src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.FlowLayout;
  21 import java.awt.Frame;
  22 import java.awt.event.ActionEvent;
  23 import java.awt.event.ActionListener;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileOutputStream;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.io.OutputStreamWriter;
  29 import java.io.PrintWriter;
  30 import java.lang.reflect.Constructor;
  31 import java.net.MalformedURLException;
  32 import java.net.URI;
  33 import java.net.URL;
  34 import java.net.URLDecoder;
  35 import java.security.AllPermission;
  36 import java.security.CodeSource;
  37 import java.security.PermissionCollection;
  38 import java.security.Permissions;
  39 import java.security.Policy;
  40 import java.util.*;
  41
  42 import javax.swing.*;
  43
  44 import jalview.gui.*;
  45 import jalview.util.Platform;
  46
  47 /**
  48  * Main class for Jalview Application <br>
  49  * <br>
  50  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  51  *
  52  * @author $author$
  53  * @version $Revision$
  54  */
  55 public class Jalview
  56 {
  57   static
  58   {
  59     // grab all the rights we can the JVM
  60     Policy.setPolicy(new Policy()
  61     {
  62       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  63       {
  64         Permissions perms = new Permissions();
  65         perms.add(new AllPermission());
  66         return (perms);
  67       }
  68
  69       public void refresh()
  70       {
  71       }
  72     });
  73   }
  74   protected static boolean proteine;
  75
  76   /**
  77    * main class for Jalview application
  78    *
  79    * @param args
  80    *          open <em>filename</em>
  81    */
  82   public static void main(String[] args)
  83   {
  84     System.out.println("Java version: "
  85             + System.getProperty("java.version"));
  86     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  87             + System.getProperty("os.name") + " "
  88             + System.getProperty("os.version"));
  89     if (new Platform().isAMac())
  90     {
  91       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  92               "Jalview");
  93       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
  94     }
  95
  96     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  97     boolean headless = false;
  98
  99     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 100     {
 101       System.out
 102               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 103                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 104                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 105                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 106                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 107                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 108                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 109                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 110                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 111                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 112                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 113                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 114                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 115                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 116                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 117                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 118                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 119                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 120                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 121                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 122                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 123                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 124                       // +
 125                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 126                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 127                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 128                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 129                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 130                       // +
 131                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 132                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 133                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 134                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 135       System.exit(0);
 136     }
 137     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 138     // anything else!
 139     String defs = aparser.getValue("setprop");
 140     while (defs != null)
 141     {
 142       int p = defs.indexOf('=');
 143       if (p == -1)
 144       {
 145         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 146       }
 147       else
 148       {
 149         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 150         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 151         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 152         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 153       }
 154       defs = aparser.getValue("setprop");
 155     }
 156     if (aparser.contains("nodisplay"))
 157     {
 158       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 159     }
 160     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 161             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 162     {
 163       headless = true;
 164     }
 165
 166     try
 167     {
 168       Cache.initLogger();
 169     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 170     {
 171       error.printStackTrace();
 172       System.out
 173               .println("\nEssential logging libraries not found."
 174                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 175       System.exit(0);
 176     }
 177
 178     Desktop desktop = null;
 179
 180     try
 181     {
 182       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 183     } catch (Exception ex)
 184     {
 185     }
 186
 187     if (!headless)
 188     {
 189       desktop = new Desktop();
 190       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 191       desktop.setVisible(true);
 192       desktop.startServiceDiscovery();
 193       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 194       {
 195         startUsageStats(desktop);
 196       }
 197       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 198       {
 199         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 200         if (url != null)
 201         {
 202           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 203           // questionnaire
 204           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 205           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 206         }
 207         else
 208         {
 209           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 210           {
 211             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 212             // questionnaire
 213             // String defurl =
 214             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 215             // //
 216             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 217             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 218                     + defurl);
 219             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 220
 221           }
 222         }
 223       }
 224     }
 225
 226     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 227     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 228     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 229     // features from
 230     // loading is done.
 231     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 232     // completed one way or another
 233     // extract groovy argument and execute if necessary
 234     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 235     file = aparser.getValue("open", true);
 236
 237     if (file == null && desktop == null)
 238     {
 239       System.out.println("No files to open!");
 240       System.exit(1);
 241     }
 242     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 243             .getValue("vsess");
 244     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 245     {
 246       if (desktop == null || headless)
 247       {
 248         System.out
 249                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 250         System.exit(1);
 251       }
 252       // if we have a file, start a new session and import it.
