src/jalview/bin/Jalview.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import java.awt.FlowLayout;
  21 import java.awt.Frame;
  22 import java.awt.event.ActionEvent;
  23 import java.awt.event.ActionListener;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.File;
  26 import java.io.FileOutputStream;
  27 import java.io.IOException;
  28 import java.io.OutputStreamWriter;
  29 import java.io.PrintWriter;
  30 import java.lang.reflect.Constructor;
  31 import java.net.URI;
  32 import java.net.URL;
  33 import java.net.URLDecoder;
  34 import java.security.AllPermission;
  35 import java.security.CodeSource;
  36 import java.security.PermissionCollection;
  37 import java.security.Permissions;
  38 import java.security.Policy;
  39 import java.util.*;
  40
  41 import javax.swing.*;
  42
  43 import jalview.gui.*;
  44 import jalview.util.Platform;
  45
  46 /**
  47  * Main class for Jalview Application <br>
  48  * <br>
  49  * start with java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class Jalview
  55 {
  56   static
  57   {
  58     // grab all the rights we can the JVM
  59     Policy.setPolicy(new Policy()
  60     {
  61       public PermissionCollection getPermissions(CodeSource codesource)
  62       {
  63         Permissions perms = new Permissions();
  64         perms.add(new AllPermission());
  65         return (perms);
  66       }
  67
  68       public void refresh()
  69       {
  70       }
  71     });
  72   }
  73   /**
  74    * Put protein=true for get a protein example
  75    */
  76   private static boolean protein=false;
  77
  78
  79   /**
  80    * main class for Jalview application
  81    *
  82    * @param args
  83    *          open <em>filename</em>
  84    */
  85   public static void main(String[] args)
  86   {
  87     System.out.println("Java version: "
  88             + System.getProperty("java.version"));
  89     System.out.println(System.getProperty("os.arch") + " "
  90             + System.getProperty("os.name") + " "
  91             + System.getProperty("os.version"));
  92     if (new Platform().isAMac())
  93     {
  94       System.setProperty("com.apple.mrj.application.apple.menu.about.name",
  95               "Jalview");
  96       System.setProperty("apple.laf.useScreenMenuBar", "true");
  97     }
  98
  99     ArgsParser aparser = new ArgsParser(args);
 100     boolean headless = false;
 101
 102     if (aparser.contains("help") || aparser.contains("h"))
 103     {
 104       System.out
 105               .println("Usage: jalview -open [FILE] [OUTPUT_FORMAT] [OUTPUT_FILE]\n\n"
 106                       + "-nodisplay\tRun Jalview without User Interface.\n"
 107                       + "-props FILE\tUse the given Jalview properties file instead of users default.\n"
 108                       + "-colour COLOURSCHEME\tThe colourscheme to be applied to the alignment\n"
 109                       + "-annotations FILE\tAdd precalculated annotations to the alignment.\n"
 110                       + "-tree FILE\tLoad the given newick format tree file onto the alignment\n"
 111                       + "-features FILE\tUse the given file to mark features on the alignment.\n"
 112                       + "-fasta FILE\tCreate alignment file FILE in Fasta format.\n"
 113                       + "-clustal FILE\tCreate alignment file FILE in Clustal format.\n"
 114                       + "-pfam FILE\tCreate alignment file FILE in PFAM format.\n"
 115                       + "-msf FILE\tCreate alignment file FILE in MSF format.\n"
 116                       + "-pileup FILE\tCreate alignment file FILE in Pileup format\n"
 117                       + "-pir FILE\tCreate alignment file FILE in PIR format.\n"
 118                       + "-blc FILE\tCreate alignment file FILE in BLC format.\n"
 119                       + "-jalview FILE\tCreate alignment file FILE in Jalview format.\n"
 120                       + "-png FILE\tCreate PNG image FILE from alignment.\n"
 121                       + "-imgMap FILE\tCreate HTML file FILE with image map of PNG image.\n"
 122                       + "-eps FILE\tCreate EPS file FILE from alignment.\n"
 123                       + "-questionnaire URL\tQueries the given URL for information about any Jalview user questionnaires.\n"
 124                       + "-noquestionnaire\tTurn off questionnaire check.\n"
 125                       + "-nousagestats\tTurn off google analytics tracking for this session.\n"
 126                       + "-sortbytree OR -nosortbytree\tEnable or disable sorting of the given alignment by the given tree\n"
 127                       // +
 128                       // "-setprop PROPERTY=VALUE\tSet the given Jalview property, after all other properties files have been read\n\t (quote the 'PROPERTY=VALUE' pair to ensure spaces are passed in correctly)"
