src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.commands.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.schemes.*;
  31 import jalview.structure.SelectionSource;
  32 import jalview.structure.SequenceListener;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35
  36 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  37         MouseListener, SequenceListener
  38 {
  39
  40   public SeqCanvas seqCanvas;
  41
  42   public AlignmentPanel ap;
  43
  44   protected int lastres;
  45
  46   protected int startseq;
  47
  48   protected AlignViewport av;
  49
  50   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  51   // conservation
  52   boolean seqEditOccurred = false;
  53
  54   ScrollThread scrollThread = null;
  55
  56   boolean mouseDragging = false;
  57
  58   boolean editingSeqs = false;
  59
  60   boolean groupEditing = false;
  61
  62   int oldSeq = -1;
  63
  64   boolean changeEndSeq = false;
  65
  66   boolean changeStartSeq = false;
  67
  68   boolean changeEndRes = false;
  69
  70   boolean changeStartRes = false;
  71
  72   SequenceGroup stretchGroup = null;
  73
  74   StringBuffer keyboardNo1;
  75
  76   StringBuffer keyboardNo2;
  77
  78   boolean mouseWheelPressed = false;
  79
  80   Point lastMousePress;
  81
  82   EditCommand editCommand;
  83
  84   StructureSelectionManager ssm;
  85
  86   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
  87   {
  88     this.av = avp;
  89
  90     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
  91     setLayout(new BorderLayout());
  92     add(seqCanvas);
  93
  94     ap = p;
  95
  96     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
  97     seqCanvas.addMouseListener(this);
  98     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
  99     ssm.addStructureViewerListener(this);
 100
 101     seqCanvas.repaint();
 102   }
 103
 104   void endEditing()
 105   {
 106     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 107     {
 108       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 109       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 110               .getSequences());
 111     }
 112
 113     startseq = -1;
 114     lastres = -1;
 115     editingSeqs = false;
 116     groupEditing = false;
 117     keyboardNo1 = null;
 118     keyboardNo2 = null;
 119     editCommand = null;
 120   }
 121
 122   void setCursorRow()
 123   {
 124     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 125     scrollToVisible();
 126   }
 127
 128   void setCursorColumn()
 129   {
 130     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 131     scrollToVisible();
 132   }
 133
 134   void setCursorRowAndColumn()
 135   {
 136     if (keyboardNo2 == null)
 137     {
 138       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 139     }
 140     else
 141     {
 142       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 143       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 144       scrollToVisible();
 145     }
 146   }
 147
 148   void setCursorPosition()
 149   {
 150     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 151             seqCanvas.cursorY);
 152
 153     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 154     scrollToVisible();
 155   }
 156
 157   void moveCursor(int dx, int dy)
 158   {
 159     seqCanvas.cursorX += dx;
 160     seqCanvas.cursorY += dy;
 161     if (av.hasHiddenColumns()
 162             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 163     {
 164       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 165       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 166
 167       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 168               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 169       {
 170         seqCanvas.cursorX += dx;
 171       }
 172
 173       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 174               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 175       {
 176         seqCanvas.cursorX = original;
 177       }
 178     }
 179     scrollToVisible();
 180   }
 181
 182   void scrollToVisible()
 183   {
 184     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 185     {
 186       seqCanvas.cursorX = 0;
 187     }
 188     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 189     {
 190       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 191     }
 192
 193     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 194     {
 195       seqCanvas.cursorY = 0;
 196     }
 197     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 198     {
 199       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 200     }
 201
 202     endEditing();
 203     if (av.wrapAlignment)
 204     {
 205       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 206     }
 207     else
 208     {
 209       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 210       {
 211         ap.scrollUp(true);
 212       }
 213       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 214       {
 215         ap.scrollUp(false);
 216       }
 217       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 218               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 219       {
 220
 221         if (!ap.scrollRight(false))
 222         {
 223           break;
 224         }
 225       }
 226       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 227               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 228       {
 229         if (!ap.scrollRight(true))
 230         {
 231           break;
 232         }
 233       }
 234     }
 235     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 236             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 237
 238     seqCanvas.repaint();
 239   }
 240
 241   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 242   {
 243     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 244             seqCanvas.cursorY);
 245
 246     if (av.getSelectionGroup() != null)
 247     {
 248       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 249       // Find the top and bottom of this group