 253       boolean inSession = false;
 254       if (vamsasImport != null)
 255       {
 256         try
 257         {
 258           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 259                   .checkProtocol(vamsasImport);
 260           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 261           {
 262             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 263           }
 264           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 265           {
 266             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 267           }
 268
 269         } catch (Exception e)
 270         {
 271           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 272                   + " as a vamsas document.");
 273           e.printStackTrace();
 274         }
 275         if (!inSession)
 276         {
 277           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 278                   + " as a vamsas document.");
 279         }
 280         else
 281         {
 282           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 283                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 284         }
 285       }
 286       if (vamsasSession != null)
 287       {
 288         if (vamsasImport != null)
 289         {
 290           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 291           // remnants into the new session later on.
 292           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 293         }
 294         // now join the new session
 295         try
 296         {
 297           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 298           {
 299             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 300                     + vamsasSession);
 301           }
 302           else
 303           {
 304             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 305                     + vamsasSession);
 306           }
 307         } catch (Exception e)
 308         {
 309           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 310                   + vamsasSession);
 311           e.printStackTrace();
 312         }
 313         if (vamsasImport != null)
 314         {
 315           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 316           // session at the user's leisure.
 317           Cache.log
 318                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 319           // enable
 320           // this
 321           // when
 322           // debugged
 323           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 324         }
 325       }
 326     }
 327     long progress = -1;
 328     // Finally, deal with the remaining input data.
 329     if (file != null)
 330     {
 331       if (!headless)
 332       {
 333         desktop.setProgressBar("Processing commandline arguments...",
 334                 progress = System.currentTimeMillis());
 335       }
 336       System.out.println("Opening file: " + file);
 337
 338       if (!file.startsWith("http://"))
 339       {
 340         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 341         {
 342           System.out.println("Can't find " + file);
 343           if (headless)
 344           {
 345             System.exit(1);
 346           }
 347         }
 348       }
 349
 350       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 351
 352       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 353
 354       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 355               format);
 356       if (af == null)
 357       {
 358         System.out.println("error");
 359       }
 360       else
 361       {
 362
 363         data = aparser.getValue("colour", true);
 364         if (data != null)
 365         {
 366           data.replaceAll("%20", " ");
 367
 368           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 369                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 370
 371           if (cs == null)
 372           {
 373             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 374                     "white");
 375             ucs.parseAppletParameter(data);
 376             cs = ucs;
 377           }
 378
 379           System.out.println("colour is " + data);
 380           af.changeColour(cs);
 381         }
 382
 383         // Must maintain ability to use the groups flag
 384         data = aparser.getValue("groups", true);
 385         if (data != null)
 386         {
 387           af.parseFeaturesFile(data,
 388                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 389           System.out.println("Added " + data);
 390         }
 391         data = aparser.getValue("features", true);
 392         if (data != null)
 393         {
 394           af.parseFeaturesFile(data,
 395                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 396           System.out.println("Added " + data);
 397         }
 398
 399         data = aparser.getValue("annotations", true);
 400         if (data != null)
 401         {
 402           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 403           System.out.println("Added " + data);
 404         }
 405         // set or clear the sortbytree flag.
 406         if (aparser.contains("sortbytree"))
 407         {
 408           af.getViewport().setSortByTree(true);
 409         }
 410         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 411         {
 412           af.getViewport().setSortByTree(false);
 413         }
 414         data = aparser.getValue("tree", true);
 415         if (data != null)
 416         {
 417           jalview.io.NewickFile fin = null;
 418           try
 419           {
 420             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 421                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 422             if (fin != null)
 423             {
 424               af.getViewport().setCurrentTree(
 425                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 426               System.out.println("Added tree " + data);
 427             }
 428           } catch (IOException ex)
 429           {
 430             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 431             ex.printStackTrace(System.err);
 432           }
 433         }
 434         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 435         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 436         // sequence)
 437
 438         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 439         if (af != null && getFeatures != null)
 440         {
 441           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 442           if (ff != null)
 443             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 444             {
 445               // wait around until fetching is finished.
 446               try
 447               {
 448                 Thread.sleep(100);
 449               } catch (Exception e)
 450               {
 451
 452               }
 453             }
 454           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 455         }
 456         if (groovyscript != null)
 457         {
 458           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 459           // and before any images or figures are generated.
