src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.jbappletgui.GTreePanel;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.io.NewickFile;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class TreePanel extends GTreePanel\r
  12 {\r
  13   SequenceI[] seq;\r
  14   String type;\r
  15   String pwtype;\r
  16   AlignViewport av;\r
  17   int start;\r
  18   int end;\r
  19   TreeCanvas treeCanvas;\r
  20   NJTree tree;\r
  21 \r
  22   public NJTree getTree()\r
  23   {\r
  24     return tree;\r
  25   }\r
  26 \r
  27   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type, String pwtype, int s, int e)\r
  28   {\r
  29     super();\r
  30 \r
  31     this.type = type;\r
  32     this.pwtype = pwtype;\r
  33 \r
  34     start = s;\r
  35     end = e;\r
  36 \r
  37     String longestName = "";\r
  38     seq = new Sequence [seqVector.size()];\r
  39     for (int i=0;i < seqVector.size();i++)\r
  40     {\r
  41       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  42       if(seq[i].getName().length()>longestName.length())\r
  43         longestName = seq[i].getName();\r
  44     }\r
  45 \r
  46     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  47 \r
  48     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  49 \r
  50     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  51     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  52     scrollPane.add(treeCanvas);\r
  53 \r
  54   }\r
  55 \r
  56 public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  57                String type, String pwtype)\r
  58 {\r
  59   super();\r
  60   // These are probably only  arbitrary strings reflecting source of tree\r
  61   this.type = type;\r
  62   this.pwtype = pwtype;\r
  63 \r
  64   start = 0;\r
  65   end = seqVector.size();\r
  66 \r
  67   String longestName = "";\r
  68   seq = new Sequence [seqVector.size()];\r
  69   for (int i=0;i < seqVector.size();i++)\r
  70   {\r
  71     seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  72     if(seq[i].getName().length()>longestName.length())\r
  73       longestName = seq[i].getName();\r
  74   }\r
  75   // This constructor matches sequence names to treenodes and sets up the tree layouts.\r
  76   tree = new NJTree(seq, newtree);\r
  77 \r
  78   tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  79   tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  80 \r
  81   treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  82   treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
  83   bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
  84   treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
  85   distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
  86   scrollPane.add(treeCanvas);\r
  87 \r
  88 }\r
  89 \r
  90 \r
  91 \r
  92 public String getText(String format) {\r
  93   return null;\r
  94 }\r
  95 \r
  96   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  97   {\r
  98     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
  99     repaint();\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void newickOutput_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 103   {\r
 104     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 105     String output = fout.print(false, true);\r
 106     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false);\r
 107     cap.setText(output);\r
 108     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 109     frame.add(cap);\r
 110     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type+" "+pwtype, 500,500);\r
 111   }\r
 112 \r
 113 \r
 114 \r
 115   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 116   {\r
 117  /*   if( treeCanvas==null )\r
 118      return;\r
 119 \r
 120    String size = fontSize.getLabel().substring( fontSize.getLabel().indexOf("-")+1);\r
 121 \r
 122    Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 123                                "Select font size",\r
 124                                "Font size",\r
 125                                JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 126                                null, new String[]{"1","2","4","6","8","10","12","14","16","18","20"}\r
 127                                ,"Font Size - "+size);\r
 128    if(selection!=null)\r
 129    {\r
 130      fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 131 \r
 132      int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 133      treeCanvas.setFontSize(i);\r
 134    }\r
 135     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 136 */\r
 137   }\r
 138 \r
 139   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 140   {\r
 141     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 142   }\r
 143 \r
 144   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 145   {\r
 146     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 147   }\r
 148 \r
 149 }\r