 250       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 251       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 252       {
 253         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 254         if (index > max)
 255         {
 256           max = index;
 257         }
 258         if (index < min)
 259         {
 260           min = index;
 261         }
 262       }
 263
 264       max++;
 265
 266       if (topLeft)
 267       {
 268         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 269         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 270         {
 271           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 272         }
 273
 274         min = seqCanvas.cursorY;
 275       }
 276       else
 277       {
 278         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 279         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 280         {
 281           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 282         }
 283
 284         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 285       }
 286
 287       if (min > max)
 288       {
 289         // Only the user can do this
 290         av.setSelectionGroup(null);
 291       }
 292       else
 293       {
 294         // Now add any sequences between min and max
 295         sg.clear();
 296         for (int i = min; i < max; i++)
 297         {
 298           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 299         }
 300       }
 301     }
 302
 303     if (av.getSelectionGroup() == null)
 304     {
 305       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 306       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 307       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 308       sg.addSequence(sequence, false);
 309       av.setSelectionGroup(sg);
 310     }
 311     ap.paintAlignment(false);
 312     av.sendSelection();
 313   }
 314
 315   void insertGapAtCursor(boolean group)
 316   {
 317     groupEditing = group;
 318     startseq = seqCanvas.cursorY;
 319     lastres = seqCanvas.cursorX;
 320     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 321     endEditing();
 322   }
 323
 324   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 325   {
 326     groupEditing = group;
 327     startseq = seqCanvas.cursorY;
 328     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 329     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 330     endEditing();
 331   }
 332
 333   void numberPressed(char value)
 334   {
 335     if (keyboardNo1 == null)
 336     {
 337       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 338     }
 339
 340     if (keyboardNo2 != null)
 341     {
 342       keyboardNo2.append(value);
 343     }
 344     else
 345     {
 346       keyboardNo1.append(value);
 347     }
 348   }
 349
 350   int getKeyboardNo1()
 351   {
 352     try
 353     {
 354       if (keyboardNo1 != null)
 355       {
 356         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 357         keyboardNo1 = null;
 358         return value;
 359       }
 360     } catch (Exception x)
 361     {
 362     }
 363     keyboardNo1 = null;
 364     return 1;
 365   }
 366
 367   int getKeyboardNo2()
 368   {
 369     try
 370     {
 371       if (keyboardNo2 != null)
 372       {
 373         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 374         keyboardNo2 = null;
 375         return value;
 376       }
 377     } catch (Exception x)
 378     {
 379     }
 380     keyboardNo2 = null;
 381     return 1;
 382   }
 383
 384   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 385   {
 386     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 387             + sequence.getName());
 388
 389     Object obj = null;
 390     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 391     {
 392       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 393               + "");
 394       if (obj != null)
 395       {
 396         text.append(" Nucleotide: ");
 397       }
 398     }
 399     else
 400     {
 401       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 402       if (obj != null)
 403       {
 404         text.append("  Residue: ");
 405       }
 406     }
 407
 408     if (obj != null)
 409     {
 410
 411       if (obj != "")
 412       {
 413         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 414       }
 415     }
 416
 417     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 418
 419   }
 420
 421   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 422   {
 423     lastMousePress = evt.getPoint();
 424
 425     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 426     // As the Button2_mask always seems to be true
 427     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 428             && !av.MAC)
 429     {
 430       mouseWheelPressed = true;
 431       return;
 432     }
 433
 434     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 435     {
 436       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 437       {
 438         groupEditing = true;
 439       }
 440       editingSeqs = true;
 441     }
 442     else
 443     {
 444       doMousePressedDefineMode(evt);
 445       return;
 446     }
 447
 448     int seq = findSeq(evt);
 449     int res = findRes(evt);
 450
 451     if (seq < 0 || res < 0)
 452     {
 453       return;
 454     }
 455
 456     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 457             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 458     {
 459       startseq = seq;
 460       lastres = res;
 461     }
 462     else
 463     {
 464       startseq = -1;
 465       lastres = -1;
 466     }
 467
 468     return;
 469   }
 470
 471   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 472   {
 473     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 474     if (evt.getClickCount() > 1)
 475     {
 476       if (av.getSelectionGroup() != null
 477               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 478               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 479                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 480       {
