src/jalview/appletgui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class UserDefinedColours\r
  31     extends Panel implements ActionListener, AdjustmentListener\r
  32 {\r
  33 \r
  34   AlignmentPanel ap;\r
  35   SequenceGroup seqGroup;\r
  36   Button selectedButton;\r
  37   Vector oldColours = new Vector();\r
  38   ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  39   Frame frame;\r
  40   MCview.AppletPDBCanvas pdbcanvas;\r
  41   AppletJmol jmol;\r
  42 \r
  43   Dialog dialog;\r
  44   Object caller;\r
  45   String originalLabel;\r
  46   Color originalColour;\r
  47 \r
  48   int R = 0, G = 0, B = 0;\r
  49 \r
  50   public ColourSchemeI loadDefaultColours()\r
  51   {\r
  52     // NOT IMPLEMENTED YET IN APPLET VERSION\r
  53     return null;\r
  54   }\r
  55 \r
  56   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  57   {\r
  58     this.ap = ap;\r
  59     seqGroup = sg;\r
  60 \r
  61     if (seqGroup != null)\r
  62     {\r
  63       oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  64     }\r
  65     else\r
  66     {\r
  67       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  68     }\r
  69 \r
  70     init();\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public UserDefinedColours(MCview.AppletPDBCanvas pdb)\r
  74   {\r
  75     this.pdbcanvas = pdb;\r
  76     init();\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public UserDefinedColours(AppletJmol jmol)\r
  80   {\r
  81     this.jmol = jmol;\r
  82     init();\r
  83   }\r
  84 \r
  85   public UserDefinedColours(FeatureRenderer fr, Frame alignframe)\r
  86   {\r
  87     caller = fr;\r
  88     originalColour = fr.colourPanel.getBackground();\r
  89     originalLabel = "Feature Colour";\r
  90     setForDialog("Select Feature Colour", alignframe);\r
  91     setTargetColour(fr.colourPanel.getBackground());\r
  92     dialog.show();\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public UserDefinedColours(Component caller,\r
  96                             Color col1,\r
  97                             Frame alignframe)\r
  98   {\r
  99     this.caller = caller;\r
 100     originalColour = col1;\r
 101     originalLabel = "Select Colour";\r
 102     setForDialog("Select Colour", alignframe);\r
 103     setTargetColour(col1);\r
 104     dialog.show();\r
 105   }\r
 106 \r
 107 \r
 108   public UserDefinedColours(Object caller,\r
 109                             String label,\r
 110                             Color colour)\r
 111   {\r
 112     this.caller = caller;\r
 113     originalColour = colour;\r
 114     originalLabel = label;\r
 115     init();\r
 116     remove(buttonPanel);\r
 117 \r
 118     setTargetColour(colour);\r
 119 \r
 120     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 113, 400, 35));\r
 121     frame.setTitle("User Defined Colours - " + label);\r
 122     frame.setSize(420, 200);\r
 123   }\r
 124 \r
 125   void setForDialog(String title, Frame alignframe)\r
 126   {\r
 127     init();\r
 128     frame.setVisible(false);\r
 129     remove(buttonPanel);\r
 130     dialog = new Dialog(alignframe, title, true);\r
 131 \r
 132     dialog.add(this);\r
 133     this.setSize(400,123);\r
 134     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 35));\r
 135     int height = 160 + alignframe.getInsets().top + getInsets().bottom;\r
 136     int width = 400;\r
 137 \r
 138     dialog.setBounds(alignframe.getBounds().x\r
 139               + (alignframe.getSize().width - width) / 2,\r
 140               alignframe.getBounds().y\r
 141               + (alignframe.getSize().height - height) / 2,\r
 142               width, height);\r
 143 \r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 147   {\r
 148     if (evt.getSource() == okButton)\r
 149     {\r
 150       okButton_actionPerformed();\r
 151     }\r
 152     else if (evt.getSource() == applyButton)\r
 153     {\r
 154       applyButton_actionPerformed();\r
 155     }\r
 156     else if (evt.getSource() == cancelButton)\r
 157     {\r
 158       cancelButton_actionPerformed();\r
 159     }\r
 160     else if (evt.getSource() == rText)\r
 161     {\r
 162       rText_actionPerformed();\r
 163     }\r
 164     else if (evt.getSource() == gText)\r
 165     {\r
 166       gText_actionPerformed();\r
 167     }\r
 168     else if (evt.getSource() == bText)\r
 169     {\r
 170       bText_actionPerformed();\r
 171     }\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 175   {\r
