src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.BufferedReader;
  22 import java.io.File;
  23 import java.io.FileOutputStream;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.OutputStreamWriter;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.lang.reflect.Constructor;
  28 import java.net.URL;
  29 import java.util.*;
  30
  31 import javax.swing.*;
  32
  33 import jalview.gui.*;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35
  36 /**
  37  * Main class for Jalview Application <br>
  38  * <br>
  39  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  40  *
  41  * @author $author$
  42  * @version $Revision$
  43  */
  44 public class Jalview
  45 {
  46
  47   /**
  48    * main class for Jalview application
  49    *
  50    * @param args
  51    *                open <em>filename</em>
  52    */
  53   public static void main(String[] args)
  54   {
  55     System.out.println("Java version: "
  56             + System.getProperty("java.version"));
  57     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  58             + System.getProperty("os.name") + " "
  59             + System.getProperty("os.version"));
  60
  61     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  62     boolean headless = false;
  63
  64     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  65     {
  66       System.out
  67               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  68                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  69                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  70                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  71                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
  72                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  73                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  74                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  75                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  76                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  77                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  78                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  79                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  80                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  81                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  82                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
  83                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
  84                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
  85                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
  86                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
  87                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
  88 //                      + "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
  89                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
  90                       +"\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
  91                       +"\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
  92                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
  93 //                      + "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
  94 //                      + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
  95                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
  96                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
  97       System.exit(0);
  98     }
  99     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 100     // anything else!
 101     String defs = aparser.getValue("setprop");
 102     while (defs!=null)
 103     {
 104       int p = defs.indexOf('=');
 105       if ( p==-1 )
 106       {
 107         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : "+defs);
 108       } else {
 109         System.out.println("Executing setprop argument: "+defs);
 110         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 111         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 112       }
 113       defs = aparser.getValue("setprop");
 114     }
 115     if (aparser.contains("nodisplay"))
 116     {
 117       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 118     }
 119     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 120             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 121     {
 122       headless = true;
 123     }
 124
 125     try
 126     {
 127       Cache.initLogger();
 128     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 129     {
 130       error.printStackTrace();
 131       System.out
 132               .println("\nEssential logging libraries not found."
 133                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 134       System.exit(0);
 135     }
 136
 137     Desktop desktop = null;
 138
 139     try
 140     {
 141       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 142       // UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 143               // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 144               // "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 145               // "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 146               // "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 147
 148
 149               );
 150     } catch (Exception ex)
 151     {
 152     }
 153     if (!headless)
 154     {
 155       desktop = new Desktop();
 156       desktop.setVisible(true);
 157       desktop.discoverer.start();
 158       if (!aparser.contains("nousagestats") && Cache.getDefault("USAGESTATS", true)) {
 159         Cache.log.info("Initialising googletracker for usage stats.");
 160         Cache.initGoogleTracker();
 161         Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 162       } else {
 163         Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 164       }
 165       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 166       {
 167         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 168         if (url != null)
 169         {
 170           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 171           // questionnaire
 172           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 173           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 174         }
 175         else
 176         {
 177           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 178           {
 179             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 180             // questionnaire
 181             // String defurl =
 182             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 183             // //
 184             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 185             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 186                     + defurl);
 187             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 188
 189           }
 190         }
 191       }
 192     }
 193
 194     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 195     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 196     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 197                                 // features from
 198     // loading is done.
 199     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 200                                 // completed one way or another
 201     // extract groovy argument and execute if necessary
 202     groovyscript = aparser.getValue("groovy");
 203     file = aparser.getValue("open");
 204
 205     if (file == null && desktop == null)
 206     {
 207       System.out.println("No files to open!");
 208       System.exit(1);
 209     }
 210     String vamsasImport=aparser.getValue("vdoc"),vamsasSession=aparser.getValue("vsess");
 211     if (vamsasImport!=null || vamsasSession!=null)
 212     {
 213       if (desktop==null || headless)
 214       {
 215         System.out.println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 216         System.exit(1);
 217       }
 218       // if we have a file, start a new session and import it.
