src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.structure.SelectionListener;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.SequenceListener;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.util.Comparison;
  43 import jalview.util.MappingUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  46 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  47
  48 import java.awt.BorderLayout;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.FontMetrics;
  51 import java.awt.Panel;
  52 import java.awt.Point;
  53 import java.awt.event.InputEvent;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.awt.event.MouseListener;
  56 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  57 import java.util.Vector;
  58
  59 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  60         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  61 {
  62
  63   public SeqCanvas seqCanvas;
  64
  65   public AlignmentPanel ap;
  66
  67   protected int lastres;
  68
  69   protected int startseq;
  70
  71   protected AlignViewport av;
  72
  73   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  74   // conservation
  75   boolean seqEditOccurred = false;
  76
  77   ScrollThread scrollThread = null;
  78
  79   boolean mouseDragging = false;
  80
  81   boolean editingSeqs = false;
  82
  83   boolean groupEditing = false;
  84
  85   int oldSeq = -1;
  86
  87   boolean changeEndSeq = false;
  88
  89   boolean changeStartSeq = false;
  90
  91   boolean changeEndRes = false;
  92
  93   boolean changeStartRes = false;
  94
  95   SequenceGroup stretchGroup = null;
  96
  97   StringBuffer keyboardNo1;
  98
  99   StringBuffer keyboardNo2;
 100
 101   boolean mouseWheelPressed = false;
 102
 103   Point lastMousePress;
 104
 105   EditCommand editCommand;
 106
 107   StructureSelectionManager ssm;
 108
 109   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 110   {
 111     this.av = avp;
 112
 113     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 114     setLayout(new BorderLayout());
 115     add(seqCanvas);
 116
 117     ap = p;
 118
 119     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 120     seqCanvas.addMouseListener(this);
 121     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 122     ssm.addStructureViewerListener(this);
 123     ssm.addSelectionListener(this);
 124
 125     seqCanvas.repaint();
 126   }
 127
 128   void endEditing()
 129   {
 130     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 131     {
 132       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 133       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 134               .getSequences());
 135     }
 136
 137     startseq = -1;
 138     lastres = -1;
 139     editingSeqs = false;
 140     groupEditing = false;
 141     keyboardNo1 = null;
 142     keyboardNo2 = null;
 143     editCommand = null;
 144   }
 145
 146   void setCursorRow()
 147   {
 148     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 149     scrollToVisible();
 150   }
 151
 152   void setCursorColumn()
 153   {
 154     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 155     scrollToVisible();
 156   }
 157
 158   void setCursorRowAndColumn()
 159   {
 160     if (keyboardNo2 == null)
 161     {
 162       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 163     }
 164     else
 165     {
 166       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 167       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 168       scrollToVisible();
 169     }
 170   }
 171
 172   void setCursorPosition()
 173   {
 174     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 175
 176     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 177     scrollToVisible();
 178   }
 179
 180   void moveCursor(int dx, int dy)
 181   {
 182     seqCanvas.cursorX += dx;
 183     seqCanvas.cursorY += dy;
 184     if (av.hasHiddenColumns()
 185             && !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 186                     .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 187     {
 188       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 189       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 190
 191       while (!av.getAlignment().getHiddenColumns()
 192               .isVisible(seqCanvas.cursorX)
 193               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX += dx;
 196       }
 197
 198       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 199               || !av.getAlignment().getHiddenColumns()
 200                       .isVisible(seqCanvas.cursorX))
 201       {
 202         seqCanvas.cursorX = original;
 203       }
 204     }
 205     scrollToVisible();
 206   }
 207
 208   void scrollToVisible()
 209   {
 210     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 211     {
 212       seqCanvas.cursorX = 0;
 213     }
 214     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 215     {
 216       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 217     }
 218
 219     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 220     {
 221       seqCanvas.cursorY = 0;
 222     }
 223     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 224     {
 225       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 226     }
 227
 228     endEditing();
 229     if (av.getWrapAlignment())
 230     {
 231       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 232     }
 233     else
 234     {
 235       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 236       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 237       while (seqCanvas.cursorY < ranges.getStartSeq())
 238       {
 239         ap.scrollUp(true);
 240       }
 241       while (seqCanvas.cursorY > ranges.getEndSeq())
 242       {
 243         ap.scrollUp(false);
 244       }
 245       while (seqCanvas.cursorX < hidden.adjustForHiddenColumns(ranges
 246               .getStartRes()))
 247       {
 248
 249         if (!ap.scrollRight(false))
 250         {
 251           break;
 252         }
 253       }
 254       while (seqCanvas.cursorX > hidden.adjustForHiddenColumns(ranges
