src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.schemes.*;
  28
  29 public class UserDefinedColours extends Panel implements ActionListener,
  30         AdjustmentListener
  31 {
  32
  33   AlignmentPanel ap;
  34
  35   SequenceGroup seqGroup;
  36
  37   Button selectedButton;
  38
  39   Vector oldColours = new Vector();
  40
  41   ColourSchemeI oldColourScheme;
  42
  43   Frame frame;
  44
  45   MCview.AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  46
  47   AppletJmol jmol;
  48
  49   Dialog dialog;
  50
  51   Object caller;
  52
  53   String originalLabel;
  54
  55   Color originalColour;
  56
  57   int R = 0, G = 0, B = 0;
  58
  59   public ColourSchemeI loadDefaultColours()
  60   {
  61     // NOT IMPLEMENTED YET IN APPLET VERSION
  62     return null;
  63   }
  64
  65   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  66   {
  67     this.ap = ap;
  68     seqGroup = sg;
  69
  70     if (seqGroup != null)
  71     {
  72       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  73     }
  74     else
  75     {
  76       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  77     }
  78
  79     init();
  80   }
  81
  82   public UserDefinedColours(MCview.AppletPDBCanvas pdb)
  83   {
  84     this.pdbcanvas = pdb;
  85     init();
  86   }
  87
  88   public UserDefinedColours(AppletJmol jmol)
  89   {
  90     this.jmol = jmol;
  91     init();
  92   }
  93
  94   public UserDefinedColours(FeatureRenderer fr, Frame alignframe)
  95   {
  96     caller = fr;
  97     originalColour = fr.colourPanel.getBackground();
  98     originalLabel = "Feature Colour";
  99     setForDialog("Select Feature Colour", alignframe);
 100     setTargetColour(fr.colourPanel.getBackground());
 101     dialog.setVisible(true);
 102   }
 103   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Frame alignframe)
 104   {
 105     this(caller, col1, alignframe, "Select Colour");
 106   }
 107   public UserDefinedColours(Component caller, Color col1, Container alignframe, String title)
 108   {
 109     this.caller = caller;
 110     originalColour = col1;
 111     originalLabel = title;
 112     setForDialog(title, alignframe);
 113     setTargetColour(col1);
 114     dialog.setVisible(true);
 115   }
 116
 117   public UserDefinedColours(Object caller, String label, Color colour)
 118   {
 119     this.caller = caller;
 120     originalColour = colour;
 121     originalLabel = label;
 122     init();
 123     remove(buttonPanel);
 124
 125     setTargetColour(colour);
 126
 127     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 113, 400, 35));
 128     frame.setTitle("User Defined Colours - " + label);
 129     frame.setSize(420, 200);
 130   }
 131
 132   void setForDialog(String title, Container alignframe)
 133   {
 134     init();
 135     frame.setVisible(false);
 136     remove(buttonPanel);
 137     if (alignframe instanceof Frame)
 138     {
 139       dialog = new Dialog((Frame)alignframe, title, true);
 140     }
 141     else
 142     if (alignframe instanceof JVDialog){
 143       dialog = new Dialog(((JVDialog)alignframe), title, true);
 144     } else {
 145       throw new Error("Unsupported owner for User Colour scheme dialog.");
 146     }
 147
 148     dialog.add(this);
 149     this.setSize(400, 123);
 150     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 35));
 151     int height = 160 + alignframe.getInsets().top + getInsets().bottom;
 152     int width = 400;
 153
 154     dialog.setBounds(alignframe.getBounds().x
 155             + (alignframe.getSize().width - width) / 2, alignframe
 156             .getBounds().y
 157             + (alignframe.getSize().height - height) / 2, width, height);
 158
 159   }
 160
 161   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 162   {
 163     if (evt.getSource() == okButton)
 164     {
 165       okButton_actionPerformed();
 166     }
 167     else if (evt.getSource() == applyButton)
 168     {
 169       applyButton_actionPerformed();
 170     }
 171     else if (evt.getSource() == cancelButton)
 172     {
 173       cancelButton_actionPerformed();
 174     }
 175     else if (evt.getSource() == rText)
 176     {
 177       rText_actionPerformed();
 178     }
 179     else if (evt.getSource() == gText)
 180     {
 181       gText_actionPerformed();
 182     }
 183     else if (evt.getSource() == bText)
 184     {
 185       bText_actionPerformed();
 186     }
 187   }
 188
