src/jalview/bin/Instance.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.api.StructureSelectionManagerProvider;
  26 import jalview.ext.ensembl.EnsemblInfo;
  27 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSRestClient;
  28 import jalview.fts.service.uniprot.UniProtFTSRestClient;
  29 import jalview.gui.Desktop;
  30 import jalview.httpserver.HttpServer;
  31 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  32 import jalview.rest.RestHandler;
  33 import jalview.structure.StructureImportSettings;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  36 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  37 import jalview.ws.jws1.Discoverer;
  38 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  39 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2InstanceFactory;
  40 import jalview.ws.rest.RestClient;
  41 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  42
  43 import java.awt.Color;
  44 import java.util.IdentityHashMap;
  45
  46 /**
  47  * a class to hold singleton instances so that they are not shared
  48  *
  49  * @author hansonr
  50  *
  51  */
  52 public class Instance {
  53
  54   private static Instance instance;
  55
  56   public static Instance getInstance()
  57   {
  58     Instance i;
  59     @SuppressWarnings("unused")
  60     ThreadGroup g = Thread.currentThread().getThreadGroup();
  61     /**
  62      * @j2sNative i = g._instance;
  63      */
  64     {
  65       i = instance;
  66     }
  67     if (i == null)
  68     {
  69       i = instance = new Instance();
  70       /**
  71        * @j2sNative g._instance = i;
  72        */
  73     }
  74     return i;
  75   }
  76
  77   /**
  78    * singleton instance of this class in Java only
  79    */
  80
  81   public Jalview jalview;
  82
  83   public Desktop desktop;
  84
  85   public static Jalview getJalview()
  86   {
  87     Instance i = getInstance();
  88     if (i.jalview == null)
  89     {
  90       new Jalview();
  91     }
  92     return i.jalview;
  93   }
  94
  95   public static void setJalview(Jalview j)
  96   {
  97     getInstance().jalview = j;
  98   }
  99
 100   public static Desktop getDesktop()
 101   {
 102     Instance i = getInstance();
 103     return (i.desktop == null ? (i.desktop = new Desktop(true))
 104             : i.desktop);
 105   }
 106
 107   public static void setDesktop(Desktop d)
 108   {
 109     getInstance().desktop = d;
 110   }
 111
 112   public Cache cache;
 113
 114   public AlignmentSorter alignmentSorter;
 115
 116   public Color[] rnaHelices = null;
 117
 118   public Discoverer discoverer;
 119
 120   public EnsemblInfo ensemblInfo;
 121
 122   public HttpServer httpServer;
 123
 124   public IdOrgSettings idOrgSettings;
 125
 126   public Jws2Discoverer j2s2discoverer;
 127
 128   public Jws2InstanceFactory jws2InstanceFactory;
 129
 130   public PDBFTSRestClient pdbFTSRestClient;
 131
 132   public RestClient restClient;
 133
 134   public RestHandler restHandler;
 135
 136   public ScoreModels scoreModels;
 137
 138   public SequenceFetcher sequenceFetcher;
 139
 140   public SequenceOntologyI sequenceOntology;
 141
 142   public SiftsSettings siftsSettings;
 143
 144   public StructureImportSettings structureImportSettings;
 145
 146   public UniProtFTSRestClient uniprotFTSRestClient;
 147
 148   public IdentityHashMap<StructureSelectionManagerProvider, StructureSelectionManager> structureSelections;
 149
 150 }