src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 \r
  28 public class SeqPanel\r
  29     extends Panel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  30 {\r
  31 \r
  32   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  33   public AlignmentPanel ap;\r
  34 \r
  35   protected int lastres;\r
  36   protected int startseq;\r
  37 \r
  38   protected AlignViewport av;\r
  39 \r
  40   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  41   boolean seqEditOccurred = false;\r
  42 \r
  43   ScrollThread scrollThread = null;\r
  44   boolean mouseDragging = false;\r
  45   boolean editingSeqs = false;\r
  46   boolean groupEditing = false;\r
  47 \r
  48   int oldSeq = -1;\r
  49   boolean changeEndSeq = false;\r
  50   boolean changeStartSeq = false;\r
  51   boolean changeEndRes = false;\r
  52   boolean changeStartRes = false;\r
  53   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  54 \r
  55   StringBuffer keyboardNo1;\r
  56   StringBuffer keyboardNo2;\r
  57 \r
  58   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  59   {\r
  60     this.av = avp;\r
  61 \r
  62     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  63     setLayout(new BorderLayout());\r
  64     add(seqCanvas);\r
  65 \r
  66     ap = p;\r
  67 \r
  68     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);\r
  69     seqCanvas.addMouseListener(this);\r
  70 \r
  71     seqCanvas.repaint();\r
  72   }\r
  73 \r
  74   void endEditing()\r
  75   {\r
  76     startseq = -1;\r
  77     lastres = -1;\r
  78     seqEditOccurred = false;\r
  79     editingSeqs = false;\r
  80     groupEditing = false;\r
  81     keyboardNo1 = null;\r
  82     keyboardNo2 = null;\r
  83    }\r
  84 \r
  85    void setCursorRow()\r
  86    {\r
  87      seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  88      scrollToVisible();\r
  89    }\r
  90 \r
  91    void setCursorColumn()\r
  92    {\r
  93      seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
  94      scrollToVisible();\r
  95    }\r
  96 \r
  97    void setCursorRowAndColumn()\r
  98    {\r
  99      if(keyboardNo2==null)\r
 100      {\r
 101        keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 102      }\r
 103      else\r
 104      {\r
 105        seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 106        seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 107        scrollToVisible();\r
 108      }\r
 109    }\r
 110 \r
 111    void setCursorPosition()\r
 112    {\r
 113      SequenceI sequence =\r
 114          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 115 \r
 116      seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 117          getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 118          );\r
 119      scrollToVisible();\r
 120    }\r
 121 \r
 122    void moveCursor(int dx, int dy)\r
 123    {\r
 124      seqCanvas.cursorX += dx;\r
 125      seqCanvas.cursorY += dy;\r
 126      scrollToVisible();\r
 127    }\r
 128 \r
 129    void scrollToVisible()\r
 130    {\r
 131      if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 132        seqCanvas.cursorX = 0;\r
 133      else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 134        seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 135 \r
 136      if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 137        seqCanvas.cursorY = 0;\r
 138      else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 139        seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 140 \r
 141 \r
 142      endEditing();\r
 143      while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 144      {\r
 145        ap.scrollUp(true);\r
 146      }\r
 147      while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 148      {\r
 149        ap.scrollUp(false);\r
 150      }\r
 151      while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 152      {\r
 153 \r
 154        if(!ap.scrollRight(false))\r
 155          break;\r
 156      }\r
 157      while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 158      {\r
 159        if(!ap.scrollRight(true))\r
 160          break;\r
 161      }\r
 162 \r
 163      setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 164                       seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 165 \r
 166      seqCanvas.repaint();\r
 167    }\r
 168 \r
 169    void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 170    {\r
 171      SequenceI sequence =\r
 172          (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 173 \r
 174      if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 175      {\r
 176        SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 177        //Find the top and bottom of this group\r
 178        int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 179        for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 180        {\r
 181          int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 182          if(index > max)\r
 183            max = index;\r
 184          if(index < min)\r
 185            min = index;\r
 186        }\r
 187 \r
 188        max ++;\r
 189 \r
 190        if(topLeft)\r
 191        {\r
 192          sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 193          if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 194            sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 195 \r
 196          min = seqCanvas.cursorY;\r
 197        }\r
 198        else\r
 199        {\r
 200          sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 201          if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 202            sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 203 \r
