src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.Collections;
   9 import java.util.EnumSet;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Iterator;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Locale;
  14 import java.util.Map;
  15
  16 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  17 import jalview.bin.argparser.Arg;
  18 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  19 import jalview.bin.argparser.ArgParser.Position;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValues;
  22 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  23 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  29 import jalview.gui.Desktop;
  30 import jalview.gui.Preferences;
  31 import jalview.gui.StructureChooser;
  32 import jalview.gui.StructureViewer;
  33 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.BackupFiles;
  36 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  37 import jalview.io.DataSourceType;
  38 import jalview.io.FileFormat;
  39 import jalview.io.FileFormatException;
  40 import jalview.io.FileFormatI;
  41 import jalview.io.FileFormats;
  42 import jalview.io.FileLoader;
  43 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  44 import jalview.io.IdentifyFile;
  45 import jalview.io.NewickFile;
  46 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  47 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  48 import jalview.util.HttpUtils;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.util.Platform;
  51
  52 public class Commands
  53 {
  54   Desktop desktop;
  55
  56   private boolean headless;
  57
  58   private ArgParser argParser;
  59
  60   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  61
  62   private boolean commandArgsProvided = false;
  63
  64   private boolean argsWereParsed = false;
  65
  66   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  67   {
  68     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  69   }
  70
  71   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  72   {
  73     argParser = argparser;
  74     headless = h;
  75     desktop = d;
  76     afMap = new HashMap<String, AlignFrame>();
  77     if (argparser != null)
  78     {
  79       processArgs(argparser, headless);
  80     }
  81   }
  82
  83   private boolean processArgs(ArgParser argparser, boolean h)
  84   {
  85     argParser = argparser;
  86     headless = h;
  87     boolean theseArgsWereParsed = false;
  88
  89     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
  90     {
  91       for (String id : argParser.getLinkedIds())
  92       {
  93         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
  94         theseArgsWereParsed = true;
  95         theseArgsWereParsed &= processLinked(id);
  96         processGroovyScript(id);
  97         boolean processLinkedOkay = theseArgsWereParsed;
  98         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
  99         if (processLinkedOkay)
 100           theseArgsWereParsed &= processOutput(id);
 101
 102         // close ap
 103         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 104         {
 105           AlignFrame af = afMap.get(id);
 106           if (af != null)
 107           {
 108             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 109           }
 110         }
 111
 112       }
 113
 114     }
 115     if (argParser.getBoolean(Arg.QUIT))
 116     {
 117       Jalview.getInstance().quit();
 118       return true;
 119     }
 120     // carry on with jalview.bin.Jalview
 121     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 122     return argsWereParsed;
 123   }
 124
 125   public boolean commandArgsProvided()
 126   {
 127     return commandArgsProvided;
 128   }
 129
 130   public boolean argsWereParsed()
 131   {
 132     return argsWereParsed;
 133   }
 134
 135   protected boolean processUnlinked(String id)
 136   {
 137     return processLinked(id);
 138   }
 139
 140   protected boolean processLinked(String id)
 141   {
 142     boolean theseArgsWereParsed = false;
 143     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 144     if (avm == null)
 145       return true;
 146
 147     /*
 148      * // script to execute after all loading is completed one way or another String
 149      * groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null :
 150      * m.get(Arg.GROOVY).getValue(); String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null :
 151      * m.get(Arg.OPEN).getValue(); String data = null; FileFormatI format = null;
 152      * DataSourceType protocol = null;
 153      */
 154     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 155     {
 156       commandArgsProvided = true;
 157       long progress = -1;
 158
 159       boolean first = true;
 160       boolean progressBarSet = false;
 161       AlignFrame af;
 162       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 163       // was APPEND or OPEN
 164       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 165       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 166       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 167       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 168       Collections.sort(openAvList);
 169       for (ArgValue av : openAvList)
 170       {
 171         Arg a = av.getArg();
 172         SubVals sv = av.getSubVals();
 173         String openFile = av.getValue();
 174         if (openFile == null)
 175           continue;
 176
 177         theseArgsWereParsed = true;
 178         if (first)
 179         {
 180           first = false;
 181           if (!headless && desktop != null)
 182           {
 183             desktop.setProgressBar(
 184                     MessageManager.getString(
 185                             "status.processing_commandline_args"),
 186                     progress = System.currentTimeMillis());
 187             progressBarSet = true;
 188           }
 189         }
 190
 191         if (!Platform.isJS())
 192         /**
 193          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 194          *
 195          * @j2sIgnore
 196          */
 197         {
 198           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 199           {
 200             if (!(new File(openFile)).exists())
 201             {
 202               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 203             }
 204           }
 205         }
 206
 207         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 208                 .checkProtocol(openFile);
 209
 210         FileFormatI format = null;
 211         try
 212         {
 213           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 214         } catch (FileFormatException e1)
 215         {
 216           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 217         }
 218
 219         af = afMap.get(id);
 220         // When to open a new AlignFrame
 221         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 222                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 223         {
 224           if (a == Arg.OPEN)
 225           {
 226             Jalview.testoutput(argParser, Arg.OPEN, "examples/uniref50.fa",
 227                     openFile);
 228           }
 229
 230           Console.debug(
 231                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 232           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 233
 234           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 235                   format);
 236
 237           // wrap alignment?
