src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   4 import jalview.api.ViewStyleI;
   5 import jalview.bin.JalviewLite;
   6 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   7 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
   8
   9 import java.awt.BorderLayout;
  10 import java.awt.Dimension;
  11 import java.awt.GridLayout;
  12 import java.awt.Panel;
  13
  14 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  15 {
  16   private static final long serialVersionUID = 1L;
  17
  18   private AlignFrame topFrame;
  19
  20   private AlignFrame bottomFrame;
  21
  22   private Panel outermost;
  23
  24   /**
  25    * Constructor
  26    */
  27   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  28   {
  29     topFrame = af1;
  30     bottomFrame = af2;
  31     init();
  32   }
  33
  34   /**
  35    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  36    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  37    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  38    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  39    */
  40   public void init()
  41   {
  42     constructSplit();
  43
  44     /*
  45      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  46      */
  47     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  48     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  49     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  50     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  51     AlignViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  52             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  53     AlignViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  54             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  55
  56     boolean mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  57             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  58     if (mapped)
  59     {
  60       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  61               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  62       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  63       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  64       ssm.addCommandListener(cdna);
  65       ssm.addCommandListener(protein);
  66     }
  67
  68     adjustLayout();
  69   }
  70
  71   /**
  72    *
  73    */
  74   protected void constructSplit()
  75   {
  76     setMenuBar(null);
  77     outermost = new Panel(new GridLayout(2, 1));
  78
  79     Panel topPanel = new Panel();
  80     Panel bottomPanel = new Panel();
  81     outermost.add(topPanel);
  82     outermost.add(bottomPanel);
  83
  84     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  85     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Make any adjustments to the layout
  90    */
  91   protected void adjustLayout()
  92   {
  93     AlignViewport cdna = topFrame.getAlignViewport().getAlignment()
  94             .isNucleotide() ? topFrame.viewport : bottomFrame.viewport;
  95     AlignViewport protein = cdna == topFrame.viewport ? bottomFrame.viewport
  96             : topFrame.viewport;
  97
  98     /*
  99      * Ensure sequence ids are the same width for good alignment.
 100      */
 101     // TODO should do this via av.getViewStyle/setViewStyle
 102     // however at present av.viewStyle is not set in IdPanel.fontChanged
 103     int w1 = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 104     int w2 = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 105     int w3 = Math.max(w1, w2);
 106     if (w1 != w3)
 107     {
 108       Dimension d = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 109       topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 110               d.height));
 111     }
 112     if (w2 != w3)
 113     {
 114       Dimension d = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 115       bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 116               d.height));
 117     }
 118
 119     /*
 120      * Expand protein to 3 times character width of dna
 121      */
 122     if (protein != null && cdna != null)
 123     {
 124       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 125       vs.setCharWidth(3 * vs.getCharWidth());
 126       protein.setViewStyle(vs);
 127     }
 128   }
 129
 130   /**
 131    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
 132    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
 133    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
 134    *
 135    * @param af
 136    * @param panel
 137    */
 138   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
 139   {
 140     panel.setLayout(new BorderLayout());
 141     Panel menuPanel = af
 142             .makeEmbeddedPopupMenu(af.getMenuBar(), true, false);
 143     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 144     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 145     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 150    *
 151    * @param embedded
 152    * @param applet
 153    */
 154   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 155   {
 156     createSplitFrameWindow(embedded, applet);
 157     validate();
 158     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 159     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 160     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 161     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 166    * embed=true) add it to the applet container instead.
 167    *
 168    * @param embed
 169    * @param applet
 170    */
 171   protected void createSplitFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 172   {
 173     if (embed)
 174     {
 175       applet.add(outermost);
 176       applet.validate();
 177     }
 178     else
 179     {
 180       this.add(outermost);
 181       int width = Math.max(topFrame.DEFAULT_WIDTH,
 182               bottomFrame.DEFAULT_WIDTH);
 183       int height = topFrame.DEFAULT_HEIGHT + bottomFrame.DEFAULT_HEIGHT;
 184       jalview.bin.JalviewLite
 185               .addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 186     }
 187   }
 188 }