 204          max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 205        }\r
 206 \r
 207        if(min>max)\r
 208        {\r
 209          // Only the user can do this\r
 210          av.setSelectionGroup(null);\r
 211        }\r
 212        else\r
 213        {\r
 214          // Now add any sequences between min and max\r
 215          sg.sequences.removeAllElements();\r
 216          for (int i = min; i < max; i++)\r
 217          {\r
 218            sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 219          }\r
 220        }\r
 221      }\r
 222 \r
 223      if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 224      {\r
 225        SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 226        sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 227        sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 228        sg.addSequence(sequence, false);\r
 229        av.setSelectionGroup(sg);\r
 230      }\r
 231 \r
 232 \r
 233      ap.repaint();\r
 234    }\r
 235 \r
 236    void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 237    {\r
 238      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 239                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 240      groupEditing = group;\r
 241      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 242      lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 243      editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 244      editOccurred();\r
 245    }\r
 246 \r
 247    void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 248    {\r
 249      ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 250                                                   av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 251      groupEditing = group;\r
 252      startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 253      lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 254      editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 255      editOccurred();\r
 256    }\r
 257 \r
 258    void numberPressed(char value)\r
 259    {\r
 260      if(keyboardNo1==null)\r
 261        keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 262 \r
 263      if(keyboardNo2!=null)\r
 264        keyboardNo2.append(value);\r
 265      else\r
 266        keyboardNo1.append(value);\r
 267    }\r
 268 \r
 269    int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 270    {\r
 271      if(kb==null)\r
 272        return 1;\r
 273      else\r
 274        return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 275    }\r
 276 \r
 277    void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 278    {\r
 279      StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 280                                           sequence.getName());\r
 281 \r
 282      Object obj = null;\r
 283      if (av.alignment.isNucleotide())\r
 284      {\r
 285        obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 286                                                   "");\r
 287        if (obj != null)\r
 288          text.append(" Nucleotide: ");\r
 289      }\r
 290      else\r
 291      {\r
 292        obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 293        if (obj != null)\r
 294          text.append("  Residue: ");\r
 295      }\r
 296 \r
 297      if (obj != null)\r
 298      {\r
 299 \r
 300        if (obj != "")\r
 301        {\r
 302          text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 303                      ")");\r
 304        }\r
 305      }\r
 306      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 307 \r
 308     }\r
 309      public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 310      {\r
 311        if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 312            evt.isControlDown())\r
 313        {\r
 314          if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 315          {\r
 316            groupEditing = true;\r
 317          }\r
 318          editingSeqs = true;\r
 319        }\r
 320        else\r
 321        {\r
 322          doMousePressedDefineMode(evt);\r
 323          return;\r
 324        }\r
 325 \r
 326 \r
 327        int seq = findSeq(evt);\r
 328        int res = findRes(evt);\r
 329 \r
 330        if(seq<0 || res<0)\r
 331          return;\r
 332 \r
 333        ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 334                                                           av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 335 \r
 336          if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 337                  (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 338          {\r
 339              startseq = seq;\r
 340              lastres = res;\r
 341          }\r
 342          else\r
 343          {\r
 344              startseq = -1;\r
 345              lastres = -1;\r
 346          }\r
 347 \r
 348         return;\r
 349      }\r
 350 \r
 351      public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 352 \r
 353 \r
 354   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 355   {\r
 356     mouseDragging = false;\r
 357 \r
 358     if (!editingSeqs)\r
 359     {\r
 360        doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 361        return;\r
 362     }\r
 363 \r
 364      editOccurred();\r
 365 \r
 366      endEditing();\r
 367        ap.repaint();\r
 368   }\r
 369 \r
 370   int startWrapBlock=-1;\r
 371   int wrappedBlock=-1;\r
 372   int findRes(MouseEvent evt)\r
 373  {\r
 374    int res = 0;\r
 375    int x = evt.getX();\r
