src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19
  20 package jalview.appletgui;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24 import java.util.Hashtable;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.io.*;
  29
  30 public class TreePanel
  31     extends EmbmenuFrame implements ActionListener, ItemListener
  32 {
  33   SequenceI[] seq;
  34   String type;
  35   String pwtype;
  36   int start;
  37   int end;
  38   TreeCanvas treeCanvas;
  39   NJTree tree;
  40   AlignViewport av;
  41
  42   public NJTree getTree()
  43   {
  44     return tree;
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Creates a new TreePanel object.
  49    *
  50    * @param av DOCUMENT ME!
  51    * @param seqVector DOCUMENT ME!
  52    * @param type DOCUMENT ME!
  53    * @param pwtype DOCUMENT ME!
  54    * @param s DOCUMENT ME!
  55    * @param e DOCUMENT ME!
  56    */
  57   public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)
  58   {
  59     try
  60     {
  61       jbInit();
  62       this.setMenuBar(jMenuBar1);
  63     }
  64     catch (Exception ex)
  65     {
  66       ex.printStackTrace();
  67     }
  68
  69     initTreePanel(av, type, pwtype, null);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Creates a new TreePanel object.
  74    *
  75    * @param av DOCUMENT ME!
  76    * @param seqVector DOCUMENT ME!
  77    * @param newtree DOCUMENT ME!
  78    * @param type DOCUMENT ME!
  79    * @param pwtype DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public TreePanel(AlignViewport av,
  82                    String type,
  83                    String pwtype,
  84                    NewickFile newtree)
  85   {
  86     try
  87     {
  88       jbInit();
  89       this.setMenuBar(jMenuBar1);
  90     }
  91     catch (Exception e)
  92     {
  93       e.printStackTrace();
  94     }
  95
  96     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);
  97   }
  98   void initTreePanel(AlignViewport av,
  99                      String type,
 100                      String pwtype,
 101                      NewickFile newTree)
 102   {
 103
 104     this.av = av;
 105     this.type = type;
 106     this.pwtype = pwtype;
 107
 108
 109     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 110     tl.start();
 111     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);
 112     embedMenuIfNeeded(treeCanvas);
 113     scrollPane.add(treeCanvas, BorderLayout.CENTER);
 114   }
 115   void showOriginalData()
 116   {
 117     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to warrant a new window to be created
 118     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions yields unaligned seqs)
 119     // or create a selection box around columns in alignment view
 120     // test Alignment(SeqCigar[])
 121     if (tree.seqData != null)
 122     {
 123       Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(av.
 124           getGapCharacter());
 125
 126       if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 127       {
 128         Alignment al = new Alignment( (SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 129         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 130                                        av.applet,
 131                                        "Original Data for Tree",
 132                                        false);
 133
 134         af.viewport.setHiddenColumns( (ColumnSelection) alAndColsel[1]);
 135       }
 136     }
 137     else
 138     {
 139       System.out.println("Original Tree Data not available");
 140     }
 141   }
 142
 143   class TreeLoader
 144       extends Thread
 145   {
 146     NewickFile newtree;
 147     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 148
 149     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 150     {
 151       this.newtree = newtree;
 152     }
 153
 154     public void run()
 155     {
 156       if (newtree != null)
 157       {
 158         if (odata == null)
 159         {
 160           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(),
 161                             newtree);
 162         }
 163         else
 164         {
 165           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(), odata, newtree);
 166         }
 167
 168       }
 169       else
 170       {
 171         int start, end;
 172         SequenceI[] seqs;
 173         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(av.getSelectionGroup() != null);
 174         if (av.getSelectionGroup() == null)
 175         {
 176           start = 0;
 177           end = av.alignment.getWidth();
 178           seqs = av.alignment.getSequencesArray();
 179         }
 180         else
 181         {
 182           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 183           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;
 184           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);
 185         }
 186
 187         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);
 188       }
 189
 190       tree.reCount(tree.getTopNode());
 191       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 192       treeCanvas.setTree(tree);
 193       if (newtree != null)
 194       {
 195         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());
 196         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());
 197         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 198         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());
 199       }
 200
 201       treeCanvas.repaint();
 202
 203       av.setCurrentTree(tree);
 204
 205     }
 206   }
 207
 208   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 209   {
 210     if (evt.getSource() == newickOutput)
 211     {
 212       newickOutput_actionPerformed();
 213     }
 214     else if (evt.getSource() == fontSize)
 215     {
 216       fontSize_actionPerformed();
 217     }
 218     else if (evt.getSource() == inputData)
 219     {
 220       showOriginalData();
 221     }
 222   }
 223
 224   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 225   {
 226     if (evt.getSource() == fitToWindow)
 227     {
 228       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();
 229     }
 230
 231     else if (evt.getSource() == distanceMenu)
 232     {
 233       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());
 234     }
 235
 236     else if (evt.getSource() == bootstrapMenu)
 237     {
 238       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());
 239     }
 240
 241     else if (evt.getSource() == placeholdersMenu)
 242     {
 243       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());
 244     }
 245
 246     treeCanvas.repaint();
 247   }
 248
 249   public void newickOutput_actionPerformed()
 250   {
 251     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());
 252     String output = fout.print(false, true);
 253     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
 254     cap.setText(output);
 255     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();
 256     frame.add(cap);
 257     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);
 258   }
 259
 260   public java.awt.Font getTreeFont()
 261   {
 262     return treeCanvas.font;
 263   }
 264
 265   public void setTreeFont(java.awt.Font font)
 266   {
 267     treeCanvas.font = font;
 268     treeCanvas.repaint();
 269   }
 270
 271   protected void fontSize_actionPerformed()
 272   {
 273     if (treeCanvas == null)
 274     {
 275       return;
 276     }
 277
 278     new FontChooser(this);
 279   }
 280
 281   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 282   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 283   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 284   Menu jMenu2 = new Menu();
 285   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();
 286   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();
 287   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();
 288   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();
 289   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();
 290   Menu fileMenu = new Menu();
 291   MenuItem newickOutput = new MenuItem();
 292   MenuItem inputData = new MenuItem();
 293
 294   private void jbInit()
 295       throws Exception
 296   {
 297     setLayout(borderLayout1);
 298     this.setBackground(Color.white);
 299     this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 300     jMenu2.setLabel("View");
 301     fontSize.setLabel("Font...");
 302     fontSize.addActionListener(this);
 303     bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");
 304     bootstrapMenu.addItemListener(this);
 305     distanceMenu.setLabel("Show Distances");
 306     distanceMenu.addItemListener(this);
 307     placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");
 308     placeholdersMenu.addItemListener(this);
 309     fitToWindow.setState(true);
 310     fitToWindow.setLabel("Fit To Window");
 311     fitToWindow.addItemListener(this);
 312     fileMenu.setLabel("File");
 313     newickOutput.setLabel("Newick Format");
 314     newickOutput.addActionListener(this);
 315     inputData.setLabel("Input Data...");
 316
 317     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 318     jMenuBar1.add(fileMenu);
 319     jMenuBar1.add(jMenu2);
 320     jMenu2.add(fitToWindow);
 321     jMenu2.add(fontSize);
 322     jMenu2.add(distanceMenu);
 323     jMenu2.add(bootstrapMenu);
 324     jMenu2.add(placeholdersMenu);
 325     fileMenu.add(newickOutput);
 326     fileMenu.add(inputData);
 327     inputData.addActionListener(this);
 328   }
 329
 330 }