src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.awt.*;\r
   9 import java.awt.event.*;\r
  10 import java.util.*;\r
  11 \r
  12 \r
  13 public class TreeCanvas extends Panel implements MouseListener\r
  14 {\r
  15   NJTree tree;\r
  16   ScrollPane scrollPane;\r
  17   AlignViewport av;\r
  18 \r
  19   Font font;\r
  20   int  fontSize = 12;\r
  21 \r
  22   boolean fitToWindow = true;\r
  23   boolean showDistances = false;\r
  24   boolean showBootstrap = false;\r
  25 \r
  26   int offx = 20;\r
  27   int offy = 20;\r
  28 \r
  29   float threshold;\r
  30 \r
  31   String longestName;\r
  32   int labelLength=-1;\r
  33 \r
  34   //RubberbandRectangle rubberband;\r
  35 \r
  36   Vector    listeners;\r
  37 \r
  38   Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  39   Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  40 \r
  41   public TreeCanvas(AlignViewport av, NJTree tree, ScrollPane scroller, String label)\r
  42   {\r
  43     this.av = av;\r
  44     this.tree     = tree;\r
  45     scrollPane = scroller;\r
  46     addMouseListener(this);\r
  47     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  48     longestName = label;\r
  49     setLayout(null);\r
  50 \r
  51     PaintRefresher.Register(this);\r
  52   }\r
  53   public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  54  {\r
  55     SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
  56     if(selected == null)\r
  57     {\r
  58       selected = new SequenceGroup();\r
  59       av.setSelectionGroup(selected);\r
  60     }\r
  61 \r
  62     selected.setEndRes(av.alignment.getWidth());\r
  63     selected.addOrRemove(sequence);\r
  64 \r
  65 \r
  66     PaintRefresher.Refresh(this);\r
  67     repaint();\r
  68  }\r
  69 \r
  70 \r
  71 \r
  72   public void setTree(NJTree tree) {\r
  73     this.tree = tree;\r
  74     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  75   }\r
  76 \r
  77     public void drawNode(Graphics g,SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
  78     if (node == null) {\r
  79       return;\r
  80     }\r
  81 \r
  82     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
  83       // Drawing leaf node\r
  84 \r
  85       float height = node.height;\r
  86       float dist   = node.dist;\r
  87 \r
  88       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
  89       int xend =   (int)(height*scale)        + offx;\r
  90 \r
  91       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
  92 \r
  93       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
  94       {\r
  95        if ( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
  96        {\r
  97          g.setColor(Color.black);\r
  98        }\r
  99        else\r
 100         g.setColor( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor().\r
 101                    darker());\r
 102 \r
 103       }\r
 104       else\r
 105           g.setColor(Color.black);\r
 106 \r
 107 \r
 108       // Draw horizontal line\r
 109       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 110 \r
 111       String nodeLabel = "";\r
 112       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 113         nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
 114       }\r
 115       if (showBootstrap) {\r
 116         if (showDistances) {\r
 117           nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 118         }\r
 119         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 120       }\r
 121       if (! nodeLabel.equals("")) {\r
 122       g.drawString(nodeLabel,xstart,ypos - 10);\r
 123       }\r
 124 \r
 125       // Colour selected leaves differently\r
 126       String name    = node.getName();\r
 127       FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 128       int charWidth  = fm.stringWidth(node.getName()) + 3;\r
 129       int charHeight = fm.getHeight();\r
 130 \r
 131       Rectangle rect = new Rectangle(xend+20,ypos-charHeight,\r
 132                                      charWidth,charHeight);\r
 133 \r
 134       nameHash.put((SequenceI)node.element(),rect);\r
 135 \r
 136       SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
 137       if (selected!=null && selected.sequences.contains((SequenceI)node.element())) {\r
 138         g.setColor(Color.gray);\r
 139 \r
 140         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3,charWidth,charHeight);\r
 141         g.setColor(Color.white);\r
 142       }\r
 143       g.drawString(node.getName(),xend+10,ypos);\r
 144       g.setColor(Color.black);\r
 145     } else {\r
 146       drawNode(g,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 147       drawNode(g,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 148 \r
 149       float height = node.height;\r
 150       float dist   = node.dist;\r
 151 \r
 152       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 153       int xend   = (int)(height       *scale) + offx;\r
 154       int ypos   = (int)(node.ycount  *chunk) + offy;\r
 155 \r
 156       g.setColor(((SequenceNode)node).color.darker());\r
 157 \r
