r
1106       {\r
1107         /// Are we able to delete?\r
1108         // ie are all columns blank?\r
1109 \r
1110         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1111         {\r
1112           for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1113           {\r
1114             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1115             {\r
1116               continue;\r
1117             }\r
1118 \r
1119             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1120                 groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1121             {\r
1122               // Not a gap, block edit not valid\r
1123               endEditing();\r
1124               return;\r
1125             }\r
1126           }\r
1127         }\r
1128       }\r
1129 \r
1130       if (insertGap)\r
1131       {\r
1132         // dragging to the right\r
1133         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1134         {\r
1135           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1136           {\r
1137             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1138           }\r
1139         }\r
1140         else\r
1141         {\r
1142           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1143                                  groupSeqs,\r
1144                                  startres, startres - lastres,\r
1145                                  av.alignment,\r
1146                                  true);\r
1147         }\r
1148       }\r
1149       else\r
1150       {\r
1151         // dragging to the left\r
1152         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1153         {\r
1154           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1155           {\r
1156             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1157           }\r
1158         }\r
1159         else\r
1160         {\r
1161           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1162                                  groupSeqs,\r
1163                                  startres, lastres - startres,\r
1164                                  av.alignment,\r
1165                                  true);\r
1166         }\r
1167 \r
1168       }\r
1169     }\r
1170     else /////Editing a single sequence///////////\r
1171     {\r
1172       if (insertGap)\r
1173       {\r
1174         // dragging to the right\r
1175         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1176         {\r
1177           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1178           {\r
1179             insertChar(j, new SequenceI[]\r
1180                        {seq}, fixedRight);\r
1181           }\r
1182         }\r
1183         else\r
1184         {\r
1185           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1186                                  new SequenceI[]\r
1187                                  {seq},\r
1188                                  lastres, startres - lastres,\r
1189                                  av.alignment,\r
1190                                  true);\r
1191         }\r
1192       }\r
1193       else\r
1194       {\r
1195         // dragging to the left\r
1196         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1197         {\r
1198           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1199           {\r
1200             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1201             {\r
1202               endEditing();\r
1203               break;\r
1204             }\r
1205             deleteChar(startres, new SequenceI[]\r
1206                        {seq}, fixedRight);\r
1207           }\r
1208         }\r
1209         else\r
1210         {\r
1211           //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1212           int max = 0;\r
1213           for (int m = startres; m < lastres; m++)\r
1214           {\r
1215             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1216             {\r
1217               break;\r
1218             }\r
1219             max++;\r
1220           }\r
1221 \r
1222           if (max > 0)\r
1223           {\r
1224             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1225                                    new SequenceI[]\r
1226                                    {seq},\r
1227                                    startres, max,\r
1228                                    av.alignment,\r
1229                                    true);\r
1230           }\r
1231         }\r
1232       }\r
1233     }\r
1234 \r
1235     lastres = startres;\r
1236     seqCanvas.repaint();\r
1237   }\r
1238 \r
1239   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1240   {\r
1241     int blankColumn = fixedColumn;\r
1242     for (int s = 0; s < seq.length; s++)\r
1243     {\r
1244       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1245       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1246 \r
1247       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1248       {\r
1249         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1250         {\r
1251           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1252           break;\r
1253         }\r
1254       }\r
1255 \r
1256       if (blankColumn <= j)\r
1257       {\r
1258         blankColumn = fixedColumn;\r
1259         endEditing();\r
1260         return;\r
1261       }\r
1262     }\r
1263 \r
1264     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1265                            seq,\r
1266                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1267 \r
1268     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1269                            seq,\r
1270                            j, 1, av.alignment,\r
1271                            true);\r
1272 \r
1273   }\r
1274 \r
1275   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1276   {\r
1277 \r
1278     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1279                            seq,\r
1280                            j, 1, av.alignment, true);\r