 460           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 461           {
 462             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 463             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 464             { desktop, af });
 465           }
 466           else
 467           {
 468             System.err
 469                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 470                             + groovyscript);
 471           }
 472           groovyscript = null;
 473         }
 474         String imageName = "unnamed.png";
 475         while (aparser.getSize() > 1)
 476         {
 477           format = aparser.nextValue();
 478           file = aparser.nextValue();
 479
 480           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 481           {
 482             af.createPNG(new java.io.File(file));
 483             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 484             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 485             continue;
 486           }
 487           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 488           {
 489             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 490             System.out.println("Creating image map: " + file);
 491             continue;
 492           }
 493           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 494           {
 495             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 496             af.createEPS(new java.io.File(file));
 497             continue;
 498           }
 499
 500           if (af.saveAlignment(file, format))
 501           {
 502             System.out.println("Written alignment in " + format
 503                     + " format to " + file);
 504           }
 505           else
 506           {
 507             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 508                     + format + " format!!");
 509           }
 510
 511         }
 512
 513         while (aparser.getSize() > 0)
 514         {
 515           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 516         }
 517       }
 518     }
 519     AlignFrame startUpAlframe = null;
 520     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 521     // And the user
 522     // ////////////////////
 523
 524     JFrame Typechooser =new JFrame("choose molecule type");
 525     FlowLayout fl = new FlowLayout();
 526     Typechooser.setLayout(fl);
 527     Typechooser.setSize(400,400);
 528     Typechooser.setDefaultCloseOperation(Typechooser.DISPOSE_ON_CLOSE);
 529     JLabel label = new JLabel("What would you open ? ");
 530     JButton rnabutton = new JButton("RNA molecule");
 531     JButton pbutton = new JButton("Proteine molecule");
 532
 533     pbutton.addActionListener(new pbuttonlistener());
 534     rnabutton.addActionListener(new rnabuttonlistener());
 535     Typechooser.getContentPane().add(label);
 536     Typechooser.getContentPane().add(rnabutton);
 537     Typechooser.getContentPane().add(pbutton);
 538     Typechooser.setVisible(true);
 539
 540
 541
 542
 543     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 544             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true) && proteine == true)
 545     {
 546       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 547               "STARTUP_FILE",
 548               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 549                       "http://www.jalview.org")
 550                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 551       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 552       {
 553         // hardwire upgrade of the startup file
 554         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 555         // and remove the stale setting
 556         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 557       }
 558
 559       protocol = "File";
 560
 561       if (file.indexOf("http:") > -1)
 562       {
 563         protocol = "URL";
 564       }
 565
 566       if (file.endsWith(".jar"))
 567       {
 568         format = "Jalview";
 569       }
 570       else
 571       {
 572         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 573       }
 574
 575       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 576               format);
 577       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 578       // extract groovy arguments before anything else.
 579     }
 580     // If the user has specified features to be retrieved,
 581     // or a groovy script to be executed, do them if they
 582     // haven't been done already
 583     // fetch features for the default alignment
 584     if (getFeatures != null)
 585     {
 586       if (startUpAlframe != null)
 587       {
 588         startFeatureFetching(getFeatures);
 589       }
 590     }
 591     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 592     if (groovyscript != null)
 593     {
 594       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 595       {
 596         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 597         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 598         { desktop, startUpAlframe });
 599       }
 600       else
 601       {
 602         System.err
 603                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 604                         + groovyscript);
 605       }
 606     }
 607     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 608     if (desktop != null)
 609     {
 610       if (progress != -1)
 611       {
 612         desktop.setProgressBar(null, progress);
 613       }
 614       desktop.setInBatchMode(false);
 615     }
 616   }
 617
 618
 619   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 620   {
 621     /**
 622      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 623      */
 624     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 625             desktop.desktop,
 626             "USAGESTATS",
 627             "Jalview Usage Statistics",
 628             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 629                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 630                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 631             new Runnable()
 632             {
 633               public void run()
 634               {
 635                 Cache.log
 636                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 637                 Cache.initGoogleTracker();
 638                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 639               }
 640             }, new Runnable()
 641             {
 642               public void run()
 643               {
 644                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 645               }
 646             }, null, true);
 647     SwingUtilities.invokeLater(prompter);
 648   }
 649
 650   /**
 651    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 652    *
 653    * @param groovyscript
 654    *          the script to execute
 655    * @param jalviewContext
 656    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 657    *          'Jalview' object.
