src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39 \r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   boolean seqEditOccurred = false;\r
  44 \r
  45   ScrollThread scrollThread = null;\r
  46   boolean mouseDragging = false;\r
  47   boolean editingSeqs = false;\r
  48   boolean groupEditing = false;\r
  49 \r
  50   int oldSeq = -1;\r
  51   boolean changeEndSeq = false;\r
  52   boolean changeStartSeq = false;\r
  53   boolean changeEndRes = false;\r
  54   boolean changeStartRes = false;\r
  55   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  56 \r
  57   StringBuffer keyboardNo1;\r
  58   StringBuffer keyboardNo2;\r
  59 \r
  60   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  61   Point lastMousePress;\r
  62 \r
  63   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  64   {\r
  65     this.av = avp;\r
  66 \r
  67     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  68     setLayout(new BorderLayout());\r
  69     add(seqCanvas);\r
  70 \r
  71     ap = p;\r
  72 \r
  73     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  74     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  75 \r
  76     seqCanvas.repaint();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   void endEditing()\r
  80   {\r
  81     startseq = -1;\r
  82     lastres = -1;\r
  83     seqEditOccurred = false;\r
  84     editingSeqs = false;\r
  85     groupEditing = false;\r
  86     keyboardNo1 = null;\r
  87     keyboardNo2 = null;\r
  88    }\r
  89 \r
  90    void setCursorRow()\r
  91    {\r
  92      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  93      scrollToVisible();\r
  94    }\r
  95 \r
  96    void setCursorColumn()\r
  97    {\r
  98      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  99      scrollToVisible();\r
 100    }\r
 101 \r
 102    void setCursorRowAndColumn()\r
 103    {\r
 104      if(keyboardNo2==null)\r
 105      {\r
 106        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 107      }\r
 108      else\r
 109      {\r
 110        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 111        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 112        scrollToVisible();\r
 113      }\r
 114    }\r
 115 \r
 116    void setCursorPosition()\r
 117    {\r
 118      SequenceI sequence =\r
 119          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 120 \r
 121      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 122          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 123          );\r
 124      scrollToVisible();\r
 125    }\r
 126 \r
 127    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 128    {\r
 129      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 130      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 131      scrollToVisible();\r
 132    }\r
 133 \r
 134    void scrollToVisible()\r
 135    {\r
 136      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 140 \r
 141      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 142        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 143      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 144        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 145 \r
 146 \r
 147      endEditing();\r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 151      }\r
 152      else\r
 153      {\r
 154        while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 155        {\r
 156          ap.scrollUp(true);\r
 157        }\r
 158        while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 159        {\r
 160          ap.scrollUp(false);\r
 161        }\r
 162        while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 163        {\r
 164 \r
 165          if (!ap.scrollRight(false))\r
 166            break;\r
 167        }\r
 168        while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 169        {\r
 170          if (!ap.scrollRight(true))\r
 171            break;\r
 172        }\r
 173      }\r
 174      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 175                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 176 \r
 177      seqCanvas.repaint();\r
 178    }\r
 179 \r
 180    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 181    {\r
 182      SequenceI sequence =\r
 183          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 184 \r
 185      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 186      {\r
 187        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 188        //Find the top and bottom of this group\r
 189        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 190        for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 191        {\r
 192          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 193          if(index > max)\r
 194            max = index;\r
 195          if(index < min)\r
 196            min = index;\r
 197        }\r
 198 \r
 199        max ++;\r
 200 \r
 201        if(topLeft)\r
 202        {\r
 203          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 204          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 205            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 206 \r
 207          min = seqCanvas.cursorY;\r
 208        }\r
 209        else\r
 210        {\r
 211          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 212          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 213            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 214 \r
 215          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 216        }\r
 217 \r