 176     if (evt.getSource() == rScroller)\r
 177     {\r
 178       rScroller_adjustmentValueChanged();\r
 179     }\r
 180     else if (evt.getSource() == gScroller)\r
 181     {\r
 182       gScroller_adjustmentValueChanged();\r
 183     }\r
 184     else if (evt.getSource() == bScroller)\r
 185     {\r
 186       bScroller_adjustmentValueChanged();\r
 187     }\r
 188   }\r
 189 \r
 190   void init()\r
 191   {\r
 192     try\r
 193     {\r
 194       jbInit();\r
 195     }\r
 196     catch (Exception e)\r
 197     {\r
 198       e.printStackTrace();\r
 199     }\r
 200     frame = new Frame();\r
 201     frame.add(this);\r
 202     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "User defined colours", 420, 345);\r
 203 \r
 204     if (seqGroup != null)\r
 205     {\r
 206       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");\r
 207     }\r
 208 \r
 209     for (int i = 0; i < 20; i++)\r
 210     {\r
 211       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i]) +\r
 212                  "", ResidueProperties.aa[i]);\r
 213     }\r
 214 \r
 215     makeButton("B", "B");\r
 216     makeButton("Z", "Z");\r
 217     makeButton("X", "X");\r
 218     makeButton("Gap", "'.','-',' '");\r
 219 \r
 220     validate();\r
 221   }\r
 222 \r
 223   protected void rText_actionPerformed()\r
 224   {\r
 225     try\r
 226     {\r
 227       int i = Integer.parseInt(rText.getText());\r
 228       rScroller.setValue(i);\r
 229       rScroller_adjustmentValueChanged();\r
 230     }\r
 231     catch (NumberFormatException ex)\r
 232     {}\r
 233   }\r
 234 \r
 235   protected void gText_actionPerformed()\r
 236   {\r
 237     try\r
 238     {\r
 239       int i = Integer.parseInt(gText.getText());\r
 240       gScroller.setValue(i);\r
 241       gScroller_adjustmentValueChanged();\r
 242     }\r
 243     catch (NumberFormatException ex)\r
 244     {}\r
 245 \r
 246   }\r
 247 \r
 248   protected void bText_actionPerformed()\r
 249   {\r
 250     try\r
 251     {\r
 252       int i = Integer.parseInt(bText.getText());\r
 253       bScroller.setValue(i);\r
 254       bScroller_adjustmentValueChanged();\r
 255     }\r
 256     catch (NumberFormatException ex)\r
 257     {}\r
 258 \r
 259   }\r
 260 \r
 261   protected void rScroller_adjustmentValueChanged()\r
 262   {\r
 263     R = rScroller.getValue();\r
 264     rText.setText(R + "");\r
 265     colourChanged();\r
 266   }\r
 267 \r
 268   protected void gScroller_adjustmentValueChanged()\r
 269   {\r
 270     G = gScroller.getValue();\r
 271     gText.setText(G + "");\r
 272     colourChanged();\r
 273   }\r
 274 \r
 275   protected void bScroller_adjustmentValueChanged()\r
 276   {\r
 277     B = bScroller.getValue();\r
 278     bText.setText(B + "");\r
 279     colourChanged();\r
 280   }\r
 281 \r
 282   public void colourChanged()\r
 283   {\r
 284     Color col = new Color(R, G, B);\r
 285     target.setBackground(col);\r
 286     target.repaint();\r
 287 \r
 288     if (selectedButton != null)\r
 289     {\r
 290       selectedButton.setBackground(col);\r
 291       selectedButton.repaint();\r
 292     }\r
 293   }\r
 294 \r
 295   void setTargetColour(Color col)\r
 296   {\r
 297     R = col.getRed();\r
 298     G = col.getGreen();\r
 299     B = col.getBlue();\r
 300 \r
 301     rScroller.setValue(R);\r
 302     gScroller.setValue(G);\r
 303     bScroller.setValue(B);\r
 304     rText.setText(R + "");\r
 305     gText.setText(G + "");\r
 306     bText.setText(B + "");\r
 307     colourChanged();\r
 308   }\r
 309 \r
 310   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
 311   {\r
 312     selectedButton = (Button) e.getSource();\r
 313     setTargetColour(selectedButton.getBackground());\r
 314   }\r
 315 \r
 316   void makeButton(String label, String aa)\r
 317   {\r
 318     final Button button = new Button();\r
 319     Color col = Color.white;\r
 320 \r
 321     try\r
 322     {\r
 323       col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);\r
 324     }\r
 325     catch (Exception ex)\r
 326     {}\r
 327 \r
 328     button.setBackground(col);\r
 329     oldColours.addElement(col);\r
 330     button.setLabel(label);\r
 331     button.setForeground(col.darker().darker().darker());\r
 332     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));\r
 333     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 334     {\r
 335       public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 336       {\r
 337         colourButtonPressed(e);\r