 255               .getEndRes()))
 256       {
 257         if (!ap.scrollRight(true))
 258         {
 259           break;
 260         }
 261       }
 262     }
 263     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 264             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 265
 266     seqCanvas.repaint();
 267   }
 268
 269   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 270   {
 271     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 272
 273     if (av.getSelectionGroup() != null)
 274     {
 275       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 276       // Find the top and bottom of this group
 277       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 278       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 279       {
 280         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 281         if (index > max)
 282         {
 283           max = index;
 284         }
 285         if (index < min)
 286         {
 287           min = index;
 288         }
 289       }
 290
 291       max++;
 292
 293       if (topLeft)
 294       {
 295         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 296         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 297         {
 298           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 299         }
 300
 301         min = seqCanvas.cursorY;
 302       }
 303       else
 304       {
 305         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 306         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 307         {
 308           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 309         }
 310
 311         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 312       }
 313
 314       if (min > max)
 315       {
 316         // Only the user can do this
 317         av.setSelectionGroup(null);
 318       }
 319       else
 320       {
 321         // Now add any sequences between min and max
 322         sg.clear();
 323         for (int i = min; i < max; i++)
 324         {
 325           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 326         }
 327       }
 328     }
 329
 330     if (av.getSelectionGroup() == null)
 331     {
 332       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 333       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 334       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 335       sg.addSequence(sequence, false);
 336       av.setSelectionGroup(sg);
 337     }
 338     ap.paintAlignment(false);
 339     av.sendSelection();
 340   }
 341
 342   void insertGapAtCursor(boolean group)
 343   {
 344     groupEditing = group;
 345     startseq = seqCanvas.cursorY;
 346     lastres = seqCanvas.cursorX;
 347     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 348     endEditing();
 349   }
 350
 351   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 352   {
 353     groupEditing = group;
 354     startseq = seqCanvas.cursorY;
 355     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 356     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 357     endEditing();
 358   }
 359
 360   void numberPressed(char value)
 361   {
 362     if (keyboardNo1 == null)
 363     {
 364       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 365     }
 366
 367     if (keyboardNo2 != null)
 368     {
 369       keyboardNo2.append(value);
 370     }
 371     else
 372     {
 373       keyboardNo1.append(value);
 374     }
 375   }
 376
 377   int getKeyboardNo1()
 378   {
 379     try
 380     {
 381       if (keyboardNo1 != null)
 382       {
 383         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 384         keyboardNo1 = null;
 385         return value;
 386       }
 387     } catch (Exception x)
 388     {
 389     }
 390     keyboardNo1 = null;
 391     return 1;
 392   }
 393
 394   int getKeyboardNo2()
 395   {
 396     try
 397     {
 398       if (keyboardNo2 != null)
 399       {
 400         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 401         keyboardNo2 = null;
 402         return value;
 403       }
 404     } catch (Exception x)
 405     {
 406     }
 407     keyboardNo2 = null;
 408     return 1;
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Set status message in alignment panel
 413    *
 414    * @param sequence
 415    *          aligned sequence object
 416    * @param column
 417    *          alignment column
 418    * @param seq
 419    *          index of sequence in alignment
 420    * @return position of column in sequence or -1 if at gap
 421    */
 422   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int column, int seq)
 423   {
 424     // TODO remove duplication of identical gui method
 425     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 426     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 427     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 428
 429     String residue = null;
 430     /*
 431      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 432      */
 433     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(column));
 434     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 435     {
 436       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 437       if (residue != null)
 438       {
 439         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 440       }
 441     }
 442     else
 443     {
 444       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 445               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 446               .get(displayChar));
 447       if (residue != null)
 448       {
 449         text.append(" Residue: ").append(residue);
 450       }
 451     }
 452
 453     int pos = -1;
 454     if (residue != null)
 455     {
 456       pos = sequence.findPosition(column);
 457       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 458     }
 459
 460     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 461   }
 462
 463   /**
 464    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 465    * search results.