 218        if(min>max)\r
 219        {\r
 220          // Only the user can do this\r
 221          av.setSelectionGroup(null);\r
 222        }\r
 223        else\r
 224        {\r
 225          // Now add any sequences between min and max\r
 226          sg.getSequences(false).removeAllElements();\r
 227          for (int i = min; i < max; i++)\r
 228          {\r
 229            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 230          }\r
 231        }\r
 232      }\r
 233 \r
 234      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 235      {\r
 236        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 237        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 238        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 239        sg.addSequence(sequence, false);\r
 240        av.setSelectionGroup(sg);\r
 241      }\r
 242 \r
 243 \r
 244      ap.repaint();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      groupEditing = group;\r
 250      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 251      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 252      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 253      editOccurred();\r
 254    }\r
 255 \r
 256    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 257    {\r
 258      groupEditing = group;\r
 259      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 260      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 261      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 262      editOccurred();\r
 263    }\r
 264 \r
 265    void numberPressed(char value)\r
 266    {\r
 267      if(keyboardNo1==null)\r
 268        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 269 \r
 270      if(keyboardNo2!=null)\r
 271        keyboardNo2.append(value);\r
 272      else\r
 273        keyboardNo1.append(value);\r
 274    }\r
 275 \r
 276    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 277    {\r
 278      if(kb==null)\r
 279        return 1;\r
 280      else\r
 281        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 282    }\r
 283 \r
 284    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 285    {\r
 286      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 287                                           sequence.getName());\r
 288 \r
 289      Object obj = null;\r
 290      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 291      {\r
 292        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 293                                                   "");\r
 294        if (obj != null)\r
 295          text.append(" Nucleotide: ");\r
 296      }\r
 297      else\r
 298      {\r
 299        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 300        if (obj != null)\r
 301          text.append("  Residue: ");\r
 302      }\r
 303 \r
 304      if (obj != null)\r
 305      {\r
 306 \r
 307        if (obj != "")\r
 308        {\r
 309          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 310                      ")");\r
 311        }\r
 312      }\r
 313 \r
 314      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 315 \r
 316     }\r
 317      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 318      {\r
 319        lastMousePress = evt.getPoint();\r
 320 \r
 321        //For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs\r
 322        //As the Button2_mask always seems to be true\r
 323        if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) ==\r
 324          InputEvent.BUTTON2_MASK && !av.MAC)\r
 325        {\r
 326          mouseWheelPressed = true;\r
 327          return;\r
 328        }\r
 329 \r
 330        if (evt.isShiftDown()\r
 331            || evt.isControlDown()\r
 332            || evt.isAltDown())\r
 333        {\r
 334          if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 335          {\r
 336            groupEditing = true;\r
 337          }\r
 338          editingSeqs = true;\r
 339        }\r
 340        else\r
 341        {\r
 342          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 343          return;\r
 344        }\r
 345 \r
 346 \r
 347        int seq = findSeq(evt);\r
 348        int res = findRes(evt);\r
 349 \r
 350        if(seq<0 || res<0)\r
 351          return;\r
 352 \r
 353 \r
 354          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 355                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 356          {\r
 357              startseq = seq;\r
 358              lastres = res;\r
 359          }\r
 360          else\r
 361          {\r
 362              startseq = -1;\r
 363              lastres = -1;\r
 364          }\r
 365 \r
 366         return;\r
 367      }\r
 368 \r
 369      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 370 \r
 371 \r
 372   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 373   {\r
 374     mouseDragging = false;\r
 375     mouseWheelPressed = false;\r
 376 \r
 377     if (!editingSeqs)\r
 378     {\r
 379        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 380        return;\r
 381     }\r
 382 \r
 383      editOccurred();\r
 384 \r
 385      endEditing();\r
 386      ap.repaint();\r
 387   }\r
 388 \r
 389   int startWrapBlock=-1;\r
 390   int wrappedBlock=-1;\r
 391   int findRes(MouseEvent evt)\r
 392  {\r
 393    int res = 0;\r
 394    int x = evt.getX();\r
 395 \r
 396   if (av.wrapAlignment)\r
 397   {\r
 398 \r
 399     int hgap = av.charHeight;\r
 400     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 401       hgap += av.charHeight;\r
 402 \r
