src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import java.io.BufferedReader;
  22 import java.io.File;
  23 import java.io.FileOutputStream;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.io.OutputStreamWriter;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.lang.reflect.Constructor;
  28 import java.net.URL;
  29 import java.security.AllPermission;
  30 import java.security.CodeSource;
  31 import java.security.PermissionCollection;
  32 import java.security.Permissions;
  33 import java.security.Policy;
  34 import java.util.*;
  35
  36 import javax.swing.*;
  37
  38 import jalview.gui.*;
  39 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  40
  41 /**
  42  * Main class for Jalview Application <br>
  43  * <br>
  44  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  45  *
  46  * @author $author$
  47  * @version $Revision$
  48  */
  49 public class Jalview
  50 {
  51   static
  52   {
  53     // grab all the rights we can the JVM
  54     Policy.setPolicy(new Policy()
  55     {
  56       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  57       {
  58         Permissions perms = new Permissions();
  59         perms.add(new AllPermission());
  60         return (perms);
  61       }
  62
  63       public void refresh()
  64       {
  65       }
  66     });
  67   }
  68
  69   /**
  70    * main class for Jalview application
  71    *
  72    * @param args
  73    *          open <em>filename</em>
  74    */
  75   public static void main(String[] args)
  76   {
  77     System.out.println("Java version: "
  78             + System.getProperty("java.version"));
  79     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  80             + System.getProperty("os.name") + " "
  81             + System.getProperty("os.version"));
  82
  83     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
  84     boolean headless = false;
  85
  86     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
  87     {
  88       System.out
  89               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
  90                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
  91                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
  92                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
  93                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
  94                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
  95                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
  96                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
  97                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
  98                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
  99                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 100                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 101                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 102                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 103                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 104                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 105                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 106                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 107                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 108                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 109                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 110                       // +
 111                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 112                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 113                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 114                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 115                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 116                       // +
 117                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 118                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 119                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 120                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 121       System.exit(0);
 122     }
 123     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 124     // anything else!
 125     String defs = aparser.getValue("setprop");
 126     while (defs != null)
 127     {
 128       int p = defs.indexOf('=');
 129       if (p == -1)
 130       {
 131         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 132       }
 133       else
 134       {
 135         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 136         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 137         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 138         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 139       }
 140       defs = aparser.getValue("setprop");
 141     }
 142     if (aparser.contains("nodisplay"))
 143     {
 144       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 145     }
 146     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 147             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 148     {
 149       headless = true;
 150     }
 151
 152     try
 153     {
 154       Cache.initLogger();
 155     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 156     {
 157       error.printStackTrace();
 158       System.out
 159               .println("\nEssential logging libraries not found."
 160                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 161       System.exit(0);
 162     }
 163
 164     Desktop desktop = null;
 165
 166     try
 167     {
 168       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName()
 169       // UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()
 170               // "com.sun.java.swing.plaf.gtk.GTKLookAndFeel"
 171               // "javax.swing.plaf.metal.MetalLookAndFeel"
 172               // "com.sun.java.swing.plaf.windows.WindowsLookAndFeel"
 173               // "com.sun.java.swing.plaf.motif.MotifLookAndFeel"
 174
 175               );
 176     } catch (Exception ex)
 177     {
 178     }
 179     if (!headless)
 180     {
 181       desktop = new Desktop();
 182       desktop.setVisible(true);
 183       desktop.discoverer.start();
 184       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 185       {
 186         startUsageStats(desktop);
 187       }
 188       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 189       {
 190         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 191         if (url != null)
 192         {
 193           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 194           // questionnaire
 195           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 196           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 197         }
 198         else
 199         {
 200           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 201           {
 202             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 203             // questionnaire
 204             // String defurl =
 205             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 206             // //
 207             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 208             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 209                     + defurl);
 210             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 211
 212           }
 213         }
 214       }
 215     }
 216
 217     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 218     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 219     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 220     // features from
 221     // loading is done.
 222     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 223     // completed one way or another
 224     // extract groovy argument and execute if necessary
 225     groovyscript = aparser.getValue("groovy");
 226     file = aparser.getValue("open");
 227
 228     if (file == null && desktop == null)
 229     {
 230       System.out.println("No files to open!");
 231       System.exit(1);
 232     }
 233     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 234             .getValue("vsess");
 235     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 236     {
 237       if (desktop == null || headless)
 238       {
 239         System.out
 240                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 241         System.exit(1);
 242       }
 243       // if we have a file, start a new session and import it.