 658    */
 659   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 660           Object[] jalviewContext)
 661   {
 662     if (jalviewContext == null)
 663     {
 664       System.err
 665               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 666     }
 667     /**
 668      * for scripts contained in files
 669      */
 670     File tfile = null;
 671     /**
 672      * script's URI
 673      */
 674     URL sfile = null;
 675     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 676     {
 677       // read from stdin into a tempfile and execute it
 678       try
 679       {
 680         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 681         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 682                 new FileOutputStream(tfile)));
 683         BufferedReader br = new BufferedReader(
 684                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 685         String line = null;
 686         while ((line = br.readLine()) != null)
 687         {
 688           outfile.write(line + "\n");
 689         }
 690         br.close();
 691         outfile.flush();
 692         outfile.close();
 693
 694       } catch (Exception ex)
 695       {
 696         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 697                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 698                         .toString()));
 699         ex.printStackTrace();
 700         return;
 701       }
 702       try
 703       {
 704         sfile = tfile.toURI().toURL();
 705       } catch (Exception x)
 706       {
 707         System.err
 708                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 709                         + tfile.toURI());
 710         x.printStackTrace();
 711         return;
 712       }
 713     }
 714     else
 715     {
 716       try
 717       {
 718         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 719       } catch (Exception x)
 720       {
 721         tfile = new File(groovyscript);
 722         if (!tfile.exists())
 723         {
 724           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 725           return;
 726         }
 727         if (!tfile.canRead())
 728         {
 729           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 730           return;
 731         }
 732         if (tfile.length() < 1)
 733         {
 734           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 735           return;
 736         }
 737         try
 738         {
 739           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 740         } catch (Exception ex)
 741         {
 742           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 743                   + tfile.getAbsoluteFile());
 744           return;
 745         }
 746       }
 747     }
 748     boolean success = false;
 749     try
 750     {
 751       /*
 752        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 753        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 754        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 755        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 756        *
 757        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 758        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 759        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 760        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 761        */
 762       Class[] bspec;
 763       Object[] binding;
 764       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 765               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 766       String cnames[] = new String[]
 767       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 768       bspec = new Class[blen * 2];
 769       binding = new Object[blen * 2];
 770       blen = 0;
 771       ClassLoader cl = null;
 772       Map vbinding = new Hashtable();
 773       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 774       {
 775         if (jalviewContext[jc] != null)
 776         {
 777           if (cl == null)
 778           {
 779             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 780           }
 781           bspec[blen * 2] = String.class;
 782           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 783           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 784           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 785           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 786           blen++;
 787         }
 788       }
 789       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 790       Constructor gbcons;
 791       Object gbinding;
 792       try
 793       {
 794         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 795         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 796       } catch (NoSuchMethodException x)
 797       {
 798         // old style binding config - using series of string/object values to
 799         // setVariable.
 800         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 801         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 802         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 803                 "setVariable", bspec);
 804         setvar.invoke(gbinding, binding);
 805       }
 806       ;
 807       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 808       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 809       { URL[].class }); // String[].class });
 810       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 811       { new URL[]
 812       { sfile } }); // .toString() } });
 813       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 814       { String.class, gbindingc });
 815       run.invoke(gse, new Object[]
 816       { sfile.toString(), gbinding });
 817       success = true;
 818     } catch (Exception e)
 819     {
 820       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 821               + " as a groovy script.");
 822       e.printStackTrace(System.err);
 823
 824     }
 825     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 826     {
 827       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 828       // executed
 829       tfile.delete();
 830     }
 831   }
 832
 833   /**
 834    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 835    *
 836    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 837    */
 838   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 839   {
 840     Vector source = null;
 841     String data;
 842     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 843     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 844     {
 845       String nickname = null;
 846       String url = null;
 847       boolean seq = false, feat = true;
 848       int pos = data.indexOf('=');
 849       // determine capabilities
 850       if (pos > 0)
 851       {
 852         nickname = data.substring(0, pos);
 853       }
 854       url = data.substring(pos + 1);
 855       if (url != null
 856               && (url.startsWith("http:") || url
 857                       .startsWith("sequence:http:")))
 858       {
 859         if (nickname == null)
 860         {
 861           nickname = url;
 862         }
 863         if (locsources == null)
 864         {
 865           locsources = "";
 866         }
 867         else
 868         {
 869           locsources += "\t";
 870         }
 871         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 872         System.err
 873                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 874                         + nickname + "|" + url);
 875         if (source == null)
 876         {
 877           source = new Vector();
 878         }
 879         source.addElement(nickname);
 880       }
 881     } // loop until no more server entries are found.
