src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults;
  30 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.structure.SelectionListener;
  37 import jalview.structure.SelectionSource;
  38 import jalview.structure.SequenceListener;
  39 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  40 import jalview.structure.VamsasSource;
  41 import jalview.util.MappingUtils;
  42 import jalview.util.MessageManager;
  43 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  44
  45 import java.awt.BorderLayout;
  46 import java.awt.Font;
  47 import java.awt.FontMetrics;
  48 import java.awt.Panel;
  49 import java.awt.Point;
  50 import java.awt.event.InputEvent;
  51 import java.awt.event.MouseEvent;
  52 import java.awt.event.MouseListener;
  53 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  54 import java.util.Vector;
  55
  56 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  57         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  58 {
  59
  60   public SeqCanvas seqCanvas;
  61
  62   public AlignmentPanel ap;
  63
  64   protected int lastres;
  65
  66   protected int startseq;
  67
  68   protected AlignViewport av;
  69
  70   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  71   // conservation
  72   boolean seqEditOccurred = false;
  73
  74   ScrollThread scrollThread = null;
  75
  76   boolean mouseDragging = false;
  77
  78   boolean editingSeqs = false;
  79
  80   boolean groupEditing = false;
  81
  82   int oldSeq = -1;
  83
  84   boolean changeEndSeq = false;
  85
  86   boolean changeStartSeq = false;
  87
  88   boolean changeEndRes = false;
  89
  90   boolean changeStartRes = false;
  91
  92   SequenceGroup stretchGroup = null;
  93
  94   StringBuffer keyboardNo1;
  95
  96   StringBuffer keyboardNo2;
  97
  98   boolean mouseWheelPressed = false;
  99
 100   Point lastMousePress;
 101
 102   EditCommand editCommand;
 103
 104   StructureSelectionManager ssm;
 105
 106   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 107   {
 108     this.av = avp;
 109
 110     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 111     setLayout(new BorderLayout());
 112     add(seqCanvas);
 113
 114     ap = p;
 115
 116     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 117     seqCanvas.addMouseListener(this);
 118     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 119     ssm.addStructureViewerListener(this);
 120     ssm.addSelectionListener(this);
 121
 122     seqCanvas.repaint();
 123   }
 124
 125   void endEditing()
 126   {
 127     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 128     {
 129       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 130       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 131               .getSequences());
 132     }
 133
 134     startseq = -1;
 135     lastres = -1;
 136     editingSeqs = false;
 137     groupEditing = false;
 138     keyboardNo1 = null;
 139     keyboardNo2 = null;
 140     editCommand = null;
 141   }
 142
 143   void setCursorRow()
 144   {
 145     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 146     scrollToVisible();
 147   }
 148
 149   void setCursorColumn()
 150   {
 151     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 152     scrollToVisible();
 153   }
 154
 155   void setCursorRowAndColumn()
 156   {
 157     if (keyboardNo2 == null)
 158     {
 159       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 160     }
 161     else
 162     {
 163       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 164       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 165       scrollToVisible();
 166     }
 167   }
 168
 169   void setCursorPosition()
 170   {
 171     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 172
 173     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 174     scrollToVisible();
 175   }
 176
 177   void moveCursor(int dx, int dy)
 178   {
 179     seqCanvas.cursorX += dx;
 180     seqCanvas.cursorY += dy;
 181     if (av.hasHiddenColumns()
 182             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 183     {
 184       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 185       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 186
 187       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 188               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 189       {
 190         seqCanvas.cursorX += dx;
 191       }
 192
 193       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 194               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 195       {
 196         seqCanvas.cursorX = original;
 197       }
 198     }
 199     scrollToVisible();
 200   }
 201
 202   void scrollToVisible()
 203   {
 204     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 205     {
 206       seqCanvas.cursorX = 0;
 207     }
 208     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 209     {
 210       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 211     }
 212
 213     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 214     {
 215       seqCanvas.cursorY = 0;
 216     }
 217     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 218     {
 219       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 220     }
 221
 222     endEditing();
 223     if (av.getWrapAlignment())
 224     {
 225       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 226     }
 227     else
 228     {
 229       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 230       {
 231         ap.scrollUp(true);
 232       }
 233       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 234       {
 235         ap.scrollUp(false);
 236       }
 237       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 238               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 239       {
 240
 241         if (!ap.scrollRight(false))
 242         {
 243           break;
 244         }
 245       }