 219       boolean inSession = false;
 220       if (vamsasImport!=null)
 221       {
 222           try {
 223             String viprotocol = Jalview.checkProtocol(vamsasImport);
 224             if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE) {
 225               inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 226             } else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL) {
 227               inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 228             }
 229
 230           } catch (Exception e)
 231           {
 232             System.err.println("Exeption when importing "+vamsasImport+" as a vamsas document.");
 233             e.printStackTrace();
 234           }
 235           if (!inSession) {
 236             System.err.println("Failed to import "+vamsasImport+" as a vamsas document.");
 237           } else {
 238             System.out.println("Imported Successfully into new session "+desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 239           }
 240       }
 241       if (vamsasSession!=null) {
 242         if (vamsasImport!=null) {
 243        // close the newly imported session and import the Jalview specific remnants into the new session later on.
 244           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 245         }
 246         // now join the new session
 247         try {
 248           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession)) {
 249             System.out.println("Successfully joined vamsas session "+vamsasSession);
 250           } else {
 251             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "+vamsasSession);
 252           }
 253         } catch (Exception e)
 254         {
 255           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "+vamsasSession);
 256           e.printStackTrace();
 257         }
 258         if (vamsasImport!=null) {
 259           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new session at the user's leisure.
 260           Cache.log.info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO: enable this when debugged
 261           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 262         }
 263       }
 264     }
 265     // Finally, deal with the remaining input data.
 266     if (file != null)
 267     {
 268       System.out.println("Opening file: " + file);
 269
 270       if (!file.startsWith("http://"))
 271       {
 272         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 273         {
 274           System.out.println("Can't find " + file);
 275           if (headless)
 276           {
 277             System.exit(1);
 278           }
 279         }
 280       }
 281
 282       protocol = checkProtocol(file);
 283
 284       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 285
 286       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 287               format);
 288
 289       if (af == null)
 290       {
 291         System.out.println("error");
 292         return;
 293       }
 294
 295       data = aparser.getValue("colour");
 296       if (data != null)
 297       {
 298         data.replaceAll("%20", " ");
 299
 300         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 301                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 302
 303         if (cs == null)
 304         {
 305           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 306                   "white");
 307           ucs.parseAppletParameter(data);
 308           cs = ucs;
 309         }
 310
 311         System.out.println("colour is " + data);
 312         af.changeColour(cs);
 313       }
 314
 315       // Must maintain ability to use the groups flag
 316       data = aparser.getValue("groups");
 317       if (data != null)
 318       {
 319         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 320         System.out.println("Added " + data);
 321       }
 322       data = aparser.getValue("features");
 323       if (data != null)
 324       {
 325         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 326         System.out.println("Added " + data);
 327       }
 328
 329       data = aparser.getValue("annotations");
 330       if (data != null)
 331       {
 332         af.loadJalviewDataFile(data);
 333         System.out.println("Added " + data);
 334       }
 335       // set or clear the sortbytree flag.
 336       if (aparser.contains("sortbytree"))
 337       {
 338         af.getViewport().setSortByTree(true);
 339       }
 340       if (aparser.contains("nosortbytree"))
 341       {
 342         af.getViewport().setSortByTree(false);
 343       }
 344       data = aparser.getValue("tree");
 345       if (data != null)
 346       {
 347         jalview.io.NewickFile fin = null;
 348         try
 349         {
 350           fin = new jalview.io.NewickFile(data, checkProtocol(data));
 351           if (fin != null)
 352           {
 353             af.getViewport().setCurrentTree(
 354                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 355             System.out.println("Added tree " + data);
 356           }
 357         } catch (IOException ex)
 358         {
 359           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 360           ex.printStackTrace(System.err);
 361         }
 362       }
 363       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 364       if (af != null && getFeatures != null)
 365       {
 366         startFeatureFetching(getFeatures);
 367         // need to block until fetching is complete.
 368         while (af.operationInProgress())
 369         {
 370           // wait around until fetching is finished.
 371           try
 372           {
 373             Thread.sleep(10);
 374           } catch (Exception e)
 375           {
 376
 377           }
 378         }
 379       }
 380       if (groovyscript != null)
 381       {
 382         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 383         // and before any images or figures are generated.
