src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import jalview.datamodel.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 public class SeqPanel extends Panel\r
  30 {\r
  31 \r
  32   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  33   public    AlignmentPanel    ap;\r
  34 \r
  35   protected int lastres;\r
  36   protected int startseq;\r
  37   int startEdit=-1;\r
  38   int endEdit=-1;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   int seqEditOccurred = -1;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47 \r
  48   boolean editingSeqs = false;\r
  49   boolean groupEditing = false;\r
  50 \r
  51 \r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  54     this.av         = avp;\r
  55 \r
  56     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  57     setLayout(new BorderLayout());\r
  58     add(seqCanvas);\r
  59 \r
  60     ap = p;\r
  61 \r
  62     seqCanvas.addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66        if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         doMouseMoved(evt);    }\r
  69 \r
  70       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  71       {\r
  72         if(av.getWrapAlignment())\r
  73          return;\r
  74         if( editingSeqs )\r
  75           doMouseDragged(evt);\r
  76         else\r
  77           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  78       }\r
  79     });\r
  80 \r
  81     seqCanvas.addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  82     {\r
  83       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  84       {\r
  85         if(av.getWrapAlignment())\r
  86          return;\r
  87         if(editingSeqs)\r
  88           doMouseReleased(evt);\r
  89         else\r
  90           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  91 \r
  92       }\r
  93       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         if(av.getWrapAlignment())\r
  96          return;\r
  97         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  98         {\r
  99           if(evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 100             groupEditing = true;\r
 101 \r
 102           editingSeqs = true;\r
 103           doMousePressed(evt);\r
 104         }\r
 105         else\r
 106           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 107       }\r
 108       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 109       {\r
 110         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 111                 return;\r
 112               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 113 \r
 114       }\r
 115       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 116       {\r
 117         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 118           return;\r
 119         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 120       }\r
 121 \r
 122     });\r
 123     seqCanvas.repaint();\r
 124   }\r
 125 \r
 126 \r
 127   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 128 \r
 129     if(seqEditOccurred>-1)\r
 130       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 131 \r
 132     startseq = -1;\r
 133     lastres  = -1;\r
 134     seqEditOccurred = -1;\r
 135     editingSeqs  = false;\r
 136     groupEditing = false;\r
 137     ap.repaint();\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 141     ap.alignFrame.addHistoryItem( new HistoryItem(\r
 142         "Edit Sequence",av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 143     int seq;\r
 144     int res;\r
 145 \r
 146     int x = evt.getX();\r
 147     int y = evt.getY();\r
 148 \r
 149     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 150     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 151 \r
 152     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 153         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 154     {\r
 155       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 156       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 157       // in the alignment\r
 158 \r
 159       startseq = seq;\r
 160       lastres = res;\r
 161     }\r
 162     else\r
 163     {\r
 164       startseq = -1;\r
 165       lastres = -1;\r
 166     }\r
 167 \r
 168     return;\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 172   {\r
 173     int res=0, seq=0;\r
 174     int x = evt.getX();\r
 175     int y = evt.getY();\r
 176     if(av.wrapAlignment)\r
 177     {\r
 178       y -= 2*av.charHeight;\r
 179       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 180 \r
 181 \r
 182       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getSize().width/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 183 \r
 184       y %= chunkHeight;\r
 185       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 186 \r
 187     }\r
 188     else\r
 189     {\r
 190       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 191       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 192     }\r
 193 \r
 194 \r
 195     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 196       return;\r
 197 \r
 198     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 199     if(res>sequence.getLength())\r
 200       return;\r
 201 \r
 202     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 203     String aa = "";\r
 204     if(obj!=null)\r
 205          aa = obj.toString();\r
 206 \r
 207     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 208     if(aa!="")\r
 209       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 210 \r
 211     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 212 \r
 213     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 214     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 215     {\r
 216       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 217       Enumeration e = features.elements();\r
 218       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 219 \r
 220 \r
 221       while (e.hasMoreElements())\r
 222       {\r
 223         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 224         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 225             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 226         {\r
 227           if(sbuffer.length()>0)\r
 228             sbuffer.append("; ");\r
 229           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 230           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 231             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 232         }\r
 233 \r
 234       }\r
 235     }\r
 236 \r
 237 \r
 238   }\r
 239 \r
 240   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 241 \r
 242       // If we're dragging we're editing\r
 243       int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 244       if (res < 0)\r
 245         res = 0;\r
 246 \r
 247       if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 248         return;\r
 249 \r
 250       boolean dragRight = true;\r
 251       if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 252         dragRight = false;\r
 253 \r
 254 \r
 255       if (res != lastres)\r
 256      {\r
 257          // Group editing\r
 258          if (groupEditing)\r
 259          {\r
 260            SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 261            if(sg==null)\r
