src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28
  29 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  30         AdjustmentListener, MouseListener
  31 {
  32   AlignmentPanel ap;
  33
  34   boolean forConservation = true;
  35
  36   ColourSchemeI cs;
  37
  38   static Frame conservationSlider;
  39
  40   static Frame PIDSlider;
  41
  42   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  43           ColourSchemeI cs, String source)
  44   {
  45     SliderPanel sp = null;
  46
  47     if (conservationSlider == null)
  48     {
  49       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  50       conservationSlider = new Frame();
  51       conservationSlider.add(sp);
  52     }
  53     else
  54     {
  55       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  56       sp.cs = cs;
  57     }
  58
  59     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" + source
  60             + ")");
  61     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
  62     {
  63       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  64     }
  65     else
  66     {
  67       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  68     }
  69
  70     return sp.getValue();
  71   }
  72
  73   public static void showConservationSlider()
  74   {
  75     try
  76     {
  77       PIDSlider.setVisible(false);
  78       PIDSlider = null;
  79     } catch (Exception ex)
  80     {
  81     }
  82
  83     if (!conservationSlider.isVisible())
  84     {
  85       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
  86               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
  87       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
  88       {
  89         public void windowClosing(WindowEvent e)
  90         {
  91           conservationSlider = null;
  92         }
  93       });
  94
  95     }
  96
  97   }
  98
  99   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 100           String source)
 101   {
 102     SliderPanel pid = null;
 103     if (PIDSlider == null)
 104     {
 105       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 106       PIDSlider = new Frame();
 107       PIDSlider.add(pid);
 108     }
 109     else
 110     {
 111       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 112       pid.cs = cs;
 113     }
 114     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");
 115
 116     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)
 117     {
 118       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 119     }
 120     else
 121     {
 122       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 123     }
 124
 125     return pid.getValue();
 126
 127   }
 128
 129   public static void showPIDSlider()
 130   {
 131     try
 132     {
 133       conservationSlider.setVisible(false);
 134       conservationSlider = null;
 135     } catch (Exception ex)
 136     {
 137     }
 138
 139     if (!PIDSlider.isVisible())
 140     {
 141       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 142               420, 100);
 143       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 144       {
 145         public void windowClosing(WindowEvent e)
 146         {
 147           PIDSlider = null;
 148         }
 149       });
 150     }
 151
 152   }
 153
 154   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 155           ColourSchemeI cs)
 156   {
 157     try
 158     {
 159       jbInit();
 160     } catch (Exception e)
 161     {
 162       e.printStackTrace();
 163     }
 164     this.ap = ap;
 165     this.cs = cs;
 166     forConservation = forConserve;
 167     undoButton.setVisible(false);
 168     applyButton.setVisible(false);
 169     if (forConservation)
 170     {
 171       label.setText("Modify conservation visibility");
 172       slider.setMinimum(0);
 173       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 174       slider.setUnitIncrement(1);
 175     }
 176     else
 177     {
 178       label.setText("Colour residues above % occurence");
 179       slider.setMinimum(0);
 180       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 181       slider.setBlockIncrement(1);
 182     }
 183
 184     slider.addAdjustmentListener(this);
 185     slider.addMouseListener(this);
 186
 187     slider.setValue(value);
 188     valueField.setText(value + "");
 189   }
 190
 191   public void valueChanged(int i)
 192   {
 193     if (cs == null)
 194     {
 195       return;
 196     }
 197
 198     ColourSchemeI toChange = null;
 199     Vector allGroups = null;
 200     int groupIndex = 0;
 201
 202     if (allGroupsCheck.getState())
 203     {
 204       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 205       groupIndex = allGroups.size() - 1;
 206     }
 207     else
 208     {
 209       toChange = cs;
 210     }
 211
 212     while (groupIndex > -1)
 213     {
 214       if (allGroups != null)
 215       {
 216         toChange = ((SequenceGroup) allGroups.elementAt(groupIndex)).cs;
 217       }
 218
 219       if (forConservation)
 220       {
 221         toChange.setConservationInc(i);
 222       }
 223       else
 224       {
 225         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 226       }
 227
 228       groupIndex--;
 229     }
 230
 231     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 232
 233   }
 234
 235   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 236   {
 237     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 238   }
 239
 240   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 241   {
 242     if (evt.getSource() == applyButton)
 243     {
 244       applyButton_actionPerformed();
 245     }
 246     else if (evt.getSource() == undoButton)
 247     {
 248       undoButton_actionPerformed();
 249     }
 250     else if (evt.getSource() == valueField)
 251     {
 252       valueField_actionPerformed();
 253     }
 254   }
 255
 256   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 257   {
 258     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 259     valueChanged(slider.getValue());
 260   }
 261
 262   public void valueField_actionPerformed()
 263   {
 264     try
 265     {
 266       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 267       slider.setValue(i);
 268     } catch (Exception ex)
 269     {
 270       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 271     }
 272   }
 273
 274   public void setValue(int value)
 275   {
 276     slider.setValue(value);
 277   }
 278
 279   public int getValue()
 280   {
 281     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 282   }
 283
 284   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 285   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 286
 287   protected TextField valueField = new TextField();
 288
 289   protected Label label = new Label();
 290
 291   Panel jPanel1 = new Panel();
 292
 293   Panel jPanel2 = new Panel();
 294
 295   protected Button applyButton = new Button();
 296
 297   protected Button undoButton = new Button();
 298
 299   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 300
 301   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 302
 303   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 304
 305   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 306
 307   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 308
 309   private void jbInit() throws Exception
 310   {
 311     this.setLayout(borderLayout2);
 312
 313     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 314     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 315     // slider.setPaintTicks(true);
 316     slider.setBackground(Color.white);
 317     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 318     slider.setOrientation(0);
 319     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 320     valueField.setText("      ");
 321     valueField.addActionListener(this);
 322     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 323     label.setText("set this label text");
 324     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 325     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 326     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 327     applyButton.setLabel("Apply");
 328     applyButton.addActionListener(this);
 329     undoButton.setEnabled(false);
 330     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 331     undoButton.setLabel("Undo");
 332     undoButton.addActionListener(this);
 333     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 334     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 335     allGroupsCheck.setLabel("Apply threshold to all groups");
 336     allGroupsCheck.setName("Apply to all Groups");
 337     this.setBackground(Color.white);
 338     this.setForeground(Color.black);
 339     jPanel2.add(label, null);
 340     jPanel2.add(applyButton, null);
 341     jPanel2.add(undoButton, null);
 342     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 343     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 344     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 345     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 346     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 347   }
 348
 349   protected void applyButton_actionPerformed()
 350   {
 351   }
 352
 353   protected void undoButton_actionPerformed()
 354   {
 355   }
 356
 357   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 358   {
 359   }
 360
 361   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 362   {
 363     ap.paintAlignment(true);
 364   }
 365
 366   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 367   {
 368   }
 369
 370   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 371   {
 372   }
 373
 374   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 375   {
 376   }
 377 }