 129                       + "-dasserver nickname=URL\tAdd and enable a das server with given nickname\n\t\t\t(alphanumeric or underscores only) for retrieval of features for all alignments.\n"
 130                       + "\t\t\tSources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with sequence:\n"
 131                       + "\t\t\t e.g. sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source)\n"
 132                       + "-fetchfrom nickname\tQuery nickname for features for the alignments and display them.\n"
 133                       // +
 134                       // "-vdoc vamsas-document\tImport vamsas document into new session or join existing session with same URN\n"
 135                       // + "-vses vamsas-session\tJoin session with given URN\n"
 136                       + "-groovy FILE\tExecute groovy script in FILE, after all other arguments have been processed (if FILE is the text 'STDIN' then the file will be read from STDIN)\n"
 137                       + "\n~Read documentation in Application or visit http://www.jalview.org for description of Features and Annotations file~\n\n");
 138       System.exit(0);
 139     }
 140     if (aparser.contains("nodisplay") || aparser.contains("nogui") || aparser.contains("headless"))
 141     {
 142       System.setProperty("java.awt.headless", "true");
 143       headless=true;
 144     }
 145     Cache.loadProperties(aparser.getValue("props")); // must do this before
 146     // anything else!
 147     String defs = aparser.getValue("setprop");
 148     while (defs != null)
 149     {
 150       int p = defs.indexOf('=');
 151       if (p == -1)
 152       {
 153         System.err.println("Ignoring invalid setprop argument : " + defs);
 154       }
 155       else
 156       {
 157         System.out.println("Executing setprop argument: " + defs);
 158         // DISABLED FOR SECURITY REASONS
 159         // TODO: add a property to allow properties to be overriden by cli args
 160         // Cache.setProperty(defs.substring(0,p), defs.substring(p+1));
 161       }
 162       defs = aparser.getValue("setprop");
 163     }
 164     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 165             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 166     {
 167       headless = true;
 168     }
 169     System.setProperty("http.agent", "Jalview Desktop/"+Cache.getDefault("VERSION", "Unknown"));
 170     try
 171     {
 172       Cache.initLogger();
 173     } catch (java.lang.NoClassDefFoundError error)
 174     {
 175       error.printStackTrace();
 176       System.out
 177               .println("\nEssential logging libraries not found."
 178                       + "\nUse: java -Djava.ext.dirs=$PATH_TO_LIB$ jalview.bin.Jalview");
 179       System.exit(0);
 180     }
 181
 182     Desktop desktop = null;
 183
 184     try
 185     {
 186       UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
 187     } catch (Exception ex)
 188     {
 189     }
 190
 191     if (!headless)
 192     {
 193       desktop = new Desktop();
 194       desktop.setInBatchMode(true); // indicate we are starting up
 195       desktop.setVisible(true);
 196       desktop.startServiceDiscovery();
 197       if (!aparser.contains("nousagestats"))
 198       {
 199         startUsageStats(desktop);
 200       }
 201       if (!aparser.contains("noquestionnaire"))
 202       {
 203         String url = aparser.getValue("questionnaire");
 204         if (url != null)
 205         {
 206           // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 207           // questionnaire
 208           Cache.log.debug("Starting questionnaire url at " + url);
 209           desktop.checkForQuestionnaire(url);
 210         }
 211         else
 212         {
 213           if (Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null)
 214           {
 215             // Start the desktop questionnaire prompter with the specified
 216             // questionnaire
 217             // String defurl =
 218             // "http://anaplog.compbio.dundee.ac.uk/cgi-bin/questionnaire.pl";
 219             // //
 220             String defurl = "http://www.jalview.org/cgi-bin/questionnaire.pl";
 221             Cache.log.debug("Starting questionnaire with default url: "
 222                     + defurl);
 223             desktop.checkForQuestionnaire(defurl);
 224
 225           }
 226         }
 227       }
 228       desktop.checkForNews();
 229     }
 230
 231     String file = null, protocol = null, format = null, data = null;
 232     jalview.io.FileLoader fileLoader = new jalview.io.FileLoader();
 233     Vector getFeatures = null; // vector of das source nicknames to fetch
 234     // features from
 235     // loading is done.