 466    *
 467    * @param results
 468    * @return true if results were matched, false if not
 469    */
 470   private boolean setStatusMessage(SearchResultsI results)
 471   {
 472     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 473     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 474     if (sequenceIndex == -1)
 475     {
 476       return false;
 477     }
 478     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 479     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 480     {
 481       SequenceI seq = m.getSequence();
 482       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 483       {
 484         seq = seq.getDatasetSequence();
 485       }
 486
 487       if (seq == ds)
 488       {
 489         /*
 490          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 491          * index (base 0)
 492          */
 493         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 494         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 495         return true;
 496       }
 497     }
 498     return false;
 499   }
 500
 501   @Override
 502   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 503   {
 504     lastMousePress = evt.getPoint();
 505
 506     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 507     // As the Button2_mask always seems to be true
 508     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 509             && !av.MAC)
 510     {
 511       mouseWheelPressed = true;
 512       return;
 513     }
 514
 515     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 516     {
 517       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 518       {
 519         groupEditing = true;
 520       }
 521       editingSeqs = true;
 522     }
 523     else
 524     {
 525       doMousePressedDefineMode(evt);
 526       return;
 527     }
 528
 529     int seq = findSeq(evt);
 530     int res = findRes(evt);
 531
 532     if (seq < 0 || res < 0)
 533     {
 534       return;
 535     }
 536
 537     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 538             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 539     {
 540       startseq = seq;
 541       lastres = res;
 542     }
 543     else
 544     {
 545       startseq = -1;
 546       lastres = -1;
 547     }
 548
 549     return;
 550   }
 551
 552   @Override
 553   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 554   {
 555     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 556     if (evt.getClickCount() > 1)
 557     {
 558       if (av.getSelectionGroup() != null
 559               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 560               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 561                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 562       {
 563         av.setSelectionGroup(null);
 564       }
 565
 566       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 567               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 568
 569       if (features != null && features.length > 0)
 570       {
 571         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 572         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 573                 features[0].getEnd());
 574         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 575       }
 576       if (features != null && features.length > 0)
 577       {
 578         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 579                 new SequenceI[] { sequence }, features, false, ap);
 580
 581         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 582       }
 583     }
 584   }
 585
 586   @Override
 587   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 588   {
 589     mouseDragging = false;
 590     mouseWheelPressed = false;
 591     ap.paintAlignment(true);
 592
 593     if (!editingSeqs)
 594     {
 595       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 596       return;
 597     }
 598
 599     endEditing();
 600
 601   }
 602
 603   int startWrapBlock = -1;
 604
 605   int wrappedBlock = -1;
 606
 607   int findRes(MouseEvent evt)
 608   {
 609     int res = 0;
 610     int x = evt.getX();
 611
 612     if (av.getWrapAlignment())
 613     {
 614
 615       int hgap = av.getCharHeight();
 616       if (av.getScaleAboveWrapped())
 617       {
 618         hgap += av.getCharHeight();
 619       }
 620
 621       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 622               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 623
 624       int y = evt.getY();
 625       y -= hgap;
 626       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 627
 628       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 629       if (cwidth < 1)
 630       {
 631         return 0;
 632       }
 633
 634       wrappedBlock = y / cHeight;
 635       wrappedBlock += av.getRanges().getStartRes() / cwidth;
 636
 637       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 638
 639     }
 640     else
 641     {
 642       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 643     }
 644
 645     if (av.hasHiddenColumns())
 646     {
 647       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 648               .adjustForHiddenColumns(res);
 649     }
 650
 651     return res;
 652
 653   }
 654
 655   int findSeq(MouseEvent evt)
 656   {
 657     final int sqnum = findAlRow(evt);
 658     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 659   }
 660
 661   /**
 662    *
 663    * @param evt
 664    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 665    */
 666   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 667   {
 668     int seq = 0;
 669     int y = evt.getY();
 670
 671     if (av.getWrapAlignment())
 672     {
 673       int hgap = av.getCharHeight();
 674       if (av.getScaleAboveWrapped())
 675       {
 676         hgap += av.getCharHeight();
 677       }
 678
 679       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 680               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 681
 682       y -= hgap;
 683
 684       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 685               .getHeight() - 1);
 686       if (seq < 0)
 687       {
 688         seq = -1;
 689       }
 690     }
 691     else
 692     {
 693       seq = Math.min((y / av.getCharHeight())
 694               + av.getRanges().getStartSeq(),
 695               av
 696               .getAlignment().getHeight() - 1);
 697       if (seq < 0)
 698       {
 699         seq = -1;
 700       }
 701     }
 702
 703     return seq;
 704   }
 705
 706   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 707   {
 708
 709     int seq = findSeq(evt);
 710     int res = findRes(evt);
 711
 712     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 713             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 714     {
 715       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 716       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 717       // in the alignment