 246       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 247               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 248       {
 249         if (!ap.scrollRight(true))
 250         {
 251           break;
 252         }
 253       }
 254     }
 255     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 256             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 257
 258     seqCanvas.repaint();
 259   }
 260
 261   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 262   {
 263     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 264
 265     if (av.getSelectionGroup() != null)
 266     {
 267       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 268       // Find the top and bottom of this group
 269       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 270       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 271       {
 272         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 273         if (index > max)
 274         {
 275           max = index;
 276         }
 277         if (index < min)
 278         {
 279           min = index;
 280         }
 281       }
 282
 283       max++;
 284
 285       if (topLeft)
 286       {
 287         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 288         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 289         {
 290           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 291         }
 292
 293         min = seqCanvas.cursorY;
 294       }
 295       else
 296       {
 297         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 298         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 299         {
 300           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 301         }
 302
 303         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 304       }
 305
 306       if (min > max)
 307       {
 308         // Only the user can do this
 309         av.setSelectionGroup(null);
 310       }
 311       else
 312       {
 313         // Now add any sequences between min and max
 314         sg.clear();
 315         for (int i = min; i < max; i++)
 316         {
 317           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 318         }
 319       }
 320     }
 321
 322     if (av.getSelectionGroup() == null)
 323     {
 324       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 325       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 326       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 327       sg.addSequence(sequence, false);
 328       av.setSelectionGroup(sg);
 329     }
 330     ap.paintAlignment(false);
 331     av.sendSelection();
 332   }
 333
 334   void insertGapAtCursor(boolean group)
 335   {
 336     groupEditing = group;
 337     startseq = seqCanvas.cursorY;
 338     lastres = seqCanvas.cursorX;
 339     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 340     endEditing();
 341   }
 342
 343   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 344   {
 345     groupEditing = group;
 346     startseq = seqCanvas.cursorY;
 347     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 348     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 349     endEditing();
 350   }
 351
 352   void numberPressed(char value)
 353   {
 354     if (keyboardNo1 == null)
 355     {
 356       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 357     }
 358
 359     if (keyboardNo2 != null)
 360     {
 361       keyboardNo2.append(value);
 362     }
 363     else
 364     {
 365       keyboardNo1.append(value);
 366     }
 367   }
 368
 369   int getKeyboardNo1()
 370   {
 371     try
 372     {
 373       if (keyboardNo1 != null)
 374       {
 375         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 376         keyboardNo1 = null;
 377         return value;
 378       }
 379     } catch (Exception x)
 380     {
 381     }
 382     keyboardNo1 = null;
 383     return 1;
 384   }
 385
 386   int getKeyboardNo2()
 387   {
 388     try
 389     {
 390       if (keyboardNo2 != null)
 391       {
 392         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 393         keyboardNo2 = null;
 394         return value;
 395       }
 396     } catch (Exception x)
 397     {
 398     }
 399     keyboardNo2 = null;
 400     return 1;
 401   }
 402
 403   /**
 404    * Set status message in alignment panel
 405    *
 406    * @param sequence
 407    *          aligned sequence object
 408    * @param res
 409    *          alignment column
 410    * @param seq
 411    *          index of sequence in alignment
 412    * @return position of res in sequence
 413    */
 414   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 415   {
 416     // TODO remove duplication of identical gui method
 417     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 418     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 419     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 420
 421     String residue = null;
 422     /*
 423      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 424      */
 425     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 426     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 427     {
 428       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 429       if (residue != null)
 430       {
 431         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 432       }
 433     }
 434     else
 435     {
 436       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 437               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 438               .get(displayChar));
 439       if (residue != null)
 440       {
 441         text.append(" Residue: ").append(residue);
 442       }
 443     }
 444
 445     int pos = -1;
 446     if (residue != null)
 447     {
 448       pos = sequence.findPosition(res);
 449       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 450     }
 451
 452     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 453   }
 454
 455   /**
 456    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 457    * search results.