 236     String groovyscript = null; // script to execute after all loading is
 237     // completed one way or another
 238     // extract groovy argument and execute if necessary
 239     groovyscript = aparser.getValue("groovy", true);
 240     file = aparser.getValue("open", true);
 241
 242     if (file == null && desktop == null)
 243     {
 244       System.out.println("No files to open!");
 245       System.exit(1);
 246     }
 247     String vamsasImport = aparser.getValue("vdoc"), vamsasSession = aparser
 248             .getValue("vsess");
 249     if (vamsasImport != null || vamsasSession != null)
 250     {
 251       if (desktop == null || headless)
 252       {
 253         System.out
 254                 .println("Headless vamsas sessions not yet supported. Sorry.");
 255         System.exit(1);
 256       }
 257       // if we have a file, start a new session and import it.
 258       boolean inSession = false;
 259       if (vamsasImport != null)
 260       {
 261         try
 262         {
 263           String viprotocol = jalview.io.AppletFormatAdapter
 264                   .checkProtocol(vamsasImport);
 265           if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.FILE)
 266           {
 267             inSession = desktop.vamsasImport(new File(vamsasImport));
 268           }
 269           else if (viprotocol == jalview.io.FormatAdapter.URL)
 270           {
 271             inSession = desktop.vamsasImport(new URL(vamsasImport));
 272           }
 273
 274         } catch (Exception e)
 275         {
 276           System.err.println("Exeption when importing " + vamsasImport
 277                   + " as a vamsas document.");
 278           e.printStackTrace();
 279         }
 280         if (!inSession)
 281         {
 282           System.err.println("Failed to import " + vamsasImport
 283                   + " as a vamsas document.");
 284         }
 285         else
 286         {
 287           System.out.println("Imported Successfully into new session "
 288                   + desktop.getVamsasApplication().getCurrentSession());
 289         }
 290       }
 291       if (vamsasSession != null)
 292       {
 293         if (vamsasImport != null)
 294         {
 295           // close the newly imported session and import the Jalview specific
 296           // remnants into the new session later on.
 297           desktop.vamsasStop_actionPerformed(null);
 298         }
 299         // now join the new session
 300         try
 301         {
 302           if (desktop.joinVamsasSession(vamsasSession))
 303           {
 304             System.out.println("Successfully joined vamsas session "
 305                     + vamsasSession);
 306           }
 307           else
 308           {
 309             System.err.println("WARNING: Failed to join vamsas session "
 310                     + vamsasSession);
 311           }
 312         } catch (Exception e)
 313         {
 314           System.err.println("ERROR: Failed to join vamsas session "
 315                   + vamsasSession);
 316           e.printStackTrace();
 317         }
 318         if (vamsasImport != null)
 319         {
 320           // the Jalview specific remnants can now be imported into the new
 321           // session at the user's leisure.
 322           Cache.log
 323                   .info("Skipping Push for import of data into existing vamsas session."); // TODO:
 324           // enable
 325           // this
 326           // when
 327           // debugged
 328           // desktop.getVamsasApplication().push_update();
 329         }
 330       }
 331     }
 332     long progress = -1;
 333     // Finally, deal with the remaining input data.