 376 \r
 377   if (av.wrapAlignment)\r
 378   {\r
 379 \r
 380     int hgap = av.charHeight;\r
 381     if (av.scaleAboveWrapped)\r
 382       hgap += av.charHeight;\r
 383 \r
 384     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 385         + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 386 \r
 387       int y = evt.getY();\r
 388       y -= hgap;\r
 389       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 390 \r
 391 \r
 392       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);\r
 393 \r
 394       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 395       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 396 \r
 397       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 398 \r
 399   }\r
 400   else\r
 401   {\r
 402       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 403   }\r
 404 \r
 405   return res;\r
 406 \r
 407  }\r
 408 \r
 409  int findSeq(MouseEvent evt)\r
 410  {\r
 411 \r
 412    int seq = 0;\r
 413    int y = evt.getY();\r
 414 \r
 415    if (av.wrapAlignment)\r
 416    {\r
 417      int hgap = av.charHeight;\r
 418      if (av.scaleAboveWrapped)\r
 419        hgap += av.charHeight;\r
 420 \r
 421      int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 422          + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 423 \r
 424        y -= hgap;\r
 425 \r
 426      seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 427    }\r
 428    else\r
 429    {\r
 430      seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 431    }\r
 432 \r
 433    return seq;\r
 434  }\r
 435 \r
 436 \r
 437   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 438   {\r
 439     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem(\r
 440         "Edit Sequence", av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 441 \r
 442     int seq = findSeq(evt);\r
 443     int res = findRes(evt);\r
 444 \r
 445     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 446         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 447     {\r
 448       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 449       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 450       // in the alignment\r
 451 \r
 452       startseq = seq;\r
 453       lastres = res;\r
 454     }\r
 455     else\r
 456     {\r
 457       startseq = -1;\r
 458       lastres = -1;\r
 459     }\r
 460 \r
 461     return;\r
 462   }\r
 463 \r
 464   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 465   {\r
 466     int res = findRes(evt);\r
 467     int seq = findSeq(evt);\r
 468 \r
 469     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq<0 || res<0)\r
 470     {\r
 471       return;\r
 472     }\r
 473 \r
 474     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 475     if (res > sequence.getLength())\r
 476     {\r
 477       return;\r
 478     }\r
 479 \r
 480     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 481             sequence.getName());\r
 482 \r
 483     Object obj = null;\r
 484     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 485     {\r
 486       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 487           "");\r
 488       if(obj!=null)\r
 489         text.append(" Nucleotide: ");\r
 490     }\r
 491     else\r
 492     {\r
 493       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 494       if(obj!=null)\r
 495         text.append("  Residue: ");\r
 496     }\r
 497 \r
 498     if (obj != null)\r
 499     {\r
 500 \r
 501       if (obj != "")\r
 502       {\r
 503         text.append(obj + " (" +\r
 504                     av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 505       }\r
 506     }\r
 507 \r
 508     if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 509     {\r
 510       seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 511     }\r
 512 \r
 513 \r
 514     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 515     if (av.showSequenceFeatures\r
 516         && sequence.getSequenceFeatures()!=null\r
 517         && av.featuresDisplayed!=null)\r
 518     {\r
 519       int index = 0;\r
 520       sequence.getSequenceFeatures();\r
 521       boolean first = true;\r
 522       while (index < sequence.getSequenceFeatures().length)\r
 523       {\r
 524         SequenceFeature sf = sequence.getSequenceFeatures()[index];\r
 525         if (sf.getBegin() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 526             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 527         {\r
 528           if(!av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 529            {\r
 530              index++;\r
 531              continue;\r
 532            }\r
 533 \r
 534           if(first)\r
 535           {\r
 536             text.append(" Sequence Feature:");\r
 537             first = false;\r
 538           }\r
 539 \r
 540           text.append(" "+sf.getType());\r
 541 \r
 542           if(sf.getDescription()!=null)\r
 543             text.append(" "+sf.getDescription());\r
 544 \r
 545           if (sf.getStatus()!=null && sf.getStatus().length() > 0)\r
 546           {\r
 547             text.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 548           }\r
 549           text.append("; ");\r
 550         }\r
 551 \r
 552         index++;\r
 553 \r
 554       }\r
 555     }\r
 556 \r
 557      ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 558 \r
 559   }\r
 560 \r
 561   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 562   {\r
 563     if (!editingSeqs)\r
 564 {\r
 565   doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 566   return;\r
 567 }\r