 238           boolean wrap = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.WRAP, sv,
 239                   null, "WRAP_ALIGNMENT", false);
 240           af.getCurrentView().setWrapAlignment(wrap);
 241
 242           // colour alignment?
 243           String colour = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 244                   Arg.COLOUR, sv, null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 245           if ("" != colour)
 246           {
 247             af.changeColour_actionPerformed(colour);
 248             Jalview.testoutput(argParser, Arg.COLOUR, "zappo", colour);
 249           }
 250
 251           // Change alignment frame title
 252           String title = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 253                   Arg.TITLE, sv, null, null, null);
 254           if (title != null)
 255           {
 256             af.setTitle(title);
 257             Jalview.testoutput(argParser, Arg.TITLE, "test title", title);
 258           }
 259
 260           // Add features
 261           String featuresfile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 262                   Arg.FEATURES, sv);
 263           if (featuresfile != null)
 264           {
 265             af.parseFeaturesFile(featuresfile,
 266                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(featuresfile));
 267             Jalview.testoutput(argParser, Arg.FEATURES,
 268                     "examples/testdata/plantfdx.features", featuresfile);
 269           }
 270
 271           // Add annotations from file
 272           String annotationsfile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm,
 273                   av, Arg.ANNOTATIONS, sv);
 274           if (annotationsfile != null)
 275           {
 276             af.loadJalviewDataFile(annotationsfile, null, null, null);
 277             Jalview.testoutput(argParser, Arg.ANNOTATIONS,
 278                     "examples/testdata/plantfdx.annotations",
 279                     annotationsfile);
 280           }
 281
 282           // Set or clear the sortbytree flag
 283           boolean sortbytree = ArgParser.getBoolFromSubValOrArg(avm,
 284                   Arg.SORTBYTREE, sv);
 285           if (sortbytree)
 286           {
 287             af.getViewport().setSortByTree(true);
 288             Jalview.testoutput(argParser, Arg.SORTBYTREE);
 289           }
 290
 291           // Load tree from file
 292           String treefile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 293                   Arg.TREE, sv);
 294           if (treefile != null)
 295           {
 296             try
 297             {
 298               NewickFile nf = new NewickFile(treefile,
 299                       AppletFormatAdapter.checkProtocol(treefile));
 300               af.getViewport().setCurrentTree(
 301                       af.showNewickTree(nf, treefile).getTree());
 302               Jalview.testoutput(argParser, Arg.TREE,
 303                       "examples/testdata/uniref50_test_tree", treefile);
 304             } catch (IOException e)
 305             {
 306               Console.warn("Couldn't add tree " + treefile, e);
 307             }
 308           }
 309
 310           // Show secondary structure annotations?
 311           boolean showSSAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 312                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 313                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 314           af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 315
 316           // Show sequence annotations?
 317           boolean showAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 318                   Arg.SHOWANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 319                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 320           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 321
 322           // show temperature factor annotations?