 481         av.setSelectionGroup(null);
 482       }
 483
 484       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 485               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 486
 487       if (features != null && features.length > 0)
 488       {
 489         SearchResults highlight = new SearchResults();
 490         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 491                 features[0].getEnd());
 492         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 493       }
 494       if (features != null && features.length > 0)
 495       {
 496         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 497         { sequence }, features, false, ap);
 498
 499         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 500       }
 501     }
 502   }
 503
 504   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 505   {
 506     mouseDragging = false;
 507     mouseWheelPressed = false;
 508     ap.paintAlignment(true);
 509
 510     if (!editingSeqs)
 511     {
 512       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 513       return;
 514     }
 515
 516     endEditing();
 517
 518   }
 519
 520   int startWrapBlock = -1;
 521
 522   int wrappedBlock = -1;
 523
 524   int findRes(MouseEvent evt)
 525   {
 526     int res = 0;
 527     int x = evt.getX();
 528
 529     if (av.wrapAlignment)
 530     {
 531
 532       int hgap = av.charHeight;
 533       if (av.scaleAboveWrapped)
 534       {
 535         hgap += av.charHeight;
 536       }
 537
 538       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 539               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 540
 541       int y = evt.getY();
 542       y -= hgap;
 543       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 544
 545       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 546       if (cwidth < 1)
 547       {
 548         return 0;
 549       }
 550
 551       wrappedBlock = y / cHeight;
 552       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 553
 554       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 555
 556     }
 557     else
 558     {
 559       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 560     }
 561
 562     if (av.hasHiddenColumns())
 563     {
 564       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 565     }
 566
 567     return res;
 568
 569   }
 570
 571   int findSeq(MouseEvent evt)
 572   {
 573     final int sqnum = findAlRow(evt);
 574     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 575   }
 576
 577   /**
 578    *
 579    * @param evt
 580    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 581    */
 582   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 583   {
 584     int seq = 0;
 585     int y = evt.getY();
 586
 587     if (av.wrapAlignment)
 588     {
 589       int hgap = av.charHeight;
 590       if (av.scaleAboveWrapped)
 591       {
 592         hgap += av.charHeight;
 593       }
 594
 595       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 596               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 597
 598       y -= hgap;
 599
 600       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 601               .getHeight() - 1);
 602       if (seq < 0)
 603       {
 604         seq = -1;
 605       }
 606     }
 607     else
 608     {
 609       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 610               .getAlignment().getHeight() - 1);
 611       if (seq < 0)
 612       {
 613         seq = -1;
 614       }
 615     }
 616
 617     return seq;
 618   }
 619
 620   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 621   {
 622
 623     int seq = findSeq(evt);
 624     int res = findRes(evt);
 625
 626     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 627             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 628     {
 629       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 630       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 631       // in the alignment
 632
 633       startseq = seq;
 634       lastres = res;
 635     }
 636     else
 637     {
 638       startseq = -1;
 639       lastres = -1;
 640     }
 641
 642     return;
 643   }
 644
 645   String lastMessage;
 646
 647   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 648   {
 649     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 650     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 651       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 652
 653     lastMessage = tmp;
 654   }
 655
 656   public void highlightSequence(SearchResults results)
 657   {
 658     if (av.followHighlight)
 659     {
 660       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 661       {
 662         ap.alignFrame.repaint();
 663       }
 664     }
 665     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 666
 667   }
 668
 669   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 670   {
 671     System.out.println("update the seqPanel colours");
 672     // repaint();
 673   }
 674
 675   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 676   {
 677     int res = findRes(evt);
 678     int seq = findSeq(evt);
 679
 680     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 681     {
 682       if (tooltip != null)
 683       {
 684         tooltip.setTip("");
 685       }
 686       return;
 687     }
 688
 689     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 690     if (res > sequence.getLength())
 691     {
 692       if (tooltip != null)
 693       {
 694         tooltip.setTip("");
 695       }
 696       return;
 697     }
 698
 699     int respos = sequence.findPosition(res);
 700     if (ssm != null)
 701       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 702
 703     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 704             + sequence.getName());
 705
 706     Object obj = null;
 707     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 708     {
 709       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 710               + "");
 711       if (obj != null)
 712       {