 718
 719       startseq = seq;
 720       lastres = res;
 721     }
 722     else
 723     {
 724       startseq = -1;
 725       lastres = -1;
 726     }
 727
 728     return;
 729   }
 730
 731   String lastMessage;
 732
 733   @Override
 734   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 735   {
 736     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 737     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 738     {
 739       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 740     }
 741
 742     lastMessage = tmp;
 743   }
 744
 745   @Override
 746   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 747   {
 748     if (av.isFollowHighlight())
 749     {
 750       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 751       {
 752         ap.alignFrame.repaint();
 753       }
 754     }
 755     setStatusMessage(results);
 756     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 757
 758   }
 759
 760   @Override
 761   public VamsasSource getVamsasSource()
 762   {
 763     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 764   }
 765
 766   @Override
 767   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 768   {
 769     System.out.println("update the seqPanel colours");
 770     // repaint();
 771   }
 772
 773   @Override
 774   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 775   {
 776     final int column = findRes(evt);
 777     int seq = findSeq(evt);
 778
 779     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || column < 0)
 780     {
 781       if (tooltip != null)
 782       {
 783         tooltip.setTip("");
 784       }
 785       return;
 786     }
 787
 788     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 789     if (column > sequence.getLength())
 790     {
 791       if (tooltip != null)
 792       {
 793         tooltip.setTip("");
 794       }
 795       return;
 796     }
 797
 798     final char ch = sequence.getCharAt(column);
 799     int respos = Comparison.isGap(ch) ? -1 : sequence.findPosition(column);
 800
 801     if (ssm != null && respos != -1)
 802     {
 803       mouseOverSequence(sequence, column, respos);
 804     }
 805
 806     StringBuilder text = new StringBuilder();
 807     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 808             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 809
 810     String obj = null;
 811     if (respos != -1)
 812     {
 813       if (av.getAlignment().isNucleotide())
 814       {
 815         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 816         if (obj != null)
 817         {
 818           text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 819         }
 820       }
 821       else
 822       {
 823         obj = (ch == 'x' || ch == 'X') ? "X" : ResidueProperties.aa2Triplet
 824                 .get(String.valueOf(ch));
 825         if (obj != null)
 826         {
 827           text.append(" Residue: ").append(obj);
 828         }
 829       }
 830       if (obj != null)
 831       {
 832         text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 833       }
 834     }
 835
 836     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 837
 838     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 839     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 840     if (groups != null)
 841     {
 842       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 843       {
 844         if (groups[g].getStartRes() <= column && groups[g].getEndRes() >= column)
 845         {
 846           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 847                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 848           {
 849             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 850           }
 851           if (groups[g].getDescription() != null)
 852           {
 853             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 854           }
 855           tooltipText.append("\n");
 856         }
 857       }
 858     }
 859
 860     /*
 861      * add feature details to tooltip if over one or more features
 862      */
 863     if (respos != -1)
 864     {
 865       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 866               sequence.findPosition(column));
 867
 868       int index = 0;
 869       while (index < allFeatures.length)
 870       {
 871         SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 872
 873         tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 874
 875         if (sf.getDescription() != null)
 876         {
 877           tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 878         }
 879
 880         if (sf.getValue("status") != null)
 881         {
 882           String status = sf.getValue("status").toString();
 883           if (status.length() > 0)
 884           {
 885             tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 886           }
 887         }
 888         tooltipText.append("\n");
 889
 890         index++;
 891       }
 892     }
 893
 894     if (tooltip == null)
 895     {
 896       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 897     }
 898     else
 899     {
 900       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 901     }
 902   }
 903
 904   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 905   {
 906     Vector tmp = new Vector();
 907     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 908     if (features != null)
 909     {
 910       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 911       {
 912         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 913                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 914                         features[i].getType()))
 915         {
 916           continue;
 917         }
 918
 919         if (features[i].featureGroup != null
 920                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(
 921                         features[i].featureGroup, false))
 922         {
 923           continue;
 924         }
 925
 926         if ((features[i].getBegin() <= res)
 927                 && (features[i].getEnd() >= res))
 928         {
 929           tmp.addElement(features[i]);
 930         }
 931       }
 932     }
 933
 934     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 935     tmp.copyInto(features);
 936
 937     return features;
 938   }
 939
 940   Tooltip tooltip;
 941
 942   /**
 943    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 944    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 945    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 946    * redraws can be applied
 947    */
 948   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 949
 950   @Override
 951   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 952   {
 953     if (mouseWheelPressed)
 954     {
 955       int oldWidth = av.getCharWidth();
 956
 957       // Which is bigger, left-right or up-down?