 189   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 190   {
 191     if (evt.getSource() == rScroller)
 192     {
 193       rScroller_adjustmentValueChanged();
 194     }
 195     else if (evt.getSource() == gScroller)
 196     {
 197       gScroller_adjustmentValueChanged();
 198     }
 199     else if (evt.getSource() == bScroller)
 200     {
 201       bScroller_adjustmentValueChanged();
 202     }
 203   }
 204
 205   void init()
 206   {
 207     try
 208     {
 209       jbInit();
 210     } catch (Exception e)
 211     {
 212       e.printStackTrace();
 213     }
 214     frame = new Frame();
 215     frame.add(this);
 216     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "User defined colours", 420,
 217             345);
 218
 219     if (seqGroup != null)
 220     {
 221       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 222     }
 223
 224     for (int i = 0; i < 20; i++)
 225     {
 226       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 227               + "", ResidueProperties.aa[i]);
 228     }
 229
 230     makeButton("B", "B");
 231     makeButton("Z", "Z");
 232     makeButton("X", "X");
 233     makeButton("Gap", "'.','-',' '");
 234
 235     validate();
 236   }
 237
 238   protected void rText_actionPerformed()
 239   {
 240     try
 241     {
 242       int i = Integer.parseInt(rText.getText());
 243       rScroller.setValue(i);
 244       rScroller_adjustmentValueChanged();
 245     } catch (NumberFormatException ex)
 246     {
 247     }
 248   }
 249
 250   protected void gText_actionPerformed()
 251   {
 252     try
 253     {
 254       int i = Integer.parseInt(gText.getText());
 255       gScroller.setValue(i);
 256       gScroller_adjustmentValueChanged();
 257     } catch (NumberFormatException ex)
 258     {
 259     }
 260
 261   }
 262
 263   protected void bText_actionPerformed()
 264   {
 265     try
 266     {
 267       int i = Integer.parseInt(bText.getText());
 268       bScroller.setValue(i);
 269       bScroller_adjustmentValueChanged();
 270     } catch (NumberFormatException ex)
 271     {
 272     }
 273
 274   }
 275
 276   protected void rScroller_adjustmentValueChanged()
 277   {
 278     R = rScroller.getValue();
 279     rText.setText(R + "");
 280     colourChanged();
 281   }
 282
 283   protected void gScroller_adjustmentValueChanged()
 284   {
 285     G = gScroller.getValue();
 286     gText.setText(G + "");
 287     colourChanged();
 288   }
 289
 290   protected void bScroller_adjustmentValueChanged()
 291   {
 292     B = bScroller.getValue();
 293     bText.setText(B + "");
 294     colourChanged();
 295   }
 296
 297   public void colourChanged()
 298   {
 299     Color col = new Color(R, G, B);
 300     target.setBackground(col);
 301     target.repaint();
 302
 303     if (selectedButton != null)
 304     {
 305       selectedButton.setBackground(col);
 306       selectedButton.repaint();
 307     }
 308   }
 309
 310   void setTargetColour(Color col)
 311   {
 312     R = col.getRed();
 313     G = col.getGreen();
 314     B = col.getBlue();
 315
 316     rScroller.setValue(R);
 317     gScroller.setValue(G);
 318     bScroller.setValue(B);
 319     rText.setText(R + "");
 320     gText.setText(G + "");
 321     bText.setText(B + "");
 322     colourChanged();
 323   }
 324
 325   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 326   {
 327     selectedButton = (Button) e.getSource();
 328     setTargetColour(selectedButton.getBackground());
 329   }
 330
 331   void makeButton(String label, String aa)
 332   {
 333     final Button button = new Button();
 334     Color col = Color.white;
 335     if (oldColourScheme!=null)
 336     {
 337     try
 338     {
 339       col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 340     } catch (Exception ex)
 341     {
 342     }
 343     }
 344     button.setBackground(col);
 345     oldColours.addElement(col);
 346     button.setLabel(label);
 347     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 348     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));
 349     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 350     {
 351       public void mousePressed(MouseEvent e)
 352       {
 353         colourButtonPressed(e);
 354       }
 355     });
 356
 357     buttonPanel.add(button, null);
 358   }
 359
 360   protected void okButton_actionPerformed()
 361   {
 362     applyButton_actionPerformed();
 363     if (dialog != null)
 364       dialog.setVisible(false);
 365
