src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class SeqPanel\r
  31     extends Panel\r
  32 {\r
  33 \r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36 \r
  37   protected int lastres;\r
  38   protected int startseq;\r
  39   int startEdit = -1;\r
  40   int endEdit = -1;\r
  41 \r
  42   protected AlignViewport av;\r
  43 \r
  44   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  45   int seqEditOccurred = -1;\r
  46 \r
  47   ScrollThread scrollThread = null;\r
  48   boolean mouseDragging = false;\r
  49 \r
  50   boolean editingSeqs = false;\r
  51   boolean groupEditing = false;\r
  52 \r
  53   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  54   {\r
  55     this.av = avp;\r
  56 \r
  57     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  58     setLayout(new BorderLayout());\r
  59     add(seqCanvas);\r
  60 \r
  61     ap = p;\r
  62 \r
  63     seqCanvas.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  64     {\r
  65       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  66       {\r
  67         if (av.getWrapAlignment())\r
  68         {\r
  69           return;\r
  70         }\r
  71         doMouseMoved(evt);\r
  72       }\r
  73 \r
  74       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  75       {\r
  76         if (av.getWrapAlignment())\r
  77         {\r
  78           return;\r
  79         }\r
  80         if (editingSeqs)\r
  81         {\r
  82           doMouseDragged(evt);\r
  83         }\r
  84         else\r
  85         {\r
  86           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     });\r
  90 \r
  91     seqCanvas.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  92     {\r
  93       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         if (av.getWrapAlignment())\r
  96         {\r
  97           return;\r
  98         }\r
  99         if (editingSeqs)\r
 100         {\r
 101           doMouseReleased(evt);\r
 102         }\r
 103         else\r
 104         {\r
 105           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 106         }\r
 107 \r
 108       }\r
 109 \r
 110       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 111       {\r
 112         if (av.getWrapAlignment())\r
 113         {\r
 114           return;\r
 115         }\r
 116         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 117         {\r
 118           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 119           {\r
 120             groupEditing = true;\r
 121           }\r
 122 \r
 123           editingSeqs = true;\r
 124           doMousePressed(evt);\r
 125         }\r
 126         else\r
 127         {\r
 128           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 129         }\r
 130       }\r
 131 \r
 132       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 133       {\r
 134         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 135         {\r
 136           return;\r
 137         }\r
 138         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 139 \r
 140       }\r
 141 \r
 142       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 143       {\r
 144         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 145         {\r
 146           return;\r
 147         }\r
 148         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 149       }\r
 150 \r
 151     });\r
 152     seqCanvas.repaint();\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 156   {\r
 157 \r
 158     if (seqEditOccurred > -1)\r
 159     {\r
 160       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 161     }\r
 162 \r
 163     startseq = -1;\r
 164     lastres = -1;\r
 165     seqEditOccurred = -1;\r
 166     editingSeqs = false;\r
 167     groupEditing = false;\r
 168     ap.repaint();\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 172   {\r
 173     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 174         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 175     int seq;\r
 176     int res;\r
 177 \r
 178     int x = evt.getX();\r
 179     int y = evt.getY();\r
 180 \r
 181     res = x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 182     seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 183 \r
 184     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 185         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 186     {\r
 187       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 188       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 189       // in the alignment\r
 190 \r
 191       startseq = seq;\r
 192       lastres = res;\r
 193     }\r
 194     else\r
 195     {\r
 196       startseq = -1;\r
 197       lastres = -1;\r
 198     }\r
 199 \r
 200     return;\r
 201   }\r
 202 \r
 203   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 204   {\r
 205     int res = 0, seq = 0;\r
 206     int x = evt.getX();\r
 207     int y = evt.getY();\r
 208     if (av.wrapAlignment)\r
 209     {\r
 210       y -= 2 * av.charHeight;\r
 211       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 212 \r
 213       res = (int) ( (y / chunkHeight) * (getSize().width / av.charWidth)) +\r
 214           x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 215 \r
 216       y %= chunkHeight;\r
 217       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 218 \r
 219     }\r
 220     else\r
 221     {\r
 222       res = x / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 223       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 224     }\r
 225 \r
 226     if (seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 227     {\r
 228       return;\r
 229     }\r
 230 \r
 231     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 232     if (res > sequence.getLength())\r
 233     {\r
 234       return;\r
 235     }\r
 236 \r
 237     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 238     String aa = "";\r
 239     if (obj != null)\r
 240     {\r
 241       aa = obj.toString();\r
 242     }\r
 243 \r
 244     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 245                                          sequence.getName());\r
 246     if (aa != "")\r
 247     {\r
 248       text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 249                   av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 250     }\r
 251 \r
 252     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 253 \r
 254     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 255     if (av.showSequenceFeatures)\r
