src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  64     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  65 \r
  66     seqCanvas.repaint();\r
  67   }\r
  68 \r
  69 \r
  70      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  71      {\r
  72        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  73        {\r
  74          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  75          {\r
  76            groupEditing = true;\r
  77          }\r
  78 \r
  79          editingSeqs = true;\r
  80          doMousePressed(evt);\r
  81        }\r
  82        else\r
  83        {\r
  84          doMousePressedDefineMode(evt);\r
  85        }\r
  86      }\r
  87 \r
  88      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
  89 \r
  90 \r
  91   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  92   {\r
  93     if (!editingSeqs)\r
  94     {\r
  95       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  96       return;\r
  97     }\r
  98 \r
  99 \r
 100     if (seqEditOccurred > -1)\r
 101     {\r
 102       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 103     }\r
 104 \r
 105     startseq = -1;\r
 106     lastres = -1;\r
 107     seqEditOccurred = -1;\r
 108     editingSeqs = false;\r
 109     groupEditing = false;\r
 110     ap.repaint();\r
 111   }\r
 112 \r
 113   int startWrapBlock=-1;\r
 114   int wrappedBlock=-1;\r
 115   int findRes(MouseEvent evt)\r
 116  {\r
 117    int res = 0;\r
 118    int x = evt.getX();\r
 119 \r
 120   if (av.wrapAlignment)\r
 121   {\r
 122 \r
 123     int hgap = av.charHeight;\r
 124     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 125       hgap += av.charHeight;\r
 126 \r
 127     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 128         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 129 \r
 130       int y = evt.getY();\r
 131       y -= hgap;\r
 132       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 133 \r
 134 \r
 135       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 136 \r
 137       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 138       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 139 \r
 140       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 141 \r
 142   }\r
 143   else\r
 144   {\r
 145       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 146   }\r
 147 \r
 148   return res;\r
 149 \r
 150  }\r
 151 \r
 152  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 153  {\r
 154 \r
 155    int seq = 0;\r
 156    int y = evt.getY();\r
 157 \r
 158    if (av.wrapAlignment)\r
 159    {\r
 160      int hgap = av.charHeight;\r
 161      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 162        hgap += av.charHeight;\r
 163 \r
 164      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 165          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 166 \r
 167        y -= hgap;\r
 168 \r
 169      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 170    }\r
 171    else\r
 172    {\r
 173      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 174    }\r
 175 \r
 176    return seq;\r
 177  }\r
 178 \r
 179 \r
 180   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 181   {\r
 182     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 183         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 184 \r
 185     int seq = findSeq(evt);\r
 186     int res = findRes(evt);\r
 187 \r
 188     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 189         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 190     {\r
 191       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 192       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 193       // in the alignment\r
 194 \r
 195       startseq = seq;\r
 196       lastres = res;\r
 197     }\r
 198     else\r
 199     {\r
 200       startseq = -1;\r
 201       lastres = -1;\r
 202     }\r
 203 \r
 204     return;\r
 205   }\r
 206 \r
 207   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 208   {\r
 209     int res = findRes(evt);\r
 210     int seq = findSeq(evt);\r
 211 \r
 212     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 213     {\r
 214       return;\r
 215     }\r
 216 \r
 217     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 218     if (res > sequence.getLength())\r
 219     {\r
 220       return;\r
 221     }\r
 222 \r
 223     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 224             sequence.getName());\r
 225 \r
 226     Object obj = null;\r
 227     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 228     {\r
 229       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 230           "");\r
 231       if(obj!=null)\r
 232         text.append(" Nucleotide: ");\r
 233     }\r
 234     else\r
 235     {\r
 236       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 237       if(obj!=null)\r
 238         text.append("  Residue: ");\r
 239     }\r
 240 \r
 241     if (obj != null)\r
 242     {\r
 243 \r
 244       if (obj != "")\r
 245       {\r
 246         text.append(obj + " (" +\r
 247                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 248       }\r
 249     }\r
 250 \r
 251     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 252     {\r
 253       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 254     }\r
 255 \r
 256 \r