 458    *
 459    * @param results
 460    * @return true if results were matched, false if not
 461    */
 462   private boolean setStatusMessage(SearchResultsI results)
 463   {
 464     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 465     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 466     if (sequenceIndex == -1)
 467     {
 468       return false;
 469     }
 470     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 471     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 472     {
 473       SequenceI seq = m.getSequence();
 474       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 475       {
 476         seq = seq.getDatasetSequence();
 477       }
 478
 479       if (seq == ds)
 480       {
 481         /*
 482          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 483          * index (base 0)
 484          */
 485         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 486         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 487         return true;
 488       }
 489     }
 490     return false;
 491   }
 492
 493   @Override
 494   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 495   {
 496     lastMousePress = evt.getPoint();
 497
 498     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 499     // As the Button2_mask always seems to be true
 500     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 501             && !av.MAC)
 502     {
 503       mouseWheelPressed = true;
 504       return;
 505     }
 506
 507     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 508     {
 509       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 510       {
 511         groupEditing = true;
 512       }
 513       editingSeqs = true;
 514     }
 515     else
 516     {
 517       doMousePressedDefineMode(evt);
 518       return;
 519     }
 520
 521     int seq = findSeq(evt);
 522     int res = findRes(evt);
 523
 524     if (seq < 0 || res < 0)
 525     {
 526       return;
 527     }
 528
 529     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 530             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 531     {
 532       startseq = seq;
 533       lastres = res;
 534     }
 535     else
 536     {
 537       startseq = -1;
 538       lastres = -1;
 539     }
 540
 541     return;
 542   }
 543
 544   @Override
 545   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 546   {
 547     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 548     if (evt.getClickCount() > 1)
 549     {
 550       if (av.getSelectionGroup() != null
 551               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 552               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 553                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 554       {
 555         av.setSelectionGroup(null);
 556       }
 557
 558       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 559               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 560
 561       if (features != null && features.length > 0)
 562       {
 563         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 564         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 565                 features[0].getEnd());
 566         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 567       }
 568       if (features != null && features.length > 0)
 569       {
 570         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
 571                 new SequenceI[] { sequence }, features, false, ap);
 572
 573         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 574       }
 575     }
 576   }
 577
 578   @Override
 579   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 580   {
 581     mouseDragging = false;
 582     mouseWheelPressed = false;
 583     ap.paintAlignment(true);
 584
 585     if (!editingSeqs)
 586     {
 587       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 588       return;
 589     }
 590
 591     endEditing();
 592
 593   }
 594
 595   int startWrapBlock = -1;
 596
 597   int wrappedBlock = -1;
 598
 599   int findRes(MouseEvent evt)
 600   {
 601     int res = 0;
 602     int x = evt.getX();
 603
 604     if (av.getWrapAlignment())
 605     {
 606
 607       int hgap = av.getCharHeight();
 608       if (av.getScaleAboveWrapped())
 609       {
 610         hgap += av.getCharHeight();
 611       }
 612
 613       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 614               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 615
 616       int y = evt.getY();
 617       y -= hgap;
 618       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 619
 620       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 621       if (cwidth < 1)
 622       {
 623         return 0;
 624       }
 625
 626       wrappedBlock = y / cHeight;
 627       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 628
 629       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 630
 631     }
 632     else
 633     {
 634       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 635     }
 636
 637     if (av.hasHiddenColumns())
 638     {
 639       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 640     }
 641
 642     return res;
 643
 644   }
 645
 646   int findSeq(MouseEvent evt)
 647   {
 648     final int sqnum = findAlRow(evt);
 649     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 650   }
 651
 652   /**
 653    *
 654    * @param evt
 655    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 656    */
 657   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 658   {
 659     int seq = 0;
 660     int y = evt.getY();
 661
 662     if (av.getWrapAlignment())
 663     {
 664       int hgap = av.getCharHeight();
 665       if (av.getScaleAboveWrapped())
 666       {
 667         hgap += av.getCharHeight();
 668       }
 669
 670       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 671               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 672
 673       y -= hgap;
 674
 675       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 676               .getHeight() - 1);
 677       if (seq < 0)
 678       {
 679         seq = -1;
 680       }
 681     }
 682     else
 683     {
 684       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 685               .getAlignment().getHeight() - 1);
 686       if (seq < 0)
 687       {
 688         seq = -1;
 689       }
 690     }
 691
 692     return seq;
 693   }
 694
 695   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 696   {
 697
 698     int seq = findSeq(evt);
 699     int res = findRes(evt);
 700
 701     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 702             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 703     {