 403     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 404         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 405 \r
 406       int y = evt.getY();\r
 407       y -= hgap;\r
 408       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 409 \r
 410 \r
 411       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 412       if(cwidth<1)\r
 413         return 0;\r
 414 \r
 415       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 416       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 417 \r
 418       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 419 \r
 420   }\r
 421   else\r
 422   {\r
 423       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 424   }\r
 425 \r
 426   if(av.hasHiddenColumns)\r
 427           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 428 \r
 429   return res;\r
 430 \r
 431  }\r
 432 \r
 433  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 434  {\r
 435 \r
 436    int seq = 0;\r
 437    int y = evt.getY();\r
 438 \r
 439    if (av.wrapAlignment)\r
 440    {\r
 441      int hgap = av.charHeight;\r
 442      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 443        hgap += av.charHeight;\r
 444 \r
 445      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 446          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 447 \r
 448        y -= hgap;\r
 449 \r
 450      seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 451                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 452      if(seq<0)\r
 453        seq = 0;\r
 454    }\r
 455    else\r
 456    {\r
 457      seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 458                      av.alignment.getHeight() -1);\r
 459      if(seq<0)\r
 460        seq = 0;\r
 461    }\r
 462 \r
 463    return seq;\r
 464  }\r
 465 \r
 466 \r
 467   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 468   {\r
 469 \r
 470     int seq = findSeq(evt);\r
 471     int res = findRes(evt);\r
 472 \r
 473     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 474         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 475     {\r
 476       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 477       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 478       // in the alignment\r
 479 \r
 480       startseq = seq;\r
 481       lastres = res;\r
 482     }\r
 483     else\r
 484     {\r
 485       startseq = -1;\r
 486       lastres = -1;\r
 487     }\r
 488 \r
 489     return;\r
 490   }\r
 491 \r
 492   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 493   {\r
 494     int res = findRes(evt);\r
 495     int seq = findSeq(evt);\r
 496 \r
 497     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 498     {\r
 499       return;\r
 500     }\r
 501 \r
 502     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 503     if (res > sequence.getLength())\r
 504     {\r
 505       return;\r
 506     }\r
 507 \r
 508     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 509             sequence.getName());\r
 510 \r
 511     Object obj = null;\r
 512     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 513     {\r
 514       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 515           "");\r
 516       if(obj!=null)\r
 517         text.append(" Nucleotide: ");\r
 518     }\r
 519     else\r
 520     {\r
 521       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 522       if(obj!=null)\r
 523         text.append("  Residue: ");\r
 524     }\r
 525 \r
 526     if (obj != null)\r
 527     {\r
 528       if (obj != "")\r
 529       {\r
 530         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");\r
 531       }\r
 532     }\r
 533 \r
 534     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 535     {\r
 536       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 537     }\r
 538 \r
 539     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 540 \r
 541 \r
 542     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 543     if (av.showSequenceFeatures\r
 544         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 545         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 546     {\r
 547       StringBuffer featureText = new StringBuffer();\r
 548       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 549 \r
 550       int index = 0;\r
 551       while (index < allFeatures.size())\r
 552       {\r
 553         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(index);\r
 554 \r
 555         featureText.append(sf.getType()+" "+sf.begin+":"+sf.end);\r
 556 \r
 557         if (sf.getDescription() != null)\r
 558           featureText.append(" " + sf.getDescription());\r
 559 \r
 560         if (sf.getValue("status") != null )\r
 561         {\r
 562           String status = sf.getValue("status").toString();\r
 563           if(status.length()>0)\r
 564             featureText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");\r
 565         }\r
 566         featureText.append("\n");\r
 567 \r
 568         index++;\r
 569       }\r
 570 \r
 571 \r
 572         if (tooltip == null)\r
 573           tooltip = new Tooltip(featureText.toString(), seqCanvas);\r
 574         else\r
 575           tooltip.setTip(featureText.toString());\r
 576 \r
 577         tooltip.repaint();\r
 578 \r
 579     }\r
 580     else if (tooltip != null)\r
 581      {\r
 582        tooltip.setTip("");\r
 583      }\r
 584   }\r
 585 \r
 586   Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 587   {\r
 588     Vector allFeatures = new Vector();\r
 589     int index = 0;\r
 590     if(seq.getSequenceFeatures()!=null)\r
 591     {\r