 713         text.append(" Nucleotide: ");
 714       }
 715     }
 716     else
 717     {
 718       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 719       if (obj != null)
 720       {
 721         text.append("  Residue: ");
 722       }
 723     }
 724
 725     if (obj != null)
 726     {
 727       if (obj != "")
 728       {
 729         text.append(obj + " (" + respos + ")");
 730       }
 731     }
 732
 733     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 734
 735     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 736     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 737     if (groups != null)
 738     {
 739       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 740       {
 741         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 742         {
 743           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 744                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 745           {
 746             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");
 747           }
 748           if (groups[g].getDescription() != null)
 749           {
 750             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 751           }
 752           tooltipText.append("\n");
 753         }
 754       }
 755     }
 756
 757     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 758     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 759             sequence.findPosition(res));
 760
 761     int index = 0;
 762     while (index < allFeatures.length)
 763     {
 764       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 765
 766       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 767
 768       if (sf.getDescription() != null)
 769       {
 770         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 771       }
 772
 773       if (sf.getValue("status") != null)
 774       {
 775         String status = sf.getValue("status").toString();
 776         if (status.length() > 0)
 777         {
 778           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 779         }
 780       }
 781       tooltipText.append("\n");
 782
 783       index++;
 784     }
 785
 786     if (tooltip == null)
 787     {
 788       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 789     }
 790     else
 791     {
 792       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 793     }
 794   }
 795
 796   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 797   {
 798     Vector tmp = new Vector();
 799     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 800     if (features != null)
 801     {
 802       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 803       {
 804         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 805                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(features[i].getType()))
 806         {
 807           continue;
 808         }
 809
 810         if (features[i].featureGroup != null
 811                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(features[i].featureGroup,false))
 812         {
 813           continue;
 814         }
 815
 816         if ((features[i].getBegin() <= res)
 817                 && (features[i].getEnd() >= res))
 818         {
 819           tmp.addElement(features[i]);
 820         }
 821       }
 822     }
 823
 824     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 825     tmp.copyInto(features);
 826
 827     return features;
 828   }
 829
 830   Tooltip tooltip;
 831
 832   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 833   {
 834     if (mouseWheelPressed)
 835     {
 836       int oldWidth = av.charWidth;
 837
 838       // Which is bigger, left-right or up-down?
 839       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 840               - lastMousePress.x))
 841       {
 842         int fontSize = av.font.getSize();
 843
 844         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)
 845         {
 846           fontSize--;
 847         }
 848         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 849         {
 850           fontSize++;
 851         }
 852
 853         if (fontSize < 1)
 854         {
 855           fontSize = 1;
 856         }
 857
 858         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 859         av.charWidth = oldWidth;
 860       }
 861       else
 862       {
 863         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)
 864         {
 865           av.charWidth--;
 866         }
 867         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 868         {
 869           av.charWidth++;
 870         }
 871
 872         if (av.charWidth < 1)
 873         {
 874           av.charWidth = 1;
 875         }
 876       }
 877
 878       ap.fontChanged();
 879
 880       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 881       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 882
 883       lastMousePress = evt.getPoint();
 884
 885       ap.paintAlignment(false);
 886       ap.annotationPanel.image = null;
 887       return;
 888     }
 889
 890     if (!editingSeqs)
 891     {
 892       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 893       return;
 894     }
 895
 896     int res = findRes(evt);
 897
 898     if (res < 0)
 899     {
 900       res = 0;
 901     }
 902
 903     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 904     {
 905       return;
 906     }
 907
 908     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 909     {
 910       // dragLeft, delete gap
 911       editSequence(false, res);
 912     }
 913     else
 914     {
 915       editSequence(true, res);
 916     }
 917
 918     mouseDragging = true;
 919     if (scrollThread != null)
 920     {
 921       scrollThread.setEvent(evt);
 922     }
 923
 924   }
 925
 926   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
 927   {
 928     int fixedLeft = -1;
 929     int fixedRight = -1;
 930     boolean fixedColumns = false;
 931     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 932
 933     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 934
 935     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 936     {