 958       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 959               - lastMousePress.x))
 960       {
 961         int fontSize = av.font.getSize();
 962
 963         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 964         {
 965           fontSize--;
 966         }
 967         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 968         {
 969           fontSize++;
 970         }
 971
 972         if (fontSize < 1)
 973         {
 974           fontSize = 1;
 975         }
 976
 977         av.setFont(
 978                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 979                 true);
 980         av.setCharWidth(oldWidth);
 981       }
 982       else
 983       {
 984         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 985         {
 986           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 987         }
 988         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 989         {
 990           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 991         }
 992
 993         if (av.getCharWidth() < 1)
 994         {
 995           av.setCharWidth(1);
 996         }
 997       }
 998
 999       ap.fontChanged();
1000
1001       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1002       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1003
1004       lastMousePress = evt.getPoint();
1005
1006       ap.paintAlignment(false);
1007       ap.annotationPanel.image = null;
1008       return;
1009     }
1010
1011     if (!editingSeqs)
1012     {
1013       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1014       return;
1015     }
1016
1017     int res = findRes(evt);
1018
1019     if (res < 0)
1020     {
1021       res = 0;
1022     }
1023
1024     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1025     {
1026       return;
1027     }
1028
1029     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1030     {
1031       // dragLeft, delete gap
1032       editSequence(false, res);
1033     }
1034     else
1035     {
1036       editSequence(true, res);
1037     }
1038
1039     mouseDragging = true;
1040     if (scrollThread != null)
1041     {
1042       scrollThread.setEvent(evt);
1043     }
1044
1045   }
1046
1047   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1048   {
1049     int fixedLeft = -1;
1050     int fixedRight = -1;
1051     boolean fixedColumns = false;
1052     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1053
1054     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1055
1056     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1057     {
1058       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1059       {
1060         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1061         groupEditing = true;
1062       }
1063     }
1064
1065     StringBuffer message = new StringBuffer();
1066     if (groupEditing)
1067     {
1068       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1069               ":");
1070       if (editCommand == null)
1071       {
1072         editCommand = new EditCommand(
1073                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1074       }
1075     }
1076     else
1077     {
1078       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1079               .append(" " + seq.getName());
1080       String label = seq.getName();
1081       if (label.length() > 10)
1082       {
1083         label = label.substring(0, 10);
1084       }
1085       if (editCommand == null)
1086       {
1087         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1088                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1089       }
1090     }
1091
1092     if (insertGap)
1093     {
1094       message.append(" insert ");
1095     }
1096     else
1097     {
1098       message.append(" delete ");
1099     }
1100
1101     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1102     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1103
1104     // Are we editing within a selection group?
1105     if (groupEditing
1106             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1107                     .contains(seq)))
1108     {
1109       fixedColumns = true;
1110
1111       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1112       // but the sequence represents a group
1113       if (sg == null)
1114       {
1115         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1116         {
1117           endEditing();
1118           return;
1119         }
1120
1121         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1122       }
1123
1124       fixedLeft = sg.getStartRes();
1125       fixedRight = sg.getEndRes();
1126
1127       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1128               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1129               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1130               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1131       {
1132         endEditing();
1133         return;
1134       }
1135
1136       if (fixedLeft > startres)
1137       {
1138         fixedRight = fixedLeft - 1;
1139         fixedLeft = 0;
1140       }
1141       else if (fixedRight < startres)
1142       {
1143         fixedLeft = fixedRight;
1144         fixedRight = -1;
1145       }
1146     }
1147
1148     if (av.hasHiddenColumns())
1149     {
1150       fixedColumns = true;
1151       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1152               .getHiddenBoundaryLeft(startres);
1153       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1154               .getHiddenBoundaryRight(startres);
1155
1156       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1157               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1158       {
1159         endEditing();
1160         return;
1161       }
1162
1163       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1164       // Selection spans a hidden region
1165       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1166       {
1167         if (startres >= y2)
1168         {
1169           fixedLeft = y2;
1170         }
1171         else
1172         {
1173           fixedRight = y2 - 1;
1174         }
1175       }
1176     }
1177
1178     if (groupEditing)
1179     {
1180       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1181               .toArray(new SequenceI[0]);
1182
1183       // drag to right
1184       if (insertGap)
1185       {
1186         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1187         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1188         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1189                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1190         {
1191           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1192           fixedRight = sg.getEndRes();
1193         }
1194
1195         // Is it valid with fixed columns??
1196         // Find the next gap before the end
1197         // of the visible region boundary
1198         boolean blank = false;
1199         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1200         {
1201           blank = true;
1202
1203           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1204           {
1205             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1206             {
1207               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1208                       - j)))
1209               {
1210                 blank = false;
1211                 break;
1212               }
1213             }
1214           }
1215           if (blank)
1216           {
1217             break;
1218           }
1219         }
1220
1221         if (!blank)
1222         {
1223           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1224           {
1225             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1226                     .getHiddenColumns().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1227             {
1228               endEditing();
1229               return;
1230             }
1231
1232             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1233             if (av.hasHiddenRows())
1234             {
1235               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1236                       .getWidth();
1237               if (hwidth > alWidth)
1238               {
1239                 alWidth = hwidth;
1240               }
1241             }
1242             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1243             // contains all the sequences
1244             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1245             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1246           }
1247           else
1248           {
1249             endEditing();
1250             return;
1251           }
1252         }
1253       }
1254
1255       // drag to left
1256       else if (!insertGap)
1257       {
1258         // / Are we able to delete?