 334     if (file != null)
 335     {
 336       if (!headless)
 337       {
 338         desktop.setProgressBar("Processing commandline arguments...",
 339                 progress = System.currentTimeMillis());
 340       }
 341       System.out.println("Opening file: " + file);
 342
 343       if (!file.startsWith("http://"))
 344       {
 345         if (!(new java.io.File(file)).exists())
 346         {
 347           System.out.println("Can't find " + file);
 348           if (headless)
 349           {
 350             System.exit(1);
 351           }
 352         }
 353       }
 354
 355       protocol = jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(file);
 356
 357       format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 358
 359       AlignFrame af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 360               format);
 361       if (af == null)
 362       {
 363         System.out.println("error");
 364       }
 365       else
 366       {
 367
 368         data = aparser.getValue("colour", true);
 369         if (data != null)
 370         {
 371           data.replaceAll("%20", " ");
 372
 373           jalview.schemes.ColourSchemeI cs = jalview.schemes.ColourSchemeProperty
 374                   .getColour(af.getViewport().getAlignment(), data);
 375
 376           if (cs == null)
 377           {
 378             jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(
 379                     "white");
 380             ucs.parseAppletParameter(data);
 381             cs = ucs;
 382           }
 383
 384           System.out.println("colour is " + data);
 385           af.changeColour(cs);
 386         }
 387
 388         // Must maintain ability to use the groups flag
 389         data = aparser.getValue("groups", true);
 390         if (data != null)
 391         {
 392           af.parseFeaturesFile(data,
 393                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 394           System.out.println("Added " + data);
 395         }
 396         data = aparser.getValue("features", true);
 397         if (data != null)
 398         {
 399           af.parseFeaturesFile(data,
 400                   jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 401           System.out.println("Added " + data);
 402         }
 403
 404         data = aparser.getValue("annotations", true);
 405         if (data != null)
 406         {
 407           af.loadJalviewDataFile(data, null, null, null);
 408           System.out.println("Added " + data);
 409         }
 410         // set or clear the sortbytree flag.
 411         if (aparser.contains("sortbytree"))
 412         {
 413           af.getViewport().setSortByTree(true);
 414         }
 415         if (aparser.contains("nosortbytree"))
 416         {
 417           af.getViewport().setSortByTree(false);
 418         }
 419         data = aparser.getValue("tree", true);
 420         if (data != null)
 421         {
 422           jalview.io.NewickFile fin = null;
 423           try
 424           {
 425             fin = new jalview.io.NewickFile(data,
 426                     jalview.io.AppletFormatAdapter.checkProtocol(data));
 427             if (fin != null)
 428             {
 429               af.getViewport().setCurrentTree(
 430                       af.ShowNewickTree(fin, data).getTree());
 431               System.out.println("Added tree " + data);
 432             }
 433           } catch (IOException ex)
 434           {
 435             System.err.println("Couldn't add tree " + data);
 436             ex.printStackTrace(System.err);
 437           }
 438         }
 439         // TODO - load PDB structure(s) to alignment JAL-629
 440         // (associate with identical sequence in alignment, or a specified
 441         // sequence)
 442
 443         getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 444         if (af != null && getFeatures != null)
 445         {
 446           FeatureFetcher ff = startFeatureFetching(getFeatures);
 447           if (ff != null)
 448             while (!ff.allFinished() || af.operationInProgress())
 449             {
 450               // wait around until fetching is finished.
 451               try
 452               {
 453                 Thread.sleep(100);
 454               } catch (Exception e)
 455               {
 456
 457               }
 458             }
 459           getFeatures = null; // have retrieved features - forget them now.
 460         }
 461         if (groovyscript != null)
 462         {
 463           // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 464           // and before any images or figures are generated.
 465           if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 466           {
 467             System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 468             executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 469             { desktop, af });
 470           }
 471           else
 472           {
 473             System.err
 474                     .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 475                             + groovyscript);
 476           }
 477           groovyscript = null;
 478         }
 479         String imageName = "unnamed.png";
 480         while (aparser.getSize() > 1)
 481         {
 482           format = aparser.nextValue();
 483           file = aparser.nextValue();
 484
 485           if (format.equalsIgnoreCase("png"))
 486           {
 487             af.createPNG(new java.io.File(file));
 488             imageName = (new java.io.File(file)).getName();
 489             System.out.println("Creating PNG image: " + file);
 490             continue;
 491           }
 492           else if (format.equalsIgnoreCase("imgMap"))
 493           {
 494             af.createImageMap(new java.io.File(file), imageName);
 495             System.out.println("Creating image map: " + file);
 496             continue;
 497           }
 498           else if (format.equalsIgnoreCase("eps"))
 499           {
 500             System.out.println("Creating EPS file: " + file);
 501             af.createEPS(new java.io.File(file));
 502             continue;
 503           }
 504
 505           if (af.saveAlignment(file, format))
 506           {
 507             System.out.println("Written alignment in " + format
 508                     + " format to " + file);
 509           }
 510           else
 511           {
 512             System.out.println("Error writing file " + file + " in "
 513                     + format + " format!!");
 514           }
 515
 516         }
 517
 518         while (aparser.getSize() > 0)
 519         {
 520           System.out.println("Unknown arg: " + aparser.nextValue());
 521         }
 522       }
 523     }
 524     AlignFrame startUpAlframe = null;
 525     // We'll only open the default file if the desktop is visible.
