src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.bin;\r
  20 \r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 \r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.Vector;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Main class for Jalview Application\r
  30  * <br>\r
  31  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class Jalview\r
  37 {\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * main class for Jalview application\r
  41      *\r
  42      * @param args open <em>filename</em>\r
  43      */\r
  44     public static void main(String[] args)\r
  45     {\r
  46       System.out.println("Java version: "+System.getProperty("java.version"));\r
  47       System.out.println(System.getProperty("os.arch")+" "\r
  48                          +System.getProperty("os.name")+" "\r
  49                          +System.getProperty("os.version"));\r
  50 \r
  51 \r
  52       ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);\r
  53       boolean headless = false;\r
  54 \r
  55       if( aparser.contains("help") || aparser.contains("h") )\r
  56       {\r
  57         System.out.println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"\r
  58                            +"-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"\r
  59                            +"-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"\r
  60                            +"-groups FILE\tUse the given file to mark groups on the alignment."\r
  61                            +"\nThe first lines of the groups file lists the GroupName and GroupColours"\r
  62                            +" to be used in the alignment. Use the GROUPNAME label for each of your sequences. "\r
  63                            +"\nGROUPNAME<tab>GROUPCOLOUR\n"\r
  64                            +"TEXT<tab>SEQUENCE_ID<tab>SEQUENCE_INDEX<tab>START_RESIDUE<tab>END_RESIDUE<tab>GROUPNAME\n"\r
  65                            +"SequenceID is used in preference to SequenceIndex if both are provided.\n"\r
  66                            +"Enter ID_NOT_SPECIFIED for SEQUENCE_ID or -1 for SEQUENCE_INDEX if unknown.\n"\r
  67                            +"COLOUR can be hexadecimal RGB or 'red', 'blue' etc.\n\n"\r
  68                            +"-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"\r
  69                            +"-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"\r
  70                            +"-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"\r
  71                            +"-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"\r
  72                            +"-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"\r
  73                            +"-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"\r
  74                            +"-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"\r
  75                            +"-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"\r
  76                            +"-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"\r
  77                            +"-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"\r
  78                            +"-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.");\r
  79         System.exit(0);\r
  80           }\r
  81 \r
  82           Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before anything else!\r
  83 \r
  84           if (aparser.contains("nodisplay"))\r
  85           {\r
  86             System.setProperty("java.awt.headless", "true");\r
  87           }\r
  88           if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
  89               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
  90           {\r
  91             headless = true;\r
  92           }\r
  93 \r
  94           try\r
  95           {\r
  96             Cache.initLogger();\r
  97           }\r
  98           catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)\r
  99           {\r
 100             error.printStackTrace();\r
 101             System.out.println(\r
 102                 "\nEssential logging libraries not found."\r
 103                 +"\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");\r
 104             System.exit(0);\r
 105           }\r
 106 \r
 107         Desktop desktop = null;\r
 108         if( !headless )\r
 109         {\r
 110           try\r
 111           {\r
 112             UIManager.setLookAndFeel(\r
 113                    UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()\r
 114             //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()\r
 115 //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"\r
 116 //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"\r
 117 //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"\r
 118 //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"\r
 119 \r
 120                 );\r
 121           }\r
 122           catch (Exception ex)\r
 123           {\r
 124           }\r
 125 \r
 126           desktop = new Desktop();\r
 127           desktop.setVisible(true);\r
 128           desktop.discoverer.start();\r
 129         }\r
 130 \r
 131 \r
 132          String file = null, protocol = null, format = null, groups=null;\r
 133          jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();\r
 134 \r
 135           file = aparser.getValue("open");\r
 136 \r
 137           if (file == null && desktop==null)\r
 138           {\r