 568 \r
 569   int res = findRes(evt);\r
 570 \r
 571   if (res < 0)\r
 572   {\r
 573       res = 0;\r
 574   }\r
 575 \r
 576   if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 577   {\r
 578       return;\r
 579   }\r
 580 \r
 581   if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 582   {\r
 583     // dragLeft, delete gap\r
 584     editSequence(false, res);\r
 585   }\r
 586   else\r
 587     editSequence(true, res);\r
 588 \r
 589   mouseDragging = true;\r
 590   if(scrollThread!=null)\r
 591     scrollThread.setEvent(evt);\r
 592 \r
 593   }\r
 594 \r
 595   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 596     {\r
 597       int fixedLeft = -1;\r
 598       int fixedRight = -1;\r
 599       boolean fixedColumns = false;\r
 600       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 601 \r
 602       if(groupEditing && sg==null)\r
 603         return;\r
 604 \r
 605         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 606         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 607         if (groupEditing)\r
 608            message.append("Edit group:");\r
 609         else\r
 610             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 611 \r
 612        if(insertGap)\r
 613          message.append(" insert ");\r
 614        else\r
 615          message.append(" delete ");\r
 616 \r
 617        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 618        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 619 \r
 620 \r
 621         //Are we editing within a selection group?\r
 622         if (groupEditing\r
 623             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 624         {\r
 625           fixedColumns = true;\r
 626 \r
 627           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 628           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 629 \r
 630           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 631               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 632               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 633               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 634           {\r
 635             endEditing();\r
 636             return;\r
 637           }\r
 638 \r
 639           if (fixedLeft > startres)\r
 640           {\r
 641             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 642             fixedLeft = 0;\r
 643           }\r
 644           else if (fixedRight < startres)\r
 645           {\r
 646             fixedLeft = fixedRight;\r
 647             fixedRight = -1;\r
 648           }\r
 649         }\r
 650 \r
 651 \r
 652         if (groupEditing)\r
 653         {\r
 654           // drag to right\r
 655           if (insertGap)\r
 656           {\r
 657               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 658               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 659               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 660               {\r
 661                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 662                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 663               }\r
 664 \r
 665             // Is it valid with fixed columns??\r
 666             // Find the next gap before the end\r
 667             // of the visible region boundary\r
 668             boolean blank = false;\r
 669             for (fixedRight = fixedRight;\r
 670                  fixedRight > lastres;\r
 671                  fixedRight--)\r
 672             {\r
 673               blank = true;\r
 674               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 675               {\r
 676                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 677                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 678                 {\r
 679                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 680                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 681                   {\r
 682                     blank = false;\r
 683                     break;\r
 684                   }\r
 685                 }\r
 686               }\r
 687               if (blank)\r
 688                 break;\r
 689             }\r
 690 \r
 691             if (!blank)\r
 692             {\r
 693               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 694               {\r
 695                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 696                 //contains all the sequences\r
 697                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+1+startres-lastres);\r
 698                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 699               }\r
 700               else\r
 701               {\r
 702                 endEditing();\r
 703                 return;\r
 704               }\r
 705             }\r
 706           }\r
 707 \r
 708 \r
 709           // drag to left\r
 710           else if(!insertGap)\r
 711           {\r
 712             /// Are we able to delete?\r
 713             // ie are all columns blank?\r
 714 \r
 715             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 716             {\r
 717               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 718 \r
 719               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 720               {\r
 721                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 722                 {\r
 723                   continue;\r
 724                 }\r
 725 \r