 256     {\r
 257       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 258       Enumeration e = features.elements();\r
 259       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 260 \r
 261       while (e.hasMoreElements())\r
 262       {\r
 263         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 264         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 265             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 266         {\r
 267           if (sbuffer.length() > 0)\r
 268           {\r
 269             sbuffer.append("; ");\r
 270           }\r
 271           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 272           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 273           {\r
 274             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 275           }\r
 276         }\r
 277 \r
 278       }\r
 279     }\r
 280 \r
 281   }\r
 282 \r
 283   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 284   {\r
 285 \r
 286     // If we're dragging we're editing\r
 287     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 288     if (res < 0)\r
 289     {\r
 290       res = 0;\r
 291     }\r
 292 \r
 293     if (lastres == -1 || lastres == res)\r
 294     {\r
 295       return;\r
 296     }\r
 297 \r
 298     boolean dragRight = true;\r
 299     if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 300     {\r
 301       dragRight = false;\r
 302     }\r
 303 \r
 304     if (res != lastres)\r
 305     {\r
 306       // Group editing\r
 307       if (groupEditing)\r
 308       {\r
 309         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 310         if (sg == null)\r
 311         {\r
 312           lastres = -1;\r
 313           return;\r
 314         }\r
 315 \r
 316         // drag to right\r
 317         if (dragRight)\r
 318         {\r
 319           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 320         }\r
 321 \r
 322         // drag to left\r
 323         else\r
 324         {\r
 325           /// Are we able to delete?\r
 326           // ie are all columns blank?\r
 327           boolean deleteAllowed = false;\r
 328           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 329           {\r
 330             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 331             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 332             {\r
 333               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 334               {\r
 335                 continue;\r
 336               }\r
 337 \r
 338               if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getSequence().charAt(j)))\r
 339               {\r
 340                 // Not a gap, block edit not valid\r
 341                 res = j + 1;\r
 342                 deleteAllowed = false;\r
 343                 continue;\r
 344               }\r
 345               deleteAllowed = true;\r
 346             }\r
 347           }\r
 348 \r
 349           if (!deleteAllowed)\r
 350           {\r
 351             lastres = -1;\r
 352             return;\r
 353           }\r
 354 \r
 355           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 356         }\r
 357 \r
 358         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 359         {\r
 360           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 361           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 362 \r
 363           // drag to right\r
 364           if (dragRight)\r
 365           {\r
 366             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 367             {\r
 368               insertChar(j, k);\r
 369             }\r
 370           }\r
 371 \r
 372           // drag to left\r
 373           else\r
 374           {\r
 375             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 376             {\r
 377               if (s.getLength() > j)\r
 378               {\r
 379                 deleteChar(res, k);\r
 380               }\r
 381             }\r
 382           }\r
 383         }\r
 384       }\r
 385       else /////Editing a single sequence///////////\r
 386       {\r
 387         if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 388         {\r
 389           // dragging to the right\r
 390           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 391           {\r
 392             insertChar(j, startseq);\r
 393           }\r
 394         }\r
 395         else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 396         {\r
 397           // dragging to the left\r
 398           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 399           {\r
 400             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 401                 av.alignment.getSequenceAt(startseq).getSequence().charAt(res)))\r
 402             {\r
 403 \r
 404               deleteChar(res, startseq);\r
 405             }\r
 406             else\r
 407             {\r
 408 \r
 409               break;\r
 410             }\r
 411           }\r
 412         }\r
 413 \r
 414       }\r
 415     }\r
 416 \r
 417     endEdit = res;\r
 418     lastres = res;\r
 419     seqCanvas.repaint();\r
 420   }\r
 421 \r
 422   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 423   {\r
 424     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart, seqend,\r
 425                         av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 426     seqCanvas.repaint();\r
 427   }\r
 428 \r
 429   public void insertChar(int j, int seq)\r
 430   {\r
 431     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 432     seqEditOccurred = seq;\r
 433   }\r
 434 \r
 435   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 436   {\r
 437 \r
 438     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 439     seqEditOccurred = seq;\r
 440     av.alignment.getWidth();\r
 441     repaint();\r
 442   }\r
 443 \r
 444   void editOccurred(int i)\r
 445   {\r
 446     if (endEdit == startEdit)\r
 447     {\r
 448         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 449         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 450     }\r
 451 \r
 452     av.updateConservation();\r
 453     av.updateConsensus();\r
 454 \r
 455 \r
 456     //Does the edit affect any groups?\r
 457     //////////////////////////////\r
 458     Vector groupsToUpdate = new Vector();\r
 459     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 460 \r
 461     int s, g, gSize = av.alignment.getGroups().size();\r