 592       while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 593       {\r
 594         SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 595         if (sf.getBegin() <= res &&\r
 596             sf.getEnd() >= res)\r
 597         {\r
 598           if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 599           {\r
 600             allFeatures.addElement(sf);\r
 601           }\r
 602         }\r
 603         index++;\r
 604       }\r
 605     }\r
 606     return allFeatures;\r
 607   }\r
 608 \r
 609   Tooltip tooltip;\r
 610 \r
 611   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 612   {\r
 613     if (mouseWheelPressed)\r
 614     {\r
 615       int oldWidth = av.charWidth;\r
 616 \r
 617       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 618       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y)\r
 619           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.x))\r
 620       {\r
 621         int fontSize = av.font.getSize();\r
 622 \r
 623         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)\r
 624         {\r
 625           fontSize--;\r
 626         }\r
 627         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)\r
 628         {\r
 629           fontSize++;\r
 630         }\r
 631 \r
 632 \r
 633         if(fontSize<1)\r
 634           fontSize = 1;\r
 635 \r
 636         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 637         av.charWidth = oldWidth;\r
 638       }\r
 639       else\r
 640       {\r
 641         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)\r
 642         {\r
 643           av.charWidth--;\r
 644         }\r
 645         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)\r
 646         {\r
 647           av.charWidth++;\r
 648         }\r
 649 \r
 650         if(av.charWidth<1)\r
 651         {\r
 652           av.charWidth = 1;\r
 653         }\r
 654       }\r
 655 \r
 656       ap.fontChanged();\r
 657 \r
 658       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 659       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 660 \r
 661       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 662 \r
 663       ap.repaint();\r
 664       ap.annotationPanel.image = null;\r
 665       return;\r
 666       }\r
 667 \r
 668       if (!editingSeqs)\r
 669       {\r
 670         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 671         return;\r
 672       }\r
 673 \r
 674   int res = findRes(evt);\r
 675 \r
 676   if (res < 0)\r
 677   {\r
 678       res = 0;\r
 679   }\r
 680 \r
 681   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 682   {\r
 683       return;\r
 684   }\r
 685 \r
 686   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 687   {\r
 688     // dragLeft, delete gap\r
 689     editSequence(false, res);\r
 690   }\r
 691   else\r
 692     editSequence(true, res);\r
 693 \r
 694   mouseDragging = true;\r
 695   if(scrollThread!=null)\r
 696     scrollThread.setEvent(evt);\r
 697 \r
 698   }\r
 699 \r
 700   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 701   {\r
 702     int fixedLeft = -1;\r
 703     int fixedRight = -1;\r
 704     boolean fixedColumns = false;\r
 705     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 706 \r
 707 \r
 708       if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 709       {\r
 710         if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 711         {\r
 712           groupEditing = true;\r
 713         }\r
 714       }\r
 715 \r
 716       //No group, but the sequence may represent a group\r
 717       if (groupEditing\r
 718           && sg == null\r
 719           && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 720       {\r
 721         groupEditing = false;\r
 722       }\r
 723 \r
 724       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 725       StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 726       if (groupEditing)\r
 727          message.append("Edit group:");\r
 728       else\r
 729          message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 730 \r
 731      if(insertGap)\r
 732        message.append(" insert ");\r
 733      else\r
 734        message.append(" delete ");\r
 735 \r
 736      message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 737      ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 738 \r
 739 \r
 740       //Are we editing within a selection group?\r
 741       if (groupEditing\r
 742           || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 743       {\r
 744         fixedColumns = true;\r
 745 \r
 746         //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 747         //but the sequence represents a group\r
 748         if (sg == null)\r
 749         {\r
 750           sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 751                                  av.alignment.getWidth()-1);\r
 752           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 753         }\r
 754 \r
 755         fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 756         fixedRight = sg.getEndRes();\r
 757 \r
 758         if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 759             || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 760             || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 761             || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 762         {\r
 763           endEditing();\r
 764           return;\r
 765         }\r
 766 \r
 767         if (fixedLeft > startres)\r
 768         {\r
 769           fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 770           fixedLeft = 0;\r