 526     // And the user
 527     // ////////////////////
 528
 529
 530
 531
 532
 533
 534
 535     if (!headless && file == null && vamsasImport == null
 536             && jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true) && protein == true)
 537     {
 538       file = jalview.bin.Cache.getDefault(
 539               "STARTUP_FILE",
 540               jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
 541                       "http://www.jalview.org")
 542                       + "/examples/exampleFile_2_7.jar");
 543       if (file.equals("http://www.jalview.org/examples/exampleFile_2_3.jar"))
 544       {
 545         // hardwire upgrade of the startup file
 546         file.replace("_2_3.jar", "_2_7.jar");
 547         // and remove the stale setting
 548         jalview.bin.Cache.removeProperty("STARTUP_FILE");
 549       }
 550
 551       protocol = "File";
 552
 553       if (file.indexOf("http:") > -1)
 554       {
 555         protocol = "URL";
 556       }
 557
 558       if (file.endsWith(".jar"))
 559       {
 560         format = "Jalview";
 561       }
 562       else
 563       {
 564         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 565       }
 566
 567       startUpAlframe = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(file, protocol,
 568               format);
 569       getFeatures = checkDasArguments(aparser);
 570       // extract groovy arguments before anything else.
 571     }
 572     // If the user has specified features to be retrieved,
 573     // or a groovy script to be executed, do them if they
 574     // haven't been done already
 575     // fetch features for the default alignment
 576     if (getFeatures != null)
 577     {
 578       if (startUpAlframe != null)
 579       {
 580         startFeatureFetching(getFeatures);
 581       }
 582     }
 583     // Once all other stuff is done, execute any groovy scripts (in order)
 584     if (groovyscript != null)
 585     {
 586       if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
 587       {
 588         System.out.println("Executing script " + groovyscript);
 589         executeGroovyScript(groovyscript, new Object[]
 590         { desktop, startUpAlframe });
 591       }
 592       else
 593       {
 594         System.err
 595                 .println("Sorry. Groovy Support is not available, so ignoring the provided groovy script "
 596                         + groovyscript);
 597       }
 598     }
 599     // and finally, turn off batch mode indicator - if the desktop still exists
 600     if (desktop != null)
 601     {
 602       if (progress != -1)
 603       {
 604         desktop.setProgressBar(null, progress);
 605       }
 606       desktop.setInBatchMode(false);
 607     }
 608   }
 609
 610
 611   private static void startUsageStats(final Desktop desktop)
 612   {
 613     /**
 614      * start a User Config prompt asking if we can log usage statistics.
 615      */
 616     jalview.gui.PromptUserConfig prompter = new jalview.gui.PromptUserConfig(
 617             desktop.desktop,
 618             "USAGESTATS",
 619             "Jalview Usage Statistics",
 620             "Do you want to help make Jalview better by enabling "
 621                     + "the collection of usage statistics with Google Analytics ?"
 622                     + "\n\n(you can enable or disable usage tracking in the preferences)",
 623             new Runnable()
 624             {
 625               public void run()
 626               {
 627                 Cache.log
 628                         .info("Initialising googletracker for usage stats.");
 629                 Cache.initGoogleTracker();
 630                 Cache.log.debug("Tracking enabled.");
 631               }
 632             }, new Runnable()
 633             {
 634               public void run()
 635               {
 636                 Cache.log.info("Not enabling Google Tracking.");
 637               }
 638             }, null, true);
 639     desktop.addDialogThread(prompter);
 640   }
 641
 642   /**
 643    * Locate the given string as a file and pass it to the groovy interpreter.
 644    *
 645    * @param groovyscript
 646    *          the script to execute
 647    * @param jalviewContext
 648    *          the Jalview Desktop object passed in to the groovy binding as the
 649    *          'Jalview' object.