 704       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 705       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 706       // in the alignment
 707
 708       startseq = seq;
 709       lastres = res;
 710     }
 711     else
 712     {
 713       startseq = -1;
 714       lastres = -1;
 715     }
 716
 717     return;
 718   }
 719
 720   String lastMessage;
 721
 722   @Override
 723   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 724   {
 725     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 726     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 727     {
 728       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 729     }
 730
 731     lastMessage = tmp;
 732   }
 733
 734   @Override
 735   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 736   {
 737     if (av.isFollowHighlight())
 738     {
 739       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 740       {
 741         ap.alignFrame.repaint();
 742       }
 743     }
 744     setStatusMessage(results);
 745     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 746
 747   }
 748
 749   @Override
 750   public VamsasSource getVamsasSource()
 751   {
 752     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 753   }
 754
 755   @Override
 756   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 757   {
 758     System.out.println("update the seqPanel colours");
 759     // repaint();
 760   }
 761
 762   @Override
 763   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 764   {
 765     int res = findRes(evt);
 766     int seq = findSeq(evt);
 767
 768     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 769     {
 770       if (tooltip != null)
 771       {
 772         tooltip.setTip("");
 773       }
 774       return;
 775     }
 776
 777     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 778     if (res > sequence.getLength())
 779     {
 780       if (tooltip != null)
 781       {
 782         tooltip.setTip("");
 783       }
 784       return;
 785     }
 786
 787     int respos = sequence.findPosition(res);
 788     if (ssm != null)
 789     {
 790       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 791     }
 792
 793     StringBuilder text = new StringBuilder();
 794     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 795             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 796
 797     String obj = null;
 798     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 799     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 800     {
 801       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 802       if (obj != null)
 803       {
 804         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 805       }
 806     }
 807     else
 808     {
 809       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X" : ResidueProperties.aa2Triplet
 810               .get(ch);
 811       if (obj != null)
 812       {
 813         text.append(" Residue: ").append(obj);
 814       }
 815     }
 816
 817     if (obj != null)
 818     {
 819       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 820     }
 821
 822     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 823
 824     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 825     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 826     if (groups != null)
 827     {
 828       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 829       {
 830         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 831         {
 832           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 833                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 834           {
 835             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 836           }
 837           if (groups[g].getDescription() != null)
 838           {
 839             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 840           }
 841           tooltipText.append("\n");
 842         }
 843       }
 844     }
 845
 846     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 847     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 848             sequence.findPosition(res));
 849
 850     int index = 0;
 851     while (index < allFeatures.length)
 852     {
 853       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 854
 855       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 856
 857       if (sf.getDescription() != null)
 858       {
 859         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 860       }
 861
 862       if (sf.getValue("status") != null)
 863       {
 864         String status = sf.getValue("status").toString();
 865         if (status.length() > 0)
 866         {
 867           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 868         }
 869       }
 870       tooltipText.append("\n");
 871
 872       index++;
 873     }
 874
 875     if (tooltip == null)
 876     {
 877       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 878     }
 879     else
 880     {
 881       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 882     }
 883   }
 884
 885   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 886   {
 887     Vector tmp = new Vector();
 888     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 889     if (features != null)
 890     {
 891       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 892       {
 893         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 894                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(
 895                         features[i].getType()))
 896         {
 897           continue;
 898         }
 899
 900         if (features[i].featureGroup != null
 901                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(
 902                         features[i].featureGroup, false))
 903         {
 904           continue;
 905         }
 906
 907         if ((features[i].getBegin() <= res)
 908                 && (features[i].getEnd() >= res))
 909         {
 910           tmp.addElement(features[i]);
 911         }
 912       }
 913     }
 914
 915     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 916     tmp.copyInto(features);
 917
 918     return features;
 919   }
 920
 921   Tooltip tooltip;
 922
 923   /**
 924    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 925    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 926    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 927    * redraws can be applied
 928    */
 929   private boolean needOverviewUpdate; // TODO: refactor to avcontroller
 930
 931   @Override
 932   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 933   {
 934     if (mouseWheelPressed)
 935     {
 936       int oldWidth = av.getCharWidth();
 937
 938       // Which is bigger, left-right or up-down?
