src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.analysis.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.io.*;\r
  28 \r
  29 public class TreePanel\r
  30     extends Frame implements ActionListener, ItemListener\r
  31 {\r
  32   SequenceI[] seq;\r
  33   String type;\r
  34   String pwtype;\r
  35   int start;\r
  36   int end;\r
  37   TreeCanvas treeCanvas;\r
  38   NJTree tree;\r
  39   AlignViewport av;\r
  40 \r
  41   public NJTree getTree()\r
  42   {\r
  43     return tree;\r
  44   }\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * Creates a new TreePanel object.\r
  48    *\r
  49    * @param av DOCUMENT ME!\r
  50    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  51    * @param type DOCUMENT ME!\r
  52    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  53    * @param s DOCUMENT ME!\r
  54    * @param e DOCUMENT ME!\r
  55    */\r
  56   public TreePanel(AlignViewport av, String type, String pwtype)\r
  57   {\r
  58     try\r
  59     {\r
  60       jbInit();\r
  61       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  62     }\r
  63     catch (Exception ex)\r
  64     {\r
  65       ex.printStackTrace();\r
  66     }\r
  67 \r
  68     initTreePanel(av, type, pwtype, null);\r
  69   }\r
  70 \r
  71   /**\r
  72    * Creates a new TreePanel object.\r
  73    *\r
  74    * @param av DOCUMENT ME!\r
  75    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  76    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  77    * @param type DOCUMENT ME!\r
  78    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  79    */\r
  80   public TreePanel(AlignViewport av,\r
  81                    String type,\r
  82                    String pwtype,\r
  83                    NewickFile newtree)\r
  84   {\r
  85     try\r
  86     {\r
  87       jbInit();\r
  88       this.setMenuBar(jMenuBar1);\r
  89     }\r
  90     catch (Exception e)\r
  91     {\r
  92       e.printStackTrace();\r
  93     }\r
  94 \r
  95     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree);\r
  96   }\r
  97 \r
  98   void initTreePanel(AlignViewport av,\r
  99                      String type,\r
 100                      String pwtype,\r
 101                      NewickFile newTree)\r
 102   {\r
 103 \r
 104     this.av = av;\r
 105     this.type = type;\r
 106     this.pwtype = pwtype;\r
 107 \r
 108     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 109     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 110 \r
 111     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 112     tl.start();\r
 113 \r
 114   }\r
 115 \r
 116   void showOriginalData()\r
 117   {\r
 118     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to warrant a new window to be created\r
 119     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions yields unaligned seqs)\r
 120     // or create a selection box around columns in alignment view\r
 121     // test Alignment(SeqCigar[])\r
 122     if (tree.seqData != null)\r
 123     {\r
 124       Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(av.\r
 125           getGapCharacter());\r
 126 \r
 127       if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)\r
 128       {\r
 129         Alignment al = new Alignment( (SequenceI[]) alAndColsel[0]);\r
 130         AlignFrame af = new AlignFrame(al,\r
 131                                        av.applet,\r
 132                                        "Original Data for Tree",\r
 133                                        false);\r
 134 \r
 135         af.viewport.setHiddenColumns( (ColumnSelection) alAndColsel[1]);\r
 136       }\r
 137     }\r
 138     else\r
 139     {\r
 140       System.out.println("Original Tree Data not available");\r
 141     }\r
 142   }\r
 143 \r
 144   class TreeLoader\r
 145       extends Thread\r
 146   {\r
 147     NewickFile newtree;\r
 148     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;\r
 149 \r
 150     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 151     {\r
 152       this.newtree = newtree;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     public void run()\r
 156     {\r
 157       if (newtree != null)\r
 158       {\r
 159         if (odata == null)\r
 160         {\r
 161           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(),\r
 162                             newtree);\r
 163         }\r
 164         else\r
 165         {\r
 166           tree = new NJTree(av.alignment.getSequencesArray(), odata, newtree);\r
 167         }\r
 168 \r
 169       }\r
 170       else\r
 171       {\r
 172         int start, end;\r
 173         SequenceI[] seqs;\r
 174         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(av.getSelectionGroup() != null);\r
 175         if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 176         {\r
 177           start = 0;\r
 178           end = av.alignment.getWidth();\r
 179           seqs = av.alignment.getSequencesArray();\r
 180         }\r
 181         else\r
 182         {\r
 183           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();\r
