src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AverageDistanceTree;
  24 import jalview.analysis.NJTree;
  25 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  26 import jalview.analysis.TreeModel;
  27 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  28 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  29 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  30 import jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.datamodel.Alignment;
  33 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.io.NewickFile;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Menu;
  42 import java.awt.MenuBar;
  43 import java.awt.MenuItem;
  44 import java.awt.ScrollPane;
  45 import java.awt.event.ActionEvent;
  46 import java.awt.event.ActionListener;
  47 import java.awt.event.ItemEvent;
  48 import java.awt.event.ItemListener;
  49
  50 public class TreePanel extends EmbmenuFrame implements ActionListener,
  51         ItemListener
  52 {
  53   SequenceI[] seq;
  54
  55   String type;
  56
  57   String pwtype;
  58
  59   int start;
  60
  61   int end;
  62
  63   TreeCanvas treeCanvas;
  64
  65   TreeModel tree;
  66
  67   AlignmentPanel ap;
  68
  69   AlignViewport av;
  70
  71   public TreeModel getTree()
  72   {
  73     return tree;
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public void finalize() throws Throwable
  78   {
  79     ap = null;
  80     av = null;
  81     super.finalize();
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Creates a new TreePanel object.
  86    *
  87    * @param av
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    * @param seqVector
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    * @param type
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    * @param pwtype
  94    *          DOCUMENT ME!
  95    * @param s
  96    *          DOCUMENT ME!
  97    * @param e
  98    *          DOCUMENT ME!
  99    */
 100   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype)
 101   {
 102     try
 103     {
 104       jbInit();
 105       this.setMenuBar(jMenuBar1);
 106     } catch (Exception ex)
 107     {
 108       ex.printStackTrace();
 109     }
 110
 111     initTreePanel(ap, type, pwtype, null);
 112   }
 113
 114   /**
 115    * Creates a new TreePanel object.
 116    *
 117    * @param av
 118    *          DOCUMENT ME!
 119    * @param seqVector
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    * @param newtree
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param type
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    * @param pwtype
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    */
 128   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 129           NewickFile newtree)
 130   {
 131     try
 132     {
 133       jbInit();
 134       this.setMenuBar(jMenuBar1);
 135     } catch (Exception e)
 136     {
 137       e.printStackTrace();
 138     }
 139
 140     initTreePanel(ap, type, pwtype, newtree);
 141   }
 142
 143   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 144           NewickFile newTree)
 145   {
 146
 147     this.ap = ap;
 148     this.av = ap.av;
 149     this.type = type;
 150     this.pwtype = pwtype;
 151
 152     treeCanvas = new TreeCanvas(ap, scrollPane);
 153     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 154     tl.start();
 155     embedMenuIfNeeded(treeCanvas);
 156     scrollPane.add(treeCanvas, BorderLayout.CENTER);
 157   }
 158
 159   void showOriginalData()
 160   {
 161     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 162     // warrant a new window to be created
 163     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 164     // yields unaligned seqs)
 165     // or create a selection box around columns in alignment view
 166     // test Alignment(SeqCigar[])
 167     if (tree.seqData != null)
 168     {
 169       char gc = '-';
 170       try
 171       {
 172         // we try to get the associated view's gap character
 173         // but this may fail if the view was closed...
 174         gc = av.getGapCharacter();
 175       } catch (Exception ex)
 176       {
 177       }
 178       ;
 179       Object[] alAndColsel = tree.seqData
 180               .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 181
 182       if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 183       {
 184         Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 185         AlignFrame af = new AlignFrame(al, av.applet,
 186                 "Original Data for Tree", false);
 187
 188         af.viewport.setHiddenColumns((ColumnSelection) alAndColsel[1]);
 189       }
 190     }
 191     else
 192     {
 193       System.out.println("Original Tree Data not available");
 194     }
 195   }
 196
 197   class TreeLoader extends Thread
 198   {
 199     NewickFile newtree;
 200
 201     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 202
 203     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 204     {
 205       this.newtree = newtree;
 206     }
 207
 208     @Override
 209     public void run()
 210     {
 211       if (newtree != null)
 212       {
 213         if (odata == null)
 214         {
 215           tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(),
 216                   newtree);
 217         }
 218         else
 219         {
 220           tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(),
 221                   odata, newtree);
 222         }
 223
 224       }
 225       else
 226       {
 227         ScoreModelI sm = configureScoreModel(pwtype);
 228         TreeBuilder njtree = type.equals(TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING) ? new NJTree(
 229                 av, sm, SimilarityParams.Jalview)
 230                 : new AverageDistanceTree(av, sm, SimilarityParams.Jalview);
 231         tree = new TreeModel(njtree);
 232       }
 233
 234       tree.reCount(tree.getTopNode());
 235       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 236       treeCanvas.setTree(tree);
 237       if (newtree != null)
 238       {
 239         // Set default view, paying lip service to any overriding tree view