 257     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 258     if (av.showSequenceFeatures && sequence.getSequenceFeatures()!=null)\r
 259     {\r
 260       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 261       Enumeration e = features.elements();\r
 262       boolean first = true;\r
 263       while (e.hasMoreElements())\r
 264       {\r
 265         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 266         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 267             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 268         {\r
 269           if(first)\r
 270           {\r
 271             text.append(" Sequence Feature: ");\r
 272             first = false;\r
 273           }\r
 274 \r
 275           text.append(sf.getDescription());\r
 276           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 277           {\r
 278             text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 279           }\r
 280           text.append("; ");\r
 281         }\r
 282 \r
 283       }\r
 284     }\r
 285 \r
 286      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 287 \r
 288   }\r
 289 \r
 290   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 291   {\r
 292     if (!editingSeqs)\r
 293     {\r
 294       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 295       return;\r
 296     }\r
 297 \r
 298     // If we're dragging we're editing\r
 299     int res = findRes(evt);\r
 300     if (res < 0)\r
 301     {\r
 302       res = 0;\r
 303     }\r
 304 \r
 305     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 306     {\r
 307       return;\r
 308     }\r
 309 \r
 310     boolean dragRight = true;\r
 311     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 312     {\r
 313       dragRight = false;\r
 314     }\r
 315 \r
 316     if (res != lastres)\r
 317     {\r
 318       // Group editing\r
 319       if (groupEditing)\r
 320       {\r
 321         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 322         if (sg == null)\r
 323         {\r
 324           lastres = -1;\r
 325           return;\r
 326         }\r
 327 \r
 328         // drag to right\r
 329         if (dragRight)\r
 330         {\r
 331           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 332         }\r
 333 \r
 334         // drag to left\r
 335         else\r
 336         {\r
 337           /// Are we able to delete?\r
 338           // ie are all columns blank?\r
 339           boolean deleteAllowed = false;\r
 340           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 341           {\r
 342             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 343             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 344             {\r
 345               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 346               {\r
 347                 continue;\r
 348               }\r
 349 \r
 350               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 351               {\r
 352                 // Not a gap, block edit not valid\r
 353                 res = j + 1;\r
 354                 deleteAllowed = false;\r
 355                 continue;\r
 356               }\r
 357               deleteAllowed = true;\r
 358             }\r
 359           }\r
 360 \r
 361           if (!deleteAllowed)\r
 362           {\r
 363             lastres = -1;\r
 364             return;\r
 365           }\r
 366 \r
 367           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 368         }\r
 369 \r
 370         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 371         {\r
 372           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 373           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 374 \r
 375           // drag to right\r
 376           if (dragRight)\r
 377           {\r
 378             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 379             {\r
 380               insertChar(j, k);\r
 381             }\r
 382           }\r
 383 \r
 384           // drag to left\r
 385           else\r
 386           {\r
 387             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 388             {\r
 389               if (s.getLength() > j)\r
 390               {\r
 391                 deleteChar(res, k);\r
 392               }\r
 393             }\r
 394           }\r
 395         }\r
 396       }\r
 397       else /////Editing a single sequence///////////\r
 398       {\r
 399         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 400         {\r
 401           // dragging to the right\r
 402           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 403           {\r
 404             insertChar(j, startseq);\r
 405           }\r
 406         }\r
 407         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 408         {\r
 409           // dragging to the left\r
 410           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 411           {\r
 412             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 413                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 414             {\r
 415 \r
 416               deleteChar(res, startseq);\r
 417             }\r
 418             else\r
 419             {\r
 420 \r
 421               break;\r
 422             }\r
 423           }\r
 424         }\r
 425 \r
 426       }\r
 427     }\r
 428 \r
 429     endEdit = res;\r
 430     lastres = res;\r