 244       boolean inSession = false;
 245       if (vamsasImport != null)
 246       {
 247         try
 248         {
 249           String viprotocol = Jalview.checkProtocol(vamsasImport);
 250           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 251           {
 252             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 253           }
 254           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 255           {
 256             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 257           }
 258
 259         } catch (Exception e)
 260         {
 261           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 262                   + " as a vamsas document.");
 263           e.printStackTrace();
 264         }
 265         if (!inSession)
 266         {
 267           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 268                   + " as a vamsas document.");
 269         }
 270         else
 271         {
 272           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 273                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 274         }
 275       }
 276       if (vamsasSession != null)
 277       {
 278         if (vamsasImport != null)
 279         {
 280           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 281           // remnants into the new session later on.
 282           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 283         }
 284         // now join the new session
 285         try
 286         {
 287           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 288           {
 289             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 290                     + vamsasSession);
 291           }
 292           else
 293           {
 294             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 295                     + vamsasSession);
 296           }
 297         } catch (Exception e)
 298         {
 299           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 300                   + vamsasSession);
 301           e.printStackTrace();
 302         }
 303         if (vamsasImport != null)
 304         {
 305           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 306           // session at the user's leisure.
 307           Cache.log
 308                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 309                                                                                            // enable
 310                                                                                            // this
 311                                                                                            // when
 312                                                                                            // debugged
 313           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 314         }
 315       }
 316     }
 317     // Finally, deal with the remaining input data.
 318     if (file != null)
 319     {
 320       System.out.println("Opening file: " + file);
 321
 322       if (!file.startsWith("http://"))
 323       {
 324         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 325         {
 326           System.out.println("Can't find " + file);
 327           if (headless)
 328           {
 329             System.exit(1);
 330           }
 331         }
 332       }
 333
 334       protocol = checkProtocol(file);
 335
 336       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 337
 338       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 339               format);
 340       if (af == null)
 341       {
 342         System.out.println("error");
 343         return;
 344       }
 345
 346       data = aparser.getValue("colour");
 347       if (data != null)
 348       {
 349         data.replaceAll("%20", " ");
 350
 351         jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 352                 .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 353
 354         if (cs == null)
 355         {
 356           jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 357                   "white");
 358           ucs.parseAppletParameter(data);
 359           cs = ucs;
 360         }
 361
 362         System.out.println("colour is " + data);
 363         af.changeColour(cs);
 364       }
 365
 366       // Must maintain ability to use the groups flag
 367       data = aparser.getValue("groups");
 368       if (data != null)
 369       {
 370         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 371         System.out.println("Added " + data);
 372       }
 373       data = aparser.getValue("features");
 374       if (data != null)
 375       {
 376         af.parseFeaturesFile(data, checkProtocol(data));
 377         System.out.println("Added " + data);
 378       }
 379
 380       data = aparser.getValue("annotations");
 381       if (data != null)
 382       {
 383         af.loadJalviewDataFile(data);
 384         System.out.println("Added " + data);
 385       }
 386       // set or clear the sortbytree flag.
 387       if (aparser.contains("sortbytree"))
 388       {
 389         af.getViewport().setSortByTree(true);
 390       }
 391       if (aparser.contains("nosortbytree"))
 392       {
 393         af.getViewport().setSortByTree(false);
 394       }
 395       data = aparser.getValue("tree");
 396       if (data != null)
 397       {
 398         jalview.io.NewickFile fin = null;
 399         try
 400         {
 401           fin = new jalview.io.NewickFile(data, checkProtocol(data));
 402           if (fin != null)
 403           {
 404             af.getViewport().setCurrentTree(
 405                     af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 406             System.out.println("Added tree " + data);
 407           }
 408         } catch (IOException ex)
 409         {
 410           System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 411           ex.printStackTrace(System.err);
 412         }
 413       }
 414       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 415       if (af != null && getFeatures != null)
 416       {
 417         startFeatureFetching(getFeatures);
 418         // need to block until fetching is complete.
 419         while (af.operationInProgress())
 420         {
 421           // wait around until fetching is finished.
 422           try
 423           {
 424             Thread.sleep(10);
 425           } catch (Exception e)
 426           {
 427
 428           }
 429         }
 430       }
 431       if (groovyscript != null)
 432       {
 433         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 434         // and before any images or figures are generated.