 240         // parameter settings
 241         boolean showDist = newtree.HasDistances()
 242                 && av.applet.getDefaultParameter("showTreeDistances",
 243                         newtree.HasDistances());
 244         boolean showBoots = newtree.HasBootstrap()
 245                 && av.applet.getDefaultParameter("showTreeBootstraps",
 246                         newtree.HasBootstrap());
 247         distanceMenu.setState(showDist);
 248         bootstrapMenu.setState(showBoots);
 249         treeCanvas.setShowBootstrap(showBoots);
 250         treeCanvas.setShowDistances(showDist);
 251         treeCanvas.setMarkPlaceholders(av.applet.getDefaultParameter(
 252                 "showUnlinkedTreeNodes", false));
 253       }
 254
 255       treeCanvas.repaint();
 256
 257       av.setCurrentTree(tree);
 258
 259     }
 260   }
 261
 262   @Override
 263   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 264   {
 265     if (evt.getSource() == newickOutput)
 266     {
 267       newickOutput_actionPerformed();
 268     }
 269     else if (evt.getSource() == fontSize)
 270     {
 271       fontSize_actionPerformed();
 272     }
 273     else if (evt.getSource() == inputData)
 274     {
 275       showOriginalData();
 276     }
 277   }
 278
 279   @Override
 280   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 281   {
 282     if (evt.getSource() == fitToWindow)
 283     {
 284       treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();
 285     }
 286
 287     else if (evt.getSource() == distanceMenu)
 288     {
 289       treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());
 290     }
 291
 292     else if (evt.getSource() == bootstrapMenu)
 293     {
 294       treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());
 295     }
 296
 297     else if (evt.getSource() == placeholdersMenu)
 298     {
 299       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());
 300     }
 301
 302     treeCanvas.repaint();
 303   }
 304
 305   public void newickOutput_actionPerformed()
 306   {
 307     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 308             tree.getTopNode());
 309     String output = fout.print(false, true);
 310     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, null);
 311     cap.setText(output);
 312     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();
 313     frame.add(cap);
 314     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);
 315   }
 316
 317   public java.awt.Font getTreeFont()
 318   {
 319     return treeCanvas.font;
 320   }
 321
 322   public void setTreeFont(java.awt.Font font)
 323   {
 324     treeCanvas.font = font;
 325     treeCanvas.repaint();
 326   }
 327
 328   protected void fontSize_actionPerformed()
 329   {
 330     if (treeCanvas == null)
 331     {
 332       return;
 333     }
 334
 335     new FontChooser(this);
 336   }
 337
 338   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 339
 340   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 341
 342   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 343
 344   Menu jMenu2 = new Menu();
 345
 346   protected MenuItem fontSize = new MenuItem();
 347
 348   protected CheckboxMenuItem bootstrapMenu = new CheckboxMenuItem();
 349
 350   protected CheckboxMenuItem distanceMenu = new CheckboxMenuItem();
 351
 352   protected CheckboxMenuItem placeholdersMenu = new CheckboxMenuItem();
 353
 354   protected CheckboxMenuItem fitToWindow = new CheckboxMenuItem();
 355
 356   Menu fileMenu = new Menu();
 357
 358   MenuItem newickOutput = new MenuItem();
 359
 360   MenuItem inputData = new MenuItem();
 361
 362   private void jbInit() throws Exception
 363   {
 364     setLayout(borderLayout1);
 365     this.setBackground(Color.white);
 366     this.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 367     jMenu2.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 368     fontSize.setLabel(MessageManager.getString("action.font"));
 369     fontSize.addActionListener(this);
 370     bootstrapMenu.setLabel(MessageManager
 371             .getString("label.show_bootstrap_values"));
 372     bootstrapMenu.addItemListener(this);
 373     distanceMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.show_distances"));
 374     distanceMenu.addItemListener(this);
 375     placeholdersMenu.setLabel(MessageManager
 376             .getString("label.mark_unassociated_leaves"));
 377     placeholdersMenu.addItemListener(this);
 378     fitToWindow.setState(true);
 379     fitToWindow.setLabel(MessageManager.getString("label.fit_to_window"));
 380     fitToWindow.addItemListener(this);
 381     fileMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 382     newickOutput.setLabel(MessageManager.getString("label.newick_format"));
 383     newickOutput.addActionListener(this);
 384     inputData.setLabel(MessageManager.getString("label.input_data"));
 385
 386     add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 387     jMenuBar1.add(fileMenu);
 388     jMenuBar1.add(jMenu2);
 389     jMenu2.add(fitToWindow);
 390     jMenu2.add(fontSize);
 391     jMenu2.add(distanceMenu);
 392     jMenu2.add(bootstrapMenu);
 393     jMenu2.add(placeholdersMenu);
 394     fileMenu.add(newickOutput);
 395     fileMenu.add(inputData);
 396     inputData.addActionListener(this);
 397   }
 398
 399   /**
 400    * Gets the score model for the given name. If the score model is one that
 401    * requires to get state data from the current view, allow it to do so
 402    *
 403    * @param sm
 404    * @return
 405    */
 406   protected ScoreModelI configureScoreModel(String modelName)
 407   {
 408     ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance().forName(modelName);
 409     if (sm instanceof ViewBasedAnalysisI)
 410     {
 411       try
 412       {
 413         sm = sm.getClass().newInstance();
 414         ((ViewBasedAnalysisI) sm).configureFromAlignmentView(treeCanvas.ap);
 415       } catch (Exception q)
 416       {
 417         Cache.log.error("Couldn't create a scoremodel instance for "
 418                 + sm.getName());
 419       }
 420     }
 421     return sm;
 422   }
 423
 424 }