 384         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 385         {
 386           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 387           executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 388         }
 389         else
 390         {
 391           System.err
 392                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 393                           + groovyscript);
 394         }
 395         groovyscript = null;
 396       }
 397       String imageName = "unnamed.png";
 398       while (aparser.getSize() > 1)
 399       {
 400         format = aparser.nextValue();
 401         file = aparser.nextValue();
 402
 403         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 404         {
 405           af.createPNG(new java.io.File(file));
 406           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 407           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 408           continue;
 409         }
 410         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 411         {
 412           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 413           System.out.println("Creating image map: " + file);
 414           continue;
 415         }
 416         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 417         {
 418           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 419           af.createEPS(new java.io.File(file));
 420           continue;
 421         }
 422
 423         if (af.saveAlignment(file, format))
 424         {
 425           System.out.println("Written alignment in " + format
 426                   + " format to " + file);
 427         }
 428         else
 429         {
 430           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 431                   + " format!!");
 432         }
 433
 434       }
 435
 436       while (aparser.getSize() > 0)
 437       {
 438         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 439       }
 440     }
 441     AlignFrame startUpAlframe = null;
 442     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 443     // And the user
 444     // ////////////////////
 445     if (!headless && file == null && vamsasImport==null
 446             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 447     {
 448       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 449               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 450
 451       protocol = "File";
 452
 453       if (file.indexOf("http:") > -1)
 454       {
 455         protocol = "URL";
 456       }
 457
 458       if (file.endsWith(".jar"))
 459       {
 460         format = "Jalview";
 461       }
 462       else
 463       {
 464         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 465       }
 466
 467       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 468               format);
 469       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 470       // extract groovy arguments before anything else.
 471     }
 472     // Once all loading is done. Retrieve features.
 473     if (getFeatures != null)
 474     {
 475       if (startUpAlframe != null)
 476       {
 477         startFeatureFetching(getFeatures);
 478       }
 479     }
 480     if (groovyscript != null)
 481     {
 482       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 483       {
 484         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 485         executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 486       }
 487       else
 488       {
 489         System.err
 490                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 491                         + groovyscript);
 492       }
 493     }
 494
 495     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 496   }
 497
 498   /**
 499    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 500    *
 501    * @param groovyscript
 502    *                the script to execute
 503    * @param jalviewContext
 504    *                the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding
 505    *                as the 'Jalview' object.
 506    */
 507   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 508           Object jalviewContext)
 509   {
 510     if (jalviewContext == null)
 511     {
 512       System.err
 513               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 514     }
 515     File sfile = null;
 516     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 517     {
 518       // read from stdin into a tempfile and execute it
 519       try
 520       {
 521         sfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 522         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 523                 new FileOutputStream(sfile)));
 524         BufferedReader br = new BufferedReader(
 525                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 526         String line = null;
 527         while ((line = br.readLine()) != null)
 528         {
 529           outfile.write(line + "\n");
 530         }
 531         br.close();
 532         outfile.flush();
 533         outfile.close();
 534
 535       } catch (Exception ex)
 536       {
 537         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 538                 + ((sfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : sfile
 539                         .toString()));
 540         ex.printStackTrace();
 541         return;
 542       }
 543     }
 544     else
 545     {
 546       sfile = new File(groovyscript);
 547     }
 548     if (!sfile.exists())
 549     {
 550       System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 551       return;
 552     }
 553     if (!sfile.canRead())
 554     {
 555       System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 556       return;
 557     }
 558     if (sfile.length() < 1)
 559     {
 560       System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 561       return;
 562     }
 563     boolean success = false;
 564     try
 565     {
 566       /*
 567        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 568        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 569        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 570        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 571        *
 572        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 573        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding =
 574        * new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 575        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 576        */