 262            {\r
 263              lastres=-1;\r
 264              return;\r
 265            }\r
 266 \r
 267              // drag to right\r
 268              if(dragRight)\r
 269                  sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res-lastres));\r
 270 \r
 271              // drag to left\r
 272              else\r
 273              {\r
 274                 /// Are we able to delete?\r
 275                 // ie are all columns blank?\r
 276                 boolean deleteAllowed = false;\r
 277                for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 278                {\r
 279                  SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 280                  for (int j=res; j<lastres; j++)\r
 281                  {\r
 282                    if(seq.getSequence().length()<=j)\r
 283                      continue;\r
 284 \r
 285                    if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 286                    {\r
 287                      // Not a gap, block edit not valid\r
 288                      res=j+1;\r
 289                      deleteAllowed = false;\r
 290                      continue;\r
 291                    }\r
 292                    deleteAllowed = true;\r
 293                  }\r
 294                }\r
 295 \r
 296                if(!deleteAllowed)\r
 297                {\r
 298                  lastres = -1;\r
 299                  return;\r
 300                }\r
 301 \r
 302                sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres-res));\r
 303              }\r
 304 \r
 305 \r
 306              for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 307              {\r
 308                SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 309                int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 310 \r
 311                // drag to right\r
 312                if (dragRight)\r
 313                  for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 314                    insertChar(j, k);\r
 315 \r
 316                // drag to left\r
 317                else\r
 318                {\r
 319                  for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 320                  {\r
 321                    if(s.getLength()>j)\r
 322                      deleteChar(res, k);\r
 323                  }\r
 324                }\r
 325              }\r
 326          }\r
 327          else /////Editing a single sequence///////////\r
 328          {\r
 329            if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 330            {\r
 331              // dragging to the right\r
 332              for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 333                insertChar(j, startseq);\r
 334            }\r
 335            else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 336            {\r
 337              // dragging to the left\r
 338              for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 339              {\r
 340                if( jalview.util.Comparison.isGap(\r
 341                  av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 342 \r
 343                deleteChar(res, startseq);\r
 344                else\r
 345                {\r
 346 \r
 347                  break;\r
 348                }\r
 349              }\r
 350            }\r
 351 \r
 352          }\r
 353      }\r
 354 \r
 355      endEdit = res;\r
 356      lastres = res;\r
 357       seqCanvas.repaint();\r
 358   }\r
 359 \r
 360   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 361     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 362     seqCanvas.repaint();\r
 363   }\r
 364 \r
 365   public void insertChar(int j, int seq)\r
 366   {\r
 367     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 368     seqEditOccurred=seq;\r
 369   }\r
 370 \r
 371   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 372   {\r
 373 \r
 374     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 375     seqEditOccurred=seq;\r
 376     av.alignment.getWidth();\r
 377     repaint();\r
 378   }\r
 379 \r
 380 \r
 381   void editOccurred(int i)\r
 382   {\r
 383     if(endEdit==startEdit)\r
 384     {\r
 385       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 386       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 387     }\r
 388 \r
 389     av.updateConservation();\r
 390     av.updateConsensus();\r
 391 \r
 392     // Y O Y CLUSTALX\r
 393     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 394     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 395     {\r
 396       ConservationColourScheme ccs =  (ConservationColourScheme) cs;\r
 397       if(ccs.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 398      {\r
 399         jalview.analysis.Conservation c = new jalview.analysis.Conservation\r
 400             ("All",\r
 401             ResidueProperties.propHash, 3,\r
 402             av.alignment.getSequences(), 0,\r
 403             av.alignment.getWidth() - 1);\r
 404         c.calculate();\r
 405         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 406 \r
 407         ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme)ccs.cs;\r
 408         cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),  av.alignment.getWidth());\r
 409         ccs = new ConservationColourScheme(c, cxs);\r
 410         av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 411      }\r
 412     }\r
 413 \r
 414     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 415     {\r
 416       ((ClustalxColourScheme)cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 417                                     av.alignment.getWidth());\r
 418       av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 419     }\r
 420 \r
 421 \r
 422   }\r
 423 \r
 424 //////////////////////////////////////////\r
 425 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 426 //////////////////////////////////////////\r
 427   int oldSeq = -1;\r
 428   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 429   {\r
 430     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 431     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 432     oldSeq = seq;\r
 433 \r
 434     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 435 \r
 436     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 437       return;\r
 438 \r
 439     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 440 \r
 441     if(stretchGroup == null)\r
 442      {\r
 443        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 444        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 445          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 446        else\r
 447          stretchGroup = null;\r
 448      }\r
 449 \r
 450     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 451             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 452             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 453      {\r
 454        stretchGroup = null;\r
 455 \r
 456        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 457 \r
 458        if (allGroups != null)\r