 338       }\r
 339     });\r
 340 \r
 341     buttonPanel.add(button, null);\r
 342   }\r
 343 \r
 344   protected void okButton_actionPerformed()\r
 345   {\r
 346     applyButton_actionPerformed();\r
 347     if (dialog != null)\r
 348       dialog.setVisible(false);\r
 349 \r
 350     frame.setVisible(false);\r
 351   }\r
 352 \r
 353   public Color getColor()\r
 354   {\r
 355     return new Color(R, G, B);\r
 356   }\r
 357 \r
 358   protected void applyButton_actionPerformed()\r
 359   {\r
 360     if (caller != null)\r
 361     {\r
 362       if (caller instanceof FeatureSettings)\r
 363       {\r
 364         ( (FeatureSettings) caller).setUserColour\r
 365             (originalLabel, getColor());\r
 366       }\r
 367       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)\r
 368       {\r
 369         if (originalLabel.equals("Min Colour"))\r
 370         {\r
 371           ( (AnnotationColourChooser) caller).minColour_actionPerformed\r
 372               (getColor());\r
 373         }\r
 374         else\r
 375         {\r
 376           ( (AnnotationColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed\r
 377               (getColor());\r
 378         }\r
 379       }\r
 380       else if(caller instanceof FeatureRenderer)\r
 381       {\r
 382         ((FeatureRenderer)caller).colourPanel.setBackground(getColor());\r
 383       }\r
 384 \r
 385       return;\r
 386     }\r
 387 \r
 388     Color[] newColours = new Color[24];\r
 389     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 390     {\r
 391       Button button = (Button) buttonPanel.getComponent(i);\r
 392       newColours[i] = button.getBackground();\r
 393     }\r
 394 \r
 395     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 396     if (ap != null)\r
 397     {\r
 398       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 399     }\r
 400 \r
 401     if (ap != null)\r
 402     {\r
 403       if (seqGroup != null)\r
 404       {\r
 405         seqGroup.cs = ucs;\r
 406       }\r
 407       else\r
 408       {\r
 409         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);\r
 410       }\r
 411       ap.seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
 412       ap.paintAlignment(true);\r
 413     }\r
 414     else if(jmol!=null)\r
 415     {\r
 416       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);\r
 417     }\r
 418     else if (pdbcanvas != null)\r
 419     {\r
 420       pdbcanvas.setColours(ucs);\r
 421     }\r
 422   }\r
 423 \r
 424   protected void cancelButton_actionPerformed()\r
 425   {\r
 426     if (caller != null)\r
 427     {\r
 428       if (caller instanceof FeatureSettings)\r
 429       {\r
 430         ( (FeatureSettings) caller).setUserColour\r
 431             (originalLabel, originalColour);\r
 432       }\r
 433       else if (caller instanceof AnnotationColourChooser)\r
 434       {\r
 435         if (originalLabel.equals("Min Colour"))\r
 436         {\r
 437           ( (AnnotationColourChooser) caller).minColour_actionPerformed\r
 438               (originalColour);\r
 439         }\r
 440         else\r
 441         {\r
 442           ( (AnnotationColourChooser) caller).maxColour_actionPerformed\r
 443               (originalColour);\r
 444         }\r
 445       }\r
 446       else if (caller instanceof FeatureRenderer)\r
 447       {\r
 448         ( (FeatureRenderer) caller).colourPanel.setBackground(originalColour);\r
 449 \r
 450       }\r
 451 \r
 452       if(dialog!=null)\r
 453         dialog.setVisible(false);\r
 454 \r
 455       frame.setVisible(false);\r
 456       return;\r
 457     }\r
 458 \r
 459     Color[] newColours = new Color[24];\r
 460     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 461     {\r
 462       newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);\r
 463       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);\r
 464     }\r
 465 \r
 466     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 467 \r
 468     if (ap != null)\r
 469     {\r
 470       if (seqGroup != null)\r
 471       {\r
 472         seqGroup.cs = ucs;\r
 473       }\r
 474       else\r
 475       {\r
 476         ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);\r
 477       }\r
 478       ap.paintAlignment(true);\r
 479     }\r
 480     else if(jmol !=null)\r
 481     {\r
 482       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);\r
 483     }\r
 484     else if (pdbcanvas != null)\r
 485     {\r