 158       // Draw horizontal line\r
 159       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 160       g.fillRect(xend-2, ypos-2, 4,4);\r
 161 \r
 162       int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()) .ycount * chunk) + offy;\r
 163       int yend   = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 164 \r
 165       Rectangle pos = new Rectangle(xend-2,ypos-2,5,5);\r
 166       nodeHash.put(node,pos);\r
 167 \r
 168       g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 169                  (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 170 \r
 171       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 172         g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 173       }\r
 174 \r
 175     }\r
 176   }\r
 177   public Object findElement(int x, int y) {\r
 178        Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 179 \r
 180     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 181             Object ob = keys.nextElement();\r
 182             Rectangle rect = (Rectangle)nameHash.get(ob);\r
 183 \r
 184             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 185               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 186               return ob;\r
 187             }\r
 188   }\r
 189   keys = nodeHash.keys();\r
 190 \r
 191     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 192             Object ob = keys.nextElement();\r
 193             Rectangle rect = (Rectangle)nodeHash.get(ob);\r
 194 \r
 195             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 196               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 197               return ob;\r
 198             }\r
 199     }\r
 200       return null;\r
 201 \r
 202   }\r
 203 \r
 204   public void pickNodes(Rectangle pickBox) {\r
 205     int width  = getSize().width;\r
 206     int height = getSize().height;\r
 207 \r
 208     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 209 \r
 210     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight()\r
 211 ;\r
 212     if (top.count == 0) {\r
 213       top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 214     }\r
 215     float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count;\r
 216 \r
 217     pickNode(pickBox,top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 218   }\r
 219 \r
 220   public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
 221     if (node == null) {\r
 222       return;\r
 223     }\r
 224 \r
 225     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 226       float height = node.height;\r
 227       float dist   = node.dist;\r
 228 \r
 229       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 230       int xend   = (int)(height*scale) + offx;\r
 231 \r
 232       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 233 \r
 234       if (pickBox.contains(new Point(xend,ypos))) {\r
 235         if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
 236           SequenceI seq = (SequenceI)node.element();\r
 237           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 238           if(sg!=null)\r
 239             sg.addOrRemove(seq);\r
 240         }\r
 241       }\r
 242     } else {\r
 243       pickNode(pickBox,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 244       pickNode(pickBox,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 245     }\r
 246   }\r
 247 \r
 248   public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 249   {\r
 250     if (node == null)\r
 251       return;\r
 252 \r
 253     if (node.left() == null && node.right() == null)\r
 254     {\r
 255       node.color = c;\r
 256 \r
 257       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 258           ((SequenceI)node.element()).setColor(c);\r
 259     } else\r
 260     {\r
 261       node.color = c;\r
 262       setColor((SequenceNode)node.left(),c);\r
 263       setColor((SequenceNode)node.right(),c);\r
 264     }\r
 265   }\r
 266 \r
 267 \r
 268   public void paint(Graphics g)\r
 269   {\r
 270 \r
 271     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
 272     g.setFont(font);\r
 273 \r
 274     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 275 \r
 276     if(nameHash.size()==0)\r
 277       repaint();\r
 278 \r
 279 \r
 280     if( fitToWindow || (!fitToWindow && scrollPane.getSize().height > fm.getHeight() * nameHash.size()+offy ) )\r
 281      {\r
 282          draw(g,scrollPane.getSize().width,scrollPane.getSize().height);\r
 283      }\r
 284     else\r
 285      {\r
 286          setSize(new Dimension(scrollPane.getSize().width, fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 287          draw( g,scrollPane.getSize().width, fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 288      }\r
 289 \r
 290     scrollPane.validate();\r
 291   }\r
 292     public int getFontSize() {\r
 293         return fontSize;\r
 294     }\r
 295     public void setFontSize(int fontSize) {\r
 296         this.fontSize = fontSize;\r
 297         repaint();\r
 298     }\r
 299   public void draw(Graphics g, int width, int height) {\r
