src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import javax.swing.*;
  24
  25 import jalview.gui.*;
  26
  27 /**
  28  * Main class for Jalview Application
  29  * <br>
  30  * <br>start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class Jalview
  36 {
  37
  38   /**
  39    * main class for Jalview application
  40    *
  41    * @param args open <em>filename</em>
  42    */
  43   public static void main(String[] args)
  44   {
  45     System.out.println("Java version: " + System.getProperty("java.version"));
  46     System.out.println("Java version: " + System.getProperty("java.version"));
  47     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  48                        + System.getProperty("os.name") + " "
  49                        + System.getProperty("os.version"));
  50
  51     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  52     boolean headless = false;
  53
  54     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  55     {
  56       System.out.println(
  57           "Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  58           + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  59           +
  60           "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  61           +
  62           "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  63           +
  64           "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  65           + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  66           + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  67           + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  68           + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  69           + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
  70           + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
  71           + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
  72           + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
  73           + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
  74           +
  75           "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
  76           + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment."
  77           + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires."
  78           + "\n\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
  79       System.exit(0);
  80     }
  81
  82     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before anything else!
  83
  84     if (aparser.contains("nodisplay"))
  85     {
  86       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
  87     }
  88     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
  89         && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
  90     {
  91       headless = true;
  92     }
  93
  94     try
  95     {
  96       Cache.initLogger();
  97     }
  98     catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
  99     {
 100       error.printStackTrace();
 101       System.out.println(
 102           "\nEssential logging libraries not found."
 103           + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 104       System.exit(0);
 105     }
 106
 107     Desktop desktop = null;
 108
 109     try
 110     {
 111       UIManager.setLookAndFeel(
 112           UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 113           //        UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 114           //"com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 115           //"javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 116           //"com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 117           //"com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 118
 119           );
 120     }
 121     catch (Exception ex)
 122     {}
 123     if (!headless)
 124     {
 125       desktop = new Desktop();
 126       desktop.setVisible(true);
 127       desktop.discoverer.start();
 128       String url = aparser.getValue("questionnaire");
 129       if (url != null)
 130       {
 131         // Start the desktop questionnaire prompter with the specified questionnaire
 132         Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 133         desktop.checkForQuestionnaire(url);
 134       }
 135       else
 136       {
 137         if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 138         {
 139           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified questionnaire
 140           // String defurl = "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl"; //
 141           String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 142           Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: " + defurl);
 143           desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 144
 145         }
 146       }
 147
 148     }
 149
 150     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 151     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 152
 153     file = aparser.getValue("open");
 154
 155     if (file == null && desktop == null)
 156     {
 157       System.out.println("No files to open!");
 158       System.exit(1);
 159     }
 160
 161     if (file != null)
 162     {
 163       System.out.println("Opening file: " + file);
 164
 165       if (!file.startsWith("http://"))
 166       {
 167         if (! (new java.io.File(file)).exists())
 168         {
 169           System.out.println("Can't find " + file);
 170           if (headless)
 171           {
 172             System.exit(1);
 173           }
 174         }
 175       }
 176
 177       protocol = "File";
 178
 179       if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 180       {
 181         protocol = "URL";
 182       }
 183
 184       if (file.endsWith(".jar"))
 185       {
 186         format = "Jalview";
 187       }
 188       else
 189       {
 190         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 191       }
 192
 193       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol, format);
 194
 195       if (af == null)
 196       {
 197         System.out.println("error");
 198         return;
 199       }
 200
 201       data = aparser.getValue("colour");
 202       if (data != null)
 203       {
 204         data.replaceAll("%20", " ");
 205
 206         jalview.schemes.ColourSchemeI cs =
 207             jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour(af.getViewport().
 208             getAlignment(), data);
 209
 210         if (cs == null)
 211         {
 212           jalview.schemes.UserColourScheme ucs
 213               = new jalview.schemes.UserColourScheme("white");
 214           ucs.parseAppletParameter(data);
 215           cs = ucs;
 216         }
 217
 218         System.out.println("colour is " + data);
 219         af.changeColour(cs);
 220       }
 221
 222       // Must maintain ability to use the groups flag
 223       data = aparser.getValue("groups");
 224       if (data != null)
 225       {
 226         af.parseFeaturesFile(data, protocol);
 227         System.out.println("Added " + data);
 228       }
 229       data = aparser.getValue("features");
 230       if (data != null)
 231       {
 232         af.parseFeaturesFile(data, protocol);
 233         System.out.println("Added " + data);
 234       }
 235
 236       data = aparser.getValue("annotations");
 237       if (data != null)
 238       {
 239         af.loadJalviewDataFile(data);
 240         System.out.println("Added " + data);
 241       }
 242
 243       String imageName = "unnamed.png";
 244       while (aparser.getSize() > 1)
 245       {
 246         format = aparser.nextValue();
 247         file = aparser.nextValue();
 248
 249         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 250         {
 251           af.createPNG(new java.io.File(file));
 252           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 253           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 254           continue;
 255         }
 256         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 257         {
 258           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 259           System.out.println("Creating image map: " + file);
 260           continue;
 261         }
 262         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 263         {
 264           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 265           af.createEPS(new java.io.File(file));
 266           continue;
 267         }
 268
 269         if (af.saveAlignment(file, format))
 270         {
 271           System.out.println("Written alignment in " + format +
 272                              " format to " + file);
 273         }
 274         else
 275         {
 276           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format +
 277                              " format!!");
 278         }
 279
 280       }
 281
 282       while (aparser.getSize() > 0)
 283       {
 284         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 285       }
 286     }
 287
 288     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 289     // And the user
 290     //////////////////////
 291     if (
 292         !headless
 293         && file == null
 294         && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true)
 295         )
 296     {
 297
 298       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 299                                           "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 300
 301       protocol = "File";
 302
 303       if (file.indexOf("http:") > -1)
 304       {
 305         protocol = "URL";
 306       }
 307
 308       if (file.endsWith(".jar"))
 309       {
 310         format = "Jalview";
 311       }
 312       else
 313       {
 314         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 315       }
 316
 317       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 318
 319     }
 320   }
 321 }
 322
 323 class ArgsParser
 324 {
 325   Vector vargs = null;
 326   public ArgsParser(String[] args)
 327   {
 328     vargs = new Vector();
 329     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 330     {
 331       String arg = args[i].trim();
 332       if (arg.charAt(0) == '-')
 333       {
 334         arg = arg.substring(1);
 335       }
 336       vargs.addElement(arg);
 337     }
 338   }
 339
 340   public String getValue(String arg)
 341   {
 342     int index = vargs.indexOf(arg);
 343     String ret = null;
 344     if (index != -1)
 345     {
 346       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 347       vargs.removeElementAt(index);
 348       vargs.removeElementAt(index);
 349     }
 350     return ret;
 351   }
 352
 353   public boolean contains(String arg)
 354   {
 355     if (vargs.contains(arg))
 356     {
 357       vargs.removeElement(arg);
 358       return true;
 359     }
 360     else
 361     {
 362       return false;
 363     }
 364   }
 365
 366   public String nextValue()
 367   {
 368     return vargs.remove(0).toString();
 369   }
 370
 371   public int getSize()
 372   {
 373     return vargs.size();
 374   }
 375
 376 }