 486       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);\r
 487     }\r
 488 \r
 489     frame.setVisible(false);\r
 490   }\r
 491 \r
 492   protected Panel buttonPanel = new Panel();\r
 493   protected GridLayout gridLayout = new GridLayout();\r
 494   Panel okcancelPanel = new Panel();\r
 495   protected Button okButton = new Button();\r
 496   protected Button applyButton = new Button();\r
 497   protected Button cancelButton = new Button();\r
 498   protected Scrollbar rScroller = new Scrollbar();\r
 499   Label label1 = new Label();\r
 500   protected TextField rText = new TextField();\r
 501   Label label4 = new Label();\r
 502   protected Scrollbar gScroller = new Scrollbar();\r
 503   protected TextField gText = new TextField();\r
 504   Label label5 = new Label();\r
 505   protected Scrollbar bScroller = new Scrollbar();\r
 506   protected TextField bText = new TextField();\r
 507   protected Panel target = new Panel();\r
 508 \r
 509   private void jbInit()\r
 510       throws Exception\r
 511   {\r
 512     this.setLayout(null);\r
 513     buttonPanel.setLayout(gridLayout);\r
 514     gridLayout.setColumns(6);\r
 515     gridLayout.setRows(4);\r
 516     okButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 517     okButton.setLabel("OK");\r
 518     okButton.addActionListener(this);\r
 519     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 520     applyButton.setLabel("Apply");\r
 521     applyButton.addActionListener(this);\r
 522     cancelButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 523     cancelButton.setLabel("Cancel");\r
 524     cancelButton.addActionListener(this);\r
 525     this.setBackground(new Color(212, 208, 223));\r
 526     okcancelPanel.setBounds(new Rectangle(0, 265, 400, 35));\r
 527     buttonPanel.setBounds(new Rectangle(0, 123, 400, 142));\r
 528     rScroller.setMaximum(256);\r
 529     rScroller.setMinimum(0);\r
 530     rScroller.setOrientation(0);\r
 531     rScroller.setUnitIncrement(1);\r
 532     rScroller.setVisibleAmount(1);\r
 533     rScroller.setBounds(new Rectangle(36, 27, 119, 19));\r
 534     rScroller.addAdjustmentListener(this);\r
 535     label1.setAlignment(Label.RIGHT);\r
 536     label1.setText("R");\r
 537     label1.setBounds(new Rectangle(19, 30, 16, 15));\r
 538     rText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));\r
 539     rText.setText("0        ");\r
 540     rText.setBounds(new Rectangle(156, 27, 53, 19));\r
 541     rText.addActionListener(this);\r
 542     label4.setAlignment(Label.RIGHT);\r
 543     label4.setText("G");\r
 544     label4.setBounds(new Rectangle(15, 56, 20, 15));\r
 545     gScroller.setMaximum(256);\r
 546     gScroller.setMinimum(0);\r
 547     gScroller.setOrientation(0);\r
 548     gScroller.setUnitIncrement(1);\r
 549     gScroller.setVisibleAmount(1);\r
 550     gScroller.setBounds(new Rectangle(35, 52, 120, 20));\r
 551     gScroller.addAdjustmentListener(this);\r
 552     gText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));\r
 553     gText.setText("0        ");\r
 554     gText.setBounds(new Rectangle(156, 52, 53, 20));\r
 555     gText.addActionListener(this);\r
 556     label5.setAlignment(Label.RIGHT);\r
 557     label5.setText("B");\r
 558     label5.setBounds(new Rectangle(14, 82, 20, 15));\r
 559     bScroller.setMaximum(256);\r
 560     bScroller.setMinimum(0);\r
 561     bScroller.setOrientation(0);\r
 562     bScroller.setUnitIncrement(1);\r
 563     bScroller.setVisibleAmount(1);\r
 564     bScroller.setBounds(new Rectangle(35, 78, 120, 20));\r
 565     bScroller.addAdjustmentListener(this);\r
 566     bText.setFont(new java.awt.Font("Dialog", Font.PLAIN, 10));\r
 567     bText.setText("0        ");\r
 568     bText.setBounds(new Rectangle(157, 78, 52, 20));\r
 569     bText.addActionListener(this);\r
 570     target.setBackground(Color.black);\r
 571     target.setBounds(new Rectangle(229, 26, 134, 79));\r
 572     this.add(okcancelPanel, null);\r
 573     okcancelPanel.add(okButton, null);\r
 574     okcancelPanel.add(applyButton, null);\r
 575     okcancelPanel.add(cancelButton, null);\r
 576     this.add(buttonPanel, null);\r
 577     this.add(target, null);\r
 578     this.add(gScroller);\r
 579     this.add(rScroller);\r
 580     this.add(bScroller);\r
 581     this.add(label5);\r
 582     this.add(label4);\r
 583     this.add(label1);\r
 584     this.add(gText);\r
 585     this.add(rText);\r
 586     this.add(bText);\r
 587   }\r
 588 \r
 589 }\r