 650    */
 651   private static void executeGroovyScript(String groovyscript,
 652           Object[] jalviewContext)
 653   {
 654     if (jalviewContext == null)
 655     {
 656       System.err
 657               .println("Sorry. Groovy support is currently only available when running with the Jalview GUI enabled.");
 658     }
 659     /**
 660      * for scripts contained in files
 661      */
 662     File tfile = null;
 663     /**
 664      * script's URI
 665      */
 666     URL sfile = null;
 667     if (groovyscript.trim().equals("STDIN"))
 668     {
 669       // read from stdin into a tempfile and execute it
 670       try
 671       {
 672         tfile = File.createTempFile("jalview", "groovy");
 673         PrintWriter outfile = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 674                 new FileOutputStream(tfile)));
 675         BufferedReader br = new BufferedReader(
 676                 new java.io.InputStreamReader(System.in));
 677         String line = null;
 678         while ((line = br.readLine()) != null)
 679         {
 680           outfile.write(line + "\n");
 681         }
 682         br.close();
 683         outfile.flush();
 684         outfile.close();
 685
 686       } catch (Exception ex)
 687       {
 688         System.err.println("Failed to read from STDIN into tempfile "
 689                 + ((tfile == null) ? "(tempfile wasn't created)" : tfile
 690                         .toString()));
 691         ex.printStackTrace();
 692         return;
 693       }
 694       try
 695       {
 696         sfile = tfile.toURI().toURL();
 697       } catch (Exception x)
 698       {
 699         System.err
 700                 .println("Unexpected Malformed URL Exception for temporary file created from STDIN: "
 701                         + tfile.toURI());
 702         x.printStackTrace();
 703         return;
 704       }
 705     }
 706     else
 707     {
 708       try
 709       {
 710         sfile = new URI(groovyscript).toURL();
 711       } catch (Exception x)
 712       {
 713         tfile = new File(groovyscript);
 714         if (!tfile.exists())
 715         {
 716           System.err.println("File '" + groovyscript + "' does not exist.");
 717           return;
 718         }
 719         if (!tfile.canRead())
 720         {
 721           System.err.println("File '" + groovyscript + "' cannot be read.");
 722           return;
 723         }
 724         if (tfile.length() < 1)
 725         {
 726           System.err.println("File '" + groovyscript + "' is empty.");
 727           return;
 728         }
 729         try
 730         {
 731           sfile = tfile.getAbsoluteFile().toURI().toURL();
 732         } catch (Exception ex)
 733         {
 734           System.err.println("Failed to create a file URL for "
 735                   + tfile.getAbsoluteFile());
 736           return;
 737         }
 738       }
 739     }
 740     boolean success = false;
 741     try
 742     {
 743       /*
 744        * The following code performs the GroovyScriptEngine invocation using
 745        * reflection, and is equivalent to this fragment from the embedding
 746        * groovy documentation on the groovy site: <code> import
 747        * groovy.lang.Binding; import groovy.util.GroovyScriptEngine;
 748        *
 749        * String[] roots = new String[] { "/my/groovy/script/path" };
 750        * GroovyScriptEngine gse = new GroovyScriptEngine(roots); Binding binding
 751        * = new Binding(); binding.setVariable("input", "world");
 752        * gse.run("hello.groovy", binding); </code>
 753        */
 754       Class[] bspec;
 755       Object[] binding;
 756       int blen = ((jalviewContext[0] == null) ? 0 : 1)
 757               + ((jalviewContext[1] == null) ? 0 : 1);
 758       String cnames[] = new String[]
 759       { "Jalview", "currentAlFrame" };
 760       bspec = new Class[blen * 2];
 761       binding = new Object[blen * 2];
 762       blen = 0;
 763       ClassLoader cl = null;
 764       Map vbinding = new Hashtable();
 765       for (int jc = 0; jc < jalviewContext.length; jc++)
 766       {
 767         if (jalviewContext[jc] != null)
 768         {
 769           if (cl == null)
 770           {
 771             cl = jalviewContext[jc].getClass().getClassLoader();
 772           }
 773           bspec[blen * 2] = String.class;
 774           bspec[blen * 2 + 1] = Object.class;
 775           binding[blen * 2] = cnames[jc];
 776           binding[blen * 2 + 1] = jalviewContext[jc];
 777           vbinding.put(cnames[jc], jalviewContext[jc]);
 778           blen++;
 779         }
 780       }
 781       Class gbindingc = cl.loadClass("groovy.lang.Binding");
 782       Constructor gbcons;
 783       Object gbinding;
 784       try
 785       {
 786         gbcons = gbindingc.getConstructor(Map.class);
 787         gbinding = gbcons.newInstance(vbinding);
 788       } catch (NoSuchMethodException x)
 789       {
 790         // old style binding config - using series of string/object values to
 791         // setVariable.