 462     if (sg != null)\r
 463     {\r
 464       groupsToUpdate.addElement(av.getSelectionGroup());\r
 465       int sSize = sg.getSize();\r
 466       for (s = 0; s < sSize; s++)\r
 467       {\r
 468         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 469 \r
 470         for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 471         {\r
 472           SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().\r
 473               elementAt(\r
 474                   g);\r
 475           if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 476           {\r
 477             if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 478               groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 479             continue;\r
 480           }\r
 481         }\r
 482       }\r
 483     }\r
 484     else\r
 485     {\r
 486       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 487       for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 488       {\r
 489         SequenceGroup sg2 = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(\r
 490             g);\r
 491         if (sg2.sequences.contains(seq))\r
 492         {\r
 493           if (!groupsToUpdate.contains(sg2))\r
 494             groupsToUpdate.addElement(sg2);\r
 495           continue;\r
 496         }\r
 497       }\r
 498     }\r
 499 \r
 500     gSize = groupsToUpdate.size();\r
 501     for (g = 0; g < gSize; g++)\r
 502     {\r
 503       ( (SequenceGroup) groupsToUpdate.elementAt(g)).recalcConservation();\r
 504     }\r
 505     ////End of updating groups\r
 506       //////////////////////////////////////////\r
 507 \r
 508 \r
 509     // Y O Y CLUSTALX\r
 510     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 511 \r
 512     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 513     {\r
 514         av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 515     }\r
 516 \r
 517     if(cs!=null)\r
 518     {\r
 519       if (cs.conservationApplied())\r
 520       {\r
 521         jalview.analysis.Conservation c = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 522                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
 523                                           av.alignment.getSequences(),\r
 524                                           0, av.alignment.getWidth() - 1);\r
 525         c.calculate();\r
 526         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 527 \r
 528         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 529         {\r
 530           ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme) cs;\r
 531           cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 532                             av.alignment.getWidth());\r
 533           cs.setConservation(c);\r
 534           av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 535         }\r
 536         else\r
 537         {\r
 538           cs.setConservation(c);\r
 539           av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 540         }\r
 541 \r
 542       }\r
 543 \r
 544       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 545       {\r
 546         ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 547                                                    av.alignment.getWidth());\r
 548         av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 549       }\r
 550         }\r
 551   }\r
 552 \r
 553 //////////////////////////////////////////\r
 554 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 555 //////////////////////////////////////////\r
 556   int oldSeq = -1;\r
 557   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 558   {\r
 559     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 560     int seq = evt.getY() / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 561     oldSeq = seq;\r
 562 \r
 563     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 564 \r
 565     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 566     {\r
 567       return;\r
 568     }\r
 569 \r
 570     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 571 \r
 572     if (stretchGroup == null)\r
 573     {\r
 574       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 575       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 576           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 577       {\r
 578         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 579       }\r
 580       else\r
 581       {\r
 582         stretchGroup = null;\r
 583       }\r
 584     }\r
 585 \r
 586     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 587              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 588              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 589     {\r
 590       stretchGroup = null;\r
 591 \r
 592       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 593 \r
 594       if (allGroups != null)\r
 595       {\r
 596         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 597         {\r
 598           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 599               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 600           {\r
 601             stretchGroup = allGroups[i];\r
 602             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 603             break;\r
 604           }\r
 605         }\r
 606       }\r
 607     }\r
 608 \r
 609     if (stretchGroup == null)\r
 610     {\r
 611       // define a new group here\r
 612       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 613       sg.setStartRes(res);\r
 614       sg.setEndRes(res);\r
 615       sg.addSequence(sequence, false);\r
 616       av.setSelectionGroup(sg);\r
 617       stretchGroup = sg;\r
 618 \r
 619       if (av.getConservationSelected())\r
 620       {\r
 621         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 622                                           "Background");\r
 623       }\r
 624       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 625       {\r
 626         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 627                                        "Background");\r
 628       }\r
 629 \r
 630     }\r
 631 \r
 632     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
 633     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
 634              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
 635     {\r
 636       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
 637       this.add(popup);\r