 139             System.out.println("No files to open!");\r
 140             System.exit(1);\r
 141           }\r
 142 \r
 143           if(file!=null)\r
 144           {\r
 145 \r
 146             if (!file.startsWith("http://"))\r
 147             {\r
 148               if (! (new java.io.File(file)).exists())\r
 149               {\r
 150                 System.out.println("Can't find " + file);\r
 151                 if(headless)\r
 152                   System.exit(1);\r
 153               }\r
 154             }\r
 155 \r
 156             protocol = "File";\r
 157 \r
 158             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 159             {\r
 160               protocol = "URL";\r
 161             }\r
 162 \r
 163             if (file.endsWith(".jar"))\r
 164               format = "Jalview";\r
 165             else\r
 166               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 167 \r
 168             System.out.println("Opening: " + format + " file " + file);\r
 169 \r
 170             AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);\r
 171 \r
 172             groups = aparser.getValue("groups");\r
 173             if (groups != null)\r
 174             {\r
 175               af.parseGroupsFile(groups);\r
 176             }\r
 177 \r
 178             String imageName = "unnamed.png";\r
 179             while (aparser.getSize() > 1)\r
 180             {\r
 181               format = aparser.nextValue();\r
 182               file = aparser.nextValue();\r
 183 \r
 184               if (format.equalsIgnoreCase("png"))\r
 185               {\r
 186                 af.createPNG(new java.io.File(file));\r
 187                 imageName = (new java.io.File(file)).getName();\r
 188                 System.out.println("Creating PNG image: " + file);\r
 189                 continue;\r
 190               }\r
 191               else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))\r
 192               {\r
 193                 af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);\r
 194                 System.out.println("Creating image map: " + file);\r
 195                 continue;\r
 196               }\r
 197               else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))\r
 198               {\r
 199                 System.out.println("Creating EPS file: " + file);\r
 200                 af.createEPS(new java.io.File(file));\r
 201                 continue;\r
 202               }\r
 203 \r
 204               if (af.saveAlignment(file, format))\r
 205                 System.out.println("Written alignment in " + format +\r
 206                                    " format to " + file);\r
 207               else\r
 208                 System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +\r
 209                                    " format!!");\r
 210 \r
 211             }\r
 212 \r
 213             while (aparser.getSize() > 0)\r
 214             {\r
 215               System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());\r
 216             }\r
 217           }\r
 218 \r
 219         // We'll only open the default file if the desktop is visible.\r
 220         //////////////////////\r
 221           if (\r
 222               !headless &&\r
 223               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))\r
 224           {\r
 225 \r
 226             file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",\r
 227                                                 "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar");\r
 228             protocol = "File";\r
 229 \r
 230             if (file.indexOf("http:") > -1)\r
 231             {\r
 232               protocol = "URL";\r
 233             }\r
 234 \r
 235             if (file.endsWith(".jar"))\r
 236             {\r
 237               Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 238             }\r
 239             else\r
 240             {\r
 241               format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file, protocol);\r
 242               desktop.LoadFile(file, protocol, format);\r
 243             }\r
 244           }\r
 245     }\r
 246 }\r
 247 \r
 248  class ArgsParser\r
 249  {\r
 250    Vector vargs = null;\r
 251    public ArgsParser(String [] args)\r
 252    {\r
 253      vargs = new Vector();\r
 254      for (int i = 0; i < args.length; i++)\r
 255      {\r
 256        String arg = args[i].trim();\r
 257        if (arg.charAt(0) == '-')\r
 258          arg = arg.substring(1);\r
 259        vargs.addElement(arg);\r
 260      }\r
 261    }\r
 262 \r
 263    public String getValue(String arg)\r
 264    {\r
 265      int index = vargs.indexOf(arg);\r
 266      String ret = null;\r
 267      if (index != -1)\r
 268      {\r
 269        ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();\r
 270        vargs.removeElementAt(index);\r
 271        vargs.removeElementAt(index);\r
 272      }\r
 273      return ret;\r
 274    }\r
 275 \r
 276    public boolean contains(String arg)\r
 277    {\r
 278      if(vargs.contains(arg))\r
 279      {\r
 280        vargs.removeElement(arg);\r
 281        return true;\r
 282      }\r
 283      else\r
 284        return false;\r
 285    }\r
 286 \r
 287    public String nextValue()\r
 288    {\r
 289      return  vargs.remove(0).toString();\r
 290    }\r
 291 \r
 292    public int getSize()\r
 293    {\r
 294      return vargs.size();\r
 295    }\r
 296 \r
 297  }\r