1281 \r
1282     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1283                            seq,\r
1284                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1285   }\r
1286 \r
1287 //////////////////////////////////////////\r
1288 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1289 //////////////////////////////////////////\r
1290   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1291   {\r
1292     if (scrollThread != null)\r
1293     {\r
1294       scrollThread.running = false;\r
1295       scrollThread = null;\r
1296     }\r
1297 \r
1298     int res = findRes(evt);\r
1299     int seq = findSeq(evt);\r
1300     oldSeq = seq;\r
1301     startWrapBlock = wrappedBlock;\r
1302 \r
1303     if (seq == -1)\r
1304     {\r
1305       return;\r
1306     }\r
1307 \r
1308     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1309 \r
1310     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1311     {\r
1312       return;\r
1313     }\r
1314 \r
1315     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1316 \r
1317     if (stretchGroup == null)\r
1318     {\r
1319       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1320       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1321           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1322       {\r
1323         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1324       }\r
1325       else\r
1326       {\r
1327         stretchGroup = null;\r
1328       }\r
1329     }\r
1330 \r
1331     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)\r
1332              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1333              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1334     {\r
1335       stretchGroup = null;\r
1336 \r
1337       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1338 \r
1339       if (allGroups != null)\r
1340       {\r
1341         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1342         {\r
1343           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1344               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1345           {\r
1346             stretchGroup = allGroups[i];\r
1347             break;\r
1348           }\r
1349         }\r
1350       }\r
1351       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1352     }\r
1353 \r
1354     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1355     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1356         InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1357     {\r
1358       SequenceFeature [] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,\r
1359                                                sequence.findPosition(res));\r
1360 \r
1361       Vector links = null;\r
1362       if (allFeatures != null)\r
1363       {\r
1364         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)\r
1365         {\r
1366           if (allFeatures[i].links != null)\r
1367           {\r
1368             links = new Vector();\r
1369             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)\r
1370             {\r
1371               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));\r
1372             }\r
1373           }\r
1374         }\r
1375       }\r
1376       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1377       this.add(popup);\r
1378       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1379       return;\r
1380     }\r
1381 \r
1382     if (av.cursorMode)\r
1383     {\r
1384       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1385       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1386       seqCanvas.repaint();\r
1387       return;\r
1388     }\r
1389 \r
1390     //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1391 \r
1392     if (stretchGroup == null)\r
1393     {\r
1394       // define a new group here\r
1395       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1396       sg.setStartRes(res);\r
1397       sg.setEndRes(res);\r
1398       sg.addSequence(sequence, false);\r
1399       av.setSelectionGroup(sg);\r
1400       stretchGroup = sg;\r
1401 \r
1402       if (av.getConservationSelected())\r
1403       {\r
1404         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1405                                           "Background");\r
1406       }\r
1407       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1408       {\r
1409         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1410                                        "Background");\r
1411       }\r
1412 \r
1413     }\r
1414   }\r
1415 \r
1416   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1417   {\r
1418     if (stretchGroup == null)\r
1419     {\r
1420       return;\r
1421     }\r
1422 \r
1423     if (stretchGroup.cs != null)\r
1424     {\r
1425       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1426       {\r
1427         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1428             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1429             stretchGroup.getWidth());\r
1430       }\r
1431 \r
1432       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1433           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1434           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1435           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1436       {\r
1437         stretchGroup.recalcConservation();\r
1438       }\r
1439 \r
1440       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1441       {\r
1442         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1443                                           stretchGroup.getName());\r
1444         stretchGroup.recalcConservation();\r
1445       }\r
1446       else\r
1447       {\r
1448         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1449                                        stretchGroup.getName());\r
1450       }\r
1451     }\r
1452     changeEndRes = false;\r
1453     changeStartRes = false;\r