1259         // ie are all columns blank?
1260
1261         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1262         {
1263           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1264           {
1265             if (gs.getLength() <= j)
1266             {
1267               continue;
1268             }
1269
1270             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1271             {
1272               // Not a gap, block edit not valid
1273               endEditing();
1274               return;
1275             }
1276           }
1277         }
1278       }
1279
1280       if (insertGap)
1281       {
1282         // dragging to the right
1283         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1284         {
1285           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1286           {
1287             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1288           }
1289         }
1290         else
1291         {
1292           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1293                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1294         }
1295       }
1296       else
1297       {
1298         // dragging to the left
1299         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1300         {
1301           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1302           {
1303             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1304           }
1305         }
1306         else
1307         {
1308           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1309                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1310         }
1311
1312       }
1313     }
1314     else
1315     // ///Editing a single sequence///////////
1316     {
1317       if (insertGap)
1318       {
1319         // dragging to the right
1320         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1321         {
1322           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1323           {
1324             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1325           }
1326         }
1327         else
1328         {
1329           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP,
1330                   new SequenceI[] { seq }, lastres, startres - lastres,
1331                   av.getAlignment(), true);
1332         }
1333       }
1334       else
1335       {
1336         // dragging to the left
1337         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1338         {
1339           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1340           {
1341             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1342             {
1343               endEditing();
1344               break;
1345             }
1346             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1347           }
1348         }
1349         else
1350         {
1351           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1352           int max = 0;
1353           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1354           {
1355             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1356             {
1357               break;
1358             }
1359             max++;
1360           }
1361
1362           if (max > 0)
1363           {
1364             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1365                     new SequenceI[] { seq }, startres, max,
1366                     av.getAlignment(), true);
1367           }
1368         }
1369       }
1370     }
1371
1372     lastres = startres;
1373     seqCanvas.repaint();
1374   }
1375
1376   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1377   {
1378     int blankColumn = fixedColumn;
1379     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1380     {
1381       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1382       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1383
1384       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1385       {
1386         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1387         {
1388           // Theres a space, so break and insert the gap
1389           break;
1390         }
1391       }
1392
1393       if (blankColumn <= j)
1394       {
1395         blankColumn = fixedColumn;
1396         endEditing();
1397         return;
1398       }
1399     }
1400
1401     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1402             av.getAlignment(), true);
1403
1404     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1405             true);
1406
1407   }
1408
1409   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1410   {
1411
1412     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1413             true);
1414
1415     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1416             av.getAlignment(), true);
1417   }
1418
1419   // ////////////////////////////////////////
1420   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1421   // ////////////////////////////////////////
1422   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1423   {
1424     if (scrollThread != null)
1425     {
1426       scrollThread.running = false;
1427       scrollThread = null;
1428     }
1429
1430     int res = findRes(evt);
1431     int seq = findSeq(evt);
1432     oldSeq = seq;
1433     startWrapBlock = wrappedBlock;
1434
1435     if (seq == -1)
1436     {
1437       return;
1438     }
1439
1440     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1441
1442     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1443     {
1444       return;
1445     }
1446
1447     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1448
1449     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1450     {
1451       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1452       if (stretchGroup != null)
1453       {
1454         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1455         // focus on
1456         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1457       }
1458     }
1459
1460     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1461     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1462     {
1463       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1464               sequence.findPosition(res));
1465
1466       Vector<String> links = null;
1467       if (allFeatures != null)
1468       {
1469         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1470         {
1471           if (allFeatures[i].links != null)
1472           {
1473             if (links == null)
1474             {
1475               links = new Vector<String>();
1476             }
1477             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1478             {
1479               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1480             }
1481           }
1482         }
1483       }
1484       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1485       this.add(popup);
1486       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1487       return;
1488     }
1489
1490     if (av.cursorMode)
1491     {
1492       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1493       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1494       seqCanvas.repaint();
1495       return;
1496     }
1497
1498     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1499
1500     if (stretchGroup == null)
1501     {
1502       // define a new group here
1503       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1504       sg.setStartRes(res);
1505       sg.setEndRes(res);
1506       sg.addSequence(sequence, false);
1507       av.setSelectionGroup(sg);
1508       stretchGroup = sg;
1509
1510       if (av.getConservationSelected())
1511       {