 323           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 324           {
 325             // do this better (annotation types?)
 326             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 327             hideThese.add("Temperature Factor");
 328             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 329             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 330                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 331                     false, false);
 332           }
 333
 334           // store the AlignFrame for this id
 335           afMap.put(id, af);
 336
 337           // is it its own structure file?
 338           if (format.isStructureFile())
 339           {
 340             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 341                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 342             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 343             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 344                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 345           }
 346         }
 347         else
 348         {
 349           Console.debug(
 350                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 351           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 352                   ? DataSourceType.URL
 353                   : DataSourceType.FILE;
 354           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 355           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 356                   false);
 357         }
 358
 359         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 360
 361       }
 362       if (first) // first=true means nothing opened
 363       {
 364         if (headless)
 365         {
 366           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode", 1);
 367         }
 368         else
 369         {
 370           Console.warn("No more files to open");
 371         }
 372       }
 373       if (progressBarSet && desktop != null)
 374         desktop.setProgressBar(null, progress);
 375
 376     }
 377
 378     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 379     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 380     {
 381       AlignFrame af = afMap.get(id);
 382       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 383       {
 384         commandArgsProvided = true;
 385         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 386         {
 387           String val = av.getValue();
 388           SubVals subVals = av.getSubVals();
 389           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, avm, av);
 390           if (seq == null)
 391           {
 392             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 393             // sequence in the alignframe
 394             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 395             seq = al.getSequenceAt(0);
 396           }
 397
 398           if (seq == null)
 399           {
 400             Console.warn("Could not find sequence for argument "
 401                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 402             // you probably want to continue here, not break
 403             // break;
 404             continue;
 405           }
 406           File structureFile = null;
 407           if (subVals.getContent() != null
 408                   && subVals.getContent().length() != 0)
 409           {
 410             structureFile = new File(subVals.getContent());
 411             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 412                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 413           }
 414           // TRY THIS
 415           /*
 416            * PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 417            * .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName, DataSourceType.FILE,
 418            * selectedSequence, true, Desktop.instance);
 419            *
 420            * sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry }, ap, new
 421            * SequenceI[] { selectedSequence });
 422            *
 423            */
 424           /* THIS DOESN'T WORK */
 425           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 426                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 427           {
 428             structureFile = new File(
 429                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 430             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 431                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 432           }
 433
 434           if (structureFile == null)
 435           {
 436             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 437             continue;
 438           }
 439
 440           if (!structureFile.exists())
 441           {
 442             Console.warn("Structure file '"
 443                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 444             continue;
 445           }
 446
 447           Console.debug("Using structure file "
 448                   + structureFile.getAbsolutePath());
 449
 450           // ##### Does this need to happen? Follow
 451           // openStructureFileForSequence() below
 452           /*
 453           PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 454                   .associatePdbWithSeq(structureFile.getAbsolutePath(),
 455                           DataSourceType.FILE, seq, true, Desktop.instance);
 456                           */
 457
 458           // open structure view
 459           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 460           if (headless)
 461           {
 462             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 463                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 464           }
 465
 466           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 467
 468           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 469           String paeFilepath = ArgParser
 470                   .getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(argParser, avm,
 471                           Arg.PAEMATRIX, Position.AFTER, av, subVals, null,
 472                           null, null);
 473           if (paeFilepath != null)
 474           {
 475             File paeFile = new File(paeFilepath);
 476
 477             try
 478             {
 479               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 480             } catch (IOException e)
 481             {
 482               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 483               Console.warn("Problem with the PAE file path: '"
 484                       + paeFile.getPath() + "'");
 485             }
 486           }
 487
 488           // showing annotations from structure file or not
 489           boolean ssFromStructure = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 490                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 491                   true);
 492
 493           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 494           // reference annotations
 495           String tftString = ArgParser
 496                   .getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(argParser, avm,
 497                           Arg.TEMPFAC, Position.AFTER, av, subVals, null,
 498                           null, null);
 499           boolean notempfac = ArgParser.getBoolFromSubValOrArg(avm,
 500                   Arg.NOTEMPFAC, subVals);
 501           TFType tft = notempfac ? null : TFType.DEFAULT;
 502           /*
 503           String tftString = subVals.get("tempfac");
 504           ArgValue tftAv = getArgAssociatedWithStructure(Arg.TEMPFAC, avm,
 505                   af, structureFilepath);
 506           if (tftString == null && tftAv != null)
 507           {
 508             tftString = tftAv.getSubVals().getContent();
 509           }
 510           */
 511           if (tftString != null && !notempfac)
 512           {
 513             // get kind of temperature factor annotation
 514             try
 515             {
 516               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 517               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 518                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 519             } catch (IllegalArgumentException e)
 520             {
 521               // Just an error message!