 792         gbcons = gbindingc.getConstructor(null);
 793         gbinding = gbcons.newInstance(null);
 794         java.lang.reflect.Method setvar = gbindingc.getMethod(
 795                 "setVariable", bspec);
 796         setvar.invoke(gbinding, binding);
 797       }
 798       ;
 799       Class gsec = cl.loadClass("groovy.util.GroovyScriptEngine");
 800       Constructor gseccons = gsec.getConstructor(new Class[]
 801       { URL[].class }); // String[].class });
 802       Object gse = gseccons.newInstance(new Object[]
 803       { new URL[]
 804       { sfile } }); // .toString() } });
 805       java.lang.reflect.Method run = gsec.getMethod("run", new Class[]
 806       { String.class, gbindingc });
 807       run.invoke(gse, new Object[]
 808       { sfile.toString(), gbinding });
 809       success = true;
 810     } catch (Exception e)
 811     {
 812       System.err.println("Exception Whilst trying to execute file " + sfile
 813               + " as a groovy script.");
 814       e.printStackTrace(System.err);
 815
 816     }
 817     if (success && groovyscript.equals("STDIN"))
 818     {
 819       // delete temp file that we made - but only if it was successfully
 820       // executed
 821       tfile.delete();
 822     }
 823   }
 824
 825   /**
 826    * Check commandline for any das server definitions or any fetchfrom switches
 827    *
 828    * @return vector of DAS source nicknames to retrieve from
 829    */
 830   private static Vector checkDasArguments(ArgsParser aparser)
 831   {
 832     Vector source = null;
 833     String data;
 834     String locsources = Cache.getProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE);
 835     while ((data = aparser.getValue("dasserver", true)) != null)
 836     {
 837       String nickname = null;
 838       String url = null;
 839       boolean seq = false, feat = true;
 840       int pos = data.indexOf('=');
 841       // determine capabilities
 842       if (pos > 0)
 843       {
 844         nickname = data.substring(0, pos);
 845       }
 846       url = data.substring(pos + 1);
 847       if (url != null
 848               && (url.startsWith("http:") || url
 849                       .startsWith("sequence:http:")))
 850       {
 851         if (nickname == null)
 852         {
 853           nickname = url;
 854         }
 855         if (locsources == null)
 856         {
 857           locsources = "";
 858         }
 859         else
 860         {
 861           locsources += "\t";
 862         }
 863         locsources = locsources + nickname + "|" + url;
 864         System.err
 865                 .println("NOTE! dasserver parameter not yet really supported (got args of "
 866                         + nickname + "|" + url);
 867         if (source == null)
 868         {
 869           source = new Vector();
 870         }
 871         source.addElement(nickname);
 872       }
 873     } // loop until no more server entries are found.
 874     if (locsources != null && locsources.indexOf('|') > -1)
 875     {
 876       Cache.log.debug("Setting local source list in properties file to:\n"
 877               + locsources);
 878       Cache.setProperty(Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, locsources);
 879     }
 880     while ((data = aparser.getValue("fetchfrom", true)) != null)
 881     {
 882       System.out.println("adding source '" + data + "'");
 883       if (source == null)
 884       {
 885         source = new Vector();
 886       }
 887       source.addElement(data);
 888     }
 889     return source;
 890   }
 891
 892   /**
 893    * start a feature fetcher for every alignment frame
 894    *
 895    * @param dasSources
 896    */
 897   private static FeatureFetcher startFeatureFetching(final Vector dasSources)
 898   {
 899     FeatureFetcher ff = new FeatureFetcher();
 900     AlignFrame afs[] = Desktop.getAlignframes();
 901     if (afs == null || afs.length == 0)
 902     {
 903       return null;
 904     }
 905     for (int i = 0; i < afs.length; i++)
 906     {
 907       ff.addFetcher(afs[i], dasSources);
 908     }
 909     return ff;
 910   }
 911 }
 912
 913 /**
 914  * Notes: this argParser does not distinguish between parameter switches,
 915  * parameter values and argument text. If an argument happens to be identical to
 916  * a parameter, it will be taken as such (even though it didn't have a '-'
 917  * prefixing it).