 459          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 460            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 461                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 462            {\r
 463              stretchGroup = allGroups[i];\r
 464              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 465              break;\r
 466            }\r
 467      }\r
 468 \r
 469     if(stretchGroup==null)\r
 470     {\r
 471       // define a new group here\r
 472       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 473       sg.setStartRes(res);\r
 474       sg.setEndRes(res);\r
 475       sg.addSequence( sequence );\r
 476       av.setSelectionGroup( sg );\r
 477       stretchGroup = sg;\r
 478 \r
 479       if(av.getConservationSelected())\r
 480         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 481       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 482         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 483 \r
 484     }\r
 485 \r
 486     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 487     else if( ( evt.getModifiers() & InputEvent .BUTTON3_MASK ) == InputEvent.BUTTON3_MASK )\r
 488     {\r
 489       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null);\r
 490       this.add(popup);\r
 491       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 492     }\r
 493 \r
 494 \r
 495     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 496       // Edit end res position of selected group\r
 497       changeEndRes = true;\r
 498 \r
 499    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 500       // Edit end res position of selected group\r
 501       changeStartRes = true;\r
 502 \r
 503   }\r
 504 \r
 505   boolean changeEndSeq = false;\r
 506   boolean changeStartSeq = false;\r
 507   boolean changeEndRes = false;\r
 508   boolean changeStartRes = false;\r
 509   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 510 \r
 511   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 512   {\r
 513     mouseDragging = false;\r
 514 \r
 515     if(stretchGroup==null)\r
 516       return;\r
 517 \r
 518     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 519     {\r
 520       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 521       seqCanvas.repaint();\r
 522     }\r
 523 \r
 524     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 525     {\r
 526        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 527        stretchGroup.cs = ccs;\r
 528        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 529 \r
 530        seqCanvas.repaint();\r
 531     }\r
 532     else\r
 533     {\r
 534       if(stretchGroup.cs !=null)\r
 535       {\r
 536         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 537       }\r
 538 \r
 539     }\r
 540 \r
 541 \r
 542     changeEndRes = false;\r
 543     changeStartRes = false;\r
 544     stretchGroup = null;\r
 545     ap.repaint();\r
 546   }\r
 547 \r
 548 \r
 549   boolean remove = false;\r
 550   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 551   {\r
 552     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 553     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 554 \r
 555     if(stretchGroup==null)\r
 556       return;\r
 557 \r
 558     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 559       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 560 \r
 561 \r
 562     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 563       // Edit end res position of selected group\r
 564       changeEndRes = true;\r
 565 \r
 566     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 567       // Edit start res position of selected group\r
 568       changeStartRes = true;\r
 569 \r
 570 \r
 571     if(res<av.getStartRes())\r
 572       res = av.getStartRes();\r
 573     else if(res>av.getEndRes())\r
 574       res = av.getEndRes();\r
 575 \r
 576     if(changeEndRes)\r
 577     {\r
 578       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 579         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 580     }\r
 581     else if(changeStartRes)\r
 582     {\r
 583       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 584         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 585     }\r
 586 \r
 587     int dragDirection = 0;\r
 588     if (y > oldSeq)\r
 589       dragDirection = 1;\r
 590     else if (y < oldSeq)\r
 591       dragDirection = -1;\r
 592 \r
 593     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 594     {\r
 595       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 596       // selection is quite slow.\r
 597       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 598 \r
 599       oldSeq += dragDirection;\r
 600       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 601 \r
 602       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 603       {\r
 604         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 605         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 606       }\r
 607       else\r
 608       {\r
 609        if(seq!=null)\r
 610         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 611         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 612       }\r
 613     }\r
 614     oldSeq = y;\r
 615     mouseDragging = true;\r
 616     if(scrollThread!=null)\r
 617       scrollThread.setEvent(evt);\r
 618 \r
 619     seqCanvas.repaint();\r
 620   }\r
 621 \r
 622   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 623   {\r
 624     if (scrollThread != null)\r
 625       scrollThread.running = false;\r
 626   }\r
 627 \r
 628   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 629   {\r
 630     if (av.getWrapAlignment())\r
 631       return;\r
 632 \r
 633     if(mouseDragging)\r
 634       scrollThread = new ScrollThread();\r
 635 \r
 636   }\r
 637   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 638   class ScrollThread extends Thread\r
 639   {\r
 640     MouseEvent evt;\r
 641     boolean running = false;\r
 642     public ScrollThread()\r
 643     {\r
 644       start();\r
 645     }\r
 646 \r
 647     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 648     {\r
 649       evt = e;\r
 650     }\r
 651 \r
 652     public void stopScrolling()\r
 653     {\r
 654       running = false;\r
 655     }\r
 656 \r
 657     public void run()\r
 658     {\r
 659       running = true;\r
 660       while (running)\r
 661       {\r
 662         if(evt!=null)\r
 663         {\r
 664 \r
 665           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 666             running = ap.scrollUp(true);\r
 667 \r
 668           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 669               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 670             running = ap.scrollUp(false);\r
 671 \r
 672           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 673             running = ap.scrollRight(true);\r
 674 \r
 675           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 676             running = ap.scrollRight(false);\r
 677         }\r
 678 \r
 679         try\r
 680         {\r
 681           Thread.sleep(75);\r
 682         }\r
 683         catch (Exception ex)\r
 684         {}\r
 685       }\r
 686     }\r
 687 }\r
 688 \r
 689 \r
 690 \r
 691 }\r
 692 \r
 693 \r
 694 \r
 695 \r