 882     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 883     {
 884       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 885               + locsources);
 886       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 887     }
 888     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 889     {
 890       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 891       if (source == null)
 892       {
 893         source = new Vector();
 894       }
 895       source.addElement(data);
 896     }
 897     return source;
 898   }
 899
 900   /**
 901    * start a feature fetcher for every alignment frame
 902    *
 903    * @param dasSources
 904    */
 905   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 906   {
 907     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 908     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 909     if (afs == null || afs.length == 0)
 910     {
 911       return null;
 912     }
 913     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 914     {
 915       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 916     }
 917     return ff;
 918   }
 919 }
 920
 921 /**
 922  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 923  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 924  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 925  * prefixing it).
 926  *
 927  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 928  *
 929  */
 930
 931 class rnabuttonlistener  implements ActionListener{
 932           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 933                   System.out.println("Good idea ! ");
 934
 935           }
 936 }
 937
 938 class pbuttonlistener  implements ActionListener{
 939           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 940
 941
 942           }
 943 }
 944
 945 class ArgsParser
 946 {
 947   Vector vargs = null;
 948
 949   public ArgsParser(String[] args)
 950   {
 951     vargs = new Vector();
 952     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 953     {
 954       String arg = args[i].trim();
 955       if (arg.charAt(0) == '-')
 956       {
 957         arg = arg.substring(1);
 958       }
 959       vargs.addElement(arg);
 960     }
 961   }
 962
 963   /**
 964    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 965    *
 966    * @param arg
 967    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 968    */
 969   public String getValue(String arg)
 970   {
 971     return getValue(arg, false);
 972   }
 973
 974   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 975   {
 976     int index = vargs.indexOf(arg);
 977     String dc = null, ret = null;
 978     if (index != -1)
 979     {
 980       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 981       vargs.removeElementAt(index);
 982       vargs.removeElementAt(index);
 983       if (utf8decode && ret != null)
 984       {
 985         try
 986         {
 987           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 988           ret = dc;
 989         } catch (Exception e)
 990         {
 991           // TODO: log failure to decode
 992         }
 993       }
 994     }
 995     return ret;
 996   }
 997
 998   /**
 999    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
1000    *
1001    * @param arg
1002    * @return true if arg was present in argslist.
1003    */
1004   public boolean contains(String arg)
1005   {
1006     if (vargs.contains(arg))
1007     {
1008       vargs.removeElement(arg);
1009       return true;
1010     }
1011     else
1012     {
1013       return false;
1014     }
1015   }
1016
1017   public String nextValue()
1018   {
1019     return vargs.remove(0).toString();
1020   }
1021
1022   public int getSize()
1023   {
1024     return vargs.size();
1025   }
1026
1027 }
1028
1029 /**
1030  * keep track of feature fetching tasks.
1031  *
1032  * @author JimP
1033  *
1034  */
1035 class FeatureFetcher
1036 {
1037   /*
1038    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1039    * processing events.
1040    */
1041
1042   private int queued = 0;
1043
1044   private int running = 0;
1045
1046   public FeatureFetcher()
1047   {
1048
1049   }
1050
1051   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1052   {
1053     final long id = System.currentTimeMillis();
1054     queued++;
1055     final FeatureFetcher us = this;
1056     new Thread(new Runnable()
1057     {
1058
1059       public void run()
1060       {
1061         synchronized (us)
1062         {
1063           queued--;
1064           running++;
1065         }
1066
1067         af.setProgressBar("DAS features being retrieved...", id);
1068         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1069         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1070         af.setProgressBar(null, id);
1071         synchronized (us)
1072         {
1073           running--;
1074         }
1075       }
1076     }).start();
1077   }
1078
1079   public synchronized boolean allFinished()
1080   {
1081     return queued == 0 && running == 0;
1082   }
1083
1084
1085
1086 };