src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 import jalview.jbappletgui.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel\r
  32     extends GTreePanel\r
  33 {\r
  34   SequenceI[] seq;\r
  35   String type;\r
  36   String pwtype;\r
  37   AlignmentPanel ap;\r
  38   int start;\r
  39   int end;\r
  40   TreeCanvas treeCanvas;\r
  41   NJTree tree;\r
  42 \r
  43   public NJTree getTree()\r
  44   {\r
  45     return tree;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   /**\r
  49    * Creates a new TreePanel object.\r
  50    *\r
  51    * @param av DOCUMENT ME!\r
  52    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  53    * @param type DOCUMENT ME!\r
  54    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  55    * @param s DOCUMENT ME!\r
  56    * @param e DOCUMENT ME!\r
  57    */\r
  58   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  59                    String pwtype, int s, int e)\r
  60   {\r
  61     super();\r
  62     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, s, e, null);\r
  63 \r
  64     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as a userdefined default\r
  65     treeCanvas.setShowDistances(true);\r
  66   }\r
  67 \r
  68   /**\r
  69    * Creates a new TreePanel object.\r
  70    *\r
  71    * @param av DOCUMENT ME!\r
  72    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  73    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  74    * @param type DOCUMENT ME!\r
  75    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  76    */\r
  77   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  78                    String type, String pwtype)\r
  79   {\r
  80     super();\r
  81     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, 0, seqVector.size(), newtree);\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   void initTreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  86                      String pwtype, int s, int e, NewickFile newTree)\r
  87   {\r
  88 \r
  89     this.type = type;\r
  90     this.pwtype = pwtype;\r
  91 \r
  92     start = s;\r
  93     end = e;\r
  94 \r
  95     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  96     for(int i=0; i<seqVector.size(); i++)\r
  97       seq[i] = (SequenceI)seqVector.elementAt(i);\r
  98 \r
  99 \r
 100     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
 101     scrollPane.add(treeCanvas);\r
 102 \r
 103     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 104     tl.start();\r
 105 \r
 106   }\r
 107 \r
 108   class TreeLoader extends Thread\r
 109   {\r
 110     NewickFile newtree;\r
 111 \r
 112     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 113     {\r
 114       this.newtree = newtree;\r
 115     }\r
 116 \r
 117     public void run()\r
 118     {\r
 119       NJTree tree;\r
 120       if(newtree!=null)\r
 121         tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 122       else\r
 123         tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
 124 \r
 125       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 126       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 127       treeCanvas.setTree(tree);\r
 128       if(newtree!=null)\r
 129       {\r
 130         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 131         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 132       }\r
 133 \r
 134 \r
 135       treeCanvas.repaint();\r
 136 \r
 137     }\r
 138   }\r
 139 \r
 140   public String getText(String format)\r
 141   {\r
 142     return null;\r
 143   }\r
 144 \r
 145   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 146   {\r
 147     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 148     repaint();\r
 149   }\r
 150 \r
 151   public void newickOutput_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 152   {\r
 153     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 154     String output = fout.print(false, true);\r
 155     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame.applet);\r
 156     cap.setText(output);\r
 157     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 158     frame.add(cap);\r
 159     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 160   }\r
 161 \r
 162   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 163   {\r
 164     /*   if( treeCanvas==null )\r
 165         return;\r
 166 \r
 167       String size = fontSize.getLabel().substring( fontSize.getLabel().indexOf("-")+1);\r
 168 \r
 169       Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 170                                   "Select font size",\r
 171                                   "Font size",\r
 172                                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 173      null, new String[]{"1","2","4","6","8","10","12","14","16","18","20"}\r
 174                                   ,"Font Size - "+size);\r
 175       if(selection!=null)\r
 176       {\r
 177         fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 178 \r
 179         int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 180         treeCanvas.setFontSize(i);\r
 181       }\r
 182        scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 183      */\r
 184   }\r
 185 \r
 186   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 187   {\r
 188     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 189   }\r
 190 \r
 191   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 192   {\r
 193     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 194   }\r
 195 \r
 196   protected void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 197   {\r
 198     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 199   }\r
 200 \r
 201 }\r