 431     seqCanvas.repaint();\r
 432   }\r
 433 \r
 434   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 435   {\r
 436     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 437                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 438     seqCanvas.repaint();\r
 439   }\r
 440 \r
 441   public void insertChar(int j, int seq)\r
 442   {\r
 443     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 444     seqEditOccurred = seq;\r
 445   }\r
 446 \r
 447   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 448   {\r
 449 \r
 450     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 451     seqEditOccurred = seq;\r
 452     av.alignment.getWidth();\r
 453     repaint();\r
 454   }\r
 455 \r
 456   void editOccurred(int i)\r
 457   {\r
 458     if (endEdit == startEdit)\r
 459     {\r
 460         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 461         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 462     }\r
 463 \r
 464     av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 465   }\r
 466 \r
 467 //////////////////////////////////////////\r
 468 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 469 //////////////////////////////////////////\r
 470   int oldSeq = -1;\r
 471   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 472   {\r
 473     int res = findRes(evt);\r
 474     int seq = findSeq(evt);\r
 475     oldSeq = seq;\r
 476     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 477 \r
 478     if(seq==-1)\r
 479       return;\r
 480 \r
 481     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 482 \r
 483     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 484     {\r
 485       return;\r
 486     }\r
 487 \r
 488     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 489 \r
 490     if (stretchGroup == null)\r
 491     {\r
 492       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 493       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 494           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 495       {\r
 496         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 497       }\r
 498       else\r
 499       {\r
 500         stretchGroup = null;\r
 501       }\r
 502     }\r
 503 \r
 504     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 505              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 506              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 507     {\r
 508       stretchGroup = null;\r
 509 \r
 510       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 511 \r
 512       if (allGroups != null)\r
 513       {\r
 514         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 515         {\r
 516           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 517               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 518           {\r
 519             stretchGroup = allGroups[i];\r
 520             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 521             break;\r
 522           }\r
 523         }\r
 524       }\r
 525     }\r
 526 \r
 527     if (stretchGroup == null)\r
 528     {\r
 529       // define a new group here\r
 530       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 531       sg.setStartRes(res);\r
 532       sg.setEndRes(res);\r
 533       sg.addSequence(sequence, false);\r
 534       av.setSelectionGroup(sg);\r
 535       stretchGroup = sg;\r
 536 \r
 537       if (av.getConservationSelected())\r
 538       {\r
 539         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 540                                           "Background");\r
 541       }\r
 542       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 543       {\r
 544         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 545                                        "Background");\r
 546       }\r
 547 \r
 548     }\r
 549 \r
 550     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 551     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 552              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 553     {\r
 554       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 555       this.add(popup);\r
 556       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 557     }\r
 558 \r
 559     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 560     {\r
 561       // Edit end res position of selected group\r
 562       changeEndRes = true;\r
 563     }\r
 564 \r
 565     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 566     {\r
 567       // Edit end res position of selected group\r
 568       changeStartRes = true;\r
 569     }\r
 570 \r
 571   }\r
 572 \r
 573   boolean changeEndSeq = false;\r
 574   boolean changeStartSeq = false;\r
 575   boolean changeEndRes = false;\r
 576   boolean changeStartRes = false;\r
 577   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 578 \r
 579   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 580   {\r
 581     if(mouseDragging)\r
 582      {\r
 583        stretchGroup.recalcConservation();\r
 584        mouseDragging = false;\r
 585      }\r
 586 \r
 587     if (stretchGroup == null)\r
 588     {\r
 589       return;\r
 590     }\r
 591 \r
 592     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 593     {\r
 594       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 595       {\r