 937       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 938       {
 939         sg = (SequenceGroup) av.getRepresentedSequences(seq);
 940         groupEditing = true;
 941       }
 942     }
 943
 944     StringBuffer message = new StringBuffer();
 945     if (groupEditing)
 946     {
 947       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(":");
 948       if (editCommand == null)
 949       {
 950         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 951       }
 952     }
 953     else
 954     {
 955       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence")).append(" " + seq.getName());
 956       String label = seq.getName();
 957       if (label.length() > 10)
 958       {
 959         label = label.substring(0, 10);
 960       }
 961       if (editCommand == null)
 962       {
 963         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
 964       }
 965     }
 966
 967     if (insertGap)
 968     {
 969       message.append(" insert ");
 970     }
 971     else
 972     {
 973       message.append(" delete ");
 974     }
 975
 976     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
 977     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
 978
 979     // Are we editing within a selection group?
 980     if (groupEditing
 981             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
 982                     .contains(seq)))
 983     {
 984       fixedColumns = true;
 985
 986       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
 987       // but the sequence represents a group
 988       if (sg == null)
 989       {
 990         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
 991         {
 992           endEditing();
 993           return;
 994         }
 995
 996         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 997       }
 998
 999       fixedLeft = sg.getStartRes();
1000       fixedRight = sg.getEndRes();
1001
1002       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1003               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1004               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1005               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1006       {
1007         endEditing();
1008         return;
1009       }
1010
1011       if (fixedLeft > startres)
1012       {
1013         fixedRight = fixedLeft - 1;
1014         fixedLeft = 0;
1015       }
1016       else if (fixedRight < startres)
1017       {
1018         fixedLeft = fixedRight;
1019         fixedRight = -1;
1020       }
1021     }
1022
1023     if (av.hasHiddenColumns())
1024     {
1025       fixedColumns = true;
1026       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1027       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1028
1029       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1030               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1031       {
1032         endEditing();
1033         return;
1034       }
1035
1036       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1037       // Selection spans a hidden region
1038       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1039       {
1040         if (startres >= y2)
1041         {
1042           fixedLeft = y2;
1043         }
1044         else
1045         {
1046           fixedRight = y2 - 1;
1047         }
1048       }
1049     }
1050
1051     if (groupEditing)
1052     {
1053       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1054               .toArray(new SequenceI[0]);
1055
1056       // drag to right
1057       if (insertGap)
1058       {
1059         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1060         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1061         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1062                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1063         {
1064           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1065           fixedRight = sg.getEndRes();
1066         }
1067
1068         // Is it valid with fixed columns??
1069         // Find the next gap before the end
1070         // of the visible region boundary
1071         boolean blank = false;
1072         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1073         {
1074           blank = true;
1075
1076           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1077           {
1078             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1079             {
1080               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1081                       - j)))
1082               {
1083                 blank = false;
1084                 break;
1085               }
1086             }
1087           }
1088           if (blank)
1089           {
1090             break;
1091           }
1092         }
1093
1094         if (!blank)
1095         {
1096           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1097           {
1098             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1099                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1100             {
1101               endEditing();
1102               return;
1103             }
1104
1105             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1106             if (av.hasHiddenRows())
1107             {
1108               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1109                       .getWidth();
1110               if (hwidth > alWidth)
1111               {
1112                 alWidth = hwidth;
1113               }
1114             }
1115             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1116             // contains all the sequences
1117             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1118             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1119           }
1120           else
1121           {
1122             endEditing();
1123             return;
1124           }
1125         }
1126       }
1127
1128       // drag to left
1129       else if (!insertGap)
1130       {
1131         // / Are we able to delete?