 939       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 940               - lastMousePress.x))
 941       {
 942         int fontSize = av.font.getSize();
 943
 944         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 945         {
 946           fontSize--;
 947         }
 948         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 949         {
 950           fontSize++;
 951         }
 952
 953         if (fontSize < 1)
 954         {
 955           fontSize = 1;
 956         }
 957
 958         av.setFont(
 959                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 960                 true);
 961         av.setCharWidth(oldWidth);
 962       }
 963       else
 964       {
 965         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 966         {
 967           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 968         }
 969         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 970         {
 971           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 972         }
 973
 974         if (av.getCharWidth() < 1)
 975         {
 976           av.setCharWidth(1);
 977         }
 978       }
 979
 980       ap.fontChanged();
 981
 982       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 983       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 984
 985       lastMousePress = evt.getPoint();
 986
 987       ap.paintAlignment(false);
 988       ap.annotationPanel.image = null;
 989       return;
 990     }
 991
 992     if (!editingSeqs)
 993     {
 994       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 995       return;
 996     }
 997
 998     int res = findRes(evt);
 999
1000     if (res < 0)
1001     {
1002       res = 0;
1003     }
1004
1005     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1006     {
1007       return;
1008     }
1009
1010     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1011     {
1012       // dragLeft, delete gap
1013       editSequence(false, res);
1014     }
1015     else
1016     {
1017       editSequence(true, res);
1018     }
1019
1020     mouseDragging = true;
1021     if (scrollThread != null)
1022     {
1023       scrollThread.setEvent(evt);
1024     }
1025
1026   }
1027
1028   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1029   {
1030     int fixedLeft = -1;
1031     int fixedRight = -1;
1032     boolean fixedColumns = false;
1033     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1034
1035     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1036
1037     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1038     {
1039       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1040       {
1041         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1042         groupEditing = true;
1043       }
1044     }
1045
1046     StringBuffer message = new StringBuffer();
1047     if (groupEditing)
1048     {
1049       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1050               ":");
1051       if (editCommand == null)
1052       {
1053         editCommand = new EditCommand(
1054                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1055       }
1056     }
1057     else
1058     {
1059       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1060               .append(" " + seq.getName());
1061       String label = seq.getName();
1062       if (label.length() > 10)
1063       {
1064         label = label.substring(0, 10);
1065       }
1066       if (editCommand == null)
1067       {
1068         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1069                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1070       }
1071     }
1072
1073     if (insertGap)
1074     {
1075       message.append(" insert ");
1076     }
1077     else
1078     {
1079       message.append(" delete ");
1080     }
1081
1082     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1083     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1084
1085     // Are we editing within a selection group?
1086     if (groupEditing
1087             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1088                     .contains(seq)))
1089     {
1090       fixedColumns = true;
1091
1092       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1093       // but the sequence represents a group
1094       if (sg == null)
1095       {
1096         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1097         {
1098           endEditing();
1099           return;
1100         }
1101
1102         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1103       }
1104
1105       fixedLeft = sg.getStartRes();
1106       fixedRight = sg.getEndRes();
1107
1108       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1109               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1110               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1111               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1112       {
1113         endEditing();
1114         return;
1115       }
1116
1117       if (fixedLeft > startres)
1118       {
1119         fixedRight = fixedLeft - 1;
1120         fixedLeft = 0;
1121       }
1122       else if (fixedRight < startres)
1123       {
1124         fixedLeft = fixedRight;
1125         fixedRight = -1;
1126       }
1127     }
1128
1129     if (av.hasHiddenColumns())
1130     {
1131       fixedColumns = true;
1132       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1133       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1134
1135       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1136               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1137       {
1138         endEditing();
1139         return;
1140       }
1141
1142       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1143       // Selection spans a hidden region
1144       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1145       {
1146         if (startres >= y2)
1147         {
1148           fixedLeft = y2;
1149         }
1150         else
1151         {
1152           fixedRight = y2 - 1;
1153         }
1154       }
1155     }
1156
1157     if (groupEditing)
1158     {
1159       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1160               .toArray(new SequenceI[0]);
1161
1162       // drag to right
1163       if (insertGap)
1164       {
1165         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1166         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1167         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1168                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1169         {
1170           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1171           fixedRight = sg.getEndRes();
1172         }
1173
1174         // Is it valid with fixed columns??
1175         // Find the next gap before the end
1176         // of the visible region boundary
1177         boolean blank = false;
1178         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1179         {
1180           blank = true;
1181
1182           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1183           {
1184             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1185             {
1186               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1187                       - j)))
1188               {
1189                 blank = false;
1190                 break;
1191               }
1192             }
1193           }
1194           if (blank)
1195           {
1196             break;
1197           }
1198         }
1199
1200         if (!blank)
1201         {
1202           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1203           {
1204             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1205                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1206             {
1207               endEditing();
1208               return;
1209             }
1210
1211             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1212             if (av.hasHiddenRows())
1213             {
1214               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1215                       .getWidth();
1216               if (hwidth > alWidth)
1217               {
1218                 alWidth = hwidth;
1219               }
1220             }
1221             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1222             // contains all the sequences
1223             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1224             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1225           }
1226           else
1227           {
1228             endEditing();
1229             return;
1230           }
1231         }
1232       }
1233
1234       // drag to left
1235       else if (!insertGap)
1236       {
1237         // / Are we able to delete?