 366     frame.setVisible(false);
 367   }
 368
 369   public Color getColor()
 370   {
 371     return new Color(R, G, B);
 372   }
 373
 374   protected void applyButton_actionPerformed()
 375   {
 376     if (caller != null)
 377     {
 378       if (caller instanceof FeatureSettings)
 379       {
 380         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel, getColor());
 381       }
 382       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 383       {
 384         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 385         {
 386           ((AnnotationColourChooser) caller)
 387                   .minColour_actionPerformed(getColor());
 388         }
 389         else
 390         {
 391           ((AnnotationColourChooser) caller)
 392                   .maxColour_actionPerformed(getColor());
 393         }
 394       }
 395       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 396       {
 397         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(getColor());
 398       }
 399       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 400       {
 401         if (originalLabel.indexOf("inimum")>-1)
 402         {
 403           ((FeatureColourChooser) caller).minColour_actionPerformed(getColor());
 404         } else {
 405           ((FeatureColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed(getColor());
 406         }
 407       }
 408
 409       return;
 410     }
 411
 412     Color[] newColours = new Color[24];
 413     for (int i = 0; i < 24; i++)
 414     {
 415       Button button = (Button) buttonPanel.getComponent(i);
 416       newColours[i] = button.getBackground();
 417     }
 418
 419     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 420     if (ap != null)
 421     {
 422       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 423     }
 424
 425     if (ap != null)
 426     {
 427       if (seqGroup != null)
 428       {
 429         seqGroup.cs = ucs;
 430       }
 431       else
 432       {
 433         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 434       }
 435       ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;
 436       ap.paintAlignment(true);
 437     }
 438     else if (jmol != null)
 439     {
 440       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 441     }
 442     else if (pdbcanvas != null)
 443     {
 444       pdbcanvas.setColours(ucs);
 445     }
 446   }
 447
 448   protected void cancelButton_actionPerformed()
 449   {
 450     if (caller != null)
 451     {
 452       if (caller instanceof FeatureSettings)
 453       {
 454         ((FeatureSettings) caller).setUserColour(originalLabel,
 455                 originalColour);
 456       }
 457       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)
 458       {
 459         if (originalLabel.equals("Min Colour"))
 460         {
 461           ((AnnotationColourChooser) caller)
 462                   .minColour_actionPerformed(originalColour);
 463         }
 464         else
 465         {
 466           ((AnnotationColourChooser) caller)
 467                   .maxColour_actionPerformed(originalColour);
 468         }
 469       }
 470       else if (caller instanceof FeatureRenderer)
 471       {
 472         ((FeatureRenderer) caller).colourPanel.updateColor(originalColour);
 473
 474       }
 475
 476       else if (caller instanceof FeatureColourChooser)
 477       {
 478         if (originalLabel.indexOf("inimum")>-1)
 479         {
 480           ((FeatureColourChooser) caller).minColour_actionPerformed(originalColour);
 481         } else {
 482           ((FeatureColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed(originalColour);
 483         }
 484       }
 485       if (dialog != null)
 486         dialog.setVisible(false);
 487
 488       frame.setVisible(false);
 489       return;
 490     }
 491
 492     Color[] newColours = new Color[24];
 493     for (int i = 0; i < 24; i++)
 494     {
 495       newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);
 496       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);
 497     }
 498
 499     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 500
 501     if (ap != null)
 502     {
 503       if (seqGroup != null)
 504       {
 505         seqGroup.cs = ucs;
 506       }
 507       else
 508       {
 509         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);
 510       }
 511       ap.paintAlignment(true);
 512     }
 513     else if (jmol != null)