1132         // ie are all columns blank?
1133
1134         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1135         {
1136           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1137           {
1138             if (gs.getLength() <= j)
1139             {
1140               continue;
1141             }
1142
1143             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1144             {
1145               // Not a gap, block edit not valid
1146               endEditing();
1147               return;
1148             }
1149           }
1150         }
1151       }
1152
1153       if (insertGap)
1154       {
1155         // dragging to the right
1156         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1157         {
1158           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1159           {
1160             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1161           }
1162         }
1163         else
1164         {
1165           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, groupSeqs,
1166                   startres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1167         }
1168       }
1169       else
1170       {
1171         // dragging to the left
1172         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1173         {
1174           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1175           {
1176             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1177           }
1178         }
1179         else
1180         {
1181           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, groupSeqs,
1182                   startres, lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1183         }
1184
1185       }
1186     }
1187     else
1188     // ///Editing a single sequence///////////
1189     {
1190       if (insertGap)
1191       {
1192         // dragging to the right
1193         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1194         {
1195           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1196           {
1197             insertChar(j, new SequenceI[]
1198             { seq }, fixedRight);
1199           }
1200         }
1201         else
1202         {
1203           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1204           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1205         }
1206       }
1207       else
1208       {
1209         // dragging to the left
1210         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1211         {
1212           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1213           {
1214             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1215             {
1216               endEditing();
1217               break;
1218             }
1219             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1220             { seq }, fixedRight);
1221           }
1222         }
1223         else
1224         {
1225           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1226           int max = 0;
1227           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1228           {
1229             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1230             {
1231               break;
1232             }
1233             max++;
1234           }
1235
1236           if (max > 0)
1237           {
1238             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1239             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1240           }
1241         }
1242       }
1243     }
1244
1245     lastres = startres;
1246     seqCanvas.repaint();
1247   }
1248
1249   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1250   {
1251     int blankColumn = fixedColumn;
1252     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1253     {
1254       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1255       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1256
1257       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1258       {
1259         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1260         {
1261           // Theres a space, so break and insert the gap
1262           break;
1263         }
1264       }
1265
1266       if (blankColumn <= j)
1267       {
1268         blankColumn = fixedColumn;
1269         endEditing();
1270         return;
1271       }
1272     }
1273
1274     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1275             av.getAlignment(), true);
1276
1277     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, j, 1,
1278             av.getAlignment(), true);
1279
1280   }
1281
1282   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1283   {
1284
1285     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, j, 1,
1286             av.getAlignment(), true);
1287
1288     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1289             av.getAlignment(), true);
1290   }
1291
1292   // ////////////////////////////////////////
1293   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1294   // ////////////////////////////////////////
1295   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1296   {
1297     if (scrollThread != null)
1298     {
1299       scrollThread.running = false;
1300       scrollThread = null;
1301     }
1302
1303     int res = findRes(evt);
1304     int seq = findSeq(evt);
1305     oldSeq = seq;
1306     startWrapBlock = wrappedBlock;
1307
1308     if (seq == -1)
1309     {
1310       return;
1311     }
1312
1313     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1314
1315     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1316     {
1317       return;
1318     }
1319
1320     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1321
1322     if (stretchGroup == null)
1323     {
1324       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1325       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1326               && res < stretchGroup.getEndRes())