 771         }\r
 772         else if (fixedRight < startres)\r
 773         {\r
 774           fixedLeft = fixedRight;\r
 775           fixedRight = -1;\r
 776         }\r
 777       }\r
 778 \r
 779 \r
 780       if(av.hasHiddenColumns )\r
 781       {\r
 782           fixedColumns = true;\r
 783           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 784           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 785 \r
 786           if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 787               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 788           {\r
 789             endEditing();\r
 790             return;\r
 791           }\r
 792 \r
 793           //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 794           //Selection spans a hidden region\r
 795           if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 796           {\r
 797             if(startres>=y2)\r
 798             {\r
 799               fixedLeft = y2;\r
 800             }\r
 801             else\r
 802             {\r
 803              fixedRight = y2 - 1;\r
 804            }\r
 805           }\r
 806       }\r
 807 \r
 808 \r
 809 \r
 810       if (groupEditing)\r
 811       {\r
 812         Vector vseqs = sg.getSequences(true);\r
 813         int g, groupSize = vseqs.size();\r
 814         SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 815         for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 816           groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 817 \r
 818         // drag to right\r
 819         if (insertGap)\r
 820         {\r
 821             //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 822             // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 823             if(   sg.getStartRes() == 0\r
 824                   && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 825                   && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 826                )\r
 827             {\r
 828               sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 829               fixedRight = sg.getEndRes();\r
 830             }\r
 831 \r
 832           // Is it valid with fixed columns??\r
 833           // Find the next gap before the end\r
 834           // of the visible region boundary\r
 835           boolean blank = false;\r
 836           for (fixedRight = fixedRight;\r
 837                fixedRight > lastres;\r
 838                fixedRight--)\r
 839           {\r
 840             blank = true;\r
 841 \r
 842             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 843             {\r
 844               for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 845               {\r
 846                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 847                     groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 848                 {\r
 849                   blank = false;\r
 850                   break;\r
 851                 }\r
 852               }\r
 853             }\r
 854             if (blank)\r
 855               break;\r
 856           }\r
 857 \r
 858           if (!blank)\r
 859           {\r
 860             if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 861             {\r
 862               if((av.hasHiddenColumns\r
 863                   && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 864               {\r
 865                 endEditing();\r
 866                 return;\r
 867               }\r
 868 \r
 869               int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 870               if(av.hasHiddenRows)\r
 871               {\r
 872                 int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 873                 if(hwidth>alWidth)\r
 874                   alWidth = hwidth;\r
 875               }\r
 876               //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 877               //contains all the sequences\r
 878               sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 879               fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 880             }\r
 881             else\r
 882             {\r
 883               endEditing();\r
 884               return;\r
 885             }\r
 886           }\r
 887         }\r
 888 \r
 889 \r
 890         // drag to left\r
 891         else if(!insertGap)\r
 892         {\r
 893           /// Are we able to delete?\r
 894           // ie are all columns blank?\r
 895 \r
 896           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 897           {\r
 898             for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 899             {\r
 900               if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
 901               {\r
 902                 continue;\r
 903               }\r
 904 \r
 905               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 906                   groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
 907               {\r
 908                 // Not a gap, block edit not valid\r
 909                 endEditing();\r
 910                 return;\r
 911               }\r
 912             }\r
 913           }\r
 914         }\r
 915 \r
 916 \r
 917         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 918         {\r
 919           if (insertGap)\r
 920           {\r
 921             // dragging to the right\r
 922             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 923             {\r
 924               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 925               {\r