1238         // ie are all columns blank?
1239
1240         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1241         {
1242           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1243           {
1244             if (gs.getLength() <= j)
1245             {
1246               continue;
1247             }
1248
1249             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1250             {
1251               // Not a gap, block edit not valid
1252               endEditing();
1253               return;
1254             }
1255           }
1256         }
1257       }
1258
1259       if (insertGap)
1260       {
1261         // dragging to the right
1262         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1263         {
1264           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1265           {
1266             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1267           }
1268         }
1269         else
1270         {
1271           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1272                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1273         }
1274       }
1275       else
1276       {
1277         // dragging to the left
1278         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1279         {
1280           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1281           {
1282             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1283           }
1284         }
1285         else
1286         {
1287           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1288                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1289         }
1290
1291       }
1292     }
1293     else
1294     // ///Editing a single sequence///////////
1295     {
1296       if (insertGap)
1297       {
1298         // dragging to the right
1299         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1300         {
1301           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1302           {
1303             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1304           }
1305         }
1306         else
1307         {
1308           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP,
1309                   new SequenceI[] { seq }, lastres, startres - lastres,
1310                   av.getAlignment(), true);
1311         }
1312       }
1313       else
1314       {
1315         // dragging to the left
1316         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1317         {
1318           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1319           {
1320             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1321             {
1322               endEditing();
1323               break;
1324             }
1325             deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1326           }
1327         }
1328         else
1329         {
1330           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1331           int max = 0;
1332           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1333           {
1334             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1335             {
1336               break;
1337             }
1338             max++;
1339           }
1340
1341           if (max > 0)
1342           {
1343             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP,
1344                     new SequenceI[] { seq }, startres, max,
1345                     av.getAlignment(), true);
1346           }
1347         }
1348       }
1349     }
1350
1351     lastres = startres;
1352     seqCanvas.repaint();
1353   }
1354
1355   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1356   {
1357     int blankColumn = fixedColumn;
1358     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1359     {
1360       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1361       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1362
1363       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1364       {
1365         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1366         {
1367           // Theres a space, so break and insert the gap
1368           break;
1369         }
1370       }
1371
1372       if (blankColumn <= j)
1373       {
1374         blankColumn = fixedColumn;
1375         endEditing();
1376         return;
1377       }
1378     }
1379
1380     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1381             av.getAlignment(), true);
1382
1383     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1384             true);
1385
1386   }
1387
1388   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1389   {
1390
1391     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1392             true);
1393
1394     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1395             av.getAlignment(), true);
1396   }
1397
1398   // ////////////////////////////////////////
1399   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1400   // ////////////////////////////////////////
1401   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1402   {
1403     if (scrollThread != null)
1404     {
1405       scrollThread.running = false;
1406       scrollThread = null;
1407     }
1408
1409     int res = findRes(evt);
1410     int seq = findSeq(evt);
1411     oldSeq = seq;
1412     startWrapBlock = wrappedBlock;
1413
1414     if (seq == -1)
1415     {
1416       return;
1417     }
1418
1419     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1420
1421     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1422     {
1423       return;
1424     }
1425
1426     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1427
1428     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1429     {
1430       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1431       if (stretchGroup != null)
1432       {
1433         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1434         // focus on
1435         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1436       }
1437     }
1438
1439     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1440     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1441     {
1442       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1443               sequence.findPosition(res));
1444
1445       Vector<String> links = null;
1446       if (allFeatures != null)
1447       {
1448         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1449         {
1450           if (allFeatures[i].links != null)
1451           {
1452             if (links == null)
1453             {
1454               links = new Vector<String>();
1455             }
1456             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1457             {
1458               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1459             }
1460           }
1461         }
1462       }
1463       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1464       this.add(popup);
1465       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1466       return;
1467     }
1468
1469     if (av.cursorMode)
1470     {
1471       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1472       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1473       seqCanvas.repaint();
1474       return;
1475     }
1476
1477     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1478
1479     if (stretchGroup == null)
1480     {
1481       // define a new group here
1482       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1483       sg.setStartRes(res);
1484       sg.setEndRes(res);
1485       sg.addSequence(sequence, false);
1486       av.setSelectionGroup(sg);
