src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 import jalview.jbappletgui.*;\r
  30 \r
  31 public class TreePanel\r
  32     extends GTreePanel\r
  33 {\r
  34   SequenceI[] seq;\r
  35   String type;\r
  36   String pwtype;\r
  37   AlignmentPanel ap;\r
  38   int start;\r
  39   int end;\r
  40   TreeCanvas treeCanvas;\r
  41   NJTree tree;\r
  42 \r
  43   public NJTree getTree()\r
  44   {\r
  45     return tree;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   /**\r
  49    * Creates a new TreePanel object.\r
  50    *\r
  51    * @param av DOCUMENT ME!\r
  52    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  53    * @param type DOCUMENT ME!\r
  54    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  55    * @param s DOCUMENT ME!\r
  56    * @param e DOCUMENT ME!\r
  57    */\r
  58   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  59                    String pwtype, int s, int e)\r
  60   {\r
  61     super();\r
  62     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, s, e, null);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   /**\r
  66    * Creates a new TreePanel object.\r
  67    *\r
  68    * @param av DOCUMENT ME!\r
  69    * @param seqVector DOCUMENT ME!\r
  70    * @param newtree DOCUMENT ME!\r
  71    * @param type DOCUMENT ME!\r
  72    * @param pwtype DOCUMENT ME!\r
  73    */\r
  74   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  75                    String type, String pwtype)\r
  76   {\r
  77     super();\r
  78     initTreePanel(av, seqVector, type, pwtype, 0, seqVector.size(), newtree);\r
  79   }\r
  80 \r
  81 \r
  82   void initTreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  83                      String pwtype, int s, int e, NewickFile newTree)\r
  84   {\r
  85 \r
  86     this.type = type;\r
  87     this.pwtype = pwtype;\r
  88 \r
  89     start = s;\r
  90     end = e;\r
  91 \r
  92     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  93     for(int i=0; i<seqVector.size(); i++)\r
  94       seq[i] = (SequenceI)seqVector.elementAt(i);\r
  95 \r
  96 \r
  97     treeCanvas = new TreeCanvas(av, scrollPane);\r
  98     scrollPane.add(treeCanvas);\r
  99 \r
 100 \r
 101     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);\r
 102     tl.start();\r
 103 \r
 104   }\r
 105 \r
 106   class TreeLoader extends Thread\r
 107   {\r
 108     NewickFile newtree;\r
 109 \r
 110     public TreeLoader(NewickFile newtree)\r
 111     {\r
 112       this.newtree = newtree;\r
 113     }\r
 114 \r
 115     public void run()\r
 116     {\r
 117       if(newtree!=null)\r
 118         tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 119       else\r
 120         tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
 121 \r
 122       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 123       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 124       treeCanvas.setTree(tree);\r
 125       if(newtree!=null)\r
 126       {\r
 127         distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 128         bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 129         treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 130         treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 131       }\r
 132 \r
 133 \r
 134       treeCanvas.repaint();\r
 135 \r
 136     }\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public String getText(String format)\r
 140   {\r
 141     return null;\r
 142   }\r
 143 \r
 144   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 145   {\r
 146     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 147     treeCanvas.repaint();\r
 148   }\r
 149 \r
 150   public void newickOutput_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 151   {\r
 152     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 153     String output = fout.print(false, true);\r
 154     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame.applet);\r
 155     cap.setText(output);\r
 156     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 157     frame.add(cap);\r
 158     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type + " " + pwtype, 500, 100);\r
 159   }\r
 160 \r
 161   public java.awt.Font getTreeFont()\r
 162   {\r
 163     return treeCanvas.font;\r
 164   }\r
 165 \r
 166   public void setTreeFont(java.awt.Font font)\r
 167   {\r
 168     treeCanvas.font = font;\r
 169     treeCanvas.repaint();\r
 170   }\r
 171 \r
 172   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 173   {\r
 174      if( treeCanvas==null )\r
 175         return;\r
 176 \r
 177     new FontChooser(this);\r
 178   }\r
 179 \r
 180   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 181   {\r
 182     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 183   }\r
 184 \r
 185   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 186   {\r
 187     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 188   }\r
 189 \r
 190   protected void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 191   {\r
 192     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 193   }\r
 194 \r
 195 }\r