 522               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 523                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 524                       .append(tft)
 525                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 526               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 527                       .iterator();
 528               while (it.hasNext())
 529               {
 530                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 531                 if (it.hasNext())
 532                   sb.append(", ");
 533               }
 534               Console.warn(sb.toString());
 535             }
 536           }
 537
 538           String sViewer = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 539                   Arg.STRUCTUREVIEWER, Position.AFTER, av, subVals, null,
 540                   null, "jmol");
 541           ViewerType viewerType = null;
 542           if (!"none".equals(sViewer))
 543           {
 544             for (ViewerType v : EnumSet.allOf(ViewerType.class))
 545             {
 546               String name = v.name().toLowerCase(Locale.ROOT)
 547                       .replaceAll(" ", "");
 548               if (sViewer.equals(name))
 549               {
 550                 viewerType = v;
 551                 break;
 552               }
 553             }
 554           }
 555
 556           boolean addTempFac = notempfac ? false
 557                   : ((tft != null)
 558                           || Cache.getDefault("ADD_TEMPFACT_ANN", false));
 559
 560           // TODO use ssFromStructure
 561           StructureChooser.openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq,
 562                   false, structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 563                   ssFromStructure, false, viewerType);
 564         }
 565       }
 566     }
 567
 568     /*
 569     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 570     if (doShading)
 571     {
 572       AlignFrame af = afMap.get(id);
 573       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 574               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 575       {
 576         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 577                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 578         acg.setSeqAssociated(true);
 579         af.changeColour(acg);
 580         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 581       }
 582     }
 583     */
 584
 585     return theseArgsWereParsed;
 586   }
 587
 588   protected void processGroovyScript(String id)
 589   {
 590     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 591     AlignFrame af = afMap.get(id);
 592
 593     if (af == null)
 594     {
 595       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 596       return;
 597     }
 598
 599     if (avm.containsArg(Arg.GROOVY))
 600     {
 601       String groovyscript = avm.getValue(Arg.GROOVY);
 602       if (groovyscript != null)
 603       {
 604         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 605         // and before any images or figures are generated.
 606         Console.info("Executing script " + groovyscript);
 607         Jalview.getInstance().executeGroovyScript(groovyscript, af);
 608       }
 609     }
 610   }
 611
 612   protected boolean processImages(String id)
 613   {
 614     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 615     AlignFrame af = afMap.get(id);
 616
 617     if (af == null)
 618     {
 619       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 620       return false;
 621     }
 622
 623     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 624     {
 625       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 626       {
 627         String val = av.getValue();
 628         SubVals subVal = av.getSubVals();
 629         String fileName = subVal.getContent();
 630         File file = new File(fileName);
 631         String name = af.getName();
 632         String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 633                 Arg.TEXTRENDERER, subVal);
 634         if (renderer == null)
 635           renderer = "text";
 636         String type = "png"; // default
 637
 638         float bitmapscale = 0.0f;
 639         int bitmapwidth = 0;
 640         int bitmapheight = 0;
 641         String scale = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.SCALE,
 642                 subVal);
 643         if (scale != null)
 644         {
 645           try
 646           {
 647             bitmapscale = Float.parseFloat(scale);
 648           } catch (NumberFormatException e)
 649           {
 650             Console.warn("Did not understand scale '" + scale
 651                     + "', won't be used.");
 652           }
 653         }
 654         String width = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.WIDTH,
 655                 subVal);
 656         if (width != null)
 657         {
 658           try
 659           {
 660             bitmapwidth = Integer.parseInt(width);
 661           } catch (NumberFormatException e)
 662           {
 663             Console.warn("Did not understand width '" + width