 926                 insertChar(j, groupSeqs[g], fixedRight);\r
 927               }\r
 928               else\r
 929                 insertChar(j, groupSeqs[g]);\r
 930             }\r
 931           }\r
 932           else\r
 933           {\r
 934             // dragging to the left\r
 935             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 936             {\r
 937               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 938               {\r
 939                 deleteChar(startres, groupSeqs[g], fixedRight);\r
 940               }\r
 941               else\r
 942               {\r
 943                 deleteChar(startres, groupSeqs[g]);\r
 944               }\r
 945             }\r
 946           }\r
 947         }\r
 948       }      else /////Editing a single sequence///////////\r
 949       {\r
 950         if (insertGap)\r
 951         {\r
 952           // dragging to the right\r
 953           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 954           {\r
 955             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 956             {\r
 957                 insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 958             }\r
 959             else\r
 960               insertChar(j, seq);\r
 961           }\r
 962         }\r
 963         else\r
 964         {\r
 965           // dragging to the left\r
 966           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 967           {\r
 968             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 969             {\r
 970               deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 971             }\r
 972             else\r
 973             {\r
 974               deleteChar(startres, seq);\r
 975             }\r
 976           }\r
 977         }\r
 978       }\r
 979 \r
 980       lastres = startres;\r
 981       seqCanvas.repaint();\r
 982   }\r
 983 \r
 984 \r
 985     /**\r
 986      * DOCUMENT ME!\r
 987      *\r
 988      * @param j DOCUMENT ME!\r
 989      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 990      */\r
 991     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 992     {\r
 993         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 994         seqEditOccurred = true;\r
 995    }\r
 996 \r
 997     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 998     {\r
 999       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1000       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1001       int blankColumn = fixedColumn;\r
1002       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1003       {\r
1004         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1005         {\r
1006           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1007           break;\r
1008         }\r
1009       }\r
1010 \r
1011       if (blankColumn <= j)\r
1012       {\r
1013         endEditing();\r
1014         return;\r
1015       }\r
1016 \r
1017       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1018       {\r
1019         //Just Checking\r
1020         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1021         return;\r
1022       }\r
1023 \r
1024       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1025       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1026       seqEditOccurred = true;\r
1027     }\r
1028 \r
1029     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1030     {\r
1031       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1032       {\r
1033         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1034             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1035         return;\r
1036       }\r
1037       seq.deleteCharAt(j);\r
1038       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1039       seqEditOccurred = true;\r
1040     }\r
1041 \r
1042     /**\r
1043      * DOCUMENT ME!\r
1044      *\r
1045      * @param j DOCUMENT ME!\r
1046      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1047      */\r
1048     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1049     {\r
1050       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1051       {\r
1052         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1053             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1054         return;\r
1055       }\r
1056 \r
1057         seq.deleteCharAt(j);\r
1058         seqEditOccurred = true;\r
1059         seqCanvas.repaint();\r
1060     }\r
1061 \r
1062     /**\r
1063      * DOCUMENT ME!\r
1064      *\r
1065      * @param i DOCUMENT ME!\r
1066      */\r
1067     void editOccurred()\r
1068     {\r
1069       if (!seqEditOccurred)\r
1070       {\r
1071         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1072         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1073       }\r
1074 \r
1075       endEditing();\r
1076 \r
1077       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1078 \r
1079     }\r
1080 \r
1081 //////////////////////////////////////////\r
1082 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
1083 //////////////////////////////////////////\r
1084   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1085   {\r
1086 \r
1087 \r
1088     if (scrollThread != null)\r
1089     {\r
1090       scrollThread.running = false;\r
1091       scrollThread = null;\r
1092     }\r
1093 \r
1094     int res = findRes(evt);\r
1095     int seq = findSeq(evt);\r
1096     oldSeq = seq;\r
1097     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1098 \r
1099     if(seq==-1)\r
1100       return;\r
1101 \r