1327       {
1328         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1329       }
1330       else
1331       {
1332         stretchGroup = null;
1333       }
1334     }
1335
1336     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1337             || stretchGroup.getStartRes() > res
1338             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1339     {
1340       stretchGroup = null;
1341
1342       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1343
1344       if (allGroups != null)
1345       {
1346         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1347         {
1348           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1349                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1350           {
1351             stretchGroup = allGroups[i];
1352             break;
1353           }
1354         }
1355       }
1356       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1357     }
1358
1359     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1360     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1361     {
1362       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1363               sequence.findPosition(res));
1364
1365       Vector links = null;
1366       if (allFeatures != null)
1367       {
1368         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1369         {
1370           if (allFeatures[i].links != null)
1371           {
1372             if (links == null)
1373             {
1374               links = new Vector();
1375             }
1376             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1377             {
1378               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1379             }
1380           }
1381         }
1382       }
1383       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1384       this.add(popup);
1385       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1386       return;
1387     }
1388
1389     if (av.cursorMode)
1390     {
1391       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1392       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1393       seqCanvas.repaint();
1394       return;
1395     }
1396
1397     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1398
1399     if (stretchGroup == null)
1400     {
1401       // define a new group here
1402       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1403       sg.setStartRes(res);
1404       sg.setEndRes(res);
1405       sg.addSequence(sequence, false);
1406       av.setSelectionGroup(sg);
1407       stretchGroup = sg;
1408
1409       if (av.getConservationSelected())
1410       {
1411         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1412                 "Background");
1413       }
1414       if (av.getAbovePIDThreshold())
1415       {
1416         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1417                 "Background");
1418       }
1419
1420     }
1421   }
1422
1423   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1424   {
1425     if (stretchGroup == null)
1426     {
1427       return;
1428     }
1429
1430     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1431                                        // state
1432     if (stretchGroup.cs != null)
1433     {
1434       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1435               av.getHiddenRepSequences());
1436
1437       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1438       {
1439         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1440                 stretchGroup.getName());
1441       }
1442       else
1443       {
1444         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1445                 stretchGroup.getName());
1446       }
1447     }
1448     changeEndRes = false;
1449     changeStartRes = false;
1450     stretchGroup = null;
1451     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1452     ap.paintAlignment(true);
1453     av.sendSelection();
1454   }
1455
1456   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1457   {
1458     int res = findRes(evt);
1459     int y = findSeq(evt);
1460
1461     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1462     {
1463       return;
1464     }
1465
1466     if (stretchGroup == null)
1467     {
1468       return;
1469     }
1470
1471     mouseDragging = true;
1472
1473     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1474     {
1475       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1476     }
1477
1478     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1479     {
1480       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1481     }
1482
1483     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1484     {
1485       // Edit end res position of selected group
1486       changeEndRes = true;
1487     }
1488     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1489     {
1490       // Edit start res position of selected group
1491       changeStartRes = true;
1492     }
1493
1494     if (res < 0)
1495     {
1496       res = 0;
1497     }
1498
1499     if (changeEndRes)
1500     {
1501       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1502       {
1503         stretchGroup.setEndRes(res);
1504       }
1505     }
1506     else if (changeStartRes)
1507     {
1508       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1509       {
1510         stretchGroup.setStartRes(res);
1511       }
1512     }
1513
1514     int dragDirection = 0;
1515
1516     if (y > oldSeq)
1517     {
1518       dragDirection = 1;
1519     }
1520     else if (y < oldSeq)
1521     {
1522       dragDirection = -1;
1523     }
1524
1525     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1526             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1527     {
1528       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1529       // selection is quite slow.