 638       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 639     }\r
 640 \r
 641     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 642     {\r
 643       // Edit end res position of selected group\r
 644       changeEndRes = true;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 648     {\r
 649       // Edit end res position of selected group\r
 650       changeStartRes = true;\r
 651     }\r
 652 \r
 653   }\r
 654 \r
 655   boolean changeEndSeq = false;\r
 656   boolean changeStartSeq = false;\r
 657   boolean changeEndRes = false;\r
 658   boolean changeStartRes = false;\r
 659   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 660 \r
 661   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 662   {\r
 663     if(mouseDragging)\r
 664      {\r
 665        stretchGroup.recalcConservation();\r
 666        mouseDragging = false;\r
 667      }\r
 668 \r
 669     if (stretchGroup == null)\r
 670     {\r
 671       return;\r
 672     }\r
 673 \r
 674     if(stretchGroup.cs!=null)\r
 675     {\r
 676       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 677       {\r
 678         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 679                                           stretchGroup.getName());\r
 680       }\r
 681       else\r
 682       {\r
 683         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 684                                        stretchGroup.getName());\r
 685       }\r
 686     }\r
 687     changeEndRes = false;\r
 688     changeStartRes = false;\r
 689     stretchGroup = null;\r
 690     seqCanvas.repaint();\r
 691     ap.repaint();\r
 692   }\r
 693 \r
 694   boolean remove = false;\r
 695   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 696   {\r
 697     int res = evt.getX() / av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 698     int y = evt.getY() / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 699 \r
 700     if (stretchGroup == null)\r
 701     {\r
 702       return;\r
 703     }\r
 704 \r
 705     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 706     {\r
 707       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 708     }\r
 709 \r
 710     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 711     {\r
 712       // Edit end res position of selected group\r
 713       changeEndRes = true;\r
 714     }\r
 715 \r
 716     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 717     {\r
 718       // Edit start res position of selected group\r
 719       changeStartRes = true;\r
 720     }\r
 721 \r
 722     if (res < av.getStartRes())\r
 723     {\r
 724       res = av.getStartRes();\r
 725     }\r
 726     else if (res > av.getEndRes())\r
 727     {\r
 728       res = av.getEndRes();\r
 729     }\r
 730 \r
 731     if (changeEndRes)\r
 732     {\r
 733       if (res > stretchGroup.getStartRes() - 1)\r
 734       {\r
 735         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 736       }\r
 737     }\r
 738     else if (changeStartRes)\r
 739     {\r
 740       if (res < stretchGroup.getEndRes() + 1)\r
 741       {\r
 742         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 743       }\r
 744     }\r
 745 \r
 746     int dragDirection = 0;\r
 747     if (y > oldSeq)\r
 748     {\r
 749       dragDirection = 1;\r
 750     }\r
 751     else if (y < oldSeq)\r
 752     {\r
 753       dragDirection = -1;\r
 754     }\r
 755 \r
 756     while (y != oldSeq && oldSeq > 0 && y < av.alignment.getHeight())\r
 757     {\r
 758       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 759       // selection is quite slow.\r
 760       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 761 \r
 762       oldSeq += dragDirection;\r
 763       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 764 \r
 765       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 766       {\r
 767         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 768       }\r
 769       else\r
 770       {\r
 771         if (seq != null)\r
 772         {\r
 773           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 774         }\r
 775         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 776       }\r
 777     }\r
 778     oldSeq = y;\r
 779     mouseDragging = true;\r
 780     if (scrollThread != null)\r
 781     {\r
 782       scrollThread.setEvent(evt);\r
 783     }\r
 784 \r
 785     seqCanvas.repaint();\r
 786   }\r
 787 \r
 788   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 789   {\r
 790     if (scrollThread != null)\r
 791     {\r
 792       scrollThread.running = false;\r
 793     }\r
 794   }\r
 795 \r
 796   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 797   {\r
 798     if (av.getWrapAlignment())\r
 799     {\r
 800       return;\r
 801     }\r
 802 \r
 803     if (mouseDragging)\r
 804     {\r
 805       scrollThread = new ScrollThread();\r
 806     }\r
 807 \r
 808   }\r
 809 \r
 810   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 811   class ScrollThread\r
 812       extends Thread\r
 813   {\r
 814     MouseEvent evt;\r
 815     boolean running = false;\r
 816     public ScrollThread()\r
 817     {\r
 818       start();\r
 819     }\r
 820 \r
 821     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 822     {\r
 823       evt = e;\r
 824     }\r
 825 \r
 826     public void stopScrolling()\r
 827     {\r
 828       running = false;\r
 829     }\r
 830 \r
 831     public void run()\r
 832     {\r
 833       running = true;\r
 834       while (running)\r
 835       {\r
 836         if (evt != null)\r
 837         {\r
 838 \r
 839           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 840           {\r
 841             running = ap.scrollUp(true);\r
 842           }\r
 843 \r
 844           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
 845               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 846           {\r
 847             running = ap.scrollUp(false);\r
 848           }\r
 849 \r
 850           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 851           {\r
 852             running = ap.scrollRight(true);\r
 853           }\r
 854 \r
 855           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
 856           {\r
 857             running = ap.scrollRight(false);\r
 858           }\r
 859         }\r
 860 \r
 861         try\r
 862         {\r
 863           Thread.sleep(75);\r
 864         }\r
 865         catch (Exception ex)\r
 866         {}\r
 867       }\r
 868     }\r
 869   }\r
 870 \r
 871 }\r