 918  *
 919  * @author Andrew Waterhouse and JBP documented.
 920  *
 921  */
 922
 923 class rnabuttonlistener  implements ActionListener{
 924           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 925                   System.out.println("Good idea ! ");
 926
 927           }
 928 }
 929
 930 class pbuttonlistener  implements ActionListener{
 931           public void actionPerformed(ActionEvent arg0) {
 932
 933
 934           }
 935 }
 936
 937 class ArgsParser
 938 {
 939   Vector vargs = null;
 940
 941   public ArgsParser(String[] args)
 942   {
 943     vargs = new Vector();
 944     for (int i = 0; i < args.length; i++)
 945     {
 946       String arg = args[i].trim();
 947       if (arg.charAt(0) == '-')
 948       {
 949         arg = arg.substring(1);
 950       }
 951       vargs.addElement(arg);
 952     }
 953   }
 954
 955   /**
 956    * check for and remove first occurence of arg+parameter in arglist.
 957    *
 958    * @param arg
 959    * @return return the argument following the given arg if arg was in list.
 960    */
 961   public String getValue(String arg)
 962   {
 963     return getValue(arg, false);
 964   }
 965
 966   public String getValue(String arg, boolean utf8decode)
 967   {
 968     int index = vargs.indexOf(arg);
 969     String dc = null, ret = null;
 970     if (index != -1)
 971     {
 972       ret = vargs.elementAt(index + 1).toString();
 973       vargs.removeElementAt(index);
 974       vargs.removeElementAt(index);
 975       if (utf8decode && ret != null)
 976       {
 977         try
 978         {
 979           dc = URLDecoder.decode(ret, "UTF-8");
 980           ret = dc;
 981         } catch (Exception e)
 982         {
 983           // TODO: log failure to decode
 984         }
 985       }
 986     }
 987     return ret;
 988   }
 989
 990   /**
 991    * check for and remove first occurence of arg in arglist.
 992    *
 993    * @param arg
 994    * @return true if arg was present in argslist.
 995    */
 996   public boolean contains(String arg)
 997   {
 998     if (vargs.contains(arg))
 999     {
1000       vargs.removeElement(arg);
1001       return true;
1002     }
1003     else
1004     {
1005       return false;
1006     }
1007   }
1008
1009   public String nextValue()
1010   {
1011     return vargs.remove(0).toString();
1012   }
1013
1014   public int getSize()
1015   {
1016     return vargs.size();
1017   }
1018
1019 }
1020
1021 /**
1022  * keep track of feature fetching tasks.
1023  *
1024  * @author JimP
1025  *
1026  */
1027 class FeatureFetcher
1028 {
1029   /*
1030    * TODO: generalise to track all jalview events to orchestrate batch
1031    * processing events.
1032    */
1033
1034   private int queued = 0;
1035
1036   private int running = 0;
1037
1038   public FeatureFetcher()
1039   {
1040
1041   }
1042
1043   public void addFetcher(final AlignFrame af, final Vector dasSources)
1044   {
1045     final long id = System.currentTimeMillis();
1046     queued++;
1047     final FeatureFetcher us = this;
1048     new Thread(new Runnable()
1049     {
1050
1051       public void run()
1052       {
1053         synchronized (us)
1054         {
1055           queued--;
1056           running++;
1057         }
1058
1059         af.setProgressBar("DAS features being retrieved...", id);
1060         af.featureSettings_actionPerformed(null);
1061         af.featureSettings.fetchDasFeatures(dasSources, true);
1062         af.setProgressBar(null, id);
1063         synchronized (us)
1064         {
1065           running--;
1066         }
1067       }
1068     }).start();
1069   }
1070
1071   public synchronized boolean allFinished()
1072   {
1073     return queued == 0 && running == 0;
1074   }
1075
1076
1077
1078 };