1530       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1531
1532       oldSeq += dragDirection;
1533
1534       if (oldSeq < 0)
1535       {
1536         break;
1537       }
1538
1539       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1540
1541       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1542       {
1543         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1544       }
1545       else
1546       {
1547         if (seq != null)
1548         {
1549           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1550         }
1551
1552         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1553       }
1554     }
1555
1556     if (oldSeq < 0)
1557     {
1558       oldSeq = -1;
1559     }
1560
1561     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1562             || y > av.endSeq)
1563     {
1564       mouseExited(evt);
1565     }
1566
1567     if (scrollThread != null)
1568     {
1569       scrollThread.setEvent(evt);
1570     }
1571
1572     seqCanvas.repaint();
1573   }
1574
1575   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1576   {
1577     if (oldSeq < 0)
1578     {
1579       oldSeq = 0;
1580     }
1581
1582     if (scrollThread != null)
1583     {
1584       scrollThread.running = false;
1585       scrollThread = null;
1586     }
1587   }
1588
1589   public void mouseExited(MouseEvent e)
1590   {
1591     if (av.getWrapAlignment())
1592     {
1593       return;
1594     }
1595
1596     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1597     {
1598       scrollThread = new ScrollThread();
1599     }
1600   }
1601
1602   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1603   {
1604     if (evt == null)
1605     {
1606       if (scrollThread != null)
1607       {
1608         scrollThread.running = false;
1609         scrollThread = null;
1610       }
1611       mouseDragging = false;
1612     }
1613     else
1614     {
1615       if (scrollThread == null)
1616       {
1617         scrollThread = new ScrollThread();
1618       }
1619
1620       mouseDragging = true;
1621       scrollThread.setEvent(evt);
1622     }
1623
1624   }
1625
1626   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1627   class ScrollThread extends Thread
1628   {
1629     MouseEvent evt;
1630
1631     boolean running = false;
1632
1633     public ScrollThread()
1634     {
1635       start();
1636     }
1637
1638     public void setEvent(MouseEvent e)
1639     {
1640       evt = e;
1641     }
1642
1643     public void stopScrolling()
1644     {
1645       running = false;
1646     }
1647
1648     public void run()
1649     {
1650       running = true;
1651       while (running)
1652       {
1653
1654         if (evt != null)
1655         {
1656
1657           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1658           {
1659             running = ap.scrollUp(true);
1660           }
1661
1662           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1663                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1664           {
1665             running = ap.scrollUp(false);
1666           }
1667
1668           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1669           {
1670             running = ap.scrollRight(false);
1671           }
1672
1673           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1674           {
1675             running = ap.scrollRight(true);
1676           }
1677         }
1678
1679         try
1680         {
1681           Thread.sleep(75);
1682         } catch (Exception ex)
1683         {
1684         }
1685       }
1686     }
1687   }
1688
1689   /**
1690    * modify current selection according to a received message.
1691    */
1692   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1693           SelectionSource source)
1694   {
1695     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1696     // handles selection messages...
1697     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1698     // shared between viewports.
1699     if (av != null
1700             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1701                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1702     {
1703       return;
1704     }
1705     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1706     // suspect)
1707     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1708     // sequence selection
1709     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1710     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1711     {
1712       SequenceGroup sgroup = null;
1713       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1714       {
1715         if (av.getAlignment() == null)
1716         {
1717           System.out
1718                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1719                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1720                           + av.getViewId()
1721                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1722           return;
1723         }
1724         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1725                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1726         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1727                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1728         {
1729           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1730           copycolsel = false;
1731         }
1732       }
1733       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1734       {
1735         av.setSelectionGroup(sgroup);
1736       }
1737       else
1738       {
1739         av.setSelectionGroup(null);
1740       }
1741       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1742     }
1743     if (copycolsel
1744             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1745                     .isColSelChanged(true)))
1746     {
1747       // the current selection is unset or from a previous message
1748       // so import the new colsel.
1749       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1750       {
1751         if (av.getColumnSelection() != null)
1752         {
1753           av.getColumnSelection().clear();
1754         }
1755       }
1756       else
1757       {
1758         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1759         if (av.getColumnSelection() == null)
1760         {
1761           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1762         }
1763         else
1764         {
1765           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1766         }
1767       }
1768       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1769     }
1770     if (copycolsel
1771             && av.hasHiddenColumns()
1772             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1773                     .getHiddenColumns() == null))
1774     {
1775       System.err.println("Bad things");
1776     }
1777     if (repaint)
1778     {
1779       ap.scalePanelHolder.repaint();
1780       ap.repaint();
1781     }
1782   }
1783
1784   /**
1785    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1786    *
1787    * @param row
1788    * @param column
1789    */
1790   public void scrollTo(int row, int column)
1791   {
1792
1793     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1794     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1795     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1796   }
1797
1798   /**
1799    * scroll to the given row - or nearest visible location
1800    *
1801    * @param row
1802    */
1803   public void scrollToRow(int row)
1804   {
1805
1806     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1807     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1808   }
1809
1810   /**
1811    * scroll to the given column - or nearest visible location
1812    *
1813    * @param column
1814    */
1815   public void scrollToColumn(int column)
1816   {
1817
1818     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1819     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1820   }
1821
1822 }