 184           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;\r
 185           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);\r
 186         }\r
 187 \r
 188         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);\r
 189       }\r
 190 \r
 191       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 192       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 193       treeCanvas.setTree(tree);\r
 194       if (newtree != null)\r
 195       {\r
 196         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 197         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 198         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 199         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 200       }\r
 201 \r
 202       treeCanvas.repaint();\r
 203 \r
 204       av.setCurrentTree(tree);\r
 205 \r
 206     }\r
 207   }\r
 208 \r
 209   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 210   {\r
 211     if (evt.getSource() == newickOutput)\r
 212     {\r
 213       newickOutput_actionPerformed();\r
 214     }\r
 215     else if (evt.getSource() == fontSize)\r
 216     {\r
 217       fontSize_actionPerformed();\r
 218     }\r
 219     else if (evt.getSource() == inputData)\r
 220     {\r
 221       showOriginalData();\r
 222     }\r
 223   }\r
 224 \r
 225   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 226   {\r
 227     if (evt.getSource() == fitToWindow)\r
 228     {\r
 229       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 230     }\r
 231 \r
 232     else if (evt.getSource() == distanceMenu)\r
 233     {\r
 234       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 235     }\r
 236 \r
 237     else if (evt.getSource() == bootstrapMenu)\r
 238     {\r
 239       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 240     }\r
 241 \r
 242     else if (evt.getSource() == placeholdersMenu)\r
 243     {\r
 244       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 245     }\r
 246 \r
 247     treeCanvas.repaint();\r
 248   }\r
 249 \r
 250   public void newickOutput_actionPerformed()\r
 251   {\r
 252     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 253     String output = fout.print(false, true);\r
 254     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);\r
 255     cap.setText(output);\r
 256     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 257     frame.add(cap);\r
 258     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 262   {\r
 263     return treeCanvas.font;\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 267   {\r
 268     treeCanvas.font = font;\r
 269     treeCanvas.repaint();\r
 270   }\r
 271 \r
 272   protected void fontSize_actionPerformed()\r
 273   {\r
 274     if (treeCanvas == null)\r
 275     {\r
 276       return;\r
 277     }\r
 278 \r
 279     new FontChooser(this);\r
 280   }\r
 281 \r
 282   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 283   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();\r
 284   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();\r
 285   Menu jMenu2 = new Menu();\r
 286   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();\r
 287   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 288   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 289   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();\r
 290   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();\r
 291   Menu fileMenu = new Menu();\r
 292   MenuItem newickOutput = new MenuItem();\r
 293   MenuItem inputData = new MenuItem();\r
 294 \r
 295   private void jbInit()\r
 296       throws Exception\r
 297   {\r
 298     setLayout(borderLayout1);\r
 299     this.setBackground(Color.white);\r
 300     this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));\r
 301     jMenu2.setLabel("View");\r
 302     fontSize.setLabel("Font...");\r
 303     fontSize.addActionListener(this);\r
 304     bootstrapMenu.setLabel("Show Bootstrap Values");\r
 305     bootstrapMenu.addItemListener(this);\r
 306     distanceMenu.setLabel("Show Distances");\r
 307     distanceMenu.addItemListener(this);\r
 308     placeholdersMenu.setLabel("Mark Unassociated Leaves");\r
 309     placeholdersMenu.addItemListener(this);\r
 310     fitToWindow.setState(true);\r
 311     fitToWindow.setLabel("Fit To Window");\r
 312     fitToWindow.addItemListener(this);\r
 313     fileMenu.setLabel("File");\r
 314     newickOutput.setLabel("Newick Format");\r
 315     newickOutput.addActionListener(this);\r
 316     inputData.setLabel("Input Data...");\r
 317 \r
 318     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);\r
 319     jMenuBar1.add(fileMenu);\r
 320     jMenuBar1.add(jMenu2);\r
 321     jMenu2.add(fitToWindow);\r
 322     jMenu2.add(fontSize);\r
 323     jMenu2.add(distanceMenu);\r
 324     jMenu2.add(bootstrapMenu);\r
 325     jMenu2.add(placeholdersMenu);\r
 326     fileMenu.add(newickOutput);\r
 327     fileMenu.add(inputData);\r
 328     inputData.addActionListener(this);\r
 329   }\r
 330 \r
 331 }\r