 726                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 727                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 728                 {\r
 729                   // Not a gap, block edit not valid\r
 730                   endEditing();\r
 731                   return;\r
 732                 }\r
 733               }\r
 734             }\r
 735           }\r
 736 \r
 737 \r
 738           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 739           {\r
 740             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 741 \r
 742             if (insertGap)\r
 743             {\r
 744               // dragging to the right\r
 745               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 746               {\r
 747                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 748                 {\r
 749                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 750                 }\r
 751                 else\r
 752                   insertChar(j, seq);\r
 753               }\r
 754             }\r
 755             else\r
 756             {\r
 757               // dragging to the left\r
 758               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 759               {\r
 760                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 761                 {\r
 762                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 763                 }\r
 764                 else\r
 765                 {\r
 766                   deleteChar(startres, seq);\r
 767                 }\r
 768               }\r
 769             }\r
 770           }\r
 771         }\r
 772         else /////Editing a single sequence///////////\r
 773         {\r
 774           if (insertGap)\r
 775           {\r
 776             // dragging to the right\r
 777             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 778             {\r
 779               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 780               {\r
 781                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 782                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 783                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 784                 {\r
 785                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 786                   //extend the selection group\r
 787                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 788                   fixedColumns = false;\r
 789                   insertChar(j, seq);\r
 790                 }\r
 791                 else\r
 792                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 793               }\r
 794               else\r
 795                 insertChar(j, seq);\r
 796             }\r
 797           }\r
 798           else\r
 799           {\r
 800             // dragging to the left\r
 801             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 802             {\r
 803               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 804               {\r
 805                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 806               }\r
 807               else\r
 808               {\r
 809                 deleteChar(startres, seq);\r
 810               }\r
 811             }\r
 812           }\r
 813         }\r
 814 \r
 815         lastres = startres;\r
 816         seqCanvas.repaint();\r
 817     }\r
 818 \r
 819 \r
 820     /**\r
 821      * DOCUMENT ME!\r
 822      *\r
 823      * @param j DOCUMENT ME!\r
 824      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 825      */\r
 826     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 827     {\r
 828         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 829         seqEditOccurred = true;\r
 830     }\r
 831 \r
 832     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 833     {\r
 834       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 835       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 836       int blankColumn = fixedColumn;\r
 837       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 838       {\r
 839         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 840         {\r
 841           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 842           break;\r
 843         }\r
 844       }\r
 845 \r
 846       if (blankColumn <= j)\r
 847       {\r
 848         endEditing();\r
 849         return;\r
 850       }\r
 851 \r
 852       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 853       {\r
 854         //Just Checking\r
 855         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 856         return;\r
 857       }\r
 858 \r
 859       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 860       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 861       seqEditOccurred = true;\r
 862     }\r
 863 \r
 864     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 865     {\r
 866       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 867       {\r
 868         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 869             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 870         return;\r
 871       }\r
 872 \r
 873       seq.deleteCharAt(j);\r
 874       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
 875       seqEditOccurred = true;\r
 876     }\r
 877 \r
 878     /**\r
 879      * DOCUMENT ME!\r
 880      *\r
 881      * @param j DOCUMENT ME!\r
 882      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 883      */\r
 884     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 885     {\r