 300 \r
 301       g.setColor(Color.white);\r
 302       g.fillRect(0,0,width,height);\r
 303 \r
 304 \r
 305       labelLength = g.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName)+ 20;//20 allows for scrollbar\r
 306 \r
 307       float wscale =(float)(width - labelLength -offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
 308 \r
 309       SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 310 \r
 311       if (top.count == 0) {\r
 312           top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 313       }\r
 314       float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count ;\r
 315 \r
 316       drawNode(g,tree.getTopNode(),chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 317 \r
 318       if (threshold != 0)\r
 319       {\r
 320         if(av.getCurrentTree() == tree)\r
 321           g.setColor(Color.red);\r
 322         else\r
 323           g.setColor(Color.gray);\r
 324 \r
 325           int x = (int)(    threshold * (float)(getSize().width-labelLength - 2*offx) +offx   ) ;\r
 326 \r
 327           g.drawLine(x,0,x,getSize().height);\r
 328       }\r
 329 \r
 330   }\r
 331 \r
 332   public void mouseReleased(MouseEvent e) { }\r
 333   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 334   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 335   public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 336   }\r
 337 \r
 338   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 339 \r
 340       av.setCurrentTree(tree);\r
 341 \r
 342       int x = e.getX();\r
 343       int y = e.getY();\r
 344 \r
 345       Object ob = findElement(x,y);\r
 346 \r
 347       if (ob instanceof SequenceI)\r
 348       {\r
 349           TreeSelectionChanged((Sequence)ob);\r
 350           repaint();\r
 351           return;\r
 352 \r
 353       } else if (ob instanceof SequenceNode) {\r
 354           SequenceNode tmpnode = (SequenceNode)ob;\r
 355           tree.swapNodes(tmpnode);\r
 356           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 357           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 358       } else {\r
 359           // Find threshold\r
 360 \r
 361           if (tree.getMaxHeight() != 0) {\r
 362               threshold = (float)(x - offx)/(float)(getSize().width-labelLength - 2*offx);\r
 363 \r
 364               tree.getGroups().removeAllElements();\r
 365               tree.groupNodes(tree.getTopNode(),threshold);\r
 366               setColor(tree.getTopNode(),Color.black);\r
 367 \r
 368               av.setSelectionGroup(null);\r
 369               av.alignment.deleteAllGroups();\r
 370 \r
 371               for (int i=0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 372               {\r
 373 \r
 374                   Color col = new Color((int)(Math.random()*255),\r
 375                                         (int)(Math.random()*255),\r
 376                                         (int)(Math.random()*255));\r
 377                   setColor((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),col.brighter());\r
 378 \r
 379                   Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),new Vector());\r
 380                   SequenceGroup sg = null;\r
 381                   for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 382                   {\r
 383                     SequenceNode sn = (SequenceNode) l.elementAt(j);\r
 384                     if(sg==null)\r
 385                        sg = new SequenceGroup("TreeGroup", av.getGlobalColourScheme(), true, true,false,0,av.alignment.getWidth());\r
 386 \r
 387                     sg.addSequence( (Sequence) sn.element());\r
 388                   }\r
 389 \r
 390                   if (av.getGlobalColourScheme() instanceof ConservationColourScheme)\r
 391                   {\r
 392                     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 393                     Conservation c = new Conservation("Group",\r
 394                                                       ResidueProperties.propHash, 3,\r
 395                                                       sg.sequences, sg.getStartRes(),\r
 396                                                       sg.getEndRes());\r
 397 \r
 398                     c.calculate();\r
 399                     c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 400                     ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 401 \r
 402                     sg.cs = ccs;\r
 403 \r
 404                   }\r
 405 \r
 406 \r
 407 \r
 408                   av.alignment.addGroup(sg);\r
 409 \r
 410               }\r
 411           }\r
 412       }\r
 413 \r
 414       PaintRefresher.Refresh(this);\r
 415       repaint();\r
 416 \r
 417   }\r
 418 \r
 419     public void setShowDistances(boolean state) {\r
 420         this.showDistances = state;\r
 421         repaint();\r
 422     }\r
 423 \r
 424     public void setShowBootstrap(boolean state) {\r
 425       this.showBootstrap = state;\r
 426       repaint();\r
 427     }\r
 428 \r
 429 }\r
 430 \r