 664                     + "', won't be used.");
 665           }
 666         }
 667         String height = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 668                 Arg.HEIGHT, subVal);
 669         if (height != null)
 670         {
 671           try
 672           {
 673             bitmapheight = Integer.parseInt(height);
 674           } catch (NumberFormatException e)
 675           {
 676             Console.warn("Did not understand height '" + height
 677                     + "', won't be used.");
 678           }
 679         }
 680
 681         type = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.TYPE, subVal);
 682         if (type == null && fileName != null)
 683         {
 684           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
 685           {
 686             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 687             {
 688               type = ext;
 689             }
 690           }
 691         }
 692         // for moment we disable JSON export
 693         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 694         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 695
 696         Console.info("Writing " + file);
 697
 698         switch (type)
 699         {
 700
 701         case "svg":
 702           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 703           af.createSVG(file, renderer);
 704           break;
 705
 706         case "png":
 707           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 708           af.createPNG(file, null, bitmapscale, bitmapwidth, bitmapheight);
 709           break;
 710
 711         case "html":
 712           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 713           HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 714           htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
 715           break;
 716
 717         case "biojs":
 718           try
 719           {
 720             BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 721                     BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 722           } catch (URISyntaxException e)
 723           {
 724             e.printStackTrace();
 725           }
 726           BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 727           bjs.exportHTML(fileName);
 728           Console.debug("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
 729           break;
 730
 731         case "eps":
 732           af.createEPS(file, name);
 733           Console.debug("Creating EPS file: " + fileName);
 734           break;
 735
 736         case "imagemap":
 737           af.createImageMap(file, name);
 738           Console.debug("Creating ImageMap file: " + fileName);
 739           break;
 740
 741         default:
 742           Console.warn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 743                   + "' not known. Ignoring");
 744           break;
 745         }
 746       }
 747     }
 748     return true;
 749   }
 750
 751   protected boolean processOutput(String id)
 752   {
 753     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 754     AlignFrame af = afMap.get(id);
 755
 756     if (af == null)
 757     {
 758       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 759       return false;
 760     }
 761
 762     if (avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
 763     {
 764       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OUTPUT))
 765       {
 766         String val = av.getValue();
 767         SubVals subVals = av.getSubVals();
 768         String fileName = subVals.getContent();
 769         File file = new File(fileName);
 770         boolean overwrite = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 771                 Arg.OVERWRITE, subVals, null, "OVERWRITE_OUTPUT", false);
 772         // backups. Use the Arg.BACKUPS or subval "backups" setting first,
 773         // otherwise if headless assume false, if not headless use the user
 774         // preference with default true.
 775         boolean backups = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.BACKUPS,
 776                 subVals, null,
 777                 Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
 778                 !Platform.isHeadless());
 779
 780         // if backups is not true then --overwrite must be specified
 781         if (file.exists() && !(overwrite || backups))
 782         {
 783           Console.error("Won't overwrite file '" + fileName + "' without "
 784                   + Arg.OVERWRITE.argString() + " or "
 785                   + Arg.BACKUPS.argString() + " set");
 786           return false;
 787         }
 788
 789         String name = af.getName();
 790         String format = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 791                 Arg.FORMAT, subVals);
 792         FileFormats ffs = FileFormats.getInstance();
 793         List<String> validFormats = ffs.getWritableFormats(false);
 794
 795         FileFormatI ff = null;
 796         if (format == null && fileName != null)
 797         {
 798           FORMAT: for (String fname : validFormats)
 799           {