 886       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 887       {\r
 888         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
 889             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
 890         return;\r
 891       }\r
 892 \r
 893         seq.deleteCharAt(j);\r
 894         seqEditOccurred = true;\r
 895         seqCanvas.repaint();\r
 896     }\r
 897 \r
 898     /**\r
 899      * DOCUMENT ME!\r
 900      *\r
 901      * @param i DOCUMENT ME!\r
 902      */\r
 903     void editOccurred()\r
 904     {\r
 905       if (!seqEditOccurred)\r
 906       {\r
 907         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 908         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 909       }\r
 910 \r
 911       endEditing();\r
 912 \r
 913       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 914 \r
 915     }\r
 916 \r
 917 //////////////////////////////////////////\r
 918 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 919 //////////////////////////////////////////\r
 920   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 921   {\r
 922     if (scrollThread != null)\r
 923     {\r
 924       scrollThread.running = false;\r
 925       scrollThread = null;\r
 926     }\r
 927 \r
 928     int res = findRes(evt);\r
 929     int seq = findSeq(evt);\r
 930     oldSeq = seq;\r
 931     startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 932 \r
 933     if(seq==-1)\r
 934       return;\r
 935 \r
 936     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 937 \r
 938     if (sequence == null || res > sequence.getLength())\r
 939     {\r
 940       return;\r
 941     }\r
 942 \r
 943     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 944 \r
 945     if (stretchGroup == null)\r
 946     {\r
 947       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 948       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes() &&\r
 949           res < stretchGroup.getEndRes())\r
 950       {\r
 951         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 952       }\r
 953       else\r
 954       {\r
 955         stretchGroup = null;\r
 956       }\r
 957     }\r
 958 \r
 959     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 960              || stretchGroup.getStartRes() > res\r
 961              || stretchGroup.getEndRes() < res)\r
 962     {\r
 963       stretchGroup = null;\r
 964 \r
 965       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 966 \r
 967       if (allGroups != null)\r
 968       {\r
 969         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 970         {\r
 971           if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 972               allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 973           {\r
 974             stretchGroup = allGroups[i];\r
 975             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 976             break;\r
 977           }\r
 978         }\r
 979       }\r
 980     }\r
 981 \r
 982     if (stretchGroup == null)\r
 983     {\r
 984       // define a new group here\r
 985       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 986       sg.setStartRes(res);\r
 987       sg.setEndRes(res);\r
 988       sg.addSequence(sequence, false);\r
 989       av.setSelectionGroup(sg);\r
 990       stretchGroup = sg;\r
 991 \r
 992       if (av.getConservationSelected())\r
 993       {\r
 994         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 995                                           "Background");\r
 996       }\r
 997       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 998       {\r
 999         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1000                                        "Background");\r
1001       }\r
1002 \r
1003     }\r
1004 \r
1005     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT\r
1006     else if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) ==\r
1007              InputEvent.BUTTON3_MASK)\r
1008     {\r
1009       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, null);\r
1010       this.add(popup);\r
1011       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1012     }\r
1013 \r
1014     if (stretchGroup != null && stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1015     {\r
1016       // Edit end res position of selected group\r
1017       changeEndRes = true;\r
1018     }\r
1019 \r
1020     else if (stretchGroup != null && stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1021     {\r
1022       // Edit end res position of selected group\r
1023       changeStartRes = true;\r
1024     }\r
1025 \r
1026   }\r
1027 \r
1028   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1029   {\r
1030     if (stretchGroup == null)\r
1031     {\r
1032         return;\r
1033     }\r
1034 \r
1035     if(stretchGroup.cs!=null)\r
1036     {\r
1037       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1038       {\r
1039         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1040             sequences,\r
1041             stretchGroup.getWidth());\r
1042       }\r
1043 \r
1044       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1045       {\r
1046         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1047                                           stretchGroup.getName());\r
1048         stretchGroup.recalcConservation();\r
1049       }\r
1050       else\r
1051       {\r
1052         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1053                                        stretchGroup.getName());\r
1054       }\r
1055     }\r
1056     changeEndRes = false;\r
1057     changeStartRes = false;\r
1058     stretchGroup = null;\r