 435         if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 436         {
 437           System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 438           executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 439         }
 440         else
 441         {
 442           System.err
 443                   .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 444                           + groovyscript);
 445         }
 446         groovyscript = null;
 447       }
 448       String imageName = "unnamed.png";
 449       while (aparser.getSize() > 1)
 450       {
 451         format = aparser.nextValue();
 452         file = aparser.nextValue();
 453
 454         if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 455         {
 456           af.createPNG(new java.io.File(file));
 457           imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 458           System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 459           continue;
 460         }
 461         else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 462         {
 463           af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 464           System.out.println("Creating image map: " + file);
 465           continue;
 466         }
 467         else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 468         {
 469           System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 470           af.createEPS(new java.io.File(file));
 471           continue;
 472         }
 473
 474         if (af.saveAlignment(file, format))
 475         {
 476           System.out.println("Written alignment in " + format
 477                   + " format to " + file);
 478         }
 479         else
 480         {
 481           System.out.println("Error writing file " + file + " in " + format
 482                   + " format!!");
 483         }
 484
 485       }
 486
 487       while (aparser.getSize() > 0)
 488       {
 489         System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 490       }
 491     }
 492     AlignFrame startUpAlframe = null;
 493     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 494     // And the user
 495     // ////////////////////
 496     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 497             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true))
 498     {
 499       file = jalview.bin.Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 500               "http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar");
 501
 502       protocol = "File";
 503
 504       if (file.indexOf("http:") > -1)
 505       {
 506         protocol = "URL";
 507       }
 508
 509       if (file.endsWith(".jar"))
 510       {
 511         format = "Jalview";
 512       }
 513       else
 514       {
 515         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 516       }
 517
 518       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 519               format);
 520       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 521       // extract groovy arguments before anything else.
 522     }
 523     // Once all loading is done. Retrieve features.
 524     if (getFeatures != null)
 525     {
 526       if (startUpAlframe != null)
 527       {
 528         startFeatureFetching(getFeatures);
 529       }
 530     }
 531     if (groovyscript != null)
 532     {
 533       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 534       {
 535         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 536         executeGroovyScript(groovyscript, desktop);
 537       }
 538       else
 539       {
 540         System.err
 541                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 542                         + groovyscript);
 543       }
 544     }
 545
 546     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 547   }
 548
 549   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 550   {
 551     /**
 552      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 553      */
 554     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 555             desktop.desktop,
 556             "USAGESTATS",
 557             "Jalview Usage Statistics",
 558             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 559             +"the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 560             +"\n\n(if you press cancel, you will be asked again next time)",
 561             new Runnable()
 562             {
 563               public void run()
 564               {
 565                 Cache.log
 566                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 567                 Cache.initGoogleTracker();
 568                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 569               }
 570             }, new Runnable()
 571             {
 572               public void run()
 573               {
 574                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 575               }
 576             }, null, true);
 577     SwingUtilities.invokeLater(prompter);
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 582    *
 583    * @param groovyscript
 584    *          the script to execute
 585    * @param jalviewContext
 586    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 587    *          'Jalview' object.
 588    */
 589   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 590           Object jalviewContext)
 591   {
 592     if (jalviewContext == null)
 593     {
 594       System.err
 595               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 596     }
 597     File sfile = null;
 598     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 599     {
 600       // read from stdin into a tempfile and execute it
 601       try
 602       {
 603         sfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 604         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 605                 new FileOutputStream(sfile)));
 606         BufferedReader br = new BufferedReader(
 607                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 608         String line = null;
 609         while ((line = br.readLine()) != null)
 610         {
 611           outfile.write(line + "\n");
 612         }
 613         br.close();
 614         outfile.flush();
 615         outfile.close();
 616
 617       } catch (Exception ex)
 618       {
 619         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 620                 + ((sfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : sfile
 621                         .toString()));
 622         ex.printStackTrace();
 623         return;
 624       }
 625     }
 626     else
 627     {
 628       sfile = new File(groovyscript);
 629     }
 630     if (!sfile.exists())
 631     {
 632       System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 633       return;
 634     }
 635     if (!sfile.canRead())
 636     {
 637       System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 638       return;
 639     }
 640     if (sfile.length() < 1)
 641     {
 642       System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 643       return;
 644     }
 645     boolean success = false;