1487       stretchGroup = sg;
1488
1489       if (av.getConservationSelected())
1490       {
1491         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1492                 ap.getViewName());
1493       }
1494       if (av.getAbovePIDThreshold())
1495       {
1496         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1497                 ap.getViewName());
1498       }
1499
1500     }
1501   }
1502
1503   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1504   {
1505     if (stretchGroup == null)
1506     {
1507       return;
1508     }
1509     // always do this - annotation has own state
1510     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1511     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1512     // here we rely on stretchGroup == av.getSelection()
1513     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup();
1514     if (stretchGroup.cs != null)
1515     {
1516       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1517               av.getHiddenRepSequences());
1518
1519       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1520       {
1521         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1522                 stretchGroup.getName());
1523       }
1524       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1525       {
1526         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1527                 stretchGroup.getName());
1528       }
1529     }
1530     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1531     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1532     needOverviewUpdate = false;
1533     changeEndRes = false;
1534     changeStartRes = false;
1535     stretchGroup = null;
1536     av.sendSelection();
1537   }
1538
1539   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1540   {
1541     int res = findRes(evt);
1542     int y = findSeq(evt);
1543
1544     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1545     {
1546       return;
1547     }
1548
1549     if (stretchGroup == null)
1550     {
1551       return;
1552     }
1553
1554     mouseDragging = true;
1555
1556     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1557     {
1558       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1559     }
1560
1561     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1562     {
1563       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1564     }
1565
1566     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1567     {
1568       // Edit end res position of selected group
1569       changeEndRes = true;
1570     }
1571     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1572     {
1573       // Edit start res position of selected group
1574       changeStartRes = true;
1575     }
1576
1577     if (res < 0)
1578     {
1579       res = 0;
1580     }
1581
1582     if (changeEndRes)
1583     {
1584       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1585       {
1586         stretchGroup.setEndRes(res);
1587         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1588       }
1589     }
1590     else if (changeStartRes)
1591     {
1592       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1593       {
1594         stretchGroup.setStartRes(res);
1595         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1596       }
1597     }
1598
1599     int dragDirection = 0;
1600
1601     if (y > oldSeq)
1602     {
1603       dragDirection = 1;
1604     }
1605     else if (y < oldSeq)
1606     {
1607       dragDirection = -1;
1608     }
1609
1610     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1611             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1612     {
1613       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1614       // selection is quite slow.
1615       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1616
1617       oldSeq += dragDirection;
1618
1619       if (oldSeq < 0)
1620       {
1621         break;
1622       }
1623
1624       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1625
1626       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1627       {
1628         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1629         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1630       }
1631       else
1632       {
1633         if (seq != null)
1634         {
1635           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1636         }
1637
1638         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1639         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1640       }
1641     }
1642
1643     if (oldSeq < 0)
1644     {
1645       oldSeq = -1;
1646     }
1647
1648     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1649             || y > av.endSeq)
1650     {
1651       mouseExited(evt);
1652     }
1653
1654     if (scrollThread != null)
1655     {
1656       scrollThread.setEvent(evt);
1657     }
1658
1659     seqCanvas.repaint();
1660   }
1661
1662   @Override
1663   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1664   {
1665     if (oldSeq < 0)
1666     {
1667       oldSeq = 0;
1668     }
1669
1670     if (scrollThread != null)
1671     {
1672       scrollThread.running = false;
1673       scrollThread = null;
1674     }
1675   }
1676
1677   @Override
1678   public void mouseExited(MouseEvent e)
1679   {
1680     if (av.getWrapAlignment())
1681     {
1682       return;
1683     }
1684
1685     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1686     {
1687       scrollThread = new ScrollThread();
1688     }
1689   }
1690
1691   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1692   {
1693     if (evt == null)
1694     {
1695       if (scrollThread != null)
1696       {
1697         scrollThread.running = false;
1698         scrollThread = null;
1699       }
1700       mouseDragging = false;
1701     }
1702     else
1703     {
1704       if (scrollThread == null)
1705       {
1706         scrollThread = new ScrollThread();
1707       }
1708
1709       mouseDragging = true;
1710       scrollThread.setEvent(evt);
1711     }
1712
1713   }
1714
1715   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1716   class ScrollThread extends Thread
1717   {
1718     MouseEvent evt;
1719
1720     boolean running = false;
1721
1722     public ScrollThread()
1723     {
1724       start();
1725     }
1726
1727     public void setEvent(MouseEvent e)
1728     {
1729       evt = e;
1730     }
1731
1732     public void stopScrolling()
1733     {
1734       running = false;
1735     }
1736
1737     @Override
1738     public void run()
1739     {
1740       running = true;
1741       while (running)
1742       {
1743
1744         if (evt != null)
1745         {
1746
1747           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1748           {
1749             running = ap.scrollUp(true);
1750           }
1751
1752           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1753                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1754           {
1755             running = ap.scrollUp(false);
1756           }
1757
1758           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1759           {
1760             running = ap.scrollRight(false);
1761           }
1762
1763           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1764           {
1765             running = ap.scrollRight(true);
1766           }
1767         }
1768
1769         try
1770         {
1771           Thread.sleep(75);
1772         } catch (Exception ex)
1773         {
1774         }
1775       }
1776     }
1777   }
1778
1779   /**
1780    * modify current selection according to a received message.