1512         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1513                 ap.getViewName());
1514       }
1515       if (av.getAbovePIDThreshold())
1516       {
1517         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1518                 ap.getViewName());
1519       }
1520
1521     }
1522   }
1523
1524   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1525   {
1526     if (stretchGroup == null)
1527     {
1528       return;
1529     }
1530     // always do this - annotation has own state
1531     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1532     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1533     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1534     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup();
1535     if (stretchGroup.cs != null)
1536     {
1537       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1538               av.getHiddenRepSequences());
1539
1540       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1541       {
1542         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1543                 stretchGroup.getName());
1544       }
1545       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1546       {
1547         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1548                 stretchGroup.getName());
1549       }
1550     }
1551     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1552     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1553     needOverviewUpdate = false;
1554     changeEndRes = false;
1555     changeStartRes = false;
1556     stretchGroup = null;
1557     av.sendSelection();
1558   }
1559
1560   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1561   {
1562     int res = findRes(evt);
1563     int y = findSeq(evt);
1564
1565     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1566     {
1567       return;
1568     }
1569
1570     if (stretchGroup == null)
1571     {
1572       return;
1573     }
1574
1575     mouseDragging = true;
1576
1577     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1578     {
1579       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1580     }
1581
1582     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1583     {
1584       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1585     }
1586
1587     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1588     {
1589       // Edit end res position of selected group
1590       changeEndRes = true;
1591     }
1592     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1593     {
1594       // Edit start res position of selected group
1595       changeStartRes = true;
1596     }
1597
1598     if (res < 0)
1599     {
1600       res = 0;
1601     }
1602
1603     if (changeEndRes)
1604     {
1605       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1606       {
1607         stretchGroup.setEndRes(res);
1608         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1609       }
1610     }
1611     else if (changeStartRes)
1612     {
1613       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1614       {
1615         stretchGroup.setStartRes(res);
1616         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1617       }
1618     }
1619
1620     int dragDirection = 0;
1621
1622     if (y > oldSeq)
1623     {
1624       dragDirection = 1;
1625     }
1626     else if (y < oldSeq)
1627     {
1628       dragDirection = -1;
1629     }
1630
1631     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1632             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1633     {
1634       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1635       // selection is quite slow.
1636       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1637
1638       oldSeq += dragDirection;
1639
1640       if (oldSeq < 0)
1641       {
1642         break;
1643       }
1644
1645       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1646
1647       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1648       {
1649         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1650         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1651       }
1652       else
1653       {
1654         if (seq != null)
1655         {
1656           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1657         }
1658
1659         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1660         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1661       }
1662     }
1663
1664     if (oldSeq < 0)
1665     {
1666       oldSeq = -1;
1667     }
1668
1669     if (res > av.getRanges().getEndRes()
1670             || res < av.getRanges().getStartRes()
1671             || y < av.getRanges().getStartSeq()
1672             || y > av.getRanges().getEndSeq())
1673     {
1674       mouseExited(evt);
1675     }
1676
1677     if (scrollThread != null)
1678     {
1679       scrollThread.setEvent(evt);
1680     }
1681
1682     seqCanvas.repaint();
1683   }
1684
1685   @Override
1686   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1687   {
1688     if (oldSeq < 0)
1689     {
1690       oldSeq = 0;
1691     }
1692
1693     if (scrollThread != null)
1694     {
1695       scrollThread.running = false;
1696       scrollThread = null;
1697     }
1698   }
1699
1700   @Override
1701   public void mouseExited(MouseEvent e)
1702   {
1703     if (av.getWrapAlignment())
1704     {
1705       return;
1706     }
1707
1708     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1709     {
1710       scrollThread = new ScrollThread();
1711     }
1712   }
1713
1714   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1715   {
1716     if (evt == null)
1717     {
1718       if (scrollThread != null)
1719       {
1720         scrollThread.running = false;
1721         scrollThread = null;
1722       }
1723       mouseDragging = false;
1724     }
1725     else
1726     {
1727       if (scrollThread == null)
1728       {
1729         scrollThread = new ScrollThread();
1730       }
1731
1732       mouseDragging = true;
1733       scrollThread.setEvent(evt);
1734     }
1735
1736   }
1737
1738   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1739   class ScrollThread extends Thread
1740   {
1741     MouseEvent evt;
1742
1743     boolean running = false;
1744
1745     public ScrollThread()
1746     {
1747       start();
1748     }
1749
1750     public void setEvent(MouseEvent e)
1751     {
1752       evt = e;
1753     }
1754
1755     public void stopScrolling()
1756     {
1757       running = false;
1758     }
1759
1760     @Override
1761     public void run()
1762     {
1763       running = true;
1764       while (running)
1765       {
1766
1767         if (evt != null)
1768         {
1769
1770           if (mouseDragging && evt.getY() < 0
1771                   && av.getRanges().getStartSeq() > 0)
1772           {
1773             running = ap.scrollUp(true);
1774           }
1775
1776           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1777                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getRanges()
1778                           .getEndSeq())
1779           {
1780             running = ap.scrollUp(false);
1781           }
1782
1783           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1784           {
1785             running = ap.scrollRight(false);
1786           }
1787
1788           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1789           {
1790             running = ap.scrollRight(true);
1791           }
1792         }
1793
1794         try
1795         {
1796           Thread.sleep(75);
1797         } catch (Exception ex)
1798         {
1799         }
1800       }
1801     }
1802   }
1803
1804   /**
1805    * modify current selection according to a received message.