 577       ClassLoader cl = jalviewContext.getClass().getClassLoader();
 578       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 579       Constructor gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 580       Object gbinding = gbcons.newInstance(null);
 581       java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod("setVariable",
 582               new Class[]
 583               { String.class, Object.class });
 584       setvar.invoke(gbinding, new Object[]
 585       { "Jalview", jalviewContext });
 586       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 587       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 588       { URL[].class }); // String[].class });
 589       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 590       { new URL[]
 591       { sfile.toURL() } }); // .toString() } });
 592       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 593       { String.class, gbindingc });
 594       run.invoke(gse, new Object[]
 595       { sfile.getName(), gbinding });
 596       success = true;
 597     } catch (Exception e)
 598     {
 599       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 600               + " as a groovy script.");
 601       e.printStackTrace(System.err);
 602
 603     }
 604     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 605     {
 606       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 607       // executed
 608       sfile.delete();
 609     }
 610   }
 611
 612   /**
 613    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 614    *
 615    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 616    */
 617   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 618   {
 619     Vector source = null;
 620     String data;
 621     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 622     while ((data = aparser.getValue("dasserver")) != null)
 623     {
 624       String nickname = null;
 625       String url = null;
 626       boolean seq=false,feat=true;
 627       int pos = data.indexOf('=');
 628       // determine capabilities
 629       if (pos > 0)
 630       {
 631         nickname = data.substring(0, pos);
 632       }
 633       url = data.substring(pos + 1);
 634       if (url != null && (url.startsWith("http:") || url.startsWith("sequence:http:")))
 635       {
 636         if (nickname == null)
 637         {
 638           nickname = url;
 639         }
 640         if (locsources == null)
 641         {
 642           locsources = "";
 643         }
 644         else
 645         {
 646           locsources += "\t";
 647         }
 648         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 649         System.err
 650                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 651                         + nickname + "|" + url);
 652         if (source == null)
 653         {
 654           source = new Vector();
 655         }
 656         source.addElement(nickname);
 657       }
 658     } // loop until no more server entries are found.
 659     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 660     {
 661       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 662               + locsources);
 663       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 664     }
 665     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom")) != null)
 666     {
 667       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 668       if (source == null)
 669       {
 670         source = new Vector();
 671       }
 672       source.addElement(data);
 673     }
 674     return source;
 675   }
 676
 677   /**
 678    * start a feature fetcher for every alignment frame
 679    *
 680    * @param dasSources
 681    */
 682   private static void startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 683   {
 684     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 685     if (afs == null || afs.length == 0)
 686     {
 687       return;
 688     }
 689     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 690     {
 691       final AlignFrame af = afs[i];
 692       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 693       {
 694
 695         public void run()
 696         {
 697           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 698           af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources);
 699         }
 700       });
 701     }
 702   }
 703
 704   private static String checkProtocol(String file)
 705   {
 706     String protocol = jalview.io.FormatAdapter.FILE;
 707
 708     if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 709     {
 710       protocol = jalview.io.FormatAdapter.URL;
 711     }
 712     return protocol;
 713   }
 714 }
 715
 716 /**
 717  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 718  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 719  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 720  * prefixing it).
 721  *
 722  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 723  *
 724  */
 725 class ArgsParser
 726 {
 727   Vector vargs = null;
 728
 729   public ArgsParser(String[] args)
 730   {
 731     vargs = new Vector();
 732     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 733     {
 734       String arg = args[i].trim();
 735       if (arg.charAt(0) == '-')
 736       {
 737         arg = arg.substring(1);
 738       }
 739       vargs.addElement(arg);
 740     }
 741   }
 742
 743   /**
 744    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 745    *
 746    * @param arg
 747    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 748    */
 749   public String getValue(String arg)
 750   {
 751     int index = vargs.indexOf(arg);
 752     String ret = null;
 753     if (index != -1)
 754     {
 755       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 756       vargs.removeElementAt(index);
 757       vargs.removeElementAt(index);
 758     }
 759     return ret;
 760   }
 761
 762   /**
 763    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 764    *
 765    * @param arg
 766    * @return true if arg was present in argslist.
 767    */
 768   public boolean contains(String arg)
 769   {
 770     if (vargs.contains(arg))
 771     {
 772       vargs.removeElement(arg);
 773       return true;
 774     }
 775     else
 776     {
 777       return false;
 778     }
 779   }
 780
 781   public String nextValue()
 782   {
 783     return vargs.remove(0).toString();
 784   }
 785
 786   public int getSize()
 787   {
 788     return vargs.size();
 789   }
 790
 791 }