1781    */
1782   @Override
1783   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1784           SelectionSource source)
1785   {
1786     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1787     // handles selection messages...
1788     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1789     // shared between viewports.
1790     if (av != null
1791             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1792                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1793     {
1794       return;
1795     }
1796
1797     /*
1798      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1799      * complement.
1800      */
1801     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1802     {
1803       return;
1804     }
1805
1806     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1807     // suspect)
1808     /*
1809      * only copy colsel if there is a real intersection between
1810      * sequence selection and this panel's alignment
1811      */
1812     boolean repaint = false;
1813     boolean copycolsel = false;
1814     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1815     {
1816       SequenceGroup sgroup = null;
1817       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1818       {
1819         if (av.getAlignment() == null)
1820         {
1821           System.out
1822                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1823                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1824                           + av.getViewId()
1825                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1826           return;
1827         }
1828         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1829                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1830         if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
1831         {
1832           copycolsel = true;
1833         }
1834       }
1835       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1836       {
1837         av.setSelectionGroup(sgroup);
1838       }
1839       else
1840       {
1841         av.setSelectionGroup(null);
1842       }
1843       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1844     }
1845     if (copycolsel
1846             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1847                     .isColSelChanged(true)))
1848     {
1849       // the current selection is unset or from a previous message
1850       // so import the new colsel.
1851       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
1852       {
1853         if (av.getColumnSelection() != null)
1854         {
1855           av.getColumnSelection().clear();
1856         }
1857       }
1858       else
1859       {
1860         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1861         if (av.getColumnSelection() == null)
1862         {
1863           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1864         }
1865         else
1866         {
1867           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1868         }
1869       }
1870       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1871     }
1872     if (copycolsel
1873             && av.hasHiddenColumns()
1874             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1875                     .getHiddenColumns() == null))
1876     {
1877       System.err.println("Bad things");
1878     }
1879     if (repaint)
1880     {
1881       ap.scalePanelHolder.repaint();
1882       ap.repaint();
1883     }
1884   }
1885
1886   /**
1887    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1888    *
1889    * @param row
1890    * @param column
1891    */
1892   public void scrollTo(int row, int column)
1893   {
1894
1895     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1896     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1897     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1898   }
1899
1900   /**
1901    * scroll to the given row - or nearest visible location
1902    *
1903    * @param row
1904    */
1905   public void scrollToRow(int row)
1906   {
1907
1908     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1909     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1910   }
1911
1912   /**
1913    * scroll to the given column - or nearest visible location
1914    *
1915    * @param column
1916    */
1917   public void scrollToColumn(int column)
1918   {
1919
1920     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1921     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1922   }
1923
1924   /**
1925    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1926    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1927    * returns false.
1928    *
1929    * @param seqsel
1930    * @param colsel
1931    * @param source
1932    */
1933   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1934           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1935   {
1936     if (!(source instanceof AlignViewportI))
1937     {
1938       return false;
1939     }
1940     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1941     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
1942             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1943     {
1944       return false;
1945     }
1946
1947     /*
1948      * Map sequence selection
1949      */
1950     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1951     av.setSelectionGroup(sg);
1952     av.isSelectionGroupChanged(true);
1953
1954     /*
1955      * Map column selection
1956      */
1957     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1958             av);
1959     av.setColumnSelection(cs);
1960
1961     ap.scalePanelHolder.repaint();
1962     ap.repaint();
1963
1964     return true;
1965   }
1966
1967 }