1806    */
1807   @Override
1808   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1809           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
1810   {
1811     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1812     // handles selection messages...
1813     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1814     // shared between viewports.
1815     if (av != null
1816             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1817                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1818     {
1819       return;
1820     }
1821
1822     /*
1823      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1824      * complement.
1825      */
1826     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
1827     {
1828       return;
1829     }
1830
1831     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1832     // suspect)
1833     /*
1834      * only copy colsel if there is a real intersection between
1835      * sequence selection and this panel's alignment
1836      */
1837     boolean repaint = false;
1838     boolean copycolsel = false;
1839     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1840     {
1841       SequenceGroup sgroup = null;
1842       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1843       {
1844         if (av.getAlignment() == null)
1845         {
1846           System.out
1847                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1848                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1849                           + av.getViewId()
1850                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1851           return;
1852         }
1853         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1854                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1855         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1856         {
1857           copycolsel = true;
1858         }
1859       }
1860       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1861       {
1862         av.setSelectionGroup(sgroup);
1863       }
1864       else
1865       {
1866         av.setSelectionGroup(null);
1867       }
1868       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1869     }
1870     if (copycolsel
1871             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1872                     .isColSelChanged(true)))
1873     {
1874       // the current selection is unset or from a previous message
1875       // so import the new colsel.
1876       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1877       {
1878         if (av.getColumnSelection() != null)
1879         {
1880           av.getColumnSelection().clear();
1881         }
1882       }
1883       else
1884       {
1885         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1886         if (av.getColumnSelection() == null)
1887         {
1888           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1889         }
1890         else
1891         {
1892           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
1893                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
1894         }
1895       }
1896       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1897     }
1898     if (copycolsel
1899             && av.hasHiddenColumns()
1900             && (av.getColumnSelection() == null || av.getAlignment()
1901                     .getHiddenColumns().getHiddenRegions() == null))
1902     {
1903       System.err.println("Bad things");
1904     }
1905     if (repaint)
1906     {
1907       ap.scalePanelHolder.repaint();
1908       ap.repaint();
1909     }
1910   }
1911
1912   /**
1913    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1914    *
1915    * @param row
1916    * @param column
1917    */
1918   public void scrollTo(int row, int column)
1919   {
1920
1921     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1922     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1923     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1924   }
1925
1926   /**
1927    * scroll to the given row - or nearest visible location
1928    *
1929    * @param row
1930    */
1931   public void scrollToRow(int row)
1932   {
1933
1934     row = row < 0 ? ap.av.getRanges().getStartSeq() : row;
1935     ap.scrollTo(ap.av.getRanges().getStartRes(), ap.av.getRanges()
1936             .getStartRes(), row, true, true);
1937   }
1938
1939   /**
1940    * scroll to the given column - or nearest visible location
1941    *
1942    * @param column
1943    */
1944   public void scrollToColumn(int column)
1945   {
1946
1947     column = column < 0 ? ap.av.getRanges().getStartRes() : column;
1948     ap.scrollTo(column, column, ap.av.getRanges().getStartSeq(), true, true);
1949   }
1950
1951   /**
1952    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1953    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1954    * returns false.
1955    *
1956    * @param seqsel
1957    * @param colsel
1958    * @param source
1959    */
1960   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1961           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
1962           SelectionSource source)
1963   {
1964     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1965     {
1966       return false;
1967     }
1968     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1969     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1970             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1971     {
1972       return false;
1973     }
1974
1975     /*
1976      * Map sequence selection
1977      */
1978     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1979     av.setSelectionGroup(sg);
1980     av.isSelectionGroupChanged(true);
1981
1982     /*
1983      * Map column selection
1984      */
1985     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1986     // av);
1987     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
1988     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
1989     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
1990     av.setColumnSelection(cs);
1991     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
1992
1993     ap.scalePanelHolder.repaint();
1994     ap.repaint();
1995
1996     return true;
1997   }
1998
1999 }