 596         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 597                                           stretchGroup.getName());\r
 598       }\r
 599       else\r
 600       {\r
 601         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 602                                        stretchGroup.getName());\r
 603       }\r
 604     }\r
 605     changeEndRes = false;\r
 606     changeStartRes = false;\r
 607     stretchGroup = null;\r
 608     seqCanvas.repaint();\r
 609     ap.repaint();\r
 610   }\r
 611 \r
 612   boolean remove = false;\r
 613   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 614   {\r
 615     int res = findRes(evt);\r
 616     int y = findSeq(evt);\r
 617 \r
 618     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 619         return;\r
 620 \r
 621     if(y>=av.alignment.getHeight())\r
 622       y = av.alignment.getHeight()-1;\r
 623 \r
 624     if (stretchGroup == null)\r
 625     {\r
 626       return;\r
 627     }\r
 628 \r
 629     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 630     {\r
 631       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 632     }\r
 633 \r
 634     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 635     {\r
 636       // Edit end res position of selected group\r
 637       changeEndRes = true;\r
 638     }\r
 639 \r
 640     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 641     {\r
 642       // Edit start res position of selected group\r
 643       changeStartRes = true;\r
 644     }\r
 645 \r
 646     if (res < av.getStartRes())\r
 647     {\r
 648       res = av.getStartRes();\r
 649     }\r
 650     else if (res > av.getEndRes() && !av.getWrapAlignment())\r
 651     {\r
 652       res = av.getEndRes();\r
 653     }\r
 654 \r
 655     if (changeEndRes)\r
 656     {\r
 657       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 658       {\r
 659         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 660       }\r
 661     }\r
 662     else if (changeStartRes)\r
 663     {\r
 664       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 665       {\r
 666         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 667       }\r
 668     }\r
 669 \r
 670     int dragDirection = 0;\r
 671     if (y > oldSeq)\r
 672     {\r
 673       dragDirection = 1;\r
 674     }\r
 675     else if (y < oldSeq)\r
 676     {\r
 677       dragDirection = -1;\r
 678     }\r
 679 \r
 680     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 681     {\r
 682       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 683       // selection is quite slow.\r
 684       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 685 \r
 686       oldSeq += dragDirection;\r
 687       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 688 \r
 689       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 690       {\r
 691         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 692       }\r
 693       else\r
 694       {\r
 695         if (seq != null)\r
 696         {\r
 697           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 698         }\r
 699         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 700       }\r
 701     }\r
 702     oldSeq = y;\r
 703     mouseDragging = true;\r
 704     if (scrollThread != null)\r
 705     {\r
 706       scrollThread.setEvent(evt);\r
 707     }\r
 708 \r
 709     seqCanvas.repaint();\r
 710   }\r
 711 \r
 712   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 713   {\r
 714     if (editingSeqs && scrollThread != null)\r
 715     {\r
 716       scrollThread.running = false;\r
 717     }\r
 718   }\r
 719 \r
 720   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 721   {\r
 722     if (mouseDragging)\r
 723     {\r
 724       scrollThread = new ScrollThread();\r
 725     }\r
 726   }\r
 727 \r
 728   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 729   class ScrollThread\r
 730       extends Thread\r
 731   {\r
 732     MouseEvent evt;\r
 733     boolean running = false;\r
 734     public ScrollThread()\r
 735     {\r
 736       start();\r
 737     }\r
 738 \r
 739     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 740     {\r
 741       evt = e;\r
 742     }\r
 743 \r
 744     public void stopScrolling()\r
 745     {\r
 746       running = false;\r
 747     }\r
 748 \r
 749     public void run()\r
 750     {\r
 751       running = true;\r
 752       while (running)\r
 753       {\r
 754         if (evt != null)\r
 755         {\r
 756 \r
 757           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 758           {\r
 759             running = ap.scrollUp(true);\r
 760           }\r
 761 \r
 762           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 763               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 764           {\r
 765             running = ap.scrollUp(false);\r
 766           }\r
 767 \r
 768           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 769           {\r
 770             running = ap.scrollRight(true);\r
 771           }\r
 772 \r
 773           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 774           {\r
 775             running = ap.scrollRight(false);\r
 776           }\r
 777         }\r
 778 \r
 779         try\r
 780         {\r
 781           Thread.sleep(75);\r
 782         }\r
 783         catch (Exception ex)\r
 784         {}\r
 785       }\r
 786     }\r
 787   }\r
 788 \r
 789 }\r