 800             FileFormatI tff = ffs.forName(fname);
 801             String[] extensions = tff.getExtensions().split(",");
 802             for (String ext : extensions)
 803             {
 804               if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 805               {
 806                 ff = tff;
 807                 format = ff.getName();
 808                 break FORMAT;
 809               }
 810             }
 811           }
 812         }
 813         if (ff == null && format != null)
 814         {
 815           ff = ffs.forName(format);
 816         }
 817         if (ff == null)
 818         {
 819           StringBuilder validSB = new StringBuilder();
 820           for (String f : validFormats)
 821           {
 822             if (validSB.length() > 0)
 823               validSB.append(", ");
 824             validSB.append(f);
 825             FileFormatI tff = ffs.forName(f);
 826             validSB.append(" (");
 827             validSB.append(tff.getExtensions());
 828             validSB.append(")");
 829           }
 830
 831           Jalview.exit("No valid format specified for "
 832                   + Arg.OUTPUT.argString() + ". Valid formats are "
 833                   + validSB.toString() + ".", 1);
 834           // this return really shouldn't happen
 835           return false;
 836         }
 837
 838         String savedBackupsPreference = Cache
 839                 .getDefault(BackupFiles.ENABLED, null);
 840         Console.debug("Setting backups to " + backups);
 841         Cache.applicationProperties.put(BackupFiles.ENABLED,
 842                 Boolean.toString(backups));
 843
 844         Console.info("Writing " + fileName);
 845
 846         af.saveAlignment(fileName, ff);
 847         Console.debug("Returning backups to " + savedBackupsPreference);
 848         if (savedBackupsPreference != null)
 849           Cache.applicationProperties.put(BackupFiles.ENABLED,
 850                   savedBackupsPreference);
 851         if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
 852         {
 853           Console.debug("Written alignment '" + name + "' in "
 854                   + ff.getName() + " format to " + file);
 855         }
 856         else
 857         {
 858           Console.warn("Error writing file " + file + " in " + ff.getName()
 859                   + " format!");
 860         }
 861
 862       }
 863     }
 864     return true;
 865   }
 866
 867   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, ArgValuesMap avm,
 868           ArgValue av)
 869   {
 870     SubVals subVals = av.getSubVals();
 871     ArgValue idAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av, Arg.SEQID);
 872     SequenceI seq = null;
 873     if (subVals == null && idAv == null)
 874       return null;
 875     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 876     if (al == null)
 877       return null;
 878     if (subVals != null)
 879     {
 880       if (subVals.has(Arg.SEQID.getName()))
 881       {
 882         seq = al.findName(subVals.get(Arg.SEQID.getName()));
 883       }
 884       else if (-1 < subVals.getIndex()
 885               && subVals.getIndex() < al.getSequences().size())
 886       {
 887         seq = al.getSequenceAt(subVals.getIndex());
 888       }
 889     }
 890     else if (idAv != null)
 891     {
 892       seq = al.findName(idAv.getValue());
 893     }
 894     return seq;
 895   }
 896
 897   // returns the first Arg value intended for the structure structFilename
 898   // (in the given AlignFrame from the ArgValuesMap)
 899   private ArgValue getArgAssociatedWithStructure(Arg arg, ArgValuesMap avm,
 900           AlignFrame af, String structFilename)
 901   {
 902     if (af != null)
 903     {
 904       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(arg))
 905       {
 906         SubVals subVals = av.getSubVals();
 907         String structid = subVals.get("structid");
 908         String structfile = subVals.get("structfile");
 909
 910         // let's find a structure
 911         if (structfile == null && structid == null)
 912         {
 913           ArgValue likelyStructure = avm.getClosestPreviousArgValueOfArg(av,
 914                   Arg.STRUCTURE);
 915           if (likelyStructure != null)
 916           {
 917             SubVals sv = likelyStructure.getSubVals();
 918             if (sv != null && sv.has(ArgValues.ID))
 919             {
 920               structid = sv.get(ArgValues.ID);
 921             }
 922             else
 923             {
 924               structfile = likelyStructure.getValue();
 925             }
 926           }
 927         }
 928
 929         if (structfile == null && structid != null)
 930         {
 931           StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 932                   .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 933           if (ssm != null)
 934           {
 935             structfile = ssm.findFileForPDBId(structid);
 936           }
 937         }
 938         if (structfile != null && structfile.equals(structFilename))
 939         {
 940           return av;
 941         }
 942       }
 943     }
 944     return null;
 945   }
 946 }