1059     PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1060     ap.repaint();\r
1061   }\r
1062 \r
1063   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1064   {\r
1065     int res = findRes(evt);\r
1066     int y = findSeq(evt);\r
1067 \r
1068     if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1069       return;\r
1070 \r
1071      if (stretchGroup == null)\r
1072      {\r
1073           return;\r
1074      }\r
1075 \r
1076      mouseDragging = true;\r
1077 \r
1078 \r
1079       if(y > av.alignment.getHeight())\r
1080       {\r
1081         y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1082       }\r
1083 \r
1084       if(res>av.alignment.getWidth())\r
1085         res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1086 \r
1087       if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1088       {\r
1089           // Edit end res position of selected group\r
1090           changeEndRes = true;\r
1091       }\r
1092       else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1093       {\r
1094           // Edit start res position of selected group\r
1095           changeStartRes = true;\r
1096       }\r
1097 \r
1098       if (res < 0)\r
1099       {\r
1100           res = 0;\r
1101       }\r
1102 \r
1103       if (changeEndRes)\r
1104       {\r
1105           if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1106           {\r
1107               stretchGroup.setEndRes(res);\r
1108           }\r
1109       }\r
1110       else if (changeStartRes)\r
1111       {\r
1112           if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1113           {\r
1114               stretchGroup.setStartRes(res);\r
1115           }\r
1116       }\r
1117 \r
1118       int dragDirection = 0;\r
1119 \r
1120       if (y > oldSeq)\r
1121       {\r
1122           dragDirection = 1;\r
1123       }\r
1124       else if (y < oldSeq)\r
1125       {\r
1126           dragDirection = -1;\r
1127       }\r
1128 \r
1129 \r
1130       while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1131       {\r
1132           // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1133           // selection is quite slow.\r
1134           Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1135 \r
1136           oldSeq += dragDirection;\r
1137 \r
1138           if(oldSeq<0)\r
1139             break;\r
1140 \r
1141           Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1142 \r
1143           if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1144           {\r
1145               stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1146           }\r
1147           else\r
1148           {\r
1149               if (seq != null)\r
1150               {\r
1151                   stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1152               }\r
1153 \r
1154               stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1155           }\r
1156       }\r
1157 \r
1158       if(oldSeq < 0)\r
1159         oldSeq = -1;\r
1160 \r
1161 \r
1162       if(res>av.endRes || res<av.startRes\r
1163           || y<av.startSeq || y>av.endSeq)\r
1164       {\r
1165         mouseExited(evt);\r
1166       }\r
1167 \r
1168       if (scrollThread != null)\r
1169       {\r
1170         scrollThread.setEvent(evt);\r
1171       }\r
1172 \r
1173       seqCanvas.repaint();\r
1174     }\r
1175 \r
1176     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1177     {\r
1178       if (oldSeq < 0)\r
1179         oldSeq = 0;\r
1180 \r
1181       if (scrollThread != null)\r
1182       {\r
1183         scrollThread.running = false;\r
1184         scrollThread = null;\r
1185       }\r
1186     }\r
1187 \r
1188   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1189   {\r
1190     if (av.getWrapAlignment())\r
1191     {\r
1192       return;\r
1193     }\r
1194 \r
1195     if (mouseDragging && scrollThread==null)\r
1196     {\r
1197       scrollThread = new ScrollThread();\r
1198     }\r
1199   }\r
1200 \r
1201   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1202   class ScrollThread\r
1203       extends Thread\r
1204   {\r
1205     MouseEvent evt;\r
1206     boolean running = false;\r
1207     public ScrollThread()\r
1208     {\r
1209       start();\r
1210     }\r
1211 \r
1212     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1213     {\r
1214       evt = e;\r
1215     }\r
1216 \r
1217     public void stopScrolling()\r
1218     {\r
1219       running = false;\r
1220     }\r
1221 \r
1222     public void run()\r
1223     {\r
1224       running = true;\r
1225       while (running)\r
1226       {\r
1227 \r
1228         if (evt != null)\r
1229         {\r
1230 \r
1231           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
1232           {\r
1233             running = ap.scrollUp(true);\r
1234           }\r
1235 \r
1236           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height &&\r
1237               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
1238           {\r
1239             running = ap.scrollUp(false);\r
1240           }\r
1241 \r
1242           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
1243           {\r
1244             running = ap.scrollRight(true);\r
1245           }\r
1246 \r
1247           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)\r
1248           {\r
1249             running = ap.scrollRight(false);\r
1250           }\r
1251         }\r
1252 \r
1253         try\r
1254         {\r
1255           Thread.sleep(75);\r
1256         }\r
1257         catch (Exception ex)\r
1258         {}\r
1259       }\r
1260     }\r
1261   }\r
1262 \r
1263 }\r