1102     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1103 \r
1104     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
1105     {\r
1106       return;\r
1107     }\r
1108 \r
1109     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1110 \r
1111     if (stretchGroup == null)\r
1112     {\r
1113       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1114       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
1115           res < stretchGroup.getEndRes())\r
1116       {\r
1117         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1118       }\r
1119       else\r
1120       {\r
1121         stretchGroup = null;\r
1122       }\r
1123     }\r
1124 \r
1125     else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence)\r
1126              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
1127              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
1128     {\r
1129       stretchGroup = null;\r
1130 \r
1131       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1132 \r
1133       if (allGroups != null)\r
1134       {\r
1135         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1136         {\r
1137           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
1138               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
1139           {\r
1140             stretchGroup = allGroups[i];\r
1141             break;\r
1142           }\r
1143         }\r
1144       }\r
1145       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1146     }\r
1147 \r
1148 \r
1149     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1150     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1151              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1152     {\r
1153       Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence,\r
1154                                                sequence.findPosition(res));\r
1155 \r
1156       Vector links = null;\r
1157       if(allFeatures!=null)\r
1158       {\r
1159         for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1160         {\r
1161           SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1162           if (sf.links != null)\r
1163           {\r
1164             links = new Vector();\r
1165             for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1166             {\r
1167               links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1168             }\r
1169           }\r
1170         }\r
1171       }\r
1172       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);\r
1173       this.add(popup);\r
1174       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1175       ap.repaint();\r
1176       return;\r
1177     }\r
1178 \r
1179     if (av.cursorMode)\r
1180     {\r
1181       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1182       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1183       seqCanvas.repaint();\r
1184       return;\r
1185     }\r
1186 \r
1187       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1188 \r
1189       if (stretchGroup == null)\r
1190       {\r
1191         // define a new group here\r
1192         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1193         sg.setStartRes(res);\r
1194         sg.setEndRes(res);\r
1195         sg.addSequence(sequence, false);\r
1196         av.setSelectionGroup(sg);\r
1197         stretchGroup = sg;\r
1198 \r
1199         if (av.getConservationSelected())\r
1200         {\r
1201           SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1202                                             "Background");\r
1203         }\r
1204         if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1205         {\r
1206           SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1207                                          "Background");\r
1208         }\r
1209 \r
1210       }\r
1211   }\r
1212 \r
1213   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1214   {\r
1215     if (stretchGroup == null)\r
1216     {\r
1217         return;\r
1218     }\r
1219 \r
1220     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1221     {\r
1222       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1223       {\r
1224         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1225             stretchGroup.getSequences(true),\r
1226             stretchGroup.getWidth());\r
1227       }\r
1228 \r
1229       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1230       {\r
1231         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1232                                           stretchGroup.getName());\r
1233         stretchGroup.recalcConservation();\r
1234       }\r
1235       else\r
1236       {\r
1237         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1238                                        stretchGroup.getName());\r
1239       }\r
1240     }\r
1241     changeEndRes = false;\r
1242     changeStartRes = false;\r
1243     stretchGroup = null;\r
1244     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1245     ap.repaint();\r
1246   }\r
1247 \r
1248   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1249   {\r
1250     int res = findRes(evt);\r
1251     int y = findSeq(evt);\r
1252 \r
1253     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1254       return;\r
1255 \r
1256      if (stretchGroup == null)\r
1257      {\r
1258           return;\r
1259      }\r
1260 \r
1261      mouseDragging = true;\r
1262 \r
1263 \r
1264       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1265       {\r
1266         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1267       }\r