 646     try
 647     {
 648       /*
 649        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 650        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 651        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 652        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 653        *
 654        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 655        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 656        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 657        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 658        */
 659       ClassLoader cl = jalviewContext.getClass().getClassLoader();
 660       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 661       Constructor gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 662       Object gbinding = gbcons.newInstance(null);
 663       java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod("setVariable",
 664               new Class[]
 665               { String.class, Object.class });
 666       setvar.invoke(gbinding, new Object[]
 667       { "Jalview", jalviewContext });
 668       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 669       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 670       { URL[].class }); // String[].class });
 671       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 672       { new URL[]
 673       { sfile.toURL() } }); // .toString() } });
 674       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 675       { String.class, gbindingc });
 676       run.invoke(gse, new Object[]
 677       { sfile.getName(), gbinding });
 678       success = true;
 679     } catch (Exception e)
 680     {
 681       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 682               + " as a groovy script.");
 683       e.printStackTrace(System.err);
 684
 685     }
 686     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 687     {
 688       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 689       // executed
 690       sfile.delete();
 691     }
 692   }
 693
 694   /**
 695    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 696    *
 697    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 698    */
 699   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 700   {
 701     Vector source = null;
 702     String data;
 703     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 704     while ((data = aparser.getValue("dasserver")) != null)
 705     {
 706       String nickname = null;
 707       String url = null;
 708       boolean seq = false, feat = true;
 709       int pos = data.indexOf('=');
 710       // determine capabilities
 711       if (pos > 0)
 712       {
 713         nickname = data.substring(0, pos);
 714       }
 715       url = data.substring(pos + 1);
 716       if (url != null
 717               && (url.startsWith("http:") || url
 718                       .startsWith("sequence:http:")))
 719       {
 720         if (nickname == null)
 721         {
 722           nickname = url;
 723         }
 724         if (locsources == null)
 725         {
 726           locsources = "";
 727         }
 728         else
 729         {
 730           locsources += "\t";
 731         }
 732         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 733         System.err
 734                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 735                         + nickname + "|" + url);
 736         if (source == null)
 737         {
 738           source = new Vector();
 739         }
 740         source.addElement(nickname);
 741       }
 742     } // loop until no more server entries are found.
 743     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 744     {
 745       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 746               + locsources);
 747       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 748     }
 749     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom")) != null)
 750     {
 751       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 752       if (source == null)
 753       {
 754         source = new Vector();
 755       }
 756       source.addElement(data);
 757     }
 758     return source;
 759   }
 760
 761   /**
 762    * start a feature fetcher for every alignment frame
 763    *
 764    * @param dasSources
 765    */
 766   private static void startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 767   {
 768     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 769     if (afs == null || afs.length == 0)
 770     {
 771       return;
 772     }
 773     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 774     {
 775       final AlignFrame af = afs[i];
 776       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 777       {
 778
 779         public void run()
 780         {
 781           af.featureSettings_actionPerformed(null);
 782           af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources);
 783         }
 784       });
 785     }
 786   }
 787
 788   private static String checkProtocol(String file)
 789   {
 790     String protocol = jalview.io.FormatAdapter.FILE;
 791
 792     if (file.indexOf("http:") > -1 || file.indexOf("file:") > -1)
 793     {
 794       protocol = jalview.io.FormatAdapter.URL;
 795     }
 796     return protocol;
 797   }
 798 }
 799
 800 /**
 801  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 802  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 803  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 804  * prefixing it).
 805  *
 806  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 807  *
 808  */
 809 class ArgsParser
 810 {
 811   Vector vargs = null;
 812
 813   public ArgsParser(String[] args)
 814   {
 815     vargs = new Vector();
 816     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 817     {
 818       String arg = args[i].trim();
 819       if (arg.charAt(0) == '-')
 820       {
 821         arg = arg.substring(1);
 822       }
 823       vargs.addElement(arg);
 824     }
 825   }
 826
 827   /**
 828    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 829    *
 830    * @param arg
 831    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 832    */
 833   public String getValue(String arg)
 834   {
 835     int index = vargs.indexOf(arg);
 836     String ret = null;
 837     if (index != -1)
 838     {
 839       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 840       vargs.removeElementAt(index);
 841       vargs.removeElementAt(index);
 842     }
 843     return ret;
 844   }
 845
 846   /**
 847    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 848    *
 849    * @param arg
 850    * @return true if arg was present in argslist.
 851    */
 852   public boolean contains(String arg)
 853   {
 854     if (vargs.contains(arg))
 855     {
 856       vargs.removeElement(arg);
 857       return true;
 858     }
 859     else
 860     {
 861       return false;
 862     }
 863   }
 864
 865   public String nextValue()
 866   {
 867     return vargs.remove(0).toString();
 868   }
 869
 870   public int getSize()
 871   {
 872     return vargs.size();
 873   }
 874
 875 }