 514     {
 515       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 516     }
 517     else if (pdbcanvas != null)
 518     {
 519       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);
 520     }
 521
 522     frame.setVisible(false);
 523   }
 524
 525   protected Panel buttonPanel = new Panel();
 526
 527   protected GridLayout gridLayout = new GridLayout();
 528
 529   Panel okcancelPanel = new Panel();
 530
 531   protected Button okButton = new Button();
 532
 533   protected Button applyButton = new Button();
 534
 535   protected Button cancelButton = new Button();
 536
 537   protected Scrollbar rScroller = new Scrollbar();
 538
 539   Label label1 = new Label();
 540
 541   protected TextField rText = new TextField();
 542
 543   Label label4 = new Label();
 544
 545   protected Scrollbar gScroller = new Scrollbar();
 546
 547   protected TextField gText = new TextField();
 548
 549   Label label5 = new Label();
 550
 551   protected Scrollbar bScroller = new Scrollbar();
 552
 553   protected TextField bText = new TextField();
 554
 555   protected Panel target = new Panel();
 556
 557   private void jbInit() throws Exception
 558   {
 559     this.setLayout(null);
 560     buttonPanel.setLayout(gridLayout);
 561     gridLayout.setColumns(6);
 562     gridLayout.setRows(4);
 563     okButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 564     okButton.setLabel("OK");
 565     okButton.addActionListener(this);
 566     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 567     applyButton.setLabel("Apply");
 568     applyButton.addActionListener(this);
 569     cancelButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 570     cancelButton.setLabel("Cancel");
 571     cancelButton.addActionListener(this);
 572     this.setBackground(new Color(212, 208, 223));
 573     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 265, 400, 35));
 574     buttonPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 142));
 575     rScroller.setMaximum(256);
 576     rScroller.setMinimum(0);
 577     rScroller.setOrientation(0);
 578     rScroller.setUnitIncrement(1);
 579     rScroller.setVisibleAmount(1);
 580     rScroller.setBounds(new Rectangle(36, 27, 119, 19));
 581     rScroller.addAdjustmentListener(this);
 582     label1.setAlignment(Label.RIGHT);
 583     label1.setText("R");
 584     label1.setBounds(new Rectangle(19, 30, 16, 15));
 585     rText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 586     rText.setText("0        ");
 587     rText.setBounds(new Rectangle(156, 27, 53, 19));
 588     rText.addActionListener(this);
 589     label4.setAlignment(Label.RIGHT);
 590     label4.setText("G");
 591     label4.setBounds(new Rectangle(15, 56, 20, 15));
 592     gScroller.setMaximum(256);
 593     gScroller.setMinimum(0);
 594     gScroller.setOrientation(0);
 595     gScroller.setUnitIncrement(1);
 596     gScroller.setVisibleAmount(1);
 597     gScroller.setBounds(new Rectangle(35, 52, 120, 20));
 598     gScroller.addAdjustmentListener(this);
 599     gText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 600     gText.setText("0        ");
 601     gText.setBounds(new Rectangle(156, 52, 53, 20));
 602     gText.addActionListener(this);
 603     label5.setAlignment(Label.RIGHT);
 604     label5.setText("B");
 605     label5.setBounds(new Rectangle(14, 82, 20, 15));
 606     bScroller.setMaximum(256);
 607     bScroller.setMinimum(0);
 608     bScroller.setOrientation(0);
 609     bScroller.setUnitIncrement(1);
 610     bScroller.setVisibleAmount(1);
 611     bScroller.setBounds(new Rectangle(35, 78, 120, 20));
 612     bScroller.addAdjustmentListener(this);
 613     bText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));
 614     bText.setText("0        ");
 615     bText.setBounds(new Rectangle(157, 78, 52, 20));
 616     bText.addActionListener(this);
 617     target.setBackground(Color.black);
 618     target.setBounds(new Rectangle(229, 26, 134, 79));
 619     this.add(okcancelPanel, null);
 620     okcancelPanel.add(okButton, null);
 621     okcancelPanel.add(applyButton, null);
 622     okcancelPanel.add(cancelButton, null);
 623     this.add(buttonPanel, null);
 624     this.add(target, null);
 625     this.add(gScroller);
 626     this.add(rScroller);
 627     this.add(bScroller);
 628     this.add(label5);
 629     this.add(label4);
 630     this.add(label1);
 631     this.add(gText);
 632     this.add(rText);
 633     this.add(bText);
 634   }
 635
 636 }