1268 \r
1269       if(res>=av.alignment.getWidth())\r
1270         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1271 \r
1272       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1273       {\r
1274           // Edit end res position of selected group\r
1275           changeEndRes = true;\r
1276       }\r
1277       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1278       {\r
1279           // Edit start res position of selected group\r
1280           changeStartRes = true;\r
1281       }\r
1282 \r
1283       if (res < 0)\r
1284       {\r
1285           res = 0;\r
1286       }\r
1287 \r
1288       if (changeEndRes)\r
1289       {\r
1290           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1291           {\r
1292               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1293           }\r
1294       }\r
1295       else if (changeStartRes)\r
1296       {\r
1297           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1298           {\r
1299               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1300           }\r
1301       }\r
1302 \r
1303       int dragDirection = 0;\r
1304 \r
1305       if (y > oldSeq)\r
1306       {\r
1307           dragDirection = 1;\r
1308       }\r
1309       else if (y < oldSeq)\r
1310       {\r
1311           dragDirection = -1;\r
1312       }\r
1313 \r
1314 \r
1315       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1316       {\r
1317           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1318           // selection is quite slow.\r
1319           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1320 \r
1321           oldSeq += dragDirection;\r
1322 \r
1323           if(oldSeq<0)\r
1324             break;\r
1325 \r
1326           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1327 \r
1328           if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1329           {\r
1330               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1331           }\r
1332           else\r
1333           {\r
1334               if (seq != null)\r
1335               {\r
1336                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1337               }\r
1338 \r
1339               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1340           }\r
1341       }\r
1342 \r
1343       if(oldSeq < 0)\r
1344         oldSeq = -1;\r
1345 \r
1346 \r
1347       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1348           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1349       {\r
1350         mouseExited(evt);\r
1351       }\r
1352 \r
1353       if (scrollThread != null)\r
1354       {\r
1355         scrollThread.setEvent(evt);\r
1356       }\r
1357 \r
1358       seqCanvas.repaint();\r
1359     }\r
1360 \r
1361     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1362     {\r
1363       if (oldSeq < 0)\r
1364         oldSeq = 0;\r
1365 \r
1366       if (scrollThread != null)\r
1367       {\r
1368         scrollThread.running = false;\r
1369         scrollThread = null;\r
1370       }\r
1371     }\r
1372 \r
1373   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1374   {\r
1375     if (av.getWrapAlignment())\r
1376     {\r
1377       return;\r
1378     }\r
1379 \r
1380     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1381     {\r
1382       scrollThread = new ScrollThread();\r
1383     }\r
1384   }\r
1385 \r
1386   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1387   {\r
1388     if(evt==null)\r
1389     {\r
1390       if(scrollThread!=null)\r
1391       {\r
1392         scrollThread.running = false;\r
1393         scrollThread = null;\r
1394       }\r
1395       mouseDragging = false;\r
1396     }\r
1397     else\r
1398     {\r
1399       if (scrollThread == null)\r
1400         scrollThread = new ScrollThread();\r
1401 \r
1402       mouseDragging = true;\r
1403       scrollThread.setEvent(evt);\r
1404     }\r
1405 \r
1406     }\r
1407 \r
1408   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1409   class ScrollThread\r
1410       extends Thread\r
1411   {\r
1412     MouseEvent evt;\r
1413     boolean running = false;\r
1414     public ScrollThread()\r
1415     {\r
1416       start();\r
1417     }\r
1418 \r
1419     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1420     {\r
1421       evt = e;\r
1422     }\r
1423 \r
1424     public void stopScrolling()\r
1425     {\r
1426       running = false;\r
1427     }\r
1428 \r
1429     public void run()\r
1430     {\r
1431       running = true;\r
1432       while (running)\r
1433       {\r
1434 \r
1435         if (evt != null)\r
1436         {\r
1437 \r
1438           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1439           {\r
1440             running = ap.scrollUp(true);\r
1441           }\r
1442 \r
1443           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1444               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1445           {\r
1446             running = ap.scrollUp(false);\r
1447           }\r
1448 \r
1449           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1450           {\r
1451             running = ap.scrollRight(false);\r
1452           }\r
1453 \r
1454           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1455           {\r
1456             running = ap.scrollRight(true);\r
1457           }\r
1458         }\r
1459 \r
1460         try\r
1461         {\r
1462           Thread.sleep(75);\r
1463         }\r
1464         catch (Exception ex)\r
1465         {}\r
1466       }\r
1467     }\r
1468   }\r
1469 \r
1470 }\r