1454     stretchGroup = null;\r
1455     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());\r
1456     ap.paintAlignment(true);\r
1457   }\r
1458 \r
1459   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1460   {\r
1461     int res = findRes(evt);\r
1462     int y = findSeq(evt);\r
1463 \r
1464     if (wrappedBlock != startWrapBlock)\r
1465     {\r
1466       return;\r
1467     }\r
1468 \r
1469     if (stretchGroup == null)\r
1470     {\r
1471       return;\r
1472     }\r
1473 \r
1474     mouseDragging = true;\r
1475 \r
1476     if (y > av.alignment.getHeight())\r
1477     {\r
1478       y = av.alignment.getHeight() - 1;\r
1479     }\r
1480 \r
1481     if (res >= av.alignment.getWidth())\r
1482     {\r
1483       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
1484     }\r
1485 \r
1486     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1487     {\r
1488       // Edit end res position of selected group\r
1489       changeEndRes = true;\r
1490     }\r
1491     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1492     {\r
1493       // Edit start res position of selected group\r
1494       changeStartRes = true;\r
1495     }\r
1496 \r
1497     if (res < 0)\r
1498     {\r
1499       res = 0;\r
1500     }\r
1501 \r
1502     if (changeEndRes)\r
1503     {\r
1504       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1505       {\r
1506         stretchGroup.setEndRes(res);\r
1507       }\r
1508     }\r
1509     else if (changeStartRes)\r
1510     {\r
1511       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1512       {\r
1513         stretchGroup.setStartRes(res);\r
1514       }\r
1515     }\r
1516 \r
1517     int dragDirection = 0;\r
1518 \r
1519     if (y > oldSeq)\r
1520     {\r
1521       dragDirection = 1;\r
1522     }\r
1523     else if (y < oldSeq)\r
1524     {\r
1525       dragDirection = -1;\r
1526     }\r
1527 \r
1528     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1529     {\r
1530       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1531       // selection is quite slow.\r
1532       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1533 \r
1534       oldSeq += dragDirection;\r
1535 \r
1536       if (oldSeq < 0)\r
1537       {\r
1538         break;\r
1539       }\r
1540 \r
1541       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1542 \r
1543       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1544       {\r
1545         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1546       }\r
1547       else\r
1548       {\r
1549         if (seq != null)\r
1550         {\r
1551           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1552         }\r
1553 \r
1554         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1555       }\r
1556     }\r
1557 \r
1558     if (oldSeq < 0)\r
1559     {\r
1560       oldSeq = -1;\r
1561     }\r
1562 \r
1563     if (res > av.endRes || res < av.startRes\r
1564         || y < av.startSeq || y > av.endSeq)\r
1565     {\r
1566       mouseExited(evt);\r
1567     }\r
1568 \r
1569     if (scrollThread != null)\r
1570     {\r
1571       scrollThread.setEvent(evt);\r
1572     }\r
1573 \r
1574     seqCanvas.repaint();\r
1575   }\r
1576 \r
1577   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1578   {\r
1579     if (oldSeq < 0)\r
1580     {\r
1581       oldSeq = 0;\r
1582     }\r
1583 \r
1584     if (scrollThread != null)\r
1585     {\r
1586       scrollThread.running = false;\r
1587       scrollThread = null;\r
1588     }\r
1589   }\r
1590 \r
1591   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1592   {\r
1593     if (av.getWrapAlignment())\r
1594     {\r
1595       return;\r
1596     }\r
1597 \r
1598     if (mouseDragging && scrollThread == null)\r
1599     {\r
1600       scrollThread = new ScrollThread();\r
1601     }\r
1602   }\r
1603 \r
1604   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1605   {\r
1606     if (evt == null)\r
1607     {\r
1608       if (scrollThread != null)\r
1609       {\r
1610         scrollThread.running = false;\r
1611         scrollThread = null;\r
1612       }\r
1613       mouseDragging = false;\r
1614     }\r
1615     else\r
1616     {\r
1617       if (scrollThread == null)\r
1618       {\r
1619         scrollThread = new ScrollThread();\r
1620       }\r
1621 \r
1622       mouseDragging = true;\r
1623       scrollThread.setEvent(evt);\r
1624     }\r
1625 \r
1626   }\r
1627 \r
1628   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1629   class ScrollThread\r
1630       extends Thread\r
1631   {\r
1632     MouseEvent evt;\r
1633     boolean running = false;\r
1634     public ScrollThread()\r
1635     {\r
1636       start();\r
1637     }\r
1638 \r
1639     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1640     {\r
1641       evt = e;\r
1642     }\r
1643 \r
1644     public void stopScrolling()\r
1645     {\r
1646       running = false;\r
1647     }\r
1648 \r
1649     public void run()\r
1650     {\r
1651       running = true;\r
1652       while (running)\r
1653       {\r
1654 \r
1655         if (evt != null)\r
1656         {\r
1657 \r
1658           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1659           {\r
1660             running = ap.scrollUp(true);\r
1661           }\r
1662 \r
1663           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1664               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1665           {\r
1666             running = ap.scrollUp(false);\r
1667           }\r
1668 \r
1669           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1670           {\r
1671             running = ap.scrollRight(false);\r
1672           }\r
1673 \r
1674           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1675           {\r
1676             running = ap.scrollRight(true);\r
1677           }\r
1678         }\r
1679 \r
1680         try\r
1681         {\r
1682           Thread.sleep(75);\r
1683         }\r
1684         catch (Exception ex)\r
1685         {}\r
1686       }\r
1687